Metabolomic Data Analysis Workshop and Tutorials (2014)Dmitry Grapov
Get more information:
http://imdevsoftware.wordpress.com/2014/10/11/2014-metabolomic-data-analysis-and-visualization-workshop-and-tutorials/
Recently I had the pleasure of teaching statistical and multivariate data analysis and visualization at the annual Summer Sessions in Metabolomics 2014, organized by the NIH West Coast Metabolomics Center.
Similar to last year, I’ve posted all the content (lectures, labs and software) for any one to follow along with at their own pace. I also plan to release videos for all the lectures and labs.
Metabolomic Data Analysis Workshop and Tutorials (2014)Dmitry Grapov
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http://imdevsoftware.wordpress.com/2014/10/11/2014-metabolomic-data-analysis-and-visualization-workshop-and-tutorials/
Recently I had the pleasure of teaching statistical and multivariate data analysis and visualization at the annual Summer Sessions in Metabolomics 2014, organized by the NIH West Coast Metabolomics Center.
Similar to last year, I’ve posted all the content (lectures, labs and software) for any one to follow along with at their own pace. I also plan to release videos for all the lectures and labs.
211104 @ BioC Asia 2021 Workshop
Introduction to Bioimage Analysis in R
This workshop covers basic methods of the image processing and image analysis in R using the Bioconductor package “EBImage” and the Orchestra platform. In addition, the image dataset is obtained from ExperimentHub using the “BioImageDbs” package. Using this dataset, we perform a supervised image segmentation using the U-NET model, one of deep learning models, provided by the rMiW package.
このワークショップでは、BioconductorパッケージであるEBImageを使って、Rでの画像処理・画像解析の基本的な方法を扱う。次に、BioImageDbsパッケージを用いて、ExperimentHubからの画像データの取得を行う。さらに、rMiWパッケージが提供する、Deep learningモデルの1つであるU-NETモデルを用いて、教師有り画像セグメンテーション(領域分割)を学び。このワークショップは、Orchestra環境にて実施する。
リポカリン型プロスタグランジンD合成酵素の脂溶性低分子に対する系統的相互作用解析
Systematic Interaction Analysis of Human Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase with Small Lipophilic Ligands
211104 @ BioC Asia 2021 Workshop
Introduction to Bioimage Analysis in R
This workshop covers basic methods of the image processing and image analysis in R using the Bioconductor package “EBImage” and the Orchestra platform. In addition, the image dataset is obtained from ExperimentHub using the “BioImageDbs” package. Using this dataset, we perform a supervised image segmentation using the U-NET model, one of deep learning models, provided by the rMiW package.
このワークショップでは、BioconductorパッケージであるEBImageを使って、Rでの画像処理・画像解析の基本的な方法を扱う。次に、BioImageDbsパッケージを用いて、ExperimentHubからの画像データの取得を行う。さらに、rMiWパッケージが提供する、Deep learningモデルの1つであるU-NETモデルを用いて、教師有り画像セグメンテーション(領域分割)を学び。このワークショップは、Orchestra環境にて実施する。
リポカリン型プロスタグランジンD合成酵素の脂溶性低分子に対する系統的相互作用解析
Systematic Interaction Analysis of Human Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase with Small Lipophilic Ligands
1. How to use a R package of MUMA
(Metabolomics Univariate and Multivariate Analysis)
> install.packages("muma")
> library(muma)
インストールに失敗する場合には、以下のパッケージもインストールする。
> install.packages("mvtnorm")
> install.packages("robustbase")
> install.packages("gtools")
> install.packages("bitops")
> install.packages("caTools")
Presented by Satoshi Kume, Ph.D.
MUMAは、Biomolelular NMR Musco's group(San Raffaele Scientific Institute, Milano, Italy)が提供する多変
量解析のRパッケージである。 U検定、多重比較、PCA、PLS-DA、OPLS-DA、 STOCSYが実行できる。
140713 ver. 1.0
1. MUMAのインストール
http://cran.r-project.org/web/packages/muma/index.html0. MUMA in R