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本間善夫(ecosci.jp)
日本コンピュータ化学会2015春季年会
(2015/05/28-29,東京工業大学 大岡山キャンパス)
http://www.ecosci.jp/
◆ Jmolトピックス
2015/05/27時点で586トピック(一部修正中)
最新版: http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html
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◆ Jmolトピックス例:アミロイドβ繊維
http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#03
“水と油”で見る20種類のアミノ酸
アミノ酸
特性基 R hydropathy
極性 log P
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塩基性
極性・非極性 Cleftの分類 等電点
O I I/O index
Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1....
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◆ Jmolトピックス例: 書籍掲載の分子紹介
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※有機化学美術館・分館「各種お知らせ」
(2015/01/13)
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◆ Jmolトピックス例: [NiFe]ヒドロゲナーゼ
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※理研(2015/03/13)
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※一家に1枚シリーズ
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◆ Jmolトピックス例: 危険ドラッグ
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◆ Jmolトピックス例: エボラウイルス
http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#02
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JmolRCSB PDB Mobile
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迅速性
協調・連携・双方向性
継続性
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Webページ「Jmolトピックス」による分子関連ニュースの発信(2015/05/29,日本コンピュータ化学会2015年春季年会)

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日本コンピュータ化学会2015春季年会(2015/05/28-29,東京工業大学 大岡山キャンパス)でのポスター発表2P20 http://www.sccj.net/event/nenkai/2015sp/program/program.htm (要旨参照可)

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Webページ「Jmolトピックス」による分子関連ニュースの発信(2015/05/29,日本コンピュータ化学会2015年春季年会)

  1. 1. 本間善夫(ecosci.jp) 日本コンピュータ化学会2015春季年会 (2015/05/28-29,東京工業大学 大岡山キャンパス) http://www.ecosci.jp/
  2. 2. ◆ Jmolトピックス 2015/05/27時点で586トピック(一部修正中) 最新版: http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html ※1つのページに複数の記事を載せ来訪者に他記事に も接してもらうWebページ例: RCSB PDB - News http://www.rcsb.org/pdb/explore/news.do
  3. 3. ◆ Jmolトピックス例:アミロイドβ繊維 http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#03
  4. 4. “水と油”で見る20種類のアミノ酸 アミノ酸 特性基 R hydropathy 極性 log P 酸性・ 塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点 O I I/O index Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02 Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98 Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96 Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00 Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48 Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30 Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74 Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07 Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89 Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66 Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74 Gly G グリシン 0 0 - -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97 His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59 Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76 Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16 Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.5 12.3 -3.69 酸性 極性(酸性) Negative 3.22 Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.5 10.5 -3.64 中性 極性(中性) Neutral 5.65 Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性 極性(酸性) Negative 2.77 Ser S セリン 20 100 5.000 -0.8 9.2 -3.07 中性 極性(中性) Neutral 5.68 Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.5 11.6 -3.82 中性 極性(中性) Neutral 5.41 http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html
  5. 5. ◆ Jmolトピックス例: ネオニコチノイド系農薬 http://www.ecosci.jp/chem13/topics10b.html#06
  6. 6. ◆ Jmolトピックス例: MMP-12 http://www.ecosci.jp/chem13/topics11c.html#07 http://www.ecosci.jp/pdb/r/
  7. 7. ◆ Jmolトピックス例: 書籍掲載の分子紹介 http://www.ecosci.jp/chem13/topics11e.html#04 ※有機化学美術館・分館「各種お知らせ」 (2015/01/13) http://blog.livedoor.jp/route408/archives/ 52224103.html http://www.ecosci.jp/chem13/ topics10a.html#04
  8. 8. ◆ Jmolトピックス例: [NiFe]ヒドロゲナーゼ http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html http://www.ecosci.jp/sck/cafe150228.html http://www.ecosci.jp/chem13/topics11e.html#08
  9. 9. ◆ Jmolトピックス例: ビスフェノール類とER http://www.ecosci.jp/chem13/topics12a.html#01 http://www.ecosci.jp/pdb/ pdbsum_ER.html
  10. 10. ◆ Jmolトピックス例: 蛍光タンパク質Xpa http://www.ecosci.jp/chem13/topics12b.html#09 ※理研(2015/03/13) http://www.riken.jp/pr/press/2015/ 20150313_1/
  11. 11. ◆ Jmolトピックス例: 一家に1枚 くすりの形 http://www.ecosci.jp/chem13/topics12c.html#03 ※一家に1枚シリーズ http://stw.mext.go.jp/series.html
  12. 12. ◆ Jmolトピックス例: 危険ドラッグ http://www.ecosci.jp/chem13/topics12c.html#10 ※厚生労働省(2015/05/01) http://www.mhlw.go.jp/stf/houdou/ 0000084177.html http://www.ecosci.jp/drug/dc_jmol.html
  13. 13. ◆ Jmolトピックス例: エボラウイルス http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#02 http://www.ecosci.jp/Ebola/ JmolRCSB PDB Mobile
  14. 14. ◆ Jmolトピックス例: ドーパミン輸送体 http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#04 https://www.facebook.com/RCSBPDB/ videos/857420077685887/ http://www.nature.com/nature/journal/v521/ n7552/fig_tab/nature14431_SV1.html
  15. 15. ◆ Jmolトピックス例: レンバチニブ結合VEGFR http://www.ecosci.jp/chem13/topics12d.html#06 ( 2015/05/27公開データ) http://www.eisai.co.jp/news/ news201532.html
  16. 16. 迅速性 協調・連携・双方向性 継続性

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