洪昆瑨
- 1. Generation Pre-stained Molecular Weight Marker
長榮大學生物科技系
實習單位:國立成功大學醫學院生物化學暨分子生物學研究所
指導老師:鄭宏祺 老師
實習學生:洪昆瑨
Abstract
思考是否有什麼方法 Lab 可以自己製造。經過文獻的搜尋之後我們找到了一篇就是製造pre-stained 的相關文獻,於是我們可以遵循相似步驟來試試看。在實際應用中
至少需要loading多少protein才可看得清楚,而將各個marker混在一起後在gel中是否很正常的分開。就是染劑的這些官能基會與蛋白質的氨基接合上,而在SDS-
PAGE產生出用肉眼可以看見的band。我們在『Generation of multicolored, pre-stained molecular weight markers for gel electrophoresis』這篇文獻中找到了一些方法,
我們將遵循這篇文獻的實驗方法去進行嘗試,但是會依據我們得到的結果去進行修改與嘗試。Paper裡面提到有對溫度、pH值、染劑含量、時間等因素進行實驗以及
討論,我們也將著手從這些因素中尋找適合我們Lab製造protein Marker的製造的最佳條件。因為普遍Marker的顏色是藍色,所以一開始我原本也是要挑選藍色的染
劑來進行測試,但是我看了paper之後發覺其實紅色也是非常明顯而且搶眼,似乎非常容易辨別,因此我挑選了紅色來進行測試,溫度部分參考了paper中的60℃還有
染劑部分則是與蛋白質呈現1:1的比例,至於pH值則從8.0~8.5開始著手,蛋白質則是選擇Lab裡存量比較多的BSA來進行測試。LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA
GRAN在與BSA進行反應的時候溫度約80℃會與60℃的Bane有所差別存在。進行pre-stained過後的protein在要進行loading之前最好不要再進行95℃的加熱,不然效果
會減弱許多。LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN相較於其他顏色還說比較穩定(例如:LEVAFIX BLUE CAGRAN、Levafix Navy CA Gran…)所以之後的
pre-stained將考慮用LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN來進行。
protocol Result
LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN染色測試:
藥品配置:
1. LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN配置:
藥品名稱 體積(mg/ml)
LEVAFIX BRILLIANT RED E- 6 mg
BA GRAN
10% SDS 50 ml Figure 2 SDS-PAGE A).99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的10%BSA。B).99 ml的1X+
2. 10%BSA稀釋配置: Sample Buffer + 1 ml的Marker BSA。C).99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的Marker BSA(不
進行95℃煮沸),X=沒東西
藥品名稱 體積(mg/ml)
10% BSA 5 mg
0.1M Na2Co3(pH:8.35) 250 ml
3. 將1、2的Solution加在一起,要Mix均勻,後面稱為Marker BSA。
4. 封一層PALAFILM,夾個防爆夾。60℃加熱大約30min – 1hr。
5. 拿起來,加入Ethanolamine(乙醇胺)1 ml再加熱10min,進行
blocking。
Figure 3 SDS-PAGE by Coomassie blue
Land 1). Solution A(99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的10%BSA) 2 mg
Land 2). Solution B(99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的Marker BSA) 2 mg
Figure 1 step1~step5的圖示表示
6. On ice,再將6X+ Sample Buffer稀釋成1X+ Sample Buffer。
7. 將要loading的Sample稀釋100X。
8. 分成3管1.5ml tube,各加入99 ml的1X+ Sample Buffer。
A. 99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的10%BSA
B. 99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的Marker BSA。
C. 99 ml的1X+ Sample Buffer + 1 ml的Marker BSA(不進
行95℃煮沸)
9. 將A、B拿去95℃加熱10min,之後開始load Sample。
Conclusion
下表格是SDS-PAGE示意圖,A、B、C為Step8中的溶液代號。
LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN在與BSA進行反應的時
候溫度約80℃會與60℃的Bane有所差別存在。
進行pre-stained過後的protein在要進行loading之前最好不要再進
行95℃的加熱,不然效果會減弱許多。
LEVAFIX BRILLIANT RED E-BA GRAN相較於其他顏色還說比
較穩定(例如:LEVAFIX BLUE CAGRAN、Levafix Navy CA
Gran…)所以之後的pre-stained將考慮用LEVAFIX BRILLIANT
RED E-BA GRAN來進行。
誌 謝
很謝謝這兩個月來鄭老師對我不厭其煩的敦敦教誨,謝謝這lab的所有學長姐很有耐心的教我們怎麼進行實驗、怎麼避免錯誤,其是宥全學長冒著我可能
把她Data弄錯的風險還讓我跟在他旁邊學習、幫忙,真的很謝謝這2個月來老師以及學長姐對我的照顧。讓我不僅僅學到科學真正的涵義,也讓我學習到怎麼
看待科學這塊領域。