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本間善夫(ecosci.jp / サイエンスカフェにいがた)
日本コンピュータ化学会2017年春季年会(2017/6/8-9,東京工業大学大岡山キャンパス)
http://www.ecosci.jp/BigHistory/
◆ビッグヒストリー;コレクティブ・ラーニング #ツタ
エル
日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2016(2016/11/3-6,日本科学未来館)
http://www.ecosci.jp/sccj_sa2016/
◆ビッグヒストリー;コレクティブ・ラーニング #行動
★某オンライン書店サイトに本間が書き込んだレビューから
『厚さ25mmの本に圧縮された138億年の宇宙と人間の歴史』
わずか1kgほどの人間の脳が解き明かした138億年前の宇宙開闢から果てし...
第1スレッショルド ビッグバン:宇宙の起源
第2スレッショルド 恒星
第3スレッショルド より重い化学元素
第4スレッショルド 恒星
第5スレッショルド 生命の誕生
第6スレッショルド ホモ・サピエンス
第7スレッショルド 農業
第8スレッショ...
◆スレッショルド1 ビッグバン:宇宙の起源
https://en.wikipedia.org/wiki/
Chronology_of_the_universe
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◆スレッショルド3 より重い化学元素
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◆スレッショルド3 より重い化学元素
http://www.akashi.co.jp/book/b251054.html
http://www.ecosci.jp/BigHistory/
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http://stw.mext.go.jp/series.html
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「ビッグヒストリー」本 p.64“生命
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◆生命を支えるエネルギーと元素
●ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命、
エネルギー、進化」,みすず書房(2016)
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◆生命を支えるエネルギーと元素
●ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命、
エネルギー、進化」,みすず書房(2016)
http://www.msz.co.jp/book/detail/
08534.html
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●「見てわかる構造生命科学」(化学同人)
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◆生命を支えるエネルギーと元素
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●「見てわかる構造生命科学」(化学同人)
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“水と油”で見る20種類のアミノ酸
アミノ酸
特性基 R hydropathy
極性 log P
酸性・
塩基性
極性・非極性 Cleftの分類 等電点
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Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1....
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#生物 #環境 #国際
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◆GPCRその後
※2012年ノーベル化学賞はGPCR
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ビッグヒストリーを題材にした化学教材Webページの作成(2017/06/08,日本コンピュータ化学会2017年春季年会)

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日本コンピュータ化学会2017年春季年会(2017/6/8-9,東京工業大学大岡山キャンパス) http://www.sccj.net/event/nenkai/2017sp/program/program_20170425.htm

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ビッグヒストリーを題材にした化学教材Webページの作成(2017/06/08,日本コンピュータ化学会2017年春季年会)

  1. 1. 本間善夫(ecosci.jp / サイエンスカフェにいがた) 日本コンピュータ化学会2017年春季年会(2017/6/8-9,東京工業大学大岡山キャンパス) http://www.ecosci.jp/BigHistory/
  2. 2. ◆ビッグヒストリー;コレクティブ・ラーニング #ツタ エル 日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2016(2016/11/3-6,日本科学未来館) http://www.ecosci.jp/sccj_sa2016/
  3. 3. ◆ビッグヒストリー;コレクティブ・ラーニング #行動 ★某オンライン書店サイトに本間が書き込んだレビューから 『厚さ25mmの本に圧縮された138億年の宇宙と人間の歴史』 わずか1kgほどの人間の脳が解き明かした138億年前の宇宙開闢から果てしない 未来に向けての道筋,それは単独の脳によってではなくコレクティブ・ラーニ ング(集団的学習)によって可能になった。そのことが『ビッグバン:宇宙の 起源』から『現代社会/アントロポシーン』までの8つのスレッショルド(大 跳躍)によって辿られる壮大な1冊である。 世界各地の創造神話にあるように混沌から始まった宇宙,最初にできた原子で ある水素やヘリウムに続いて次々とつくられた元素の組み合わせで星々や生命 が産み出され,今では113番元素(ニホニウムと命名予定)などを人間が合成す るまでに至っている。 洞窟壁画,周期表,DNA,言語遺伝子FOXP2,プレートテクトニクス,ブ ラックスモーカー,光合成,カンブリア爆発,地母神,ジェンダー,広島, リービッヒ(第12章中の『イノベーションの体系化:科学と研究』に登場), 再生可能エネルギー,……。私が60年超の個人史の中で慣れ親しんだ言葉や図 版が散りばめられ,さらにアントロポシーンなどの耳新しい単語が新たな刺激 を与えてくれるのは本当にエキサイティングである。 《 中 略 》 国内外で様々な“分断”が表出しているように見える今,新たな段階のコレク ティブ・ラーニングが必要になっているように思えてならない。光が散在する 宇宙に浮かぶ青い地球を“知の沃野”にすることができるのか否か。丁寧に網羅 されたヒストリーを地道になぞることで考え続け,多くの方々と通底する認識 を持ってわずかでも行動に結び付けたい。 http://www.akashi.co.jp /book/b251054.html https://www.amazon.co.jp/ dp/4121008227
  4. 4. 第1スレッショルド ビッグバン:宇宙の起源 第2スレッショルド 恒星 第3スレッショルド より重い化学元素 第4スレッショルド 恒星 第5スレッショルド 生命の誕生 第6スレッショルド ホモ・サピエンス 第7スレッショルド 農業 第8スレッショルド 現代社会/アントロポシー ン http://www.akashi.co.jp/ book/b251054.html http://www1.nhk.or.jp/asaichi/ archive/161216/2.html https://www.chart.co.jp/goods/item/ rika/23303.php ◆ビッグヒストリー;スレッショルド(大跳躍) #歴 史
  5. 5. ◆スレッショルド1 ビッグバン:宇宙の起源 https://en.wikipedia.org/wiki/ Chronology_of_the_universe http://www.astro.ucla.edu/~wright/ BBNS.html http://stw.mext.go.jp/series.html http://www.hazardlab.jp/know/ topics/detail/1/5/15303.html https://www.bighistoryproject.com/ chapters/1#intro
  6. 6. ◆スレッショルド3 より重い化学元素 https://www.youtube.com/ watch?v=rskUa_qGa8s 核図表(理研)から作成 http://www.rarf.riken.go.jp/enjoy/kakuzu/ https://school.bighistory project.com/media/khan/ articles/U3_Dimitri_Men deleev_2014_890L.pdf ★日本コンピュータ化学会@サイエ ンスアゴラ2016ブースで小学生から 「モノはどうしてくっつくの?」と質 問 https://www.amazon. co.jp/dp/4791761685
  7. 7. ◆スレッショルド3 より重い化学元素 http://www.akashi.co.jp/book/b251054.html http://www.ecosci.jp/BigHistory/ http://stw.mext.go.jp/series.html 30 + 83 = ? 「ビッグヒストリー」本 p.28 周期表
  8. 8. ◆スレッショルド5 生命の誕生 http://stw.mext.go.jp/series.html http://www.ecosci.jp/s/bm_all_j.html https://www. amazon.co.jp /dp/42742019 7X
  9. 9. ◆スレッショルド5 生命の誕生 http://www.akashi.co.jp/files/ books/4421/4421_sample_p0 78-079.pdf https://www.bighistoryproject. com/chapters/3#life-begins p.76にブラックスモー カー http://natgeo.nikkeibp.co.jp/ atcl/news/16/c/011900025/
  10. 10. ◆スレッショルド5 生命の誕生 生物と無生物 「ビッグヒストリー」本 p.64“生命 とは?” 「ビッグヒストリー」本 p.76の『最 初の細胞はどこでどのように誕生した のか?』にはブラックスモーカー。 http://www.ecosci.jp/life/ https://www.bighistory project.com/chapters/3 #life-begins 長沼 毅「生命の始まりを 探して 僕は生物学者に なった」p.73に“硫化鉄 が黄鉄鉱になる過程で出 てくる化学エネルギーを 使って…” https://www.amazon. co.jp/dp/4309617018 http://www.ecosci.jp/km/ km_ligand.html
  11. 11. ◆生命を支えるエネルギーと元素 ●ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命、 エネルギー、進化」,みすず書房(2016) http://www.msz.co.jp/book/detail/ 08534.html https://pdbj.org/mom/144 http://www.ecosci.jp/chem13 /topics15d.html#08http://mgl.scripps.edu/people /goodsell/books/MoL2figures/ Figure3.9b-reduced.jpg
  12. 12. ◆生命を支えるエネルギーと元素 ●ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命、 エネルギー、進化」,みすず書房(2016) http://www.msz.co.jp/book/detail/ 08534.html https://pdbj.org/mom/144http://mgl.scripps.edu/people /goodsell/books/MoL2figures/ Figure3.9b-reduced.jpg 「生命、エネルギー、進化」,「生命の跳躍 進化の10大発明」ほか 多数の翻訳書のある斉藤隆央さんをゲストに招き,2017年9月10日 に第100回サイエンスカフェにいがた 『科学書を翻訳するという 仕事』を開催します! http://www.ecosci.jp/n-cafe/yokoku100.html
  13. 13. ◆生命を支えるエネルギーと元素 http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html ●「見てわかる構造生命科学」(化学同人) フルカラー図版・アニメーション動画 http://www.kagakudojin.co.jp/appen dices/c20092/ 生命活動に必要なエネルギーの確保:Mn4CaO5クラスター “歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水(親水性)と油(疎水性) で考える
  14. 14. ◆生命を支えるエネルギーと元素 http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html ●「見てわかる構造生命科学」(化学同人) フルカラー図版・アニメーション動画 http://www.kagakudojin.co.jp/appen dices/c20092/ 生命活動に必要なエネルギーの確保:Mn4CaO5クラスター “歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水(親水性)と油(疎水性) で考える http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/ pr2017/pr20170425/pr20170425.html http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_ release/20170428/ 長沼 毅「生命の始まりを探して 僕は 生物学者になった」p.73に“硫化鉄 が黄鉄鉱になる過程で出てくる化学 エネルギーを使って…” https://www.amazon.co.jp/dp /4309617018
  15. 15. ◆生命を支えるエネルギーと元素 http://www.ecosci.jp/s/Mo_W.html http://www.sankyoshuppan. co.jp/products/detail.php?pr oduct_id=637 http://www.ecosci.jp/N/
  16. 16. “水と油”で見る20種類のアミノ酸 アミノ酸 特性基 R hydropathy 極性 log P 酸性・ 塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点 O I I/O index Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02 Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98 Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96 Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00 Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48 Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30 Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74 Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07 Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89 Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66 Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74 Gly G グリシン 0 0 - -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97 His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59 Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76 Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16 Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.5 12.3 -3.69 酸性 極性(酸性) Negative 3.22 Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.5 10.5 -3.64 中性 極性(中性) Neutral 5.65 Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性 極性(酸性) Negative 2.77 Ser S セリン 20 100 5.000 -0.8 9.2 -3.07 中性 極性(中性) Neutral 5.68 Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.5 11.6 -3.82 中性 極性(中性) Neutral 5.41 http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html
  17. 17. ◆スレッショルド8 現代社会/アントロポシーン #生物 #環境 #国際 http://www.gizmodo.jp/2017/01/weight- of-humanitys-footprint.html 環境問題はp.314ほか多数 http://www.natureasia.com/ja- jp/research/highlight/10450/ http://www.ecosci.jp/chem13/ topics13e.html#10 有機水銀分解酵素(アルキル水銀リアー ゼ,EC.4.99.1.2)MerB構造例PDB 3F0P http://www.ecosci.jp/chem11/pcb _deg.html https://www.chart.co.jp/goods/item/ rika/23303.php
  18. 18. 「ビッグヒストリー」本 p.83・332にペ ニシリン なぜ高校「化学」で官能基を学ぶの か? 有機概念図簡易計算アプリ http://www.ecosci.jp/ocd-app/ https://www.amazon.co.jp/ dp/4167138182 ◆スレッショルド8 現代社会/アントロポシーン “分子”が社会で果たす役割
  19. 19. 抗生物質を含むPDBデータ(Jmol版) http://www.ecosci.jp/ab/ab_pdb_j.html PDBsumデータからATGCU塩基部分 のI‘/O’値を計算する秀丸マクロを新規作 成 ◆スレッショルド8 現代社会/アントロポシーン “分子”が社会で果たす役割 「ビッグヒストリー」本 p.83・332にペニシリン
  20. 20. ◆GPCRその後 ※2012年ノーベル化学賞はGPCR http://www.ecosci.jp/GPCR/ http://www.cell.com/cell/ issue?pii=S0092- 8674(16)X0003-7 http://9999- ph.jp/tp_intelligence/backnumber_pdf/ 9999_web_intelli_vol_04.pdf http://www.ecosci.jp/chem13/ topics15e.html#05

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