L4 dna veranderen met revolutionaire precisie sylvia de paterTycho Malmberg
Crispr/Cas 9 is een revolutionaire nieuwe techniek om heel gericht mutaties aan te brengen in het dna. Bekijk de powerpoint van moleculair plantenbioloog Sylvia de Pater van de Universiteit Leiden.
L1 Darwin comes to town - Menno SchilthuizenTycho Malmberg
Presentatie (pdf) van de ochtendlezing over snelle evolutie in de stad door Menno Schilthuizen. Tijdens de NIBI-conferentie Evolutie in Actie - vrijdag 11 januari 2019
W10 De weg van sperma en eicel naspelen - Gerdien van der VeerTycho Malmberg
Documenten bij de workshop W10 waarin de weg van sperma en eicel wordt nagespeeld in het klaslokaal met hele grote afbeeldingen van de geslachtsorganen. Workshopgever Gerdien van der Veer.
L4 dna veranderen met revolutionaire precisie sylvia de paterTycho Malmberg
Crispr/Cas 9 is een revolutionaire nieuwe techniek om heel gericht mutaties aan te brengen in het dna. Bekijk de powerpoint van moleculair plantenbioloog Sylvia de Pater van de Universiteit Leiden.
L1 Darwin comes to town - Menno SchilthuizenTycho Malmberg
Presentatie (pdf) van de ochtendlezing over snelle evolutie in de stad door Menno Schilthuizen. Tijdens de NIBI-conferentie Evolutie in Actie - vrijdag 11 januari 2019
W10 De weg van sperma en eicel naspelen - Gerdien van der VeerTycho Malmberg
Documenten bij de workshop W10 waarin de weg van sperma en eicel wordt nagespeeld in het klaslokaal met hele grote afbeeldingen van de geslachtsorganen. Workshopgever Gerdien van der Veer.
Powerpoint bij de workshop Seks is Meer... Ganzebord door Firm LoS gegeven tijdens NIBI-conferentie voor vmbo en onderbouw havo en vwo vrijdag 1 juni 2018
In deze lessenserie over plantenteelt en -veredeling worden drie contexten behandeld. De eerste context gaat over de komkommerkwekerij en centraal staat de vraag welke biologie een komkommerteler gebruikt om zoveel mogelijk komkommers van goede kwaliteit van een komkommerplant te kunnen oogsten. In de tweede context draait het om de bescherming van de komkommerplant. Want zodra de kas bij mooi weer opengaat kunnen plaaginsecten zoals witte vlieg en trips naar binnenkomen. Biologische gewasbescherming met roofmijten om plaaginsecten te bestrijden, vormt de rode draad van dit hoofdstuk. In het derde hoofdstuk is de context groenteveredeling en stoeien leerlingen met de vraag wat er bij komt kijken om tomaten nieuwe eigenschappen mee te geven. Ze moeten op zoek naar een tomaat die niet teveel vocht verliest bij het doorsnijden maar toch smaakvol is. Een dergelijke tomaat zou heel geschikt zijn in kant-en-klaar maaltijden en maaltijdsalades. Belangrijke (deel)concepten die langskomen zijn: fenotype, genotype, prooi- predator, voedselweb, interactie met biotische en abiotische factoren. De module duurt 6-9 lesuren en is geschikt voor bovenbouw havo/vwo.
I l13 csi aan de kust de bruinvis zaak - l. i-jsseldijkTycho Malmberg
CSI aan de Kust - de bruinvis zaak. Aan de Noordzeekust en het wad spoelen steeds vaker verminkte dode bruinvissen aan. Wie of wat heeft dit op zijn geweten. Kruip in de huid van Lonneke IJsseldijk die zich heeft vastgebeten in deze zaak.
Powerpoint bij de workshop Seks is Meer... Ganzebord door Firm LoS gegeven tijdens NIBI-conferentie voor vmbo en onderbouw havo en vwo vrijdag 1 juni 2018
In deze lessenserie over plantenteelt en -veredeling worden drie contexten behandeld. De eerste context gaat over de komkommerkwekerij en centraal staat de vraag welke biologie een komkommerteler gebruikt om zoveel mogelijk komkommers van goede kwaliteit van een komkommerplant te kunnen oogsten. In de tweede context draait het om de bescherming van de komkommerplant. Want zodra de kas bij mooi weer opengaat kunnen plaaginsecten zoals witte vlieg en trips naar binnenkomen. Biologische gewasbescherming met roofmijten om plaaginsecten te bestrijden, vormt de rode draad van dit hoofdstuk. In het derde hoofdstuk is de context groenteveredeling en stoeien leerlingen met de vraag wat er bij komt kijken om tomaten nieuwe eigenschappen mee te geven. Ze moeten op zoek naar een tomaat die niet teveel vocht verliest bij het doorsnijden maar toch smaakvol is. Een dergelijke tomaat zou heel geschikt zijn in kant-en-klaar maaltijden en maaltijdsalades. Belangrijke (deel)concepten die langskomen zijn: fenotype, genotype, prooi- predator, voedselweb, interactie met biotische en abiotische factoren. De module duurt 6-9 lesuren en is geschikt voor bovenbouw havo/vwo.
I l13 csi aan de kust de bruinvis zaak - l. i-jsseldijkTycho Malmberg
CSI aan de Kust - de bruinvis zaak. Aan de Noordzeekust en het wad spoelen steeds vaker verminkte dode bruinvissen aan. Wie of wat heeft dit op zijn geweten. Kruip in de huid van Lonneke IJsseldijk die zich heeft vastgebeten in deze zaak.
3. Wat gaan we doen?
1. Achtergrondinformatie bij de lessenserie
2. Antibiotica gezocht in het onderwijs
3. Overzicht lessenserie
4. Workshop
5. Evaluatie
4.
5. Academische Jaarprijs
• Universiteit Leiden won in 2011
• Laten zien wat wetenschap is
• Zoektocht naar nieuwe antibiotica
• Leerlingen uit
voortgezet onderwijs
helpen onderzoekers
6. Alexander Fleming ontdekt penicilline
• Bacterieplaat met
een schimmelinfectie
• Bacteriën gingen dood
rondom schimmelkolonie
8. Onvoorzichtig gebruik
• Overmatig gebruik
bij o.a. vee
• Niet netjes afmaken
van kuur
• Inname als het
eigenlijk overbodig is
foto: e-MagineArt
9.
10. Aansluiting bij het onderwijs
• Doelgroep: bovenbouw havo en vwo
• Leerdoelen:
1. Lln vergroten hun kennis over het probleem van
antibioticaresistentie;
2. Lln maken kennis met het uitvoeren van
wetenschappelijk onderzoek;
3. Lln leren de noodzaak van steriel en nauwkeurig
werken in een microbiologisch practicum.
• Voorkennis: uitvoeren biologisch practicum.
11. Curriculum en eindtermen
Aansluiting bij thema Ordening (bacteriën) en
Bescherming (antibiotica).
Aansluiting bij het examenprogramma:
• Domein B1: Biologische eenheid
– B1.4 De kandidaat kan het systeemconcept biologische eenheid gebruiken
op organisme niveau me behulp van de concepten prokaryoot, eukaryoot
en virus.
• Domein B2: Zelfregulatie en zelforganisatie
– B2.3 De kandidaat kan het systeemconcept zelfregulatie en zelforganisatie
gebruiken op organisme niveau met behulp van de concepten voeding,
levenscyclus en gezondheid.
17. Doe het zelf en help mee
• Jullie zijn de wetenschappers van de toekomst!
18.
19. De opdracht
• Boeren bewust maken van het effect dat het
gebruik van antibiotica in hun bedrijf heeft op de
antibioticaresistentie die bij mensen optreedt.
• Het maken van een folder waarin wordt
aangegeven wat het belang is van vermindering
van antibioticagebruik in de veehouderij.
20.
21. Stap 1: extractie uit grond en
verdunningsreeks
• 100µl pipetteren (= 4 druppels)
• Aanvullen tot 1ml met kraanwater
• Herhaal 2x
1ml
10ml
1ml
• ~1ml grond in buis
• Aanvullen tot 10ml met kraanwater
• Schudden
10x verdund 100x verdund 1000x verdund
22. Stap 2: uitplaten van verdunningen
4 druppels4 druppels
1000x verdund 100x verdund
Werk steriel:
• Til deksel zo kort
mogelijk op
• Raak korte deel
van de spatel
niet met handen
aan
23.
24. Week 2
• Herken de actinomyceten (filamenteuze
bacteriën) op je platen van vorige week
• Prik met een tandenstoker de kolonie aan zonder
een andere aan te raken
• Breng de bacterie op twee platen door 1x te
prikken en 1x uit te strijken (‘doorenten’)
25. Herken de actinomyceet
• Let op een filamenteus karakter: “pluizig”
• Veel kolonies vormen ook luchthyfen die er wit
en draderig uitzien
• Het pluis is niet goed met het blote oog te zien
26. Herken de actinomyceet
• Actinomyceten zijn niet slijmerig en groeien vaak in de
agar
– Een actinomyceet blijft grotendeels zitten als je voorzichtig
met een tandenstoker door de kolonie gaat
– Rechts zie je een voorbeeld van een niet-actinomyceet
27. Herken de actinomyceet
• Schimmels zijn een stuk groter dan actinomyceten
Schimmeldraden
Actinomyceet
29. Hoe te werk gaan
• Teken op de plaat vier kwadranten en nummer deze
• Zet per groepje vier kolonies door
• Strijk een kolonie eerst op de ene plaat en prik op de
tweede plaat, bij hetzelfde nummer
• Gebruik bij elke kolonie een nieuwe tandenstoker
• De plaat met prikjes wordt gebruikt om
antibioticaproductie te testen
• De plaat met strijkjes wordt bewaard, om interessante
isolaten eventueel nog verder te testen
30. Prik de kolonie
• Prik met een tandenstoker in een actinomyceet
kolonie zonder iets anders aan te raken
31. Doorenten
• Prik in de agar met de
punt waar je de
actinomyceet mee hebt
geselecteerd
• Strijk daarna met
dezelfde tandenstoker
ook nog een zigzag op de
tweede plaat
• Hou ruimte over zodat er
vier strijkjes op de plaat
passen
32.
33. • Lees de handleiding en bekijk het filmpje met de
uitleg.
• Per viertal worden de actinomyceten
gedetermineerd.
– 2 samples, 3 sets
• Per tweetal worden de actinomyceten
doorgezet.
34. • Teken op de plaat vier kwadranten en nummer deze
• Zet per groepje vier kolonies door
• Strijk een kolonie eerst op de ene plaat en prik op de
tweede plaat, bij hetzelfde nummer
• Gebruik bij elke kolonie een nieuwe tandenstoker
• De plaat met prikjes wordt gebruikt om
antibioticaproductie te testen
• De plaat met strijkjes wordt bewaard, om interessante
isolaten eventueel nog verder te testen
37. Overlay: Laagje agar met bacteriën
• Op de plaat met de ‘prikjes’ actinomyceten kolonies
gieten we een dun laagje agar met een klein beetje
bacteriën erin
• Giet het mengsel en verdeel het
door de plaat heen en weer te
bewegen terwijl de plaat op de tafel
blijft staan
• Doe het vlot, want de agar stolt
38. Resultaten
• Bacteriën gaan groeien, tenzij er antibiotica zijn
• Hoe sterker de antibiotica of hoe meer er is
geproduceerd, hoe groter de cirkel
• Stuur de beste kolonies
naar ons op!
39.
40. • Bacteriën hebben de agar troebel gemaakt
• Als er antibiotica aanwezig waren, dan is daar de
agar nog helder
• Antibiotica worden zichtbaar
als een halo
• Hoe sterker de antibiotica
of hoe meer er is
geproduceerd, hoe groter
de cirkel
Resultaten analyseren
41. Resultaten analyseren
• Bekijk de plaat met actinomyceten en M. luteus.
• Antibiotica? Meet dan de straal van de halo’s.
• Straal = van het midden van de kolonie tot de
buitenkant van de halo.
• Halo’s helder of verminderde groei?
• Kijk ook bij je andere klasgenoten naar hun
resultaten.
r
r
42.
43.
44.
45. Wat vinden de lln?
Geen actinomyceten
gevonden
Afwisseling
Origineel
Meer theorie
Hoe echt onderzoek
gaat = leuk
Pluizig?
Wat je later met bio kan
Stinkt
Wat gebeurt er
hierna?
Meer weken, 1 doel
Groot experiment
Handige filmpjes
Alles met kleur
actinomyceet?
Leuke manier van leren
Vanaf het begin
alles zelf doen
Labwerk leuk
Uitgebreider en
ingewikkelder
Leuk om resultaten
te bekijken
Goed in elkaar gezet
46. Volg Antibiotica Gezocht!
• ‘Like’ ons op Facebook
– www.facebook.com/antibioticagezocht
• Volg ons op Twitter
– www.twitter.com/TeamLeiden (@TeamLeiden)
• www.antibioticagezocht.nl
• s.deurloo@rijnlandslyceum-rls.nl
47.
48.
49. Stap 1: extractie uit grond en
verdunningsreeks
• 100µl pipetteren (= 4 druppels)
• Aanvullen tot 1ml met kraanwater
• Herhaal 2x
1ml
10ml
1ml
• ~1ml grond in buis
• Aanvullen tot 10ml met kraanwater
• Schudden
10x verdund 100x verdund 1000x verdund
50. Stap 2: uitplaten van verdunningen
4 druppels4 druppels
1000x verdund 100x verdund
Werk steriel:
• Til deksel zo kort
mogelijk op
• Raak korte deel
van de spatel
niet met handen
aan
51.
52. • Lees de handleiding en bekijk het filmpje met de
uitleg.
• Per tweetal worden de grondmonsters
uitgeplaat.
– 3 samples: 7-tallen per grondmonsters
53. Wat zijn antibiotica?
• Remt bepaalde
bacteriële processen
• Stopt de groei of
doodt bacteriën
• Geen invloed op
zoogdieren
54. Bacteriën worden resistent
• Antibioticum is niet meer
schadelijk voor bacterie
• Evolutie van mechanismes
tegen antibiotica
• Overdracht van
genetisch materiaal
tussen soorten
Editor's Notes
Universiteit Leiden won in 2011 de Academische Jaarprijs. De Academische Jaarprijs is bestemd voor de beste vertaling van wetenschappelijk onderzoek naar een breed publiek. De 100.000 euro van de Academische Jaarprijs gebruikt team Van Wezel met hun project ‘Antibiotica Gezocht!’ voor de realisatie van een permanente opstelling in de microZoo van Artis, een expositie in museum Boerhaave en innovatief lesmateriaal voor bovenbouw havo/vwo. “Met deze prijs kunnen wij leerlingen interesseren voor wetenschappelijk onderzoek in het algemeen en voor microbiologie en antibiotica in het bijzonder.”
Uit Wikipedia:
Alexander Fleming was in 1929 bezig met een onderzoek naar stafylokokken (deze kunnen ontstekingen veroorzaken), toen hij op een van zijn voedingsbodems de schimmel Penicillium notatum aantrof en opmerkte dat rondom deze schimmel alle bacteriën verdwenen waren. Het bleek dat deze schimmel in staat was een bacteriedodende stof af te scheiden, die door Fleming 'penicilline' genoemd werd.
Pas na tien jaar (1938) werd er iets met de ontdekking van Fleming gedaan, toen een groep wetenschappers onder leiding van Howard Florey en Ernst Boris Chain begon met het isoleren van kleine hoeveelheden penicilline, het zuiveren ervan en het verkrijgen van grotere hoeveelheden. Ze testten het op dieren en uiteindelijk op mensen. Na de ontdekking van de penicilline volgden nog vele andere antibiotica.
De productie van penicilline nam pas echt toe toen de Verenigde Staten betrokken raakten bij de Tweede Wereldoorlog. De Amerikaanse regering stak heel veel geld in de zaak en op D-Day (1944) was er voor elke gewonde soldaat genoeg penicilline beschikbaar. In 1945 kregen Florey, Chain en Fleming de Nobelprijs voor de Fysiologie of Geneeskunde.
Resistentie kan ontstaan door onzorgvuldig gebruik, zoals het niet afmaken van een kuur (waardoor de bacterie niet helemaal verdwijnt), inname als het niet nodig is (waardoor bacterien door gewenning resistent kunnen worden) en ander overmatig gebruik (zoals bij vee).
Actinomyceten zijn bacteriën die overeenkomsten vertonen met antibioticavormende schimmels, en het onderwerp van onderzoek zijn in dit practicum.
Na de ontkieming van een spore van een actinomyceet ontstaat in de grond een dradennetwerk, het mycelium. Dit mycelium groeit door de afbraak van allerlei voedingsstoffen in de bodem. Zodra het voedsel in de bodem opraakt, wordt een zogenaamd luchtmycelium gevormd (zie afbeelding links), dat er wit en donzig uitziet.Het luchtmycelium vormt sporen die beter bestand zijn tegen de verslechterde omstandigheden en na verspreiding weer kunnen ontkiemen op plekken waar voldoende voedsel is. Tijdens de ontwikkeling eet de streptomyceet, behorend tot de familie van actinomyceten, een deel van zijn eerder gevormde mycelium op om aan de nodige bouwstoffen te komen. Omdat bij deze kannibalistische actie voedingsstoffen vrijkomen die ook aantrekkelijk zijn voor andere bacteriën, worden juist dan antibiotica geproduceerd om deze ongewenste gasten buiten de deur te houden (afbeelding rechts).
Middelbare scholieren zijn heel belangrijk, want zij zijn de wetenschappers van de toekomst!
https://www.youtube.com/watch?v=D_LU95fjktY
https://www.youtube.com/watch?v=P6UUptgakBA
Antibiotica zijn stoffen die door bacteriën of schimmels worden gemaakt om zichzelf te beschermen tegen andere bacteriën. Ze remmen bepaalde bacteriële processen, of doden bacteriën (zie afbeelding).
In de loop van de jaren werden sommige bacteriestammen ongevoelig voor antibiotica.