Conoscere e usare la banca dati PubMed

7,980 views

Published on

Corso per l'educafè Politecnico di Milano, 18 aprile 2007 (poi annullato)
Si consiglia di scaricare in locale le slides perchè ricche di animazioni funzionali al discorso

Published in: Health & Medicine, Technology
  • Be the first to comment

Conoscere e usare la banca dati PubMed

  1. 1. Conoscere e usare la banca dati PubMed Educafè: 18 aprile 2007- Valeria Baudo, Dip. Bioingegneria
  2. 2. Agenda: <ul><li>Usare PubMed: le funzioni base </li></ul><ul><li>Salvare e gestire i risultati </li></ul><ul><li>Usare le funzioni avanzate </li></ul>
  3. 3. PubMed:il Google della medicina? <ul><li>1997: la rivoluzione PubMed </li></ul><ul><li>1999: Nasce Google </li></ul><ul><li>PUBMED : RICERCA MEDICA = GOOGLE : INTERNET </li></ul><ul><li>Ma PubMed non è Google (e neanche Google Scholar) </li></ul><ul><li>PubMed è una banca dati e non un motore di ricerca </li></ul><ul><li>PubMed è costruito sul lavoro umano di selezione delle fonti, Google si basa su spider </li></ul><ul><li>PubMed si basa su un theasurus , Google non permette neanche lo stemming (troncamenti * ?) </li></ul><ul><li>In PubMed controllo e dirigo la ricerca, in Google mi affido ciecamente al ranking </li></ul>
  4. 4. La usano in tanti
  5. 5. La banca dati http://www.pubmed.gov
  6. 6. PubMed: una banca dati <ul><li>PubMed è una banca dati bibliografica FREE! </li></ul><ul><li>Comprende circa 16 milioni di citazioni da quasi 5000 riviste dagli anni ’50 a oggi, in più di 30 lingue </li></ul><ul><li>Ogni giorno vengono aggiunti tra i 1500 e i 3500 record ( >700mila record/anno) </li></ul><ul><li>È stata sviluppata dalla National Library of Medicine (U.S.A.) </li></ul><ul><li>Fa parte del più ampio progetto Entrez </li></ul><ul><li>Discipline: biomediche </li></ul>
  7. 7. PubMed è: <ul><li>Una banca dati bibliografica (non comprende il full text a meno che non sia free o l’istituzione abbia un abbonamento specifico) </li></ul><ul><li>Chi inserisce i record? </li></ul><ul><li>Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher] </li></ul><ul><li>Inseriti, ma non indicizzati [PubMed - in process] </li></ul><ul><li>La citazione completata con i MeSH, le correzioni eventuali etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE] </li></ul><ul><li>Il plusvalore di PubMed (e delle banche dati in generale) è dato dal lavoro umano di indicizzazione e normalizzazione </li></ul>
  8. 8. Indicizzare vuol dire: <ul><li>Fare lo spoglio della rivista (cioè segnalare i contributi presenti) </li></ul><ul><li>Di ogni articolo estrarre i dati principali che riguardano </li></ul><ul><li>L’autore e la fonte: titolo della rivista (cartacea o elettronica) , volume, fascicolo, anno, data di pubblicazione, ISSN etc Sono dati che ci servono ad esempio per richiedere un articolo non disponibile presso il Politecnico (document delivery) </li></ul><ul><li>Il contenuto: keywords, abstract, MeSH. </li></ul><ul><li>È la parte più importante quando facciamo una ricerca per argomento, come quella per la tesi </li></ul><ul><li>È un processo umano, che richiede tempo e fatica, ma offre un grande valore aggiunto in termini di pertinenza della ricerca </li></ul>
  9. 9. Una ricerca alla Google (si può fare di meglio) <ul><li>IL VIAGRA FA MALE AL CUORE? </li></ul><ul><li>Search PubMed >for viagra heart </li></ul>
  10. 10. Raffinare i risultati della ricerca
  11. 11. Il thesaurus <ul><li>Le banche dati (quasi tutte) sono costruite sulla base di un dizionario controllato (termine generico= theasurus). </li></ul><ul><li>In PubMed si chiama MeSH (Medical Subject Headings) </li></ul><ul><li>Qual è il vantaggio di partire da un thesaurus? I termini vengono normalizzati (si usa sempre una sola parola) </li></ul><ul><li>I sinonimi </li></ul><ul><li>Gli acronimi (ex: PET use Positron-Emission Tomography) </li></ul><ul><li>Le varianti di lingua </li></ul><ul><li>Il nome commercial (ex: Viagra use sildenafil [Substance Name]) </li></ul><ul><li>Quando non posso usare i MeSH: </li></ul><ul><li>Argomento molto specifico o molto recente (ex: gait analysis) </li></ul><ul><li>Se il record è nello status [PubMed - as supplied by publisher] o [PubMed - in process] </li></ul>
  12. 12. I MeSH
  13. 13. Ho recuperato tutti i record presenti? <ul><li>Mancano i record: </li></ul><ul><li>[PubMed - as supplied by publisher] </li></ul><ul><li>[PubMed - in process] </li></ul><ul><li>Che fare? </li></ul><ul><li>Keywords, troncamenti, sinonimi e acronimi </li></ul>
  14. 14. Traducendo e semplificando: <ul><li>VIAGRA </li></ul><ul><li>Viagra </li></ul><ul><li>OR </li></ul><ul><li>sildenafil </li></ul><ul><li>HEART </li></ul><ul><li>Heart* </li></ul><ul><li>OR </li></ul><ul><li>Cardiac System* </li></ul><ul><li>OR </li></ul><ul><li>Cardiovascular system </li></ul>AND VIAGRA HEART
  15. 15. Entry terms e See also:
  16. 16. Un aiuto: gli entry terms <ul><li>HEART: </li></ul><ul><li>Entry Terms: </li></ul><ul><li>Hearts </li></ul><ul><li>See Also: </li></ul><ul><li>Angiocardiography </li></ul><ul><li>Anti - Arrhythmia Agents </li></ul><ul><li>Ballistocardiography </li></ul><ul><li>Cardiotonic Agents </li></ul><ul><li>Electrocardiography </li></ul><ul><li>Myocardium </li></ul><ul><li>Cardiovascular System </li></ul><ul><li>Entry Terms: </li></ul><ul><li>Cardiovascular Systems </li></ul><ul><li>System, Cardiovascular </li></ul><ul><li>Systems, Cardiovascular </li></ul><ul><li>See Also: </li></ul><ul><li>Blood Circulation </li></ul><ul><li>SILDENAFIL [SUBSTANCE NAME]: </li></ul><ul><li>Entry Terms: </li></ul><ul><li>acetildenafil </li></ul><ul><li>desmethyl sildenafil </li></ul><ul><li>desmethylsildenafil </li></ul><ul><li>homosildenafil </li></ul><ul><li>hydroxyhomosildenafil </li></ul><ul><li>Revatio </li></ul><ul><li>Pfizer brand 2 of sildenafil citrate </li></ul><ul><li>sildenafil citrate </li></ul><ul><li>1-((3-(6,7-dihydro-1-methyl-7-oxo-3-propyl-1H-pyrazolo(4,3-d)pyrimidin-5-yl)-4-ethoxyphenyl)sulfonyl)-4-methylpiperazine citrate </li></ul><ul><li>UK 92480-10 </li></ul><ul><li>UK-92,480-10 </li></ul><ul><li>Viagra </li></ul><ul><li>Abbott brand of sildenafil citrate </li></ul><ul><li>Pfizer brand 1 of sildenafil citrate </li></ul>
  17. 17. Costruire la strategia di ricerca: <ul><li>Before you can search for any information, you should first develop a search strategy. </li></ul><ul><li>What is a Search Strategy? </li></ul><ul><li>A search strategy is a plan that helps you look for the information you need. </li></ul><ul><li>Search Strategy Tips </li></ul><ul><li>* Identify the key concepts. </li></ul><ul><li>* Determine alternative terms for these concepts, if needed. </li></ul><ul><li>* Refine your search to dates, study groups, etc., as appropriate. </li></ul><ul><li>* Practice helps. Strategies and styles will differ according to personal choice and professional discipline. </li></ul><ul><li>Source: PubMed tutorial </li></ul><ul><li>http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m2016.html </li></ul>
  18. 18. I risultati della ricerca : la lettura
  19. 19. Il singolo risultato (Abstract Plus) <ul><li>Da sapere: </li></ul><ul><li>SFX in PubMed da pagina SBA </li></ul><ul><li>Epub significa in press </li></ul><ul><li>Forma contratta titolo rivista: Journaldatabase </li></ul><ul><li>Un titolo tra quadre indica un articolo in lingua non inglese </li></ul><ul><li>Ex: [Retroperitoneal Castleman's disease. A report of two cases and analysis of the literature] </li></ul>
  20. 20. SFX in PubMed
  21. 21. Cosa posso fare coi risultati: <ul><li>Salvare la strategia di ricerca </li></ul><ul><li>Richiede un account personale in MyNCBI (free!) </li></ul>
  22. 22. 2) Salvare i singoli record <ul><li>Posso creare un file di testo (txt) </li></ul><ul><li>Posso creare un file da salvare sul pc (txt) </li></ul><ul><li>Posso stampare </li></ul><ul><li>Inviare per mail </li></ul><ul><li>Aggiungerli a una clipboard temporanea </li></ul><ul><li>Order (document delivery commerciale) </li></ul>
  23. 23. Importarli in Refworks: <ul><li>Refworks è un gestore di bibliografie che permette la creazione della bibliografia in maniera automatica </li></ul><ul><li>Bisogna esportare i risultati che si vogliono inserire in bibliografia da PubMed a Refworks </li></ul><ul><li>Per fare questo bisogna codificare il testo di modo che i due sistemi riescano a scambiarsi le informazioni </li></ul><ul><li>Per fare questo bisogna scegliere il formato Display>MEDLINE </li></ul><ul><li>Send to >File </li></ul><ul><li>Salvare il file e importarlo in Refworks scegliendo: Import Filter/Data Source: NLM PubMed Database: PubMed Import Data from the following Text File: scegliere il file .txt precedentemente salvato </li></ul><ul><li>Sembra complesso ma è facile, bisogna solo prenderci la mano! </li></ul><ul><li>Se dimentichi qualche passaggio: </li></ul><ul><li>http://bioingegneria.wordpress.com/2006/07/18/guida-allesportazione-in-refworks-da-pubmed / </li></ul>
  24. 24. 1) Display>Medline
  25. 25. 2) Send to> File <ul><li>Salvare il file .txt sul disco </li></ul>
  26. 26. 3) Refworks > Import <ul><li>References > Import </li></ul><ul><li>Import Filter > NLM PubMed </li></ul><ul><li>Import data from the following text file > Sfoglia > nostrofile.txt </li></ul>
  27. 27. I Feed RSS <ul><li>RSS “Really Simple Syndication” o “Rich Site Summary” </li></ul><ul><li>Servono per l’alerting e manetenersi aggiornati su un argomento di ricerca (piuttosto generico) </li></ul><ul><li>Sono meno invasivi della mail (NO SPAM!) </li></ul><ul><li>Per usarli serve un lettore: feed reader il locale o aggregatore sul Web </li></ul><ul><li>Refworks integra la funzionalità di lettore di Feed RSS </li></ul><ul><li>Come si riconoscono: </li></ul>
  28. 28. I feed RSS in PubMed <ul><li>Search > Send to > RSS FEED </li></ul>
  29. 29. Create feed
  30. 30. Feed creato <ul><li>Tasto dx mouse > copia indirizzo </li></ul>
  31. 31. Leggere i Feed in Refworks
  32. 32. Altre funzionalità: il Journal Database <ul><li>Trasforma il titolo abbreviato della rivista in formato esteso </li></ul><ul><li>Utile per cercare nell’ OPAC (alternativa: stemming con ?) </li></ul>
  33. 33. Il Single Citation Matcher <ul><li>Localizza un articolo di cui ricordo solo alcuni dati (ex: Autore e anno) </li></ul>
  34. 34. Entrez comprende:
  35. 35. E anche:
  36. 36. Il portale della NLM: http://www.nlm.nih.gov/
  37. 37. Domande? Dubbi? [email_address] biblio . polimi . it http://bioingegneria.wordpress.com/

×