Gene bank data base & documentation. © FAO: http://www.fao.org

1. Data Base & Documentation
Dr: Mohamed Helmy El Shal
mhelmyngb@yahoo.com
National Gene Bank and Genetic Resources
Utilization of Molecular Markers for PGRFA
Characterization and Pre-Breeding for Climate Changes Aug. 31st- Sept. 4th, 2014

2. Introduction to
documentation system
Data and information
The use of information for genebank
management
The need for a documentation system
Stages in construction of a documentation
system
Desirable features & guidelines for development
a genebank documentation system

3. Data and information
Data:
Quantitative or qualitative values derived
from observations.
Information:
The meaning that emerges when data are
recorded, classified, organized, or interpreted.

4. The use of information for
genebank management
Much of the information acquired and
generated by a genebank is of interest and of
value to the scientific community.
Not all information produced in genebank
activities is of interest to other scientists but
it is of vital important in genebank
management for:
o Setting priorities
o Planning activities
o Managing resources

5. The need for
a documentation system
A genebank needs a constant supply of
accurate, reliable and up to date information
to function efficiently.
Where can it get this information?
In practice, the genebank will rely on a
documentation system as a source of
information to assist in the genebank
activities.

6. Stages in construction of
a documentation system
 Obtaining background information about the
genebank
 Define documentation objectives
 Analysis of genebank procedures
 Identify meaningful sets of descriptors
 Develop data formats and manual forms and/or
computer screen entry forms
 Develop documentation procedures and
implement the new system

7. Desirable features & guidelines for development
a genebank documentation system
1. Ease of data input (registration).
2. Data validation during input operation.
3. Flexible data storage.
4. Availability of data for multiple analysis and use.
5. Exchange of information with other genebanks.
6. Basing the system and its terminology on genetic
and biological principles.
7. Simple and user-friendly.
8. Economical and adoptable to the organisational
environment.
9. Fast information and procedures retrieval.

9. BASIC

10. Family.
 Genus.
 Species.
 Sub-species.
 Variety.
 Crop.

11. ‫أوال‬:
 Family
‫النباتية‬ ‫العائلة‬ ‫بيانات‬.

12. ‫ثانيا‬:
 Genus
‫النباتي‬ ‫الجنس‬ ‫بيانات‬.

13. ‫ثالثا‬:
 Species
‫النباتي‬ ‫النوع‬ ‫بيانات‬.

14. ‫رابعا‬:
 Sub Species
‫النباتي‬ ‫النوع‬ ‫تحت‬ ‫بيانات‬.

15. ‫خامسا‬:
 Varieties
‫النباتي‬ ‫الصنف‬ ‫بيانات‬.

16. ‫سادسا‬:
 Crop
‫الزراعي‬ ‫الصنف‬ ‫بيانات‬.
(، ‫المحصول‬Cultivar)

17. ‫بعد‬‫بيانات‬‫التصنيف‬‫النباتي‬
(Taxonomy)،
‫يتم‬‫إدخال‬‫بيانات‬‫الموقع‬‫الطبيعي‬‫للتربة‬
(Site Data)‫حيث‬‫يتم‬‫من‬‫خاللها‬
‫إدراج‬‫بيانات‬‫كال‬‫من‬:
 Soil Texture.
 Soil Fertility.
 Soil Drainage.
 Soil Topography.
 Soil Salinity.
 Soil pH.
 Water Source.
 Land Slope.

18. ‫أوال‬:
 Soil Texture
‫التربة‬ ‫طبيعة‬ ‫بيانات‬.

19. ‫ثانيا‬:
 Soil Fertility
‫التربة‬ ‫خصوبة‬ ‫بيانات‬.

20. ‫ثالثا‬:
 Soil Drainage
‫التربة‬ ‫صرف‬ ‫بيانات‬.

21. ‫رابعا‬:
 Soil Topography
‫التربة‬ ‫طبوغرافية‬ ‫بيانات‬.

22. ‫خامسا‬:
 Soil Salinity
‫التربة‬ ‫ملوحة‬ ‫بيانات‬.

23. ‫سادسا‬:
 Soil pH
‫التربة‬ ‫حموضة‬ ‫رقم‬ ‫بيانات‬.

24. ‫سابعا‬:
 Water Source
‫الري‬ ‫مياه‬ ‫مصدر‬.

25. ‫ثامنا‬:
 Land Slope
‫التربة‬ ‫انحدار‬.

26. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫بيانات‬‫الموقع‬‫الطبيعي‬
‫للتربة‬(Site Data)،
‫نبدأ‬‫بإدخال‬‫بيانات‬‫الموقع‬‫الجغرافي‬
(Location Data)‫حيث‬‫يتم‬‫من‬
‫خاللها‬‫إدراج‬‫بيانات‬‫كال‬‫من‬:
 Donors.
 Collection Countries.
 Governorate.
 District.
 Village.

27. ‫أوال‬:
 Donor
‫العينة‬ ‫جالب‬ ‫أو‬ ‫معطي‬ ‫بيانات‬.

28. ‫ثانيا‬:
 Collection Countries
‫العينات‬ ‫جمع‬ ‫دول‬ ‫بيانات‬.

29. ‫ثالثا‬:
 Governorate
‫الدولة‬ ‫محافظات‬ ‫بيانات‬.

30. ‫رابعا‬:
 District
‫بالمحافظة‬ ‫الخاصة‬ ‫المراكز‬ ‫بيانات‬.

31. ‫خامسا‬:
 Village
‫بالمركز‬ ‫الخاصة‬ ‫القرى‬ ‫بيانات‬.

32. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫بيانات‬‫الموقع‬‫الجغرافي‬
(Location Data)،‫يتم‬‫إدخال‬‫بيانات‬
‫العينة‬‫النباتية‬‫المجمعة‬(Sample
Information)‫حيث‬‫يتم‬‫من‬‫خاللها‬
‫إدراج‬‫بيانات‬‫كال‬‫من‬:
 Collecting Source Category.
 Sample Type.
 Types of Plant Parts.
 Restriction Type.
 Mating Type.
 Maturity.
 Use of Plant.
 Plant Life Cycle.
 Plant Population Density.

33. ‫أوال‬:
 Collecting Source Category
‫العينة‬ ‫تجميع‬ ‫مصدر‬ ‫بيانات‬.

34. ‫ثانيا‬:
 Sample Type
‫النباتية‬ ‫العينة‬ ‫طراز‬ ‫بيانات‬.
‫صنف‬ ،‫محلية‬ ‫ساللة‬ ،‫حشيشة‬ ،‫بري‬
، ‫مربي‬ ‫ساللة‬ ،‫منزرع‬......

35. ‫ثالثا‬:
 Types of Plant Part
‫بالعينة‬ ‫الخاص‬ ‫النباتي‬ ‫الجزء‬ ‫بيان‬.

36. ‫رابعا‬:
 Restriction Type
‫العينة‬ ‫على‬ ‫التحفظ‬ ‫مدى‬(‫ال‬ ‫أم‬ ‫متاح‬.)

37. ‫خامسا‬:
 Mating Type
‫بالعينة‬ ‫الخاص‬ ‫التلقيح‬ ‫نوع‬.

38. ‫سادسا‬:
 Maturity Degree (Period)
‫النباتية‬ ‫العينة‬ ‫نمو‬ ‫فترة‬.

39. ‫سابعا‬:
 Use of Plant
‫النبات‬ ‫استخدامات‬.

40. ‫ثامنا‬:
 Plant Life Cycle
‫النبات‬ ‫حياة‬ ‫دورة‬.

41. ‫تاسعا‬:
Plant Population Density
‫النباتية‬ ‫العينة‬ ‫وانتشار‬ ‫كثافة‬.

42. ‫ننتقل‬‫اآلن‬‫إلى‬‫قوائم‬‫توصيف‬‫النبات‬
(Plant Characterization).

43. ‫صفحة‬‫قوائم‬‫توصيف‬‫النبات‬(Plant Characterization)
‫والتي‬‫من‬‫خاللها‬‫يتم‬‫إدخال‬‫جميع‬‫صفات‬‫توصيف‬‫النبات‬‫المطلوبة‬
‫لكل‬‫جزء‬‫نباتي‬‫من‬‫أجزاء‬‫النبات‬،‫ووحدات‬‫قياسها‬.

44. ‫واآلن‬‫إلى‬‫قوائم‬‫التقييم‬‫الحقلي‬
(Field Evaluation).

45. ‫صفحة‬‫قوائم‬‫التقييم‬‫الحقلي‬(Field Evaluation).
‫والتي‬‫من‬‫خاللها‬‫يتم‬‫إدخال‬‫جميع‬‫صفات‬‫التقييم‬‫الحقلي‬‫المطلوبة‬
‫لكل‬‫جزء‬‫نباتي‬‫من‬‫أجزاء‬‫النبات‬،‫ووحدات‬‫قياسها‬.

46. ‫واآلن‬‫إلى‬‫قائمة‬‫التوصيف‬‫الكرومومسومي‬
(Chromosome Characters).

47. ‫صفحة‬‫قائمة‬‫التوصيف‬‫الكرومومسومي‬
(Chromosome Characters).

48. ‫واآلن‬‫إلى‬‫قائمة‬‫التحاليل‬‫الكيميائية‬
(Chemical Characters.)

49. ‫صفحة‬‫قائمة‬‫التحاليل‬‫الكيميائية‬
(Chemical Characters).

50. ‫واآلن‬‫إلى‬‫قائمة‬‫التوصيف‬‫الوراثي‬‫السيتولوجي‬
(Cytogenetics Characters.)

51. ‫صفحة‬‫قائمة‬‫التوصيف‬‫السيتولوجي‬
(Cytogenetics Characters).

52. ‫واآلن‬‫إلى‬‫آخر‬‫قائمة‬‫من‬‫قوائم‬(BASIC)
‫الكيميائية‬ ‫بالتحاليل‬ ‫الخاصة‬ ‫النباتية‬ ‫األجزاء‬ ‫وهي‬
(Chemical Parts.)

53. ‫صفحة‬‫األجزاء‬‫النباتية‬‫الخاصة‬‫بالتحاليل‬
‫الكيميائية‬(Chemical Parts).

54. ‫قائمة‬‫العمليات‬(OPERATION)‫هي‬‫القائمة‬
‫التي‬‫تضم‬‫العمليات‬‫المختلفة‬‫التي‬‫تتم‬‫ببنوك‬
‫الجينات‬‫على‬‫المصادر‬‫الوراثية‬‫النباتية‬.
OPERATION

55. ‫تبدأ‬‫قائمة‬‫العمليات‬‫بعملية‬‫تسجيل‬
(Registration)‫رقم‬‫وباركود‬‫مالزمان‬‫لذلك‬
‫المدخل‬‫الوراثي‬‫تمهيدا‬‫لتوثيق‬‫جميع‬‫بياناته‬
‫بقاعدة‬‫البيانات‬.
‫بالدخول‬‫لعملية‬‫التسجيل‬(Registration)
‫لرقم‬‫وباركود‬‫مالزمان‬‫للمدخل‬‫الوراثي‬
‫لك‬ ‫يتاح‬‫اختياران‬:

56. ‫االختيار‬‫األول‬:‫إعداد‬‫وإنتاج‬‫أرقام‬‫وباركود‬‫جديدة‬
(New Bar CodesGenerate)‫للمدخالت‬‫الوراثية‬.

57. ‫االختيار‬‫الثاني‬:‫استعراض‬‫أرقام‬‫وباركود‬‫موجود‬
‫بالفعل‬(Show already existing Bar Codes)
‫إلمكان‬‫طباعتها‬‫ثم‬‫لصقها‬‫على‬‫األكياس‬‫والبرطمانات‬
‫الخاصة‬‫بالمدخل‬‫الوراثي‬.

58. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫عملية‬‫التسجيل‬(Registration)،
‫نبدأ‬‫عملية‬‫تعريف‬‫المدخل‬‫الوراثي‬
(Accession Information)‫والتي‬
‫تتكون‬‫من‬‫أربعة‬‫تبويبات‬‫هي‬:
 Taxonomy
 Site
 Sample
 Traditional Knowledge

59. Taxonomy
‫التقسيم‬‫النباتي‬

60. Site
‫الجغرافي‬ ‫الموقع‬

61.  Sample
‫العينة‬

62.  Traditional Knowledge
‫التقليدية‬ ‫المعارف‬

63. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫عملية‬‫تعريف‬‫المدخل‬‫الوراثي‬
(accession information)‫بتبويباتها‬
‫األربعة‬،‫نبدأ‬‫توثيق‬‫عملية‬‫غربلة‬‫وتنظيف‬
‫البذور‬(Seed Cleaning).

64. ‫توثيق‬‫عملية‬‫غربلة‬‫وتنظيف‬‫البذور‬(Seed Cleaning).

65. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫عملية‬‫غربلة‬‫وتنظيف‬‫البذور‬
(Seed Cleaning)،‫نبدأ‬‫توثيق‬‫عملية‬
‫تجفيف‬‫البذور‬(Seed Drying).

66. ‫توثيق‬‫عملية‬‫تجفيف‬‫البذور‬(Seed Drying).

67. ‫البذور‬ ‫تجفيف‬ ‫عملية‬ ‫انتهاء‬ ‫بعد‬
(Seed Drying)،
‫البذور‬ ‫حيوية‬ ‫اختبارات‬ ‫توثيق‬ ‫نبدأ‬
(Seed Viability.)

68. ‫توثيق‬‫اختبارات‬‫حيوية‬‫البذور‬(Seed Viability).

69. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫عمليات‬‫تنظيف‬‫وتجفيف‬‫البذور‬‫واختبارات‬
‫حيويتها‬،‫تبدأ‬‫عملية‬‫تخزين‬‫البذور‬(Seed Storage)
،‫ويتم‬‫ذلك‬‫بأسلوبين‬‫للحفظ‬:
‫أوال‬:‫الحفظ‬‫النشط‬‫للبذور‬Active Seed Storage.
‫ويسمى‬‫الحفظ‬‫متوسط‬‫األمد‬(- 5).
‫ثانيا‬:‫الحفظ‬‫األساسي‬‫للبذور‬Base Seed Storage.
‫ويسمى‬‫الحفظ‬‫طويل‬‫األمد‬(- 20).
‫وذلك‬‫بجانب‬‫الحفظ‬‫قصير‬‫األمد‬(+ 5).

70. ‫أوال‬:‫الحفظ‬‫النشط‬‫للبذور‬Active Seed Storage.
‫أو‬‫الحفظ‬‫متوسط‬‫األمد‬(- 5).

71. ‫رسم‬‫كروكي‬‫لغرفة‬‫الحفظ‬‫متوسط‬‫األمد‬(- 5)‫ببرنامج‬‫قواعد‬
‫البيانات‬‫بالبنك‬‫يوضح‬‫موقع‬‫العينة‬‫بالركن‬(rack)‫رقم‬4
‫بموضع‬‫دوالب‬(position)‫رقم‬2‫بالرف‬(shelf)E
1
5
4
3
2

72. ‫ثانيا‬:‫الحفظ‬‫األساسي‬‫للبذور‬Base Seed Storage.
‫أو‬‫الحفظ‬‫طويل‬‫األمد‬(- 20).

73. ‫رسم‬‫كروكي‬‫لغرفة‬‫الحفظ‬‫طويل‬‫األمد‬(- 20)‫ببرنامج‬‫قواعد‬
‫البيانات‬‫بالبنك‬‫يوضح‬‫موقع‬‫العينة‬‫بالركن‬(rack)‫رقم‬3
‫بموضع‬‫دوالب‬(position)‫رقم‬5‫بالرف‬(shelf)C
1
5
4
3
2

74. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫توثيق‬‫عمليات‬‫تخزين‬‫البذور‬
(Seed Storage)،
‫التوصيف‬ ‫عمليات‬ ‫توثيق‬ ‫نبدأ‬
(Characterization)

75. Characterization
‫التوصيف‬

76. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫عمليات‬‫التوصيف‬(Characterization)،
‫ن‬‫بدأ‬‫توثيق‬‫عمليات‬‫التقييم‬‫ل‬‫لمدخالت‬‫الوراثية‬
(Evaluation)
‫والتي‬‫تنقسم‬‫إلى‬‫ثالثة‬‫أجزاء‬‫هي‬:
 Field Evaluation
 Chemical Evaluation
 Cytogenetics Evaluation

77.  Field Evaluation
‫الحقلي‬ ‫التقـيـيم‬

78.  Chemical Evaluation
‫الكيميائي‬ ‫التقـيـيم‬

79.  Cytogenetics Evaluation
‫التقـيـيم‬‫السيتولوجي‬

80. ‫عمليات‬‫تسجيل‬‫طلب‬(Request)‫الستالم‬
‫عينة‬‫من‬‫المدخالت‬‫الوراثية‬‫وتظهر‬‫في‬‫شاشتين‬
‫هما‬:
 Internal Request.
 External Request.

81. ‫أوال‬:
Internal Request.
‫تسجيل‬‫طلب‬‫داخلي‬‫الستالم‬‫عينة‬‫من‬‫المدخالت‬‫الوراثية‬.

82. ‫ثانيا‬:
External Request.
‫تسجيل‬‫طلب‬‫خارجي‬‫الستالم‬‫عينة‬‫من‬‫المدخالت‬‫الوراثية‬.

83. ‫بعد‬‫انتهاء‬‫توثيق‬‫عملية‬‫تسجيل‬‫طلب‬
(Request)‫الستالم‬‫عينة‬‫من‬‫المدخالت‬
‫الوراثية‬،
‫يتم‬‫توثيق‬‫عملية‬‫صرف‬‫لهذا‬‫الطلب‬‫من‬
‫خالل‬‫شاشة‬‫التوزيع‬(Distribution)
‫والتي‬‫بدورها‬‫تنقسم‬‫إلى‬‫شاشتين‬‫هما‬:
 Seed Distribution.
 Tissue Distribution.

84. ‫أوال‬:
 Seed Distribution.
‫توزيع‬‫بذور‬‫المدخالت‬‫الوراثية‬.

85. ‫ثانيا‬:
 Tissue Distribution.
‫توزيع‬‫أنسجة‬‫المدخالت‬‫الوراثية‬.

86. ‫بعد‬‫االنتهاء‬‫من‬‫توثيق‬‫شاشة‬‫التوزيع‬
(Distribution)،
‫ننتقل‬‫إلى‬‫شاشة‬‫حفظ‬‫زراعة‬‫األنسجة‬
(Tissue Culture Conservation)،
‫والتي‬‫تتكون‬‫من‬‫ثالثة‬‫تبويبات‬‫هي‬:
 Micro-propagation.
 In-vitro preservation.
 Cryo-preservation.

87. ‫األنسجة‬ ‫زراعة‬ ‫حفظ‬ ‫شاشة‬
(Tissue Culture Conservation)

88. ‫شاشة‬‫حفظ‬‫زراعة‬‫األنسجة‬(Tissue Culture Conservation)
‫ويظهر‬‫بعد‬‫عملية‬Micro-propagation‫خطوة‬‫تبين‬‫اإلجراء‬‫التالي‬
(Next Procedure)‫وهو‬‫إما‬:
 In-vitro preservation.
 Cryo-preservation.
 Green house

89. ‫ننتقل‬‫اآلن‬‫إلى‬‫توثيق‬‫آخر‬‫عملية‬‫في‬‫قائمة‬
‫العمليات‬(Operation)‫وهي‬:
‫الموقع‬ ‫فى‬ ‫الحفظ‬
(On-Farm Conservation)
‫والتي‬‫بدورها‬‫تنقسم‬‫إلى‬‫شاشتين‬‫هما‬:
 Farm Information.
 Plant Information.

90. ‫أوال‬:
 Farm Information
‫المزرعة‬ ‫بيانات‬.

91. ‫ثانيا‬:
 Plant Information
‫النباتات‬ ‫بيانات‬.