Analisis kladistik hanya menerima taksa monofiletik dan menghasilkan kejutan dalam taksonomi, seperti burung lebih berhubungan dekat dengan buaya daripada ular atau kadal. Catatan fosil dan analisis evolusi mendukung bahwa burung dan buaya berevolusi dari nenek moyang bersama selama masa Mesozoikum, berbeda dari ular dan kadal. Pandangan kladistik murni tidak menerima taksa parafiletik seperti kelas Aves dan Reptilia

1. Dengan memfokuskan pada percabangan filogenetik, analisis kladistik hanya menerima taksa
monofiletik saja. Sebagai akibatnya, sistematika kladistik menghasilkan beberapa kejutan dalam bidang
taksonomi. Sebagai contoh, titik percabangan antara burung dan buaya masih lebih baru dibandingkan
dengan percabangan antara buaya dan reftil lainnya; hal ini berarti bahwa burung dan buaya memiliki
sinapomorfi yang tidak ditemukan pada ular dan kadal. Sebenarnya catatan fosil memang mendukung
hipotesis bahwa baik burung maupun buaya berevolusi selama masa Mesozoikum dan satu nenek
moyang bersama, yang berbeda dari nenek moyang ular dan kadal. Dalam pandangan kladistik yang
murni, tidak ada taksa seperti kelas Aves dan Kelas Reptilia, sebagaimana umumnya kita mengenalnya,
karena pengelompokan ular, kadal dan buaya dalam kelompok taksonomik yang sama dan
mengeluarkan burung dari kelompok tersebut tidak sesuai dengan sejarah evolusi. Taksonomi seperti itu
merupakan takson parafiletik, dan hanya taksa monofiletik yang mencerminkan filogeni. Ternyata
burung sangat jauh berbeda dengan adanya pemodelan ulang yang sangat ekstensif yang berhubungan
dengan kemampuan terbangnya yang terjadi setelah burung menjadi cabang dari leluhur nenek
moyangnya. Meskipun mengenali ketidakserasian dengan analisis kladistik, banyak ahli biologi masih
menggunakan banyak Aves dan Reptilia untuk mengelompokan vertebrata yang umum ditemukan ini.