Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Tin sinh học là môn sinh học máy tính giúp nắm vững các kỹ năng về tìm kiếm trình tự gene, thiết kế mồi, so sánh độ tương đồng...Tài liệu này hoàn toàn miễn phí, mời các bạn ghé thăm!
Tách dòng gen là tập hợp các kỹ thuật nhằm đưa một gen, một đoạn DNA cần thiết (DNA ensert) vào tế bào chủ (host cell), tạo điều kiện tích hợp để các tế bào chủ phân chia, tạo nên vô số các tế bào cùng mang một đoạn DNA insert giống nhau, tạo nên một dòng tế bào tái tổ hợp mang gen cần tách dòng.
DNA tái tổ hợp được chế tác với mục đích là để thực hiện một quá trình gọi là sự tách dòng. Tách dòng là sự tách lập và thu nhận nhiều bản sao đồng nhất của một gen hay của một mảnh đoạn DNA. Tách dòng có thể được đi kèm hoặc không được đi kèm với sự biểu hiện protein. Những áp dụng này của DNA tái tổ hợp dùng để thiết lập các ngân hàng bộ gen, cDNA hoặc tổng hợp protein, enzyme, hormone, ...
B1: Các bước thực hiện chủ yếu: tách chiết DNA bộ gen, nhân gen bằng PCR, sửdụng enzym giới hạn cắt thành các đoạn DNA nhỏ, điện di trên gel agar (hoặc gel polyacrylamid) với thang DNA chuẩn. Từkết quả điện di, dựa vào kích thước của gen cần tách dòng để lựa chọn được
đoạn DNA chứa gen cần tách dòng. Chọn vector tách dòng dựa vào mục đích và kích thước gen tách dòng.
Tách dòng in silico hay tách dòng ảo (cloning in silico) là sự tổng hợp, phân tích các kết quả tách dòng gen in vitro, trên cơ sở thông tin từ các ngân hàng dữ liệu (STS, EST…) để lựa chọn một đoạn DNA hoặc một gen cần thiết nào đó.
Kết quả tách dòng in silico cho phép lựa chọn phương án thiết kế vectơ tái tổ hợp có hiệu quả, dự toán trước kết quả tách dòng và hiệu quả biểu hiện gen cũng như mức độ thành công của thực nghiệm
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Tải "Giáo trình sinh học phân tử" hoàn toàn miễn phí cung cấp các kiến thức: cấu trúc và chức năng của gen, cấu trúc genome, điều hòa biểu hiện gen, sửa chữa và bảo vệ gen...
Tách dòng gen là tập hợp các kỹ thuật nhằm đưa một gen, một đoạn DNA cần thiết (DNA ensert) vào tế bào chủ (host cell), tạo điều kiện tích hợp để các tế bào chủ phân chia, tạo nên vô số các tế bào cùng mang một đoạn DNA insert giống nhau, tạo nên một dòng tế bào tái tổ hợp mang gen cần tách dòng.
DNA tái tổ hợp được chế tác với mục đích là để thực hiện một quá trình gọi là sự tách dòng. Tách dòng là sự tách lập và thu nhận nhiều bản sao đồng nhất của một gen hay của một mảnh đoạn DNA. Tách dòng có thể được đi kèm hoặc không được đi kèm với sự biểu hiện protein. Những áp dụng này của DNA tái tổ hợp dùng để thiết lập các ngân hàng bộ gen, cDNA hoặc tổng hợp protein, enzyme, hormone, ...
B1: Các bước thực hiện chủ yếu: tách chiết DNA bộ gen, nhân gen bằng PCR, sửdụng enzym giới hạn cắt thành các đoạn DNA nhỏ, điện di trên gel agar (hoặc gel polyacrylamid) với thang DNA chuẩn. Từkết quả điện di, dựa vào kích thước của gen cần tách dòng để lựa chọn được
đoạn DNA chứa gen cần tách dòng. Chọn vector tách dòng dựa vào mục đích và kích thước gen tách dòng.
Tách dòng in silico hay tách dòng ảo (cloning in silico) là sự tổng hợp, phân tích các kết quả tách dòng gen in vitro, trên cơ sở thông tin từ các ngân hàng dữ liệu (STS, EST…) để lựa chọn một đoạn DNA hoặc một gen cần thiết nào đó.
Kết quả tách dòng in silico cho phép lựa chọn phương án thiết kế vectơ tái tổ hợp có hiệu quả, dự toán trước kết quả tách dòng và hiệu quả biểu hiện gen cũng như mức độ thành công của thực nghiệm
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Tải "Giáo trình sinh học phân tử" hoàn toàn miễn phí cung cấp các kiến thức: cấu trúc và chức năng của gen, cấu trúc genome, điều hòa biểu hiện gen, sửa chữa và bảo vệ gen...
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Bài giảng môn vi sinh thực phẩm được tải hoàn toàn miễn phí nhé, cung cấp kiến thức về hệ sinh vật trong thực phẩm, vi sinh vật gây bệnh và các phương pháp kiểm định thực phẩm.
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Bài giảng môn vi sinh thực phẩm được tải hoàn toàn miễn phí nhé, cung cấp kiến thức về hệ sinh vật trong thực phẩm, vi sinh vật gây bệnh và các phương pháp kiểm định thực phẩm.
Download luận án tiến sĩ ngành toán học với đề tài: Phương pháp đánh chỉ số cho tài liệu XML tin sinh học dựa trên r-tree, cho các bạn làm luận án tham khảo
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://baocaothuctap.net
Nhận viết luận văn đại học, thạc sĩ trọn gói, chất lượng, LH ZALO=>0909232620
Tham khảo dịch vụ, bảng giá tại: https://vietbaitotnghiep.com/dich-vu-viet-thue-luan-van
Download luận văn thạc sĩ ngành hệ thống thông tin với đề tài: Nghiên cứu phương pháp nén dữ liệu để tăng hiệu quả lưu trữ chuỗi DNA, cho các bạn làm luận văn tham khảo
Quản Lý Hoạt Động Dạy Học Các Môn Khoa Học Tự Nhiên Theo Chuẩn Kiến Thức Và Kỹ Năng Ở Các Trường Thcs Trên Địa Bàn Quận Liên Chiểu, Thành Phố Đà Nẵng, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Lý Thu Thuế Giá Trị Gia Tăng Đối Với Doanh Nghiệp Ngoài Quốc Doanh Trên Địa Bàn Thành Phố Quy Nhơn, Tỉnh Bình Định, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Thu Hút Nguồn Nhân Lực Trình Độ Cao Vào Các Cơ Quan Hành Chính Nhà Nước Tỉnh Quảng Bình, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Trị Rủi Ro Tín Dụng Trong Cho Vay Doanh Nghiệp Tại Ngân Hàng Thương Mại Cổ Phần Ngoại Thương Việt Nam, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Vaporisation Of Single And Binary Component Droplets In Heated Flowing Gas Stream And On Solid Sphere, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Lý Hoạt Động Dạy Học Các Trường Thpt Trên Địa Bàn Huyện Sơn Hà Tỉnh Quảng Ngãi Đáp Ứng Yêu Cầu Đổi Mới Giáo Dục Trong Giai Đoạn Hiện Nay, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Trị Rủi Ro Tín Dụng Trong Cho Vay Ngắn Hạn Tại Ngân Hàng Công Thƣơng Chi Nhánh Đắk Lắk, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Lý Hoạt Động Giáo Dục Ngoài Giờ Lên Lớp Ở Các Trường Thcs Huyện Chư Păh Tỉnh Gia Lai Theo Hướng Tổ Chức Hoạt Động Trải Nghiệm Sáng Tạo, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Lý Hoạt Động Dạy Học Ngoại Ngữ Tại Các Trung Tâm Ngoại Ngữ - Tin Học Trên Địa Bàn Thành Phố Pleiku Tỉnh Gia Lai, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Trị Rủi Ro Tín Dụng Trong Cho Vay Doanh Nghiệp Tại Ngân Hàng Thƣơng Mại Cổ Phần Bản Việt – Chi Nhánh Đà Nẵng, các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
Quản Trị Rủi Ro Tín Dụng Trong Cho Vay Trung Và Dài Hạn Tại Ngân Hàng Thương Mại Cổ Phần Bản Việt - Chi Nhánh Đăklăk., các bạn tham khảo thêm tại tài liệu, bài mẫu điểm cao tại luanvantot.com
More from Dịch Vụ Viết Bài Trọn Gói ZALO 0917193864 (20)
GIÁO TRÌNH 2-TÀI LIỆU SỬA CHỮA BOARD MONO TỦ LẠNH MÁY GIẶT ĐIỀU HÒA.pdf
https://dienlanhbachkhoa.net.vn
Hotline/Zalo: 0338580000
Địa chỉ: Số 108 Trần Phú, Hà Đông, Hà Nội
CÁC BIỆN PHÁP KỸ THUẬT AN TOÀN KHI XÃY RA HỎA HOẠN TRONG.pptxCNGTRC3
Cháy, nổ trong công nghiệp không chỉ gây ra thiệt hại về kinh tế, con người mà còn gây ra bất ổn, mất an ninh quốc gia và trật tự xã hội. Vì vậy phòng chông cháy nổ không chỉ là nhiệm vụ mà còn là trách nhiệm của cơ sở sản xuất, của mổi công dân và của toàn thể xã hội. Để hạn chế các vụ tai nạn do cháy, nổ xảy ra thì chúng ta cần phải đi tìm hiểu nguyên nhân gây ra các vụ cháy nố là như thế nào cũng như phải hiểu rõ các kiến thức cơ bản về nó từ đó chúng ta mới đi tìm ra được các biện pháp hữu hiệu nhất để phòng chống và sử lý sự cố cháy nổ.
Mục tiêu:
- Nêu rõ các nguy cơ xảy ra cháy, nổ trong công nghiệp và đời sống; nguyên nhân và các biện pháp đề phòng phòng;
- Sử dụng được vật liệu và phương tiện vào việc phòng cháy, chữa cháy;
- Thực hiện được việc cấp cứa khẩn cấp khi tai nạn xảy ra;
- Rèn luyện tính kỷ luật, kiên trì, cẩn thận, nghiêm túc, chủ động và tích cực sáng tạo trong học tập.
GIAO TRINH TRIET HOC MAC - LENIN (Quoc gia).pdfLngHu10
Chương 1
KHÁI LUẬN VỀ TRIẾT HỌC VÀ TRIẾT HỌC MÁC - LÊNIN
A. MỤC TIÊU
1. Về kiến thức: Trang bị cho sinh viên những tri thức cơ bản về triết học nói chung,
những điều kiện ra đời của triết học Mác - Lênin. Đồng thời, giúp sinh viên nhận thức được
thực chất cuộc cách mạng trong triết học do
C. Mác và Ph. Ăngghen thực hiện và các giai đoạn hình thành, phát triển triết học Mác - Lênin;
vai trò của triết học Mác - Lênin trong đời sống xã hội và trong thời đại ngày nay.
2. Về kỹ năng: Giúp sinh viên biết vận dụng tri thức đã học làm cơ sở cho việc nhận
thức những nguyên lý cơ bản của triết học Mác - Lênin; biết đấu tranh chống lại những luận
điểm sai trái phủ nhận sự hình thành, phát triển triết học Mác - Lênin.
3. Về tư tưởng: Giúp sinh viên củng cố niềm tin vào bản chất khoa học và cách mạng
của chủ nghĩa Mác - Lênin nói chung và triết học Mác - Lênin nói riêng.
B. NỘI DUNG
I- TRIẾT HỌC VÀ VẤN ĐỀ CƠ BẢN CỦA TRIẾT HỌC
1. Khái lược về triết học
a) Nguồn gốc của triết học
Là một loại hình nhận thức đặc thù của con người, triết học ra đời ở cả phương Đông và
phương Tây gần như cùng một thời gian (khoảng từ thế kỷ VIII đến thế kỷ VI trước Công
nguyên) tại các trung tâm văn minh lớn của nhân loại thời cổ đại. Ý thức triết học xuất hiện
không ngẫu nhiên, mà có nguồn gốc thực tế từ tồn tại xã hội với một trình độ nhất định của
sự phát triển văn minh, văn hóa và khoa học. Con người, với kỳ vọng được đáp ứng nhu
cầu về nhận thức và hoạt động thực tiễn của mình đã sáng tạo ra những luận thuyết chung
nhất, có tính hệ thống, phản ánh thế giới xung quanh và thế giới của chính con người. Triết
học là dạng tri thức lý luận xuất hiện sớm nhất trong lịch sử các loại hình lý luận của nhân
loại.
Với tư cách là một hình thái ý thức xã hội, triết học có nguồn gốc nhận thức và nguồn
gốc xã hội.
* Nguồn gốc nhận thức
Nhận thức thế giới là một nhu cầu tự nhiên, khách quan của con người. Về mặt lịch
sử, tư duy huyền thoại và tín ngưỡng nguyên thủy là loại hình triết lý đầu tiên mà con
người dùng để giải thích thế giới bí ẩn xung quanh. Người nguyên thủy kết nối những hiểu
biết rời rạc, mơ hồ, phi lôgích... của mình trong các quan niệm đầy xúc cảm và hoang
tưởng thành những huyền thoại để giải thích mọi hiện tượng. Đỉnh cao của tư duy huyền
thoại và tín ngưỡng nguyên thủy là kho tàng những câu chuyện thần thoại và những tôn
9
giáo sơ khai như Tô tem giáo, Bái vật giáo, Saman giáo. Thời kỳ triết học ra đời cũng là
thời kỳ suy giảm và thu hẹp phạm vi của các loại hình tư duy huyền thoại và tôn giáo
nguyên thủy. Triết học chính là hình thức tư duy lý luận đầu tiên trong lịch sử tư tưởng
nhân loại thay thế được cho tư duy huyền thoại và tôn giáo.
Trong quá trình sống và cải biến thế giới, từng bước con người có kinh nghiệm và có
tri thức về thế giới. Ban đầu là những tri thức cụ thể, riêng lẻ, cảm tính. Cùng với sự tiến
bộ của sản xuất và đời sống, nhận thức của con người dần dần đạt đến trình độ cao hơn
trong việc giải thích thế giới một cách hệ thống
Để xem full tài liệu Xin vui long liên hệ page để được hỗ trợ
:
https://www.facebook.com/garmentspace/
https://www.facebook.com/thuvienluanvan01
HOẶC
https://www.facebook.com/thuvienluanvan01
https://www.facebook.com/thuvienluanvan01
tai lieu tong hop, thu vien luan van, luan van tong hop, do an chuyen nganh
Khoá luận tốt nghiệp ngành Truyền thông đa phương tiện Xây dựng kế hoạch truy...
Giáo trình giảng dạy môn Tin sinh học
1. 13/03/2013
1
Cơ sở dữ liệu Tin sinh học
(Bioinformatic Databases)
HỆ ĐẠI HỌC
Chương II
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP THỰC PHẨM TPHCM
KHOA CNSH & KTMT
Sự thử thách của nguồn thông tin mở
GV: ThS. Nguyễn Thành Luân
luannt@cntp.edu.vn
Mục tiêu của bài học
Nắm được những nguyên tắc so sánh các
trình tự sinh học
Sử dụng chương trình BLAST giúp chúng ta
nhanh chóng tìm ra những trình tự sinh học
tương đồng (nếu có trong các CSDL lớn như
NCBI, EMBL, DDPJ…) với trình tự yêu cầu.
Cung cấp những số liệu về tỉ lệ tương đồng,
nguồn gốc các trình tự tương đồng, …
2. 13/03/2013
2
Nội dung bài học
• Khái niệm cơ sở dữ liệu (CSDL)
• Các công cụ về cơ sở dữ liệu:
– GenBank
– BankIt
– BLAST
• Các nguồn cơ sở dữ liệu sinh học cơ bản
• Các công cụ tìm kiếm dữ liệu
• Phân loại CSDL Tin sinh học
WHAT ARE DATABASES
Cơ sở dữ liệu là gì?
• Là tổ chức các chuỗi thông tin theo dạng tệp
• Thông tin có thể bỏ vào và lấy ra bất kz khi nào
(Ease of Access)
• Đơn giản hóa nguồn thông tin bằng các ký
hiệu đặc biệt (Số hóa – Digital databases)
• Lưu trữ mọi nguồn dữ liệu thông qua các ngân
hàng CSDL là các website
• Chứa đựng các khám phá mới trong nghiên cứu
khoa học
3. 13/03/2013
3
Chức năng & nhiệm vụ CSDL
• Định nghĩa và miêu tả
• Chìa khóa duy nhất về:
– Cập nhật các phiên bản phần mềm tin sinh học
– Liên kết tới những nguồn CSDL khác
– Lưu trữ tài liệu
• Ấn bản, cập nhật và chỉnh sửa tài liệu, trình tự dựa
trên nguồn của CSDL,…
Cơ sở dữ liệu sinh học
(Biological databases)
• Trình tự DNA, RNA và protein hoặc 1 gene
• Hầu hết các trường hợp, 1 trình tự protein được hiểu
là 1 trình tự trong sinh học
• Hiểu rõ các dạng khác nhau của trình tự là mấu chốt
cho bất cứ sự giải thích vấn đề nào.
• Phân tích các lỗi có thể xuất hiện trên trình tự nhằm so
sánh các sự khác biệt giữa các trình tự.
4. 13/03/2013
4
Nguồn: http://ncbi.nlm.nih.gov
BIOLOGICAL
PATHWAYS
HOW DID THEY DO
THAT?
GENBANK
KHÁI NIỆM GenBank?
Là nơi mà cơ sở dữ liệu được chứa đựng tất
cả thông tin về đoạn gen đã được mã hóa
(DNA, RNA) hoặc những trình tự protein gốc
với việc đính kèm và biểu hiện tất cả thông
tin sinh học chứa đựng về đoạn gen mã
hóa đó.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/Genb
ank overview.html
5. 13/03/2013
5
Cách khai thác & sử dụng Genbank
• Chú trọng vào xử lý nucleotide của gene - nơi chứa
nguồn thông tin trung tâm (Molecular Databases)
• Là chỗ chứa đựng tất cả các trình tự mã hóa phổ
biến theo dạng công cộng (public)
• Dữ liệu được nhóm lại với nhau theo các cơ sở
phân loại khác biệt
• Chỉ có thể sử dụng & quản lý thông qua Internet
• Nhanh, hiệu quả, cứ mỗi 2 tháng là có 1 ấn bản
hoàn chỉnh về 1 gen.
Cơ sở dữ liệu Genbank
Chứa nhiều đoạn gene đã được mã hóa và
công bố theo dạng gói (zip batch)
– Nhiều thông tin lệ thuộc nhau về
• Tác giả dữ liệu
• Loài/giống của gen
• Cách phân loại chính xác
– Chứa cả các đoạn gen mã hóa chưa được
công bố
– Mọi người đều có thể đưa trình tự vào (thông tin
mở và tính khoa học không cao).
Tuy nhiên, nó được chỉnh sửa liên tục để
ngày một hoàn thiện hơn
6. 13/03/2013
6
Cơ sở dữ liệu Genbank
• Dựa trên vào các trung tâm dữ liệu tin
sinh học có thể chấp thuận việc nhập dữ
liệu các gen mã hóa dưới dạng web cho
phép sự truy cập của người dùng theo 3
website cơ bản.
– GenBank (US)
– EMBL- EBI (Europe)
– DDBJ (Japan)
• Thông tin có thể được trao đổi giữa 3
trung tâm trên
Hệ thống phân loại loài trong GenBank
• PRI –Primate (ĐV có vú
bậc cao như người,
vượn)
• ROD -Rodent (Gặm
nhấm)
• MAM -Mammalian (ĐV
có vú)
• VRT -Vertebrate (ĐV có
xương sống)
• INV -Invertebrate (ĐV
không xương sống)
• PLN -Plant (Thực vật)
• RNA -Structural (RNA cấu
trúc)
• VRL-Viral (Virus)
• PHG-Phage (Các Phage
chuyển gen)
• SYN-Synthetic (Enzyme
tổng hợp)
• BCT –Bacterial (Vi khuẩn)
• UNA-Unannotated (Chưa
xác định)
7. 13/03/2013
7
Hệ thống phân loại chức năng trong GenBank
• PAT –Patent
• EST -Expressed
sequence tag
• STS -Sequence tagged
site
• GSS -Genome survey
sequence
• HTG-High throughput
genome
Tại sao phải cập nhật các gen mã
hóa trên Genbank?
• Tính chia sẻ trong nghiên cứu khoa học
• Không có nguồn gen mã hóa liên quan đến
bài báo đã ấn bản
• Các bài báo nghiên cứu khoa học trở nên lạc
hậu và không còn đúng với hiện thực
• Bản gen bằng điện tử hữu ích, hiệu quả
hơn và được chấp nhận về tính giá trị
• Cách tốt nhất trong việc trao đổi các thông
tin dữ liệu mới và cập nhật
9. 13/03/2013
9
Công cụ hỗ trợ việc ấn bản trình tự
• BankIt: Công cụ dựa trên nền tảng web:
– Nhanh & đơn giản, cần độ chính xác cao
– Dễ sử dụng cho việc cập nhật các trình tự
đơn giản
– Kết nối với Internet để ấn bản online
• Sequin: được download để sử dụng
– Khó sử dụng hơn, chỉnh sửa được nhiều lần
– Có các tư liệu hỗ trợ và lý tưởng cho các trình
tự phức tạp, lớn và đa dạng hơn.
– Làm việc không cần kết nối Internet (Offline)
Giao diện BankIt
10. 13/03/2013
10
BankIt
BLAST
BLAST = Basic Local Alignment Search Tool (Công cụ
tìm kiếm trình tự cơ bản)
BLAST là một giải thuật sử dụng để so sánh
các chuỗi trình tự sinh học, như các trình tự
của các protein hay của các DNA khác nhau.
– Chúng ta dùng BLAST khi câu hỏi đặt ra “liệu có trình
tự nào trong ngân hàng dữ liệu giống hoặc gần giống
với trình tự của bạn đang làm không? ”
12. 13/03/2013
12
Thuật toán BLAST
• Thuật toán của BLAST có 2 phần
– Chức năng tìm kiếm
– Đánh giá thống kê.
• Trong phần đánh giá thống kê, BLAST dựa
trên cơ sở đánh giá của một cặp trình tự để
tính ra một giá trị gọi là [Bit-score]. Giá trị
Score càng cao các trình tự bắt cặp càng cao.
• Ngoài ra BLAST tính toán một giá trị trông đợi
E-Value (Expected-Value) phụ thuộc vào Bit-
Score
THÔNG SỐ TÌM KIẾM BLAST
• Dựa vào các mối quan hệ về số liệu của trình tự
– Score (bits): đo lường ý nghĩa thống kê của việc
so sánh trình tự Scores < 50 = không ý nghĩa
– E-value: expectation value – (giá trị kỳ vọng) số
lần mà giá trị Score có thể được dự báo thay đổi
có thể xảy ra
• Giá trị E-value càng thấp, các so sánh về trình tự mã hóa
càng có ý nghĩa.
• Giá trị E-value >0.001 = không ý nghĩa
– L (locus information: điểm thông tin) –liên kết
tới vị trí chính xác của đoạn gen đó trong hệ gen.
13. 13/03/2013
13
Hiển thị cơ bản trong tìm kiếm BLAST
• Chế độ view bằng giao diện đồ họa
(Graphical View)
• Chế độ view BLAST theo các cấu trúc
khung đọc mở (Open Reading Frame -
ORF)
• Chế độ view theo Bảng chú thích
(Description View)
GRAPHICAL
VIEW
16. 13/03/2013
16
Mỗi Entry CSDL chứa
– Mã số nhận biết đặc hiệu (Accession
number)
– Tác giả (Author)
– Trình tự (Sequence)
– Tên gen (Gene name)
– Vị trí chính xác điểm khởi đầu và kết thúc
(Locus Information)
– Trình tự dịch mã sang amino acid
– Loài và phân loại (Organism and Classification)
– Chi tiết về việc công bố xuất bản (Publication)
BLAST
PHÂN LOẠI CƠ SỞ DỮ LIỆU
• CSDL Protein
• CSDL Nucleotide
• CSDL Genome
• CSDL Primers
17. 13/03/2013
17
CƠ SỞ DỮ LIỆU CẤU TRÚC
(Structural Database)
Nucleotide
DNA
NDB (Nucleic Acid Database)
Cấu trúc 3D của DNA
RNA
RDP (Ribosomal Database Project)
Cấu trúc 2D của gen rRNA, tRNA, mRNA
Protein
PDB (Protein Data Bank)
Cấu trúc 3D của protein
CSDL CẤU TRÚC PROTEIN
• Nghiên cứu với các
CSDL máy tính có các
ấn bản trình tự protein –
dựa trên các lập trình
web cho phép đặt câu
hỏi và thảo luận:
SwissProt
GenPept
TrEMBL
Brookh
18. 13/03/2013
18
CSDL cấu trúc protein
• Nhiệm vụ chính của
hầu hết là
– Tổ chức và xác định
các cấu trúc protein,
– Cung cấp cho cộng
đồng sinh học các
hữu ích nhất
Quản lý nguồn dữ
liệu nghiên cứu
PDB -Insulin hexamer
CSDL Protein
CSDL cấu trúc đại phân tử (Macromolecular
Structure Databases-EBI) -lựa chọn, quản lý và
xây dựng dữ liệu về các cấu trúc đại phân tử.
CSDL về phân loại trình tự cấu trúc (EBI) cấu
trúc bậc 2, tính đồng đẳng và các đoạn gấp
Cấu trúc 3D (EMBL) CSDL của tất cả các cấu
trúc protein và các trình tự liên quan.
PIR
SWISS-PROT
TrEMBL
19. 13/03/2013
19
PIR (Protein
Information
Resource) là 1 phân
nhánh của Tổ chức
Nghiên cứu Y sinh
Malaysia (The
National Biomedical
Research
Foundation -NBRF)
được liên kết với
Trung tâm Y học Đại
học Georgetown,
Penang, Malaysia
(GUMC)
CSDL Protein
SWISS-PROT-1 nguồn CSDL trình tự protein duy trì
sự hợp tác bởi Viện Tin sinh học Thụy Sĩ (the Swiss
Institute for Bioinformatics-SIB) và Viện Tin Sinh học
Châu Âu (EBI-European Bioinformatics Institute)
TrEMBL-là 1 phần phụ hỗ trợ xác định bằng
máy tính của SWISS-PROT, chứa tất cả các
dịch mã của các trình tự nucleotide chưa được
hợp nhất trong SWISS-PROT
Cả 2 CSDL trình tự trên đã được sát
nhập vào CSDL UniProt
20. 13/03/2013
20
Tiềm năng của CSDL Protein
• Tìm kiếm các protein đồng đẳng nhằm tìm
và nhận dạng các protein có cùng nguồn
gốc chung.
• So sánh các trình tự protein kết hợp tìm
kiếm các trình tự đồng đẳng (cùng chức
năng) từ các loài khác nhau tiến hóa
loài.
• Cấu trúc và chức năng protein từ đoạn
trình tự
• Hình thành nên ngành học mới là protein học
(proteomics)
21. 13/03/2013
21
Nghiên cứu các sự tiến hóa protein từ các
cấu trúc chức năng khác nhau (Proteomics)
CSDL cấu trúc nucleotide
• Chia làm 2 mảng nghiên cứu:
– Cấu trúc hệ gene (Genomics)
– Cấu trúc DNA & RNA
22. 13/03/2013
22
Cấu trúc DNA
Nghiên cứu các cấu
trúc DNA nhằm đánh
giá và phân tích các
bệnh di truyền, kỹ thuật
xác định vân tay trong
việc xác định tội phạm
và nghiên cứu di
truyền phả hệ
Thông tin về CSDL cấu
trúc DNA có thể được
ấn bản theo dạng công
cộng hoặc cá nhân
Cấu trúc RNA
Nghiên cứu nhiều lĩnh
vực liên quan đến
Cấu trúc phân tử
nhỏ
Các nucleic acid nhỏ
(DNA)
tRNA,mRNA và
rRNA (RNA)
Hiểu thêm chức năng
về sự phát triển của các
đoạn gen ở ribosome
Cấu trúc 50S-subunit của ribosome RNA
23. 13/03/2013
23
Các CSDL trình tự nucleotide khác
• EMBL Nucleotide Sequence Database (EBI)
• EMEST: giải mã trình tự EST thuộc EBI
• Các đột biến – So sánh trình tự khác biệt
(EBI)
• MitBase (Mitochondrial Base)- CSDL DNA ti
thể (EBI)
• CSDL về trình tự các bệnh cúm (Influenza)
(LANL)
CSDL trình tự Genome
• TIGR (www.tigr.org)
• The Whitehead (Giải mã trình tự của MIT)
(www.genome.wi.mit.edu)
• The Sanger Institute (www.sanger.ac.uk)
• Celera-PE Biosystems (www.celera.com)
• Ensembl (www.ensembl.org)
Phục vụ cho nhu cầu ngày càng cao về tìm
hiểu bộ gen của sinh vật (genomics)
24. 13/03/2013
24
TIGR (www.tigr.org)
- Bộ sưu tập của các cơ sở dữ
liệu về DNA và protein
- Các biểu hiện gen, vai trò tế
bào
- Tập hợp protein
- Các số liệu trong phân loại
loài ở vi khuẩn, thực vật và
người
- Là nơi chứa dữ liệu genome
VSV nhiều nhất và chi tiết nhất
Viện nghiên cứu The Whitehead-
Dự án giải mã trình tự của MIT &
Harvard
• Dự án lớn nhất về Genome
người ở Mỹ (US Human
Genome Project – HGP)
• Dự án bắt đầu năm 1990 kết
thúc năm 2003 (14/04/2003)
sớm hơn so với dự kiến 2 năm
25. 13/03/2013
25
Human Genome Project (HGP)
• Sau hơn 13 năm thực hiện đã đạt được 1 số
kết quả:
– Nhận biết được tổng cộng 20,000 – 25,000 bộ gen
– Xác định được chuỗi DNA người là 3,300,000,000
bp
– Lưu trữ thông tin trong các CSDL lớn
– Tiến hành cải tiến những công cụ phân tích dữ liệu
– Phát triển những quy định về đạo đức và pháp
luật từ dự án
The Sanger Institute
(www.sanger.ac.uk)
• Lấy theo tên nhà khoa học người Anh
Frederick Sanger (1918)
• Nobel sinh học về cấu trúc protein và nghiên
cứu về insulin (1958)
• So sánh và phân tích trình tự DNA ở cấp
độ lớn của hệ gen người và các loài khác
• Cung cấp nguồn CSDL mở cho tất cả mọi
người
26. 13/03/2013
26
Celera-PE Biosystems
(www.celera.com)
Khởi đầu nhắm vào giải mã
trình tự gen ở người.
Hiện tại, là nơi chứa CSDL
của trên 3 triệu các nucleotide
tiềm năng SNP (Single
Nucleotide Polymophism – các
nucleotide đa hình đơn)
Các halotype liên kết
Nơi sở hữu các CSDL về gen
cho người, chuột và ruồi
giấm
Ensembl (www.ensembl.org)
Dựa trên sự hợp tác của EBI &
Sanger Institute
Trung tâm CSDL: Cambridge
Nguồn CSDL có khả năng tự
động xác định hệ gen của các
loài Eukaryote
Đặc biệt nghiên cứu về
người và chuột
Nguồn CSDL gen của các loài
ký sinh trùng
Là nơi kết nối các CSDL khác
trên TG
27. 13/03/2013
27
Giao diện Ensembl
Các nguồn CSDL genome khác
• UCSC: chứa nhiều genome về người và các động vật khác
(http://genome.cse.ucsc/edu)
• CSDL genome cây lúa (IRRI) (http://www.irri.org)
• Dự án xây dựng bộ gen lúa OMAP
• CSDL GRAMENE (http://www.gramene.org): chứa các genome,
protein, bản đồ di truyền, marker của lúa và TV khác
• CSDL các hợp chất đại phân tử sinh học (Macromolecular
Structural Databases – MSD) là sản phẩm liên kết giữa 2 CSDL lớn là
EBI (European Bioinformatic Institute - Châu Âu) và PDB (Protein
Database Bank - Mỹ)
28. 13/03/2013
28
Các nguồn CSDL sinh học khác
Mạng lưới CSDL liên kết & tương tác hỗ
trợ về sinh học phân tử, hợp chất phân tử
và đường dẫn liên kết các báo cáo khoa học
– CSDL con đường trao đổi chất
(http://www.genome.jp/kegg/pathway.html)
– CSDL bản đồ trình tự protein
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy)
– CSDL các bài báo phân tích
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Pubmed)
Các kiến thức cần nhớ
• Cơ sở dữ liệu là gì? Đặc điểm CSDL sinh
học?
• Các nhóm CSDL sinh học cơ bản?
• Khái niệm BLAST, phân loại BLAST và các
chức năng của BLAST?
• Các nguồn CSDL nucleotide, protein,
genome
• Các nguồn CSDL sinh học khác