Подпрограмма «Москва – инновационная столица России» на 2012-2016 годы направлена на развитие инновационного сектора города с общим объемом финансирования 29,99 млрд рублей. Основные целевые индикаторы включают увеличение удельного веса организаций, осуществляющих технологические инновации до 29,2%, и рост числа поданных патентных заявок до 15 220 к 2016 году. Программа также включает финансовую поддержку для малых инновационных компаний и создание технопарков для стимулирования инновационного бизнеса.