211104 @ BioC Asia 2021 Workshop
Introduction to Bioimage Analysis in R
This workshop covers basic methods of the image processing and image analysis in R using the Bioconductor package “EBImage” and the Orchestra platform. In addition, the image dataset is obtained from ExperimentHub using the “BioImageDbs” package. Using this dataset, we perform a supervised image segmentation using the U-NET model, one of deep learning models, provided by the rMiW package.
このワークショップでは、BioconductorパッケージであるEBImageを使って、Rでの画像処理・画像解析の基本的な方法を扱う。次に、BioImageDbsパッケージを用いて、ExperimentHubからの画像データの取得を行う。さらに、rMiWパッケージが提供する、Deep learningモデルの1つであるU-NETモデルを用いて、教師有り画像セグメンテーション(領域分割)を学び。このワークショップは、Orchestra環境にて実施する。
リポカリン型プロスタグランジンD合成酵素の脂溶性低分子に対する系統的相互作用解析
Systematic Interaction Analysis of Human Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase with Small Lipophilic Ligands
1. 120816 version 1.0
LigPlot + on Mac OSX
LigPlot+は、LIGPLOT (Protein-Ligand) & DIMPLOT (Protein-Protein)
プログラムのためのユーザーインファーフェースである。ここでは、
LigPlot+上でのAutoDock Dataの扱い方を解説する。
Presented by Satoshi Kume
Osaka Prefecture University