This is a japanese manual of Raccoon. Raccoon is a graphical interface for preparing AutoDock virtual screenings. Raccoonのグラフィカルマニュアルです。Raccoonは、AutoDock上でバーチャルスクリーニングを行うためのグラフィカルインターフェースである。

1. 120713 Ver 1.0
Raccoon on Mac OSX
Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University
0. About Raccoon
Raccoonは、AutoDock上でバーチャルスクリーニングを行うためのグラフィカルイン
ターフェースである。
1. Raccoon (raccoon.py) のダウンロード
http://autodock.scripps.edu/resources/raccoon/にてMac版Raccoonをダウンロードする。
2. PATHの設定
(ターミナルの起動 ・ Homeディレクトリにて)
% bash
% vi .bashrc # .bashrcを編集する
--------------------------------------------------------------
#AutoDock Raccoon # 任意
export PATH=$PATH:/Library/MGLTools/1.5.4/bin
export PATH=$PATH:/Library/MGLTools/1.5.4/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24
export PATH=$PATH:/Users/.../.../universalDarwin10 # AutoDockのPATH (任意ディレクトリ)
--------------------------------------------------------------(上記のように、PATHを記述する)
% source .bashrc # 念のために
% echo $PATH # 上記のPATHが通っているかの確認

2. 3. Raccoonの実行
(1) 事前に作業フォルダに移動する。
(2) 同フォルダ内にraccoon.pyをコピーしておく。
% pythonsh raccoon.py # Raccoonの実行
以下のようなウィンドウが表示されれば、O.K.
Ligand(s)、Receptor(s)、Maps、Docking、VS Generationの順に設定を行う。

3. 4. Ligand fileの設定
(1) Ligand(s) → [+] Add ligands... → リガンドファイルを選択 (PQBQT or PDB or mol2)
(2) PDBQT generation options → Partial charges (Add Gasteiger) → Structure repair
(Both) → Structure clean-up (Both) → O.K.
Optional: (3) Filter ligand list...
→ H-bond donorsやMolecular weightなどによりリガンドを間引く。
※ Lipinskiルールも選択可能
(1)
mol2かPDBの場合
(2) (3)
Default Lipinski

4. 5. Protein fileの設定
構造が１個の場合
(1) Recepter(s) → Single target → Check
(2) Receptor structure → Add receptor file... → タンパク質の構造を選択する。
(3) PDBQT generation options → 図のように設定 → O.K.
構造が複数個 (アンサンブルドッキング) の場合
(1) Recepter(s) → Multiple conformations → Check!! → (2) & (3)の設定
(1)
１個 複数
Proteinを選ぶ
(2)
(3)

5. 6. Mapsの設定
(1) Maps → Run AutoGrid... → now (and cache the maps)を選択する。
(2) Change the AutoGrid executable → AutoGridを指定する (パスの設定)
(3) GPF template → Load GPF template... → GPF fileを選択する → O.K.
(4) ウィンドウ上にGPF fileが表示される
※ 作製済みのGPF fileを読み込むことを推奨する。作製方法は、AutoDock Manualを参照のこと。
(1)
(2)
(3)
(4)
GPF file内が表示される

6. 7. Dockingの設定
(1) Docking → From template... を選択する。
(2) DPF template → Load DPF template... → DPF fileを選択する → O.K.
(3) ウィンドウ上にDPF fileが表示される
※ 作製済みのDPF fileを読み込むことを推奨する。作製方法は、AutoDock Manualを参照のこと。
(1)
(2)
(3)
DPF fileが表示される

7. 8. VS Generationsの設定
(1) VS Generations → Set directory... → 保存フォルダの設定 (../new_file)
※ 新規フォルダのパスを作製することを推奨する
(2) OS Options → Workstations → Script generation (master script for starting the VS)
→ Create a VS package file (disabled)
(3) GENERATE → DONEになれば、終了！ → VS用フォルダが作製されれば、O.K.
Ligands、Receptor、Maps、
Docking、Set directoryが緑色
なら、O.K.
(1)
(2)
(3)
9. AutoDock VSの実行
(Terminal上で作製したディレクトリに移動する)
(RunVS.shがあるディレクトリで以下を実行する)
% ./RunVS.sh # AutoDock VSの実行