1. 121213 ver 1.0
A road to AMBER Simulations
∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼
Contents
1. CentOS/rEFlt on Mac OS X
2. CentOS/VirtualBox on Mac OS X
3. AMBER12 on CentOS 6.2
4. VMD on CentOS 6.2
5. MPI on CentOS 6.2
Satoshi Kume, Osaka prefecture university

2. 1. How to boot CentOS/rEFlt on Mac OS X
1. ディスクユーティリティによるディスク検証
※ アプリケーション ユーティリティ ディスクユーティリティ
※ First Aid ディスクのアクセス権を検証・修復
※ First Aid ディスクを検証・修復
2. デフラグ (iDefrag4) ※ ハードの断片化がヒドい場合（有料）
3. rEFltのダウンロード・インストール
※ パソコン立ち上げ時に、選択可能 http://refit.sourceforge.net/
4. CentOS 6のダウンロード・ isoディスクの作成
※ isoディスクの作成は、ディスクユーティリティを使ってDVDに焼く
5. (再起動) CentOS 6 メディアから起動・インストール http://www.centos.org/
※ 起動後、60 秒くらい待つ (Auto installでないとエラーが起こる)
※ Rootパスワードの入力
※ パーティションの設定: 40 GB (et3)、2048 MB (SWAP)、1 GB (Free)。
※ 起動設定: Desktopを選択してインストールする
※ Start Partition Tool MBRのupdate パソコンの再起動 CentOSの起動 ユーザーの設定

3. 2. How to install CentOS6/VirtualBox on Mac OS X
1. Oracle VM VirtualBoxのダウンロード
2. CentOS 6のダウンロード ※ iso形式のまま使用する
3. VirtualBoxの起動
※ 新規 LINUX Red Hat 64bitを選択
https://www.virtualbox.org/
※ 設定 ストレージ CD/DVDドライブとしてiso fileを選択する
※ 元の画面に戻って、起動ボタンを押す
※ CentOSのインストール (各種設定は、別章参照)
※ Nit Disconnect errorの場合の対処法: Ctrl + Alt + F1 (or F2) login % shutdown -h now

4. 3. How to install Amber12 on CentOS 6.2
0. CentOS 6の設定
RootでのLog in
(Log in の際に) Other → Username: root → Password: (任意) → O.K.
a. スーパーユーザー (root)の権限取得
(Applications System Tools ターミナルの起動)
% su - // -だけ
(rootパスワードを入力)
/rootからはじまる
b. root時における書き換え権限の設定
% cd /usr
% chmod 777 local // local(ファイル名)での書き換え権限を与える
% cd local
% mkdir amber12 // local内に、amber12 fileをつくる
% chmod 777 amber12
1. AmberTools12のダウンロード・解凍
user/local/amber12内に、configureなどの
AmberTools12の中身をおく。
http://ambermd.org/AmberTools-get.html

5. 2. Amber12の解凍
user/local/amber12内に、中身だけおく。※ DOC, Read meはそのまま。
3. PATHの設定
% vi .bash_profile // ホームディレクトリで
------------------------
% AMBERHOME=/user/local/amber12
% export AMBERHOME
% export PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH
------------------------(escをおしてから、Shift +zzで保存・終了)
% source .bash_profile
4. yum install (root時に)
(% yum install yum-fastestmirror)
(% yum -vy update)
% yum install tk-devel
% yum groupinstall “development Tools ” // sの後はスペース？
% yum install libX*
% yum install bzip2-devel
(% yum install xorg*) (% yum install libx*) (% yum install libbz2-del zlib1g-del)
※※ 有線でネットに繋ぐ 右上ネットワークアイコンにてsystem eth0を選択する

6. 5. Configure (in Amber12 File)
% ./configure gnu
% make instal
(結構時間がかかる)
※ Completeとなれば、Amber12のインストール完了。
※ エラーが出る場合、４のステップに戻る。
6. Amber12の起動確認
% cd bin // user/local/amber12/bin
% ./xleap // xleapが立ち上がることを確認
7. 再びパスの設定 (どこでもO.K.)
% PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin
% export PATH
(or % export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin)
% echo $PATH // PATHの確認
Remarks:
/homeにある.bash_profileをviで開き、
% export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin を追加する。
(/etc/profileを編集する場合、全ユーザーに適応される)

7. 4-1. How to install VMD on CentOS 6.2
1. VMDのダウンロード・解凍・インストール
※ デスクトップ上にて解凍
※ ターミナル起動 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
% su - // root権限の取得
(rootパスワード入力)
※ VMD file内に移動
% ./configure
(何かメッセージが出るが無視)
% cd src
% make install (or % sudo make install)
(VMD installation complete. Enjoy!が出れば、O.K.)
% vmd // VMDが起動するはず！！
(ダメな場合は、以下を入力する)
% yum -vy update // システム全体の更新
% export PATH=$PATH:/usr/local/bin/vmd
% vmd // 再挑戦！！

8. 4-2. How to use VMD on Mac
MD結果の視覚化
1. File → New Molecule...
2. Load files for → New Molecule → .prmtop fileの選択 (AMBER7 Parm) → Load
3. Load files for → .prmtop fileの選択 → .mdcrd fileの選択 → Load
※ 溶媒和ボックス(TIP3PBOX etc)の場合、AMBER Coordinates with Periodic Box
※ その他の場合（仮想溶媒 igb = 1など）、AMBER Coordinates を選択する
4. Displayに出力される
1. 2. 4.
3.
再生ボタン

9. 5. MPI (Message-Passing Interface) on Cent OS
1. パッケージのインストール
(ターミナル)
% su // Root権限
<パスワード>
(% yum install gcc*)
% yum install glibc* // 一通りのパッケージをインストール
% yum install compat* // するのがお手軽。
% yum install libstdc*
% yum install libb*
% yum install openmpi* // いらないかも？
% yum install mpi* // 必須
2. AMBER-MPIのインストール
% cd $AMBERHOME // 設定済みであることが前提。
% ./configure -mpi gnu
(...)
(Configure complete ...)
% make install
(...)
(Installation of AmberTools12 MPI ...)
% cd src // src ディレクトリに移動
% make (or % make parallel)
(...)
% which sander.MPI // インストール ・ パスの確認
.../amber12/bin/sander.MPI // となれば、インストール成功！！

10. 3. MPIの設定（１個の計算機ノードの場合）
% which mpiexec (or % which mpd) // インストール ・ パスの確認
% cd $HOME // ホームディレクトリに移動 (マニュアル可)
% touch .mpd.conf // .mpd.conf の作製
(% ls -a // 確認)
% chmod 600 .mpd.conf
% vi .mpd.conf
---------------------------------------------------
secretword = protein123 // protein123 は任意
---------------------------------------------------
% vi mpd.hosts // 新規作成 & 編集
---------------------------------------------------
localhost.localdomain // localhost は任意
.... // 他にもホストが有れば、列記する
---------------------------------------------------
% mpdboot -f mpd.hosts // 重要！！
(% mpdboot -n 4 -f mpd.hosts // 複数機の並列計算の場合)
% mpdtrace // MPDデーモンの確認
localhost // と表示されれば、O.K.

11. 4. sander.MPIの実行方法
４個のCPUを用いた並列計算の場合
% mpiexec -np 4 sander.MPI -O -i X.in -c -p .....
-np 4 : 使用するコア数
sander.MPI : 使用する計算プログラム名
-O -i X.in -c -p .....: SANDER コマンド
MPDデーモンの終了
% mpdallexit // １ノードの場合、必要か？