Orange Data Mining 軟體系統簡介及生醫應用支援
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Orange Data Mining 是一個支援圖形化介面的資料科學及機器學習開發環境, 本次演講包括四個部分: 1. 軟體系統簡介, 2. 兩個案例介紹: 糖尿病資料機器學習案例/肺炎X光圖像辨識深度學習案例, 3. 生醫信息及單一細胞擴展功能說明, 4. 參考資料.
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- 1. Orange Data Mining 軟體系統簡介及生醫應用支援 余方國 博士 05/31/2021
- 2. 2 演講大綱 Part 1: Orange Data Mining 軟體簡介 Part 2: 糖尿病機器學習檢測案例 / 肺炎 X 光深度學習圖像辨識 Part 3: Orange Data Mining Add-Ons: Bioinformatics and Single Cell Part 4: Orange Data Mining 參考資料
- 4. 4 Orange Data Mining ⸺ Widget / Workflow
- 5. 5 Orange Data Mining https://www.fri.uni-lj.si/en/laboratory/biolab University of Ljubljana, Slovenia Computer and Information Science Bioinformatics Laboratory
- 6. 6 Orange Data Mining Datasets ⸺
- 7. 7 Orange Data Mining ⸺ Add-Ons
- 8. 8 Orange Data Mining in Anaconda
- 10. 10 Multilayer Perceptron as a Widget https://medium.datadriveninvestor.com/different-approaches-to-support-deep-learning-in-a-visual-programming-environment-c5c487ba4c7b
- 11. 11 Image Embedding as a Widget https://medium.datadriveninvestor.com/different-approaches-to-support-deep-learning-in-a-visual-programming-environment-c5c487ba4c7b
- 13. 13 演講大綱 Part 1: Orange Data Mining 軟體簡介 Part 2: 糖尿病機器學習檢測案例 / 肺炎 X 光深度學習圖像辨識 Part 3: Orange Data Mining Add-Ons: Bioinformatics and Single Cell Part 4: Orange Data Mining 參考資料
- 15. 15 糖尿病資料集機器學習建模流程精簡版 1. 讀入糖尿病資料集 2. 顯示糖尿病資料集 3. 資料欄位特徵統計 4. 機器學習分類模型 5. 機器學習模型比較
- 16. 16 1. 讀入糖尿病資料集 768 筆資料 9 個欄位 1. 懷孕次數 2. 糖 ⾎ 3. 壓 ⾎ 4. 脂厚度 ⽪ 5. 胰島素 6. 體質指數 7. 糖尿病 統 ⾎ 8. 年齡 9. 糖尿病與否
- 17. 17 2. 顯示糖尿病資料集
- 18. 18 3. 資料欄位特徵統計
- 19. 19 4. 機器學習分類模型 1. kNN (k Nearest Neighbor) 2. Naive Bayes 3. SVM (Support Vector Machine) 4. Random Forest
- 20. 20 5. 機器學習模型比較 Random Forest Accuracy: 0.764 F1: 0.760 Precision: 0.759 Recall: 0.764 Test Time: 0.026
- 21. 21 模型的訓練 / 預測 / 解釋
- 22. 22 模型的訓練 / 預測 / 解釋 原始資料真實值及預測值 預測解釋 https://shap.readthedocs.io/en/latest/index.html
- 23. 23 改善正確率及類似指標的三個方向 1. 資料數量 / 資料質量 / 資料前處理 : - 資料數 , 特徵數 , 缺失值 / 異常值 / 重複資料 / 平衡資料 2. 模型及參數選擇 : 3. 深入機器學習深度學習的理論及軟體 : - 監督式學習 / 非監督式學習 / 半監督式學習 - Python 機器學習深度學習開發環境
- 25. 25 肺炎 X 光圖像分類資料集 正常 肺炎 總計 訓練 1341 3875 5216 驗證 8 8 16 測試 234 390 624 https://towardsdatascience.com/detecting-pneumonia-in-chest-x-ray-images-under-orange-machine-learning-deep-learning-platform-dd7b6ca6bd4c
- 26. 26 肺炎 X 光圖像分類 ⸺ Workflow https://towardsdatascience.com/detecting-pneumonia-in-chest-x-ray-images-under-orange-machine-learning-deep-learning-platform-dd7b6ca6bd4c
- 27. 27 肺炎 X 光圖像分類 ⸺ Image Viewer https://towardsdatascience.com/detecting-pneumonia-in-chest-x-ray-images-under-orange-machine-learning-deep-learning-platform-dd7b6ca6bd4c
- 28. 28 肺炎 X 光圖像分類 ⸺ Image Embedding https://towardsdatascience.com/detecting-pneumonia-in-chest-x-ray-images-under-orange-machine-learning-deep-learning-platform-dd7b6ca6bd4c
- 29. 29 肺炎 X 光圖像分類 ⸺ Test and Score https://towardsdatascience.com/detecting-pneumonia-in-chest-x-ray-images-under-orange-machine-learning-deep-learning-platform-dd7b6ca6bd4c
- 30. 30 演講大綱 Part 1: Orange Data Mining 軟體簡介 Part 2: 糖尿病機器學習檢測案例 / 肺炎 X 光深度學習圖像辨識 Part 3: Orange Data Mining Add-Ons: Bioinformatics and Single Cell Part 4: Orange Data Mining 參考資料
- 32. 32 GEO Data Sets & KEGG Pathways https://orangedatamining.com/widget-catalog/bioinformatics/kegg_pathways/
- 33. 33 Orange Single Cell Add-On https://orangedatamining.com/widget-catalog/
- 34. 34 Cell Clustering And Cluster Analysis https://singlecell.biolab.si/blog/cell-clustering/ Bone Marrow Mononuclear Cells with AML
- 35. 35 演講大綱 Part 1: Orange Data Mining 軟體簡介 Part 2: 糖尿病機器學習檢測案例 / 肺炎 X 光深度學習圖像辨識 Part 3: Orange Data Mining Add-Ons: Bioinformatics and Single Cell Part 4: Orange Data Mining 參考資料
- 37. 37 Orange and Single Cell Orange https://orangedatamining.com/ https://singlecell.biolab.si/
- 41. 41 演講回顧 Part 1: Orange Data Mining 軟體簡介 Part 2: 糖尿病機器學習檢測案例 / 肺炎 X 光深度學習圖像辨識 Part 3: Orange Data Mining Add-Ons: Bioinformatics and Single Cell Part 4: Orange Data Mining 參考資料