This is a Japanese manual of LigPlot+. LigPlot+ is a graphical front-end to the LIGPLOT and DIMPLOT programs. Modified the slides 5 & 7.

1. 120816 version 1.1
LigPlot + on Mac OSX
LigPlot+は、LIGPLOT (Protein-Ligand) & DIMPLOT (Protein-Protein)
プログラムのためのユーザーインファーフェースである。ここでは、
LigPlot+上でのAutoDock Dataの扱い方を解説する。
Presented by Satoshi Kume
Osaka Prefecture University

2. 1. LigPlot+のダウンロード
Academic free (ライセンス登録必要)
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/
2. LigPlot+の起動
LigPlus.jar をダブルクリックする → (1) パス設定画面が表示される →
PyMOL executableの設定 (/Applications/MacPyMOL) → save →
(2) LIGPLOT+の画面が表示される
(1)
(2)

3. 3. PDB fileを開く
(1) File → Open PDB file
(2) Enter PDB code → PDB codeを入力する
or Browse → パソコン内のPDB fileを選択する！ → 例として、3o22を読み込んだ
(1)
(2)
4. Run LIGPLOT
(1) LIGPLOTの画面を選択
(2) Select ligand to plot → リガンドの選択 (1)
この場合、OLA 200(A)、PLM201(A)、 (2)
OLA191(A)、PLM192(A)の４種類のリガン
ドが存在する。 (3)
(3) Include waters → check!
(4)
(4) Run

4. 5. PLOTの表示 6. PLOTの保存
下図のようなPLOTが表示される
(1)
(2)
(1) DRW fileとして保存する (LigPlot形式)
(2) PostScriptとして保存する
補足

5. 7. LigPlot上でのAutoDock Dataの扱い方
(1) DLG fileの編集 (AutoDock Manualを参照のこと)
(ターミナル起動 → DLG fileのあるフォルダに移動する)
% grep '^DOCKED' XXX.dlg | cut -c9- > XXX.pdbqt # XXXは任意のfile name
% cut -c-66 XXX.pdbqt > XXX.pdb
→ XXX.pdbをテキストで開くと、以下のようなリガンドの原子座標がある。
(計算回数分のリガンド座標が存在する)
USER x y z vdW Elec
USER _______ _______ _______ _____ _____
ROOT
ATOM 1 N4 LIG A 99 25.308 5.516 13.258 -0.16 -0.11
ATOM 2 C15 LIG A 99 25.118 4.470 14.124 -0.26 +0.01
ATOM 3 C16 LIG A 99 25.104 5.030 15.399 -0.24 -0.01
.
.
.
.
ATOM 43 C3 LIG A 99 25.976 9.029 9.807 -0.29 +0.01
ATOM 44 C31 LIG A 99 26.328 9.801 8.593 -0.41 +0.03
BRANCH 39 45
ATOM 45 C35 LIG A 99 27.145 10.250 11.588 -0.34 +0.00
ATOM 46 C36 LIG A 99 28.482 10.252 11.528 -0.31 +0.00
ENDBRANCH 39 45
ENDBRANCH 5 36 削除
TORSDOF 12
TER
ENDMDL

6. (2) タンパク質及びリガンド座標の重ね合わせ
→ XXX.pdb内の”ATOM”行から”TER”行までをコピーする(赤線表示部分)。
→ タンパク質のPDB file内にペーストし、残基番号等を編集する。
詳細は、PDB fileの編集例を参照のこと
(3) LIGPLOT上での表示
→ LIGPLOT+の起動
→ File → Open PDB file → 上記で作製したPDB fileを読み込む
詳細は、他のセクションを参照のこと

7. PDB fileの編集例
① リガンドの各原子番号は１スタートで良い。② リガンド名は任意で良い。
③ 残基番号: 最後の残基番号 + １に設定する。 ④ 原子種: 特に記載する必要はない。
ATOM 1223 O GLU 156 削除 33.613 29.047 16.892 1.00132.15 O
ATOM 1224 OXT GLU 156 32.278 29.736 15.257 1.00132.15 O
削除 TER 1225 GLU 156
ATOM 1 N4 LIG 157 18.434 15.863 5.447 -0.13 -0.04
ATOM 2 C15 LIG 157 18.529 14.740 6.228 -0.36 +0.01
ATOM 3 C16 LIG 157 17.903 13.724 5.508 -0.44 -0.01
ATOM 4 C17 LIG 157 17.178 14.361 4.433 -0.45 -0.01
ATOM 5 C18 LIG 157 17.564 15.691 4.411 -0.46 +0.01
ATOM 6 C24 LIG 157 16.223 13.714 3.490 -0.09 +0.01
ATOM 7 H6 LIG 157 18.792 16.760 5.744 -0.44 +0.01
ATOM 8 C14 LIG 157 19.222 14.812 7.478 +0.02 +0.02
ATOM 9 C13 LIG 157 18.911 14.086 8.574 -0.24 +0.02
.
.
.
ATOM 40 H4 LIG 157 18.609 18.177 5.580 -0.15 +0.03
ATOM 41 C4 LIG 157 18.033 20.041 4.803 -0.25 +0.08
ATOM 42 O1 LIG 157 18.518 20.862 5.560 -0.36 -0.10
TER
END
① ②③ ④
1. タンパク質とリガンドの間にある”TER”行を削除する。
注意点
この場合は、TER 1225 GLU 156を削除する。
2. BRANCH、ENDBRANCH、TORSDOF、CONTACTの行は削除しても良い。
3. 各原子座標(x, y, z)は、ピリオドを必ず える。また、残基番号とx座標間は必ず
半角スペース６個入れる。
4. リガンド側にはChain名 (Aなど)を記述しない。タンパク質にはあっても良い。