Elixir è un'infrastruttura di ricerca europea progettata per gestire e supportare dati biologici, fondamentale per le scienze della vita e la ricerca biomedica. La rete è composta da nodi distribuiti in vari paesi, collegati a un hub centrale, con l'obiettivo di integrare e curare dati biomolecolari. Il nodo italiano di Elixir si è formato tramite una joint research unit e prevede attività di potenziamento, coordinamento e formazione nel campo della bioinformatica.

1. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
University
of
Bari
&
IBBE-­‐CNR,
Bari,
Italy
Elixir
JRU
Manager
First
BiP-­‐Day
Bari,
5
Dicembre
2013
1

2. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
La
missione
di
ELIXIR
è
realizzare
e
mettere
in
esercizio
un’infrastruttura
di
ricerca
sostenibile
per
i
dati
biologici
allo
scopo
di
supportare
la
ricerca
nel
campo
delle
Scienze
della
Vita,
e
le
attività
traslazionali
per
la
medicina,
l’ambiente,
le
industrie
biotecnologiche
e
la
società.
La
ges(one,
analisi
e
interpretazione
di
informazioni
biologiche
di
varia
natura
è
di
importanza
vitale
per
le
scienze
della
vita
e
la
ricerca
biomedica,
che
a
loro
volta
sono
fondamentali
per
affrontare
le
grandi
sfide
nel
campo
della
sanità
per
l'invecchiamento
della
popolazione,
la
sicurezza
alimentare,
la
diversificazione
energe(ca
e
la
tutela
ambientale.
Un’infrastruBura
per
le
informazioni
biologiche
robusta,
efficace
e
sostenibile
è
quindi
essenziale
per
soddisfare
le
priorità
strategiche
degli
Sta(
membri,
e
per
il
successo
della
ricerca
sia
accademica,
governa(va
e
industriale
in
Europa,
tra
cui
il
seBore
farmaceu(co
e
biotecnologico.
La
raccolta,
la
curatela,
la
conservazione,
l'archiviazione,
l'integrazione
e
la
diffusione
di
da(
biomolecolari
è
una
sfida
immensa
che
non
può
essere
traBata
da
una
sola
organizzazione
o
da
un
solo
paese,
ma
richiede
un
coordinamento
internazionale.

3. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
ELIXIR
è
stata
individuata
nel
2006
tra
le
priorità
dall’European
Strategy
Forum
on
Research
Infrasctructures
(ESFRI),
e
nell’ambito
del
Settimo
Programma
Quadro
la
Commissione
Europea
ha
finanziato
un
progetto
per
promuovere
le
fasi
preparatorie
di
tale
infrastruttura,
terminata
alla
fine
del
2011,
cui
anche
il
CNR
ha
partecipato
attraverso
l’ex-­‐Dipartimento
di
Scienze
della
Vita.
Modello
giuridico
di
governance:
ProgeBo
Speciale
all’interno
di
EMBL
Fasi:
Memorandum
of
Understanding
(MoU)
-­‐
16
paesi
(Italia,
Luglio
2012)
SoBoscrizione
dell’Elixir
Consor(um
Agreement
(ECA)
-­‐ 4
paesi
(UK,
Svezia,
Svizzera,
Rep.
Ceca)
Avvio
di
Elixir
come
en(tà
legale
dopo
la
soBoscrizione
dell’ECA
di
5
paesi.

4. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
ELIXIR
sarà
costruito
come
una
infrastruttura
distribuita
su
diversi
nodi
ospitati
da
centri
di
eccellenza
localizzati
in
tutta
Europa
(i
"nodi
ELIXIR");
questi
nodi
dovranno
essere
collegati
a
un
hub
centrale
('ELIXIR
Hub')
che
si
trova
presso
l'European
Bioinformatics
Institute
dell'EMBL
(EMBL-­‐EBI)
di
Hinxton,
Regno
Unito.
L'Hub
ELIXIR
ospiterà
il
Comitato
Esecutivo
di
Gestione
e
il
Segretariato
di
ELIXIR.
Esso
coordinerà
i
servizi
del
"data
center"
gestito
da
EMBL-­‐EBI,
nonché
il
coordinamento
dei
servizi
gestiti
dai
nodi
ELIXIR.
Esso
fornirà
anche
i
dati
di
base
(cioè
i
dati
essenziali
per
quasi
tutti
i
settori
di
ricerca
nelle
scienze
della
vita)
agli
utenti.
I
Nodi
periferici
di
ELIXIR
forniranno
una
serie
di
servizi
specializzati
e
complementari
a
quelli
forniti
dal
nodo
centrale.
L'integrazione
dei
Nodi
ELIXIR
fornirà
componenti
essenziali
distribuiti
dell'infrastruttura
ELIXIR
a
livello
europeo.

5. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Il
nodo
italiano
di
ELIXIR
Al
fine
di
costituire
un
nodo
italiano
della
infrastruttura
ELIXIR
è
stata
costituita
una
Joint
Research
Unit,
coordinata
dal
Consiglio
Nazionale
delle
Ricerche,
che
ne
definisce
le
finalità
e
le
modalità
di
governance,
che
vede
la
partecipazione
di
Istituzioni
di
ricerca,
accademiche
e
tecnologiche
come
di
seguito
elencato:
1)
Consiglio
Nazionale
delle
Ricerche
(G.
Pesole,
A.
Facchiano,
L.
Milanesi)
2)
Università
di
Roma
"Sapienza”
(A.
Tramontano)
3)
Università
di
Roma
"Tor
Vergata”
(G.
Cesareni)
4)
Università
di
Milano-­‐Bicocca
(G.
Mauri)
5)
Università
di
Bologna
(R.
Casadio)
6)
Università
di
Padova
(G.
Valle)
7)
Università
di
Milano
(G.
Pavesi)
8)
Università
della
Tuscia
(A.
Valentini)
9)
CRS4
(G.
Zanetti)
10)
GARR
(E.
Valente)
11)
CINECA
(S.
Bassini)
12)
INFN
(G.
Maggi)
Università/EPR
Provider
tecnologici

6. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Il
nodo
italiano
di
ELIXIR
Il
nucleo
iniziale
delle
Istituzioni
che
hanno
costituito
la
JRU
comprende
tutte
quelle
che
avevano
presentato
proposte
organiche
di
partecipazione
ad
ELIXIR
rispondendo
ad
una
“call
for
expression
of
interest“
nell’estate
2010.
Tali
proposte,
in
seguito,
erano
state
valutate
positivamente
dallo
“Steering
committee”
di
ELIXIR.
Comitato
di
coordinamento
ad
interim
Elixir-­‐Ita
JRU
Manager
(Head
of
Node):
Delegato
italiano
Elixir
Interim
Board:
Membro
eletto
(resp.
amministrativo):
Membro
eletto:
Membro
eletto:
Graziano
Pesole
Anna
Tramontano
Giancarlo
Mauri
Giorgio
Valle
Sanzio
Bassini

7. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Il
nodo
italiano
di
ELIXIR:
programma
delle
attività
future
Dopo
la
fase
di
avvio,
relativa
al
primo
anno
di
attività,
si
prevede
di
potenziare
le
attività
di
ELIXIR-­‐ITA,
come
di
seguito
illustrato:
•
Potenziamento
delle
Segreteria
organizzativa
e
attivazione
degli
organi
di
gestione
della
JRU
• Censimento
delle
risorse
bioinformatiche
disponibili
su
scala
nazionale
(banche
dati,
strumenti
di
analisi
dei
dati,
risorse
di
calcolo)
che
rispondono
ai
requisiti
richiesti
da
Elixir
• Attivazione
di
un
collegamento
organico
con
il
nodo
centrale
di
Elixir,
presso
l’European
Bioinformatics
Institute
(EBI),
attraverso
la
figura
del
NTO,
con
il
compito
di
definire
standard
di
operatività
e
integrazione
delle
risorse.
• Realizzazione
di
attività
di
training
in
collaborazione
con
EBI
e
altri
nodi
nazionali
di
Elixir
• Attività
di
coordinamento
con
altre
iniziative
nazionali
di
interesse
per
l’infrastruttura
bioinformatica
(progetti
Bandiera,
etc.)
• Avvio
delle
azioni
per
la
creazione
di
un
Istituto
Nazionale
distribuito
di
Bioinformatica.

8. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Italian
proposals
to
contribute
to
ELIXIR’s
construction
(2010)
Proposer
Description
Gianni
Cesareni,
Univ.
Tor
Vergata,
Rome
Protein
–
protein
interaction
resources
(MINT)
Anna
Tramontano,
Univ.
Sapienza,
Rome
Training
in
Bioinformatics
Giorgio
Valle,
University
of
Padua
Plant
Genomics
resources
Gianluigi
Zanetti,
CRS4,
Cagliari
Human
Genomics
resources
Alessio
Valentini,
Univ.
Tuscia,
Viterbo
Farm
Animal
Genomics
resources
Graziano
Pesole,
IBBE-­‐CNR,
Bari
Transcriptome
resources
and
tools

9. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Risorse
offerte
dal
nodo
italiano
Descrip(on
ASPicDB
(alternative
splicing
patterns
in
the
human
and
other
genomes)
SpliceAid-­‐F
(splicing
regulatory
factors
and
their
binding
sites)
UTRdb/UTRsite
(eukaryotic
mRNA
untranslated
regions
and
their
regulatory
elements)
Mitozoa
(database
of
comparative
mitogenomics
in
metazoans
ITSoneDB
(database
of
fungal
ribosomal
RNA
Internal
Transcribed
Spacer
sequences)
DIGIT
(database
of
immunoglobulin
variable
sequences)
MAISTAS
(modeling
and
assessment
of
splicing
isoforms)
MobiDB
(database
of
protein
disorder
and
mobile
regions)
PIGS
(prediction
of
Immunoglobulin
structures)
The
grape
genome
browser
Web
address
hBp://srv00.ibbe.cnr.it/ASPicDB/
hBp://srv00.ibbe.cnr.it/SpliceAidF/
hBp://www.ba.itb.cnr.it/UTR/
hBp://srv00.ibbe.cnr.it/mitozoa/
hBp://itsonedb.ba.itb.cnr.it:8080/ITS1/
hBp://biocompu(ng.it/digit/
hBp://maistas.bioinforma(ca.crs4.it/
hBp://mobidb.bio.unipd.it/
hBp://circe.med.uniroma1.it/pigs/
hBp://genomes.cribi.unipd.it/

10. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information
Criteri
per
la
individuazione
delle
risorse
di
interesse
per
Elixir
Risorsa
già
esistente
e
funzionante,
e
con
un
significa(vo
bacino
di
utenza;
Risorsa
pubblicamente
accessibile
senza
restrizioni;
Garanzia
di
sostenibilità
per
un
periodo
sufficiente
di
tempo;
Risorsa
corredata
da
appropriata
documentazione,
secondo
uno
standard
comune
concordato
in
ambito
internazionale.

11. ELIXIR:
European
Life
Science
Infrastructure
for
Biological
Information