Poster by Dr Lambros Papayiannis

1. Ζιζάνια ξενιστές του ιού του κίτρινου καρουλιάσματος των
φύλλων της τομάτας στην Κύπρο
Λ. Χ. Παπαγιάννης
Ινστιτούτο Γεωργικών Ερευνών, Τ.Θ. 22016, Λευκωσία 1516, Κύπρος E mail: lambros@ari.gov.cy
Εισαγωγή Αποτελέσματα - Συμπεράσματα
Ο ιός του κίτρινου καρουλιάσματος των φύλλων της τομάτας (Tomato Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η TaqMan PCR που αναπτύχθηκε ήταν
yellow leaf curl virus, TYLCV) (Γένος Begomovirus, Οικογένεια 1000 φορές πιο ευαίσθητη από τη συμβατική PCR, με δυνατότητα
Geminiviridae), αποτελεί την πιο διαδεδομένη ιολογική ασθένεια της ανίχνευσης της τάξης του 10-8 ng/μl. Αντίστοιχα, το εύρος ανίχνευσης της
τομάτας στην Κύπρο. Στη φύση μεταδίδεται αποκλειστικά με τον αλευρώδη συμβατικής PCR ήταν 10-5 ng/μl, ενώ της TAS-ELISA μόλις 1/10 (σε
του καπνού Bemisia tabaci Gennadius (Εικόνα 1Α) κατά έμμονο τρόπο. αραιώσεις φυτικού χυμού μολυσμένης τομάτας με TYLCV) (Εικόνα 3) (4).
Προκαλεί χαρακτηριστικά συμπτώματα στην τομάτα που αφορούν νανισμό Η TaqMan PCR έδωσε τη δυνατότητα για ανίχνευση του TYLCV σε
των φυτών, κίτρινο καρούλιασμα, μεσονεύρια χλώρωση και παραμόρφωση 49 είδη ζιζανίων (11,6%) από 15 βοτανικές οικογένειες. Αντίθετα, με τη
των φύλλων (Εικόνες 1Β και 1Γ). Εκτός από την τομάτα που θεωρείται ο συμβατική PCR και την ELISA, ο ιός ανιχνεύτηκε σε λιγότερα είδη (43 και
κύριος ξενιστής του ιού, προσβάλλει αρκετά άλλα καλλιεργούμενα και 14 αντίστοιχα), προφανώς λόγω μικρότερης ευαισθησίας ανίχνευσης
αυτοφυή φυτικά είδη. Στο πλαίσιο μιας εκτεταμένης μελέτης που έγινε στην (Πίνακας 2) (4).
Κύπρο στα μέσα της δεκαετίας του 1980, ο ιός αναφέρθηκε σε 8 είδη
Πίνακας 2. Ζιζάνια που εντοπίστηκαν να είναι προσβεβλημένα με TYLCV σε φυσικές συνθήκες και
ζιζανίων από τέσσερεις βοτανικές οικογένειες (1). αποτελέσματα σύγκρισης της διάγνωσης τους με ELISA, συμβατική PCR και TaqMan PCR
Οικογένεια Φυτικό είδοςΑ Κωδικός NCBI Β Θετικά/ΣυνολοΓ ELISAΔ PCRΕ TaqMan PCRΖ
Amaranthaceae Amaranthus retroflexus FR682583 2/63 - ++ 26
Amaranthus viridis FR682584 6/48 - ++ 27
Amaranthus graecizans FN822919 8/52 - ++ 28
Chenopodiaceae Chenopodium album FR682585 12/62 - + 29
Chenopodium murale FN822920 9/51 - + 29
Compositae Asteriscus aquaticus FR682586 10/45 1.2 ++ 19
Calendula arvensis FN822921 37/137 1.3 +++ 17
Chrysanthemum coronarium FR682587 12/66 - ++ 21
Chrysanthemum segetum FR682588 6/46 - ++ 18
Α Β Γ
Conyza bonariensis FR682589 5/35 - ++ 25
Matricaria recutita FN822922 9/56 - + 27
Onopordum cyprium FR681783 2/13 - - 31
Εικόνα 1A. Ο φορέας του TYLCV, αλευρώδης του καπνού B. tabaci. 1B. Νανισμός φυτού τομάτας Silybum marianum FR681784 3/18 - - 28
Sonchus asper FR682590 9/31 - ++ 23
μολυσμένου με TYLCV. 1Γ. Συμπτώματα κίτρινου καρουλιάσματος των φύλλων τομάτας, Sonchus oleraceus FN822923 14/87 - ++ 25
προσβεβλημένης με TYLCV Sonchus tenerrimus FR682591 2/20 - ++ 22
Urospermum picroides FR682592 8/25 1.1 ++ 20
Convolvulaceae Convolvulus arvensis FN822924 16/76 - +++ 19
Convolvulus humilis FR682593 8/45 - +++ 21
Αντικείμενο της εργασίας ήταν η ανάπτυξη σύγχρονων τεχνικών για Cuscuta spp. FR682594 2/7 - + 23
Cruciferae Hirschfeldia incana FR682595 1/21 - ++ 24
τη διάγνωση του TYLCV και η χρησιμοποίηση τους για την ανίχνευση του Raphanus raphanistrum FR682596 18/79 - ++ 22
Raphanus sativus FR682597 6/18 - ++ 25
σε ζιζάνια που αποτελούν εναλλακτικούς ξενιστές στην Κύπρο. Παράλληλα, Sinapis alba FN822925 12/61 1.1 ++ 21
Sinapis arvensis FR682598 11/81 1.3 ++ 24
έγινε σύγκριση της ευαισθησίας ανίχνευσης με άλλες εργαστηριακές Euphorbiaceae Chrozophora tinctoria FN822926 2/17 - ++ 22
μεθόδους. Euphorbia helioscopia
Mercurialis annua
FR681785
FR681788
4/20
1/7
-
-
-
-
30
29
Geraniaceae Erodium ciconium FR682599 2/24 - ++ 25
Erodium cicutarium FR682600 1/19 - ++ 28
Υλικά και Μέθοδοι Leguminoseae Lotus edulis
Lotus halophilus
FR682601
FR682602
5/26
8/39
-
-
+
+
30
29
Scorpiurus muricatus FR682603 14/81 - ++ 24
Malvaceae Lavatera cretica FR682604 3/26 0.4 ++ 26
Κατά τα έτη 2007-2010, στις Επαρχίες Λεμεσού, Λάρνακας και Malva cretica FR681786 8/54 - - 28
Πάφου πραγματοποιήθηκαν τυχαίες δειγματοληψίες 3976 ζιζανίων που
Malva neglecta FR682605 30/178 0.6 ++ 25
Malva nicaeensis FR682606 22/151 0.6 ++ 26
φύονταν εντός και δίπλα από υπαίθριες φυτείες τομάτας, οι οποίες Malva parviflora
Malva sylvestris
FN822927
FR682607
19/131
11/81
0.4
0.3
++
++
29
27
παρουσίαζαν συμπτώματα προσβολής του TYLCV σε υψηλά ποσοστά (80- Orobanchaceae
Plantaginaceae
Orobanche ramosa
Plantago lagopus
FR682608
FR682615
3/17
4/37
-
-
+
++
26
23
100%). Έγινε αναγνώριση των φυτικών ειδών και εξαγωγή DNA από τους Primulaceae
Plantago major
Anagallis arvensis
FR682609
FR682610
8/45
16/82
-
-
++
+
20
27
φυτικούς ιστούς. Για την ανίχνευση του ιού όλα τα δείγματα ελέχθησαν με Solanaceae Datura innoxia
Datura stramonium
FR682611
FR682612
5/12
18/41
1.7
1.6
+++
+++
18
16
την ορολογική δοκιμή TAS-ELISA, τη συμβατική PCR, καθώς και τη PCR Solanum nigrum FN822928 28/137 1.9 +++ 18
Solanum villosum FR682613 6/32 1.5 ++ 22
πραγματικού χρόνου (TaqMan PCR) που αναπτύχθηκε στην παρούσα Umbelliferae Scandix pecten-veneris FR682614 6/33 - ++ 25
Urticaceae Urtica urens FR681788 9/72 - - 31
εργασία (Εικόνα 2) (2). H TaqMan PCR χρησιμοποιεί ειδικούς ανιχνευτές Σύνολο 461/3976
έναντι του TYLCV, καθώς και γενικούς ανιχνευτές εσωτερικού ελέγχου, για Α Τα είδη που αναφέρονται ως νέοι ξενιστές του ιού στην Κύπρο δίνονται με έντονη γραφή, Β Κωδικός καταχώρησης νουκλεοτιδικής
αλληλουχίας του TYLCV στη βάση δεδομένων NCBI. Γ Αριθμός προσβεβλημένων φυτών/Συνολικό αριθμό φυτών που ελέγχθηκαν. Δ
τη διάγνωση του γονιδίου mtCOX από όλα τα φυτικά είδη (3). Από όλα τα Αποτελέσματα ορολογικών δοκιμών. Δίνεται η μέση οπτική πυκνότητα στα 405 nm, ενώ το σημείο – σημειώνεται για τα δείγματα στα
θετικά δείγματα έγινε προσδιορισμός της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας για οποία δεν ήταν δυνατή η ανίχνευση με ELISA. Ε Αποτελέσματα συμβατικής PCR. Τα πρόσημα αναφέρονται στην ένταση της ζώνης
ηλεκτροφόρησης που λήφθηκαν: - = μη εμφανής ζώνη, + = ασθενής ζώνη, ++ = εμφανής ζώνη, +++ = έντονη ζώνη. Ζ Αποτελέσματα
επιβεβαίωση της παρουσίας του ιού. Τέλος, έγινε σύγκριση της αναλυτικής TaqMan PCR. Δίνεται ο μέσος όρος των κύκλων ανίχνευσης, Ct (Ο μικρότερος κύκλος αναφέρεται σε μεγαλύτερη ικανότητα
ανίχνευσης)
ευαισθησίας μεταξύ ορολογικών και μοριακών δοκιμών ανίχνευσης του
TYLCV. Η υιοθέτηση σύγχρονων και ευαίσθητων τεχνικών έδειξε ότι
τουλάχιστον 40 νέα είδη ζιζανίων αποτελούν εναλλακτικούς ξενιστές του
Α TYLCV στην Κύπρο. Η συσχέτιση της παρουσίας συμπτωμάτων στα είδη
1/1 1/10 1/100 1/1000 αυτά με την προσβολή από τον ιό δεν κατέστη δυνατή. Η παρουσία του
TYLCV στα ζιζάνια, είναι πιθανό να σχετίζεται με τη διατήρηση του
μολύσματος σε περιόδους κατά τις οποίες δεν καλλιεργούνται τομάτες (4).
Β
Βιβλιογραφία
Ένταση φθορισμού
Αραιώσεις DNA: 10-1 10-2 10-3 10-4 10-5 10-6 10-7 10-8 (1). Ioannou, N., Kyriakou, A. & Hadjinicolis A. 1987. Host range and natural
Συμβατική PCR reservoirs of TYLCV. Agricultural Research Institute, Technical Bulletin 85.
TaqMan PCR (2). Papayiannis, L.C., Iacovides, T.A., Katis, N.I. & Brown, J.K. 2010.
Differentation of TYLCV and TYLCSV using real-time TaqMan PCR. Journal of
Κύκλοι ενίσχυσης (Ct) Virological Methods, 165: 238-245.
Εικόνα 3. Σύγκριση αναλυτικής ευαισθησίας μεταξύ
(3). Papayiannis, L.C., Harkou, I.S., Markou, Y.M., Demetriou, C.N & Katis, N.I.
Εικόνα 2. Διαδικασία μοριακής ορολογικών δοκιμών (TAS-ELISA) (Α) και μοριακών δοκιμών 2011. Rapid discrimination of ToCV and TICV and co-amplification of plant
ανίχνευσης του TYLCV στα (συμβατικής και TaqMan PCR) (Β) για την ανίχνευση του internal control using TaqMan PCR. Journal of Virological Methods, 176: 53-59.
εργαστήρια Φυτοπαθολογίας του ΙΓΕ TYLCV σε αραιώσεις φυτικού χυμού και ολικού DNA από
μολυσμένα φυτά τομάτας (4). Papayiannis, L.C., Katis, N.I., Idris A.M. & Brown, J.K. 2011. Weed hosts of
Tomato yellow leaf curl virus in Cyprus. Plant Disease, 95: 120-125.