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1.
初心者セッション1 - Configuring R
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2.
自己紹介 TwitterID : @kotatyamtema 大学での専門:
行動生態学 立案 捕獲 実験 分析までワンオペ 今まで : 客先ぼっち分析屋→アパレル通販会社 現在 : 医療検査会社 R歴 : 10年過ぎたかも?永遠の初心者 近況 : 仕事のモチベーションが迷子中 求む:やる気スイッチ
3.
目的 Rを使うための環境設定が できるようにする Rを快適に使う設定が できるようにする
4.
1. プログラム言語 /
IDEとは 2. R / RStudio とは - インストール方法 3. Rの環境とデ ィレクトリの関係 4. 絶対パスと相対パス 5. project とは 6. データ/コードの管理とDirectoryの構成 7. Rの機能拡張 - packageのインストールと管理 8. パッケージにあるデータの呼び出し MENU
5.
プログラム言語 / IDEとは プログラム言語とは: コンピュータに任意の動作をさせる命令を書くための言語 Ex
: R, Python, Ruby etc IDE(統合開発環境)とは: プログラムを使って開発がしやすいように作られた環境 Ex : RStudio, Jupiter Notebook etc IDE(統合開発環境) プログラム言語
6.
R / RStudioとは Rとは: 統計学のために特化したプログラム →データ読み込み∼解析∼アプリ作成まで一通り簡単にできる RStudioとは: RStudio社が提供するRに特化したIDE(統合開発環境) RmarkdownやShiny、DWHとの連携がスムース コーデ ィング中のサジェストや補完機能が充実 RStudio R
7.
R / RStudio
とは R本体のインストール: CRAN(Comprehensive R Archive Network) ・CRANとは:公式の本体及びパッケージ配信用Webサイト https://cran.r-project.org/ ・Mac環境の場合はhomebrewでもインストール可 homebrewのHP(https://brew.sh/index_ja) RStudioのインストール: ・RStudioのHPからインストーラをダウンロード (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/) ・Mac環境の場合はhomebrew caskでもインストール可 注意点:R本体→RStudioの順にインストールすること
8.
R / RStudioとは スクリプトを書く 実施結果の出力 環境にあるデータなどを表示 →タブで表示を切り替え 作業フォルダにある ファイルを表示 →タブで表示を切り替え 今のproject名を表示 RStudioのイメージ
9.
Rの環境とディレクトリの関係 PCメモリの一部をtemporaryなメモリとして使用 →Rを終了すると消える →Rで実行した結果をR終了後も保管するにはrdsやcsvなどの PC上のオブジェクトとして保存しておくことが必要 オブジェクトの保存先に任意のディレクトリを 作業用デ ィレクトリ(Working Directory:WD)として紐付け →WDがスクリプトファイルの保存やデータの相対パスの起点 →現在のWDは getwd()
で確認
10.
R環境とWDの関係のイメージ Rの環境とディレクトリの関係 R環境 PC環境 スクリプトファイルや データなどのやり取り 任意のディレクトリ(WD)と 関連付け Working Directory:WD →相対パスの起点
11.
パスとは: 目的のフォルダ/ファイルの保存場所を示す住所のようなもの 絶対パスとは: ルートデ ィレクトリ(C:/やD:/)から記述したパス 相対パスとは: Working Directory(WD)を起点に記述したパス →WDより先のパスを書き、その前に ./
をつける 例:日本国 □□県 〇〇市 町 ・・・ 例:C:/*****/@@@@/‥‥.Rmd 例:〇〇市 町 ・・・ 例:./‥‥.Rmd 絶対パスと相対パス
12.
project とは Rのprojectとは: デ ィレクトリとの紐付け(WD)、R環境などをまとめる仕組み →projectを設定することで解析環境の切り替えが容易に →複数の解析を同時に実行していると非常に便利 R環境 PC環境 project1 project2
13.
projectの設定方法 新しいフォルダを作ってWDにする 今あるフォルダをWDにする 右上にあるProjectをクリック →New Projectを選択
14.
projectの設定方法 新しいフォルダを作ってWDにする 今あるフォルダをWDにする WDにするフォルダを選択 WDの名前(project名) WDを置くフォルダを選択 ✔ ✔ projectで指定したWDに [project名.Rproj]という ファイルができていれば 設定完了
15.
データ/コードの管理とDirectoryの構成 projectのデ ィレクトリの中をどう構築するか →データやコードの管理のしやすさと ディレクトリの構成はほぼイコール →プロジェクトの種類ごとに、決まった構成にする 1. 何がどこにあるのか他のメンバーや将来の自分に分かり やすくする 2. 決まった形を準備しておくと探したり悩むことが減る 参照: http://drivendata.github.io/cookiecutter-data-science/
16.
データ/コードの管理とDirectoryの構成 project rawdata.csv master.csv test.R test1.R 本番.R 本番1.R 本番2.R project input data master middle output function RF glm RF glm 見やすく分かりやすい構造と名前に
17.
directory/file管理の関数 関数名 動作 getwd() 現在のディレクトリのパスを取得 setwd(
path ) ディレクトリの移動 dir.create( path/name , recursive) ディレクトリの作成 list.files( path , recursive, full.name) ディレクトリ内のファイルパスの取得 file.remove( path/name ) ファイルの削除 file.rename(from, to) ファイル名の変更 recursive:TRUE/FALSE、階層構造を取得するかどうか full.name:TRUE/FALSE、絶対パスで取得するかどうか 参照: https://www.karada-good.net/analyticsr/r-632 https://qiita.com/okiyuki99/items/1eb6e6365e040bf84c49
18.
Rの機能拡張 Rの機能を拡張するためのプログラム:package package を追加することで簡単に機能拡張ができる - 世界中で開発されていて便利な手法がすぐ使える -
デモ実行のためのサンプルデータも使える R公式のpackage集 - CRAN - https://cran.ism.ac.jp/ githubに公開されている個人作成package - こちらは自己責任で
19.
packageの追加 packageの追加方法 1. RStudioのPackagesタブを使う - Repository(CRAN)にチェック -
インストールしたいpackage名を入力 - installを押す チェックを 外さないこと
20.
packageの追加 packageの追加方法 2. install.package関数を自分で書く - 複数インストールする時はc()で囲む -
依存packageのうちSuggestsまでインストールする時は dependencise = TRUE を追加 Example install.pakcages(c( readr , data.table ), dependencies = TRUE) 参照: https://stats.biopapyrus.jp/r/basic/package.html
21.
packageの呼び出し 使う時には library() or
require() で環境に呼び出す > library(dplyr) or require(dplyr) 何が違うか? - packageがインストールされていなかった場合の挙動 ・library():packgeないよとエラー出して終了 実はlibrary(., logical.return = TRUE)だと require()と同じ挙動 ・require():packageがあると TRUE 、ないと FALSE を返す 参照: https://stackoverflow.com/questions/5595512/what-is-the- difference-between-require-and-library
22.
palmerpenguinsパッケージから penguins データを呼び出す https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/ ##
packageのインストール install.packages(palmerpenguins, dependencies = TRUE)) ## packageの呼び出し library(palmerpenguins) パッケージにあるデータの呼び出し
23.
projectやpackageなど解析環境を快適にする方法が いろいろあります。 自分なりの運用方法と環境設定をうまく組み合わせ て快適なR生活を過ごしてください。 Rの使い方に困ったら… 1. help()を使う 2. CRANの公式pdfを読む 3.
r-wakalangに質問する 4. google先生のお世話になる 最後に
24.
ENJOY!
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