Sungai di Malaysia bermula dari kawasan tinggi dan mengalir ke kawasan rendah, dengan tiga peringkat aliran: hulu, tengah, dan hilir, yang membentuk pelbagai pandang darat fizikal. Sungai-sungai ini penting untuk pengangkutan, sumber air domestik, pengairan, penjanaan kuasa hidroelektrik, dan sumber protein bagi penduduk. Malaysia juga mempunyai banyak tasik semula jadi dan buatan yang menyediakan peluang rekreasi dan pelancongan.