Αν και το λογισμικό Μ.Α.Θ.Η.Μ.Α. είναι ευκολόχρηστο, σε κάποια σημεία του παρουσιάζει δυσκολίες για τον πρωτόπειρο χρήστη- μαθητή. Στο παρόν αρχείο παρουσιάζονται ορισμένες επισημάνσεις ανά εικονικό εργαστήριο προς διευκόλυνση των χρηστών, στο πλαίσιο της επιμόρφωσης των εκπαιδευτικών στη χρήση και αξιοποίηση των ΤΠΕ στην τάξη (β΄ επίπεδο).