Neptune powstał jako wewnętrzne narzędzie dla zespołu Machine Learning w deepsense.io. Bezpośrednią motywacją do prac nad nim były wyzwania, przed jakimi stawały nasze zespoły w konkursach Kaggle. Porównywanie modeli, wersjonowanie kodu oraz monitorowanie procesu trenowania modeli mocno spowalniały prace. Dodatkowo podczas rozmów z zespołami z innych firm okazało się, że im także brakuje narzędzia, które usprawniałoby ich codzienną pracę. Te zdarzenia zaowocowały napisaniem Neptune.