PyMOL Command list on Mac OSX

1. 121124 Ver 1.0
MacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6
Presented by S. Kume, Osaka Prefecture University
原子の選択 全原子の表示・非表示
% select Ca, name ca // Cαの選択 % show all // 全表示
% select bb, c+ca+n+o // 主鎖の選択 % hide all // 全非表示
残基の選択
% select 1-15/ // 1~15番目の残基を選択
% select 1-15, 1-15/ // 1~15番目の残基を名前付き(1-15)で選択
% select 50/ // 50番目の残基を選択
% select /A/50/ // A鎖の50番目の残基を選択
% select resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)の選択
% select Trp, resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)を名前付き(Trp)で選択
% select resn Tyr // アミノ酸(チロシン)の選択
% select resi 60 // 60番目の残基を選択

2. ２次構造の選択
% select helix, ss h // すべてのHelixの選択
% select strand, ss s // すべてのStrandの選択
% select loop, ss l // すべてのLoopの選択
２次構造ごとに色を変える
% color red, ss h // HelixをRed表示にする。
% color yellow, ss s // Strandをyellow表示にする。
% color white, ss l // Loopをwhite表示にする。
Cαの重ね合わせ
% align [Name A]////ca, [Name B], object=alignment
or % align a/*/ca, b/*/ca
or % align [aaa], [bbb] // オブジェクト名でも重ねられる。
２次構造の変更 （H: helix, S: Strand, L: Loop）
30~40番目のアミノ酸配列をHelixに変換 30~40番目のアミノ酸配列をStrandに変換
% alter 30-40/, ss='H' % alter 30-40/, ss='S'
% rebuild or % show cartoon % rebuild or % show cartoon

3. X軸、およびY軸方向への回転
% rotate x, 90 or % turn x, 90 % rotate x, -90 or % turn x, -90
% rotate y, 90 or % turn y, 90 % rotate y, -90 or % turn y, -90
Ovalの設定（シート表示を無くす）
% show cartoon // Cartoonの表示
% cartoon oval // Cartoon Ovalの表示
% set cartoon_oval_length, 0.6 // Cartoonの大きさ設定
残基をStick Ball表示にする
（%show stick） Cavityの表示
% set stick_ball
Setting → Surface → Cavities & Pockets (Culled)
% set stick_ball_ratio, 1.3
% set cavity_cull, 40
% set stick_radius, 0.3
% show surface
水素原子を隠す
[H]ボタン → Hydrogens → all
Surfaceの透明度設定 側鎖とCαとの連結をよく表示する
% show surface Setting → Cartoon → Side Chain Helper
% set transparency, 07

4. ステレオ図のon/off Cartoonの初期設定に戻す
% stereo on or % stereo off % cartoon automatic
残基の削除 色分け区分をはっきりさせる
% remove resi 5
% remove resn Trp % set cartoon_discrete_colors, on
ある残基から?? Å以内の原子を選択する
% select resi 60 around 3 // 60番目の残基から3 Å以内の残基を選択する
表示解像度の変更
% viewport 640, 480
Cartoon & Surfaceの透明度 水素原子のon/off
(残基の選択 active)
% set cartoon_transparency, 0.5
% set surface_transparency, 0.8 % h_add
原子間距離を測定する
% distance 60/ca, 90/ca //60番目のCαと90番目のCαとの距離

5. アミノ酸側鎖への変異導入
(Menu) Wizard → Mutagenesis
共有結合
Menu → Mouse → Selection Mode → Atoms → 原子の選択: 各原子名を調べる
% bond 原子名, 原子名 //共有結合を導入する
% unbond 原子名, 原子名 //共有結合を削除する
Bondの付加
% select pk1, 163/sg
% select pk2, 171/sg
(名前は、必ずpk1とpk2にする)
% bond (or Build → Create bond)
※ PDB fileのend前に、CONECT [原子番号] [原子番号]を挿入する方が手っ取り早い

6. 構造をきれいにする 背景を白にする
% ray 1000 or % ray 1000, 1000 % bg_color white
% ray 1500 or % ray 1500, 1500 or % set bg_rgb=[1, 1, 1]
背景を透明にする 影を消す
% set ray_opaque_background, off % set ray_shadows, 0
% ray
マンガ絵のような表示設定
% set ray_trace_mode, 0~3 // Rayの設定
（0: Normal、1: Color + Black line、2: Black line、3: High quality）
% ray
イラスト風の表示設定 All Stateの表示
% set ray_trace_mode,2 % set all_states, 1 // On
% set antialias,2 % set all_states, 0 // Off
% ray

7. 動画の作成 (回転図)
% mset 1 x160 // 160フレーム分作成する。
% movie.roll(1,80,1) // 1 ~ 80フレームでY軸方向に回転させる。
% movie.roll(81,160,1,"x") // 81 ~ 160フレームでX軸方向に回転させる。
% mstop // 動画を止める。
% mplay // 動画を再生する。
動画の作成 (振動図)
% mset 1 x30 // 30フレーム分作成する。
% set movie_fps, 30 // スピードの設定
% util.mrock(1,30,10,1,1) // 10 degreesで振る
% mstop // 動画を止める。
% mpng sample // 動画を保存する。
画像の結合
iMovieを立ち上げる
画像をクリック&ドラッグ
切り取り、KenBurns、および回転の設定 → 全体表示

8. KUME method
% hide all
% show cartoon
% cartoon oval
% set cartoon_oval_length, 0.6
% color gray90
% color tv_red, ss h
% color skyblue, ss s
% bg_color white
% ray
ラベルの表示
L → residue
% set label_size, 16
% set label_color, red
% set label_outline_color, black
% set label_font_id, 13 (7 or 10)
※ Command途中にTagを押すと、候補命令文が表示される。
MacPyMOLでPlug-inを可能にする
MacPyMOL.appの名前をPyMOLX11HYBRIDに変更する。

9. APBS Plug-in on MacPyMOL
APBS Pluginの設定
1. MacPyMOL.appのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID
2. Plugins → Manage Plugins → Install → APBS file内のbin
→ ApbsClient. py or ApbsClient.pycを読み込む。
3. MacPyMOLのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID
※ Pluginsに表示されない場合、アプリケーションファイルをつくり直
す（MacPyMOLをCopy&PasteしてFile Nameを変更する）。

10. PQR Fileの作製（Web Serverを使う方が楽！）
1. PDB2PQR Serverにアクセスする。
(http://kryptonite.nbcr.net/pdb2pqr/)
2. Please enter either → a PDB ID or upload a PDB file
3. Pick a forcefield to use → PARSE (default)
4. Pick an output naming scheme to use → Internal naming scheme (default)
5. Available options (default) → Submit
6. PQR Fileをダウンロードする

11. APBS Toolsの使用方法
1. File → Open → PDB Fileの選択
2. PyMOLX11HYBRID → Plugin → APBS Tools...
3. Main → Use another PQR
→ PQR Fileの選択

12. 4. Configuration → default
5. APBS Location
→ APBS binary location
→ apbsの選択
6. APBS Location
→ APBS psize.py
location
→ .pyの選択
7. Set grid
8. Run APBS
→ 20 ~ 30 sかかる

13. 9. Visualization → Update
10. Molecular Visualization
→ Low: 10 & High: 10 → Show
→右下図が出力される
11. Command line → Ray
12. Command line → Ray
13. File → Save Image As → PNG保存