Калмикова А.В. - Карцинома з клітин МеркеляAlinaPokhilko
Навчальний курс: «Молекулярна онкологія, патологія та генетика»
Медична лабораторія CSD спільно з Center for research and education of translational biology and medicine (www.tbm.center ) пропонує безкоштовний курс навчальних лекцій для усіх бажаючих.
Калмикова А.В. - Карцинома з клітин МеркеляAlinaPokhilko
Навчальний курс: «Молекулярна онкологія, патологія та генетика»
Медична лабораторія CSD спільно з Center for research and education of translational biology and medicine (www.tbm.center ) пропонує безкоштовний курс навчальних лекцій для усіх бажаючих.
Words and sentences are the basic units of text. In this lecture we discuss basics of operations on words and sentences such as tokenization, text normalization, tf-idf, cosine similarity measures, vector space models and word representation
Discusses the concept of Language Models in Natural Language Processing. The n-gram models, markov chains are discussed. Smoothing techniques such as add-1 smoothing, interpolation and discounting methods are addressed.
Introduction to Natural Language ProcessingPranav Gupta
the presentation gives a gist about the major tasks and challenges involved in natural language processing. In the second part, it talks about one technique each for Part Of Speech Tagging and Automatic Text Summarization
http://bioinformaticsinstitute.ru/guests
В пятницу 10 октября в 19.00 Мария Шутова (ИоГЕН РАН) выступала в Институте биоинформатики с открытой лекцией, посвященной изучению рака.
Рак -- одна из наиболее распространенных причин смерти по всему миру. В лекции рассматривается, как знания об эволюции, работе генома, репрограммировании, а также использование биоинформатических методов помогли лучше понять, как развивается раковая опухоль и предложить новые методы лечения разнообразных типов рака. Рассмотрены мышиные модели развития рака и интересные результаты, которые были получены с их помощью.
Казачкова Н.И. - Основы метода Ngs на примере платформы illumina. применение ...AlinaPokhilko
Навчальний курс: «Молекулярна онкологія, патологія та генетика»
Медична лабораторія CSD спільно з Center for research and education of translational biology and medicine (www.tbm.center ) пропонує безкоштовний курс навчальних лекцій для усіх бажаючих.
Words and sentences are the basic units of text. In this lecture we discuss basics of operations on words and sentences such as tokenization, text normalization, tf-idf, cosine similarity measures, vector space models and word representation
Discusses the concept of Language Models in Natural Language Processing. The n-gram models, markov chains are discussed. Smoothing techniques such as add-1 smoothing, interpolation and discounting methods are addressed.
Introduction to Natural Language ProcessingPranav Gupta
the presentation gives a gist about the major tasks and challenges involved in natural language processing. In the second part, it talks about one technique each for Part Of Speech Tagging and Automatic Text Summarization
http://bioinformaticsinstitute.ru/guests
В пятницу 10 октября в 19.00 Мария Шутова (ИоГЕН РАН) выступала в Институте биоинформатики с открытой лекцией, посвященной изучению рака.
Рак -- одна из наиболее распространенных причин смерти по всему миру. В лекции рассматривается, как знания об эволюции, работе генома, репрограммировании, а также использование биоинформатических методов помогли лучше понять, как развивается раковая опухоль и предложить новые методы лечения разнообразных типов рака. Рассмотрены мышиные модели развития рака и интересные результаты, которые были получены с их помощью.
Казачкова Н.И. - Основы метода Ngs на примере платформы illumina. применение ...AlinaPokhilko
Навчальний курс: «Молекулярна онкологія, патологія та генетика»
Медична лабораторія CSD спільно з Center for research and education of translational biology and medicine (www.tbm.center ) пропонує безкоштовний курс навчальних лекцій для усіх бажаючих.
4. Задача
Определить близость
выбранных европейских
геномов к геномам древнего
человека
Критерии оценки
Оценка «отлично» ставится за
имплементирование программы по оценки
генетической близости и успешное
использование её для генома неандертальца и
денисовца
9. Задача
Разбить раковые линии на кластеры и
сравнить с биологическим разбиением
Критерии оценки
Оценка «отлично» ставится за
имплементирование программы по разбиению
раковых линий на приближенные к
биологическим кластеры
11. Секвенирование – процесс чтения генома
из биологического материала (слюна,
кровь, ткань). На выходе много коротких
(30-1000) последовательностей (ридов)
взятых из случайных мест генома
Выравнивание – определение
того, где эти риды
встречаются в эталонном
геноме
Чтение генома
12. Измерение качества
~10 различных секвенаторов
~100 различных алгоритмов
выравнивания
Нужен инструмент сравнения и
измерения качества
13. Научиться генерировать риды из заранее
известных мест, вносить в них ошибки,
подобные тем, что получаются в ходе работы
секвенатора
Сравнить на полученных данных различные
алгоритмы выравнивания
Задача
Критерии оценки
Оценка “отлично” ставится за построение
правдоподобного генератора и успешно
проведенное сравнение нескольких алгоритом
выравнивания
18. Задачи
● Front-end:
* Сайт
* Очередь задач
* Почтовые уведомления
● Back-end:
* Чтение входных файлов (*.pdb, *.ct)
* Создание крупно-зернистой модели
* Подготовка входных файлов для GROMACS
* Чтение *.pdb и восстановление полноатомной модели
(немного линейной алгебры)