Lembaga-lembaga negara utama setelah amandemen UUD 1945 adalah MPR, DPR, Presiden, Mahkamah Agung, Mahkamah Konstitusi, dan Badan Pemeriksa Keuangan. Masing-masing lembaga memiliki peran dan tanggung jawab yang berbeda dalam sistem ketatanegaraan Indonesia.