1. Τμήμα Μηχανικών Η/Υ & Πληροφορικής - Εργαστήριο Αναγνώρισης Προτύπων
• This research has been co-financed by the European
Union (European Social Fund – ESF) and Greek
national funds through the Operational Program
"Education and Lifelong Learning" of the National
Strategic Reference Framework (NSRF) - Research
Funding Program: THALIS. Investing in knowledge
society through the European Social Fund.
Εγκατάσταση πλατυόρμας FEniCS σε
Clusters/Blades/Cloud
Αλζξανδροσ Σπφρου, Τμήμα Μηχ. Η/Υ & Πληρ/κής (ΚΕΟ 3)

2. FEniCS Basics
• Τι είναι το FEniCS?
– είναι μια ςυλλογι από δωρεάν, ανοιχτοφ κώδικα, ςτοιχεία
λογιςμικοφ με κοινό ςτόχο να καταςτεί δυνατι
αυτοματοποιθμζνθ επίλυςθ των διαφορικών εξιςώςεων.
• Βασικά στοιχεία FEniCS:
– UFL (Unified Form Language)
– FIAT (Finite Element Automatic Tabulator),
– FFC (FEniCS Form Compiler),
– UFC (Unified Form-assembly Code
– Instant
– DOLFIN

3. FEniCS Basics

4. How to install – General Guidelines
• Automatic Installation with Dorsal:
– Το DORSAL είναι ζνα απλό πρόγραμμα το οποίο αυτοματοποιεί
τθν διαδικαςία τθσ ανάκτθςθσ , μεταγλώττιςθσ και
εγκατάςταςθσ των πολλών υπο-εργών του FEniCS και τισ
αλλθλεπιδράςεισ τουσ ςε UNIX λειτουργικά ςυςτιματα.
• Supported Platforms
– Debian GNU/Linux 6.0, Unstable
– Fedora 13, 14, 15
– Gentoo Linux
– Mac OS X 10.6, 10.7 (with MacPorts)
– openSUSE 11.3, 11.4
– Red Hat Enterprise Linux 6
– Ubuntu 10.04 LTS, 10.10, 11.04, 11.10

5. Installation with Dorsal – Step by step
how to
• Να προμθκευτοφμε με τθν πιο πρόςφατθ ζκδοςθ του
DORSAL απο τθν ακόλουκθ ςελίδα download page.
• Τροποποίθςθ του dorsal.cfg ζτςι ώςτε να ικανοποιεί
τισ ςυνκικεσ για το λειτουργικό ςφςτθμα ςτο οποίο
κζλουμε να κάνουμε τθν εγκατάςταςθ.
• Ξεκινιςτε τθν διαδικαςία για τθν δθμιουργία. Σε αυτό
το ςθμείο το DORSAL αναγνωρίηει το λειτουργικό
ςφςτθμα και παρζχει μια λίςτα από εντολζσ για να
επιβεβαιώςουμε πωσ το ςφςτθμα είναι ζτοιμο για να
γίνει εγκατάςταςθ τθσ FEniCS
• Πταν ζχουν ολοκλθρωκεί τα βιματα τότε μπορεί να
ξεκινιςει θ εγκατάςταςθ.

6. Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER
• Χαρακτθριςτικά Cluster
– αποτελείται από 14 blades εκ των οποίων
χρθςιμοποιιςαμε τα 2
– 3 Virtual Machines - το ζνα χρθςιμοποιείται ωσ είςοδοσ
ςτο blade για τουσ χριςτεσ (pleiada), το άλλο για το
configuration του blade (puppet) και το 3ο για
διαχειριςτικοφσ λόγουσ (home)
– Interblade communication με infiniband δίκτυο
– Το κάκε blade ζχει 4 πυρινεσ (Intel(R) Xeon(R) CPU
E5530 @ 2.40GHz), 6GB RAM, και 256GB ςκλθρό δίςκο.
– Το λειτουργικό το οποίο τρζχει πάνω ςτο cluster είναι το
SL5 (Scientific Linux 5) το οποίο είναι ουςιαςτικά κλώνοσ
του RH6.

7. Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER
• Ζλεγχοσ για ςυμβατότθτα του FEniCS με τθν
ζκδοςθ του λειτουργικοφ ςυςτιματοσ που
ιταν ιδθ εγκατεςτθμζνο και
παραμετροποιθμζνο πάνω ςτο cluster.
• Διαπιςτώκθκε πωσ θ ζκδοςθ του λειτουργικοφ
ςυςτιματοσ το οποίο ιταν εγκατεςτθμζνο
ςτο ςφςτθμα, δεν ιταν ςτα Binary packages
για να γίνει θ εγκατάςταςθ αυτόματα με τθν
χριςθ του Dorsal.

8. Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER -
Ρροβλιματα
• Κατά τθν διάρκεια τθσ semi-automatic
εγκατάςταςθσ είχαμε failures μερικά από τα
αυτά επιλφκθκαν κάνοντασ χριςθ του launchpad
του FEniCS (user community).
• Ραρουςιάςτθκε πρόβλθμα ςυμβατότθτασ τθσ
ίδιασ τθσ πλατφόρμασ FEniCS με το SL5, πάνω και
ςτο οποίο κα γινόταν θ εγκατάςταςθ.
• Κατάλθξθ ιταν ότι θ εγκατάςταςθ δεν μποροφςε
να ςυνεχιςτεί ςε αυτιν τθν πλατφόρμα.

9. Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLUSTER –
Επίλυςθ Ρροβλθμάτων
• Εγκατάςταςθ ςε VM του UBUNTU SERVER και
από εκεί και πζρα ςυνεχίςτθκε θ
παραμετροποίθςθ και εγκατάςταςθ τθσ
FEniCS γνωρίηοντασ ότι πλζον θ ζκδοςθ
UBUNTU τθν ζχει προ-εγκατεςτθμζνθ οπότε
και δεν κα υπιρχε ιδιαίτερο πρόβλθμα

10. Εγκατάςταςθ FEniCS ςε CLOUD
• Χαρακτθριςτικά CLOUD
– Το cloud αποτελείται από 8CPU με 8GB μνιμθ και
20GB ςκλθρό. Το λειτουργικό το οποίο τρζχει πάνω
ςτο cloud είναι το UBUNTU Server Edition
• Διαδικαςία Εγκατάςταςθσ:
– Δθμιουργία VM ςε Cloud περιβάλλον κάνοντασ χριςθ
τθσ υπθρεςίασ OKEANOS τθσ ΕΔΕΤ.
– Αφοφ εγκαταςτάκθκε το λειτουργικό (UBUNTU) και
ζχοντασ τθν προθγοφμενθ εμπειρία για τθν
εγκατάςταςθ τθσ FEniCS εγκαταςτάκθκε λειτουργικι
ζκδοςθ τθσ.

11. References
• OCEANOS how to create a VM
https://okeanos.grnet.gr/static/medialibrary/2013/03/20130228-
nkoziris-okeanoscloudforum2013-v2.pdf
• OCEANOS INTERFACE
https://accounts.okeanos.grnet.gr/im/login?next=https://cyclades.
okeanos.grnet.gr/ui/
• Ubuntu installation guide
http://fenicsproject.org/download/ubuntu_details.html
• General Installation Guide for other installations using
Dorshal
http://fenicsproject.org/download/installation_using_dorsal.html#
installation-using-dorsal
• Manual Installation Guide from source
http://fenicsproject.org/download/installation_from_source.html#
installation-from-source