Ang pamahalaang sultanato ay itinatag sa Sulu noong 1450 ni Sayyid Abu Bakr, nagsusulong ng mga kaugalian at batas ng Islam. Ang sistema ng pamahalaan na ito ay mas malawak kaysa barangay, na pinamumunuan ng sultan bilang pangunahing tagapagpaganap at may mga katulong tulad ng ruma bichara at qadi. Ang sultanato ay nagdulot ng mas matatag na estruktura at pakikipag-ugnayan sa ibang bansa, ginagawa itong mahirap sakupin ng mga Espanyol.