Recommended
More Related Content
What's hot
More from improvemed
More from improvemed (20)
63hr
- 1. poboljšan medicinski Obrazovanje u Osnovni, temeljni znanosti za Bolje medicinski vježbanje ImproveMEd genotipizacija metode od Bolničke infekcije patogen Domagoj Drenjancevic
- 2. Bolničke infekcije • su važan izvor mogućnosti oboljenja i smrtnosti u bolničkim • procjenjuje 2 milijuna pacijenata u SAD-u svake godine. • oko 5% hospitaliziranih • Procjenjuje se da 88.000 smrtnih slučajeva • 4,5 milijardi dolara u više zdravlje briga troškovi
- 3. više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni meticilin-otporan Staphylococcus aureus (MRSA) vankomicin-otporan Enterococcus (VRE) više lijekova-otporan Pseudomonas aeruginosa više lijekova-otporan Acinetobacter baumannii
- 4. više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni nastavak, ESBL Escherichia coli ESBL * Klebsiella pneumoniae *ESBL = produžen spektar Betalaktamaza Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) - proizvodnju bakterija karbapenemskim-otporan Enterobacteriaceae (CRE)
- 5. Razumijevanje distribucija patogen i povezanost • je bitno za određivanje epidemiologiju Bolničke infekcije • i pomaganje u dizajnu racionalne kontrole patogena metode. • Uloga patogena tipkanje je utvrditi je li epidemiološki povezane izolati su genetski povezatid • povijesno: fenotipska svojstva, kao što su, biotipa serotipova, bakteriofaga ili bakteriocina vrste i antimikrobno osjetljivost profili
- 6. genotipizacija • postupak za utvrđivanje razlike u genetskom make-up pojedinca usporedbom the DNA sekvenca od an pojedinac s niz drugih pojedinaca ili referentne sekvence Singh et al. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Clin Microhiol Rev 2006 Andrej A Zervos MJ. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Arch Patk Lab Med. 2006
- 7. molekularna analiza • Te molekularna DNK metodologije bazi uključiti • pulsne polje gel elektroforeze (PFGE) i druge ograničenje na bazi metoda, • plazmid analiza • PCR-based metode pisanju. • Utvrđivanje clonality patogena može pomoći u • identifikacija izvora (okoliša ili osoblje) od organizmi razlikovati infektivni neinfekcijskih sojeva, • i razlikovati povraćaj od reinfekcije.
- 8. GENOTYPIG METODE • PFGE • Southern blot analizom-ribotipizacija • plazmid Analiza • Metode upisivati pomoću PCR • multipleks PCR • ugniježđena PCR • Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Varijabilni broj tandem repeat (VNTR) tipizacija • Spoligotyping za Mycobacterium tuberculosis
- 9. genotipizacija METODE • Nukleotidni slijed Analiza na temelju • jednog mjesto sekvenca tipkanje (SLST) • multi-loculus sekvenca tipkanje (MLST)
- 10. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Srpanj 2006, str. 512-530
- 11. Restriction duljine fragmenta (polimorfije RFLPs) • sažeto kromosomske DNA s ograničenjem enzimi • Nastali u nizu različitih veličina fragmenata koji tvore različiti uzorci kada se analizira agaroze gel elektroforeza. • Nastali fragmenti DNA su prevelike biti odvojeni konvencionalnim agaroze gel elektroforeza. • PFGE • sposobna za odvajanje tih velikih DNA fragmenata
- 13. PFAGE • U uobičajenom agaroza gel elektroforeze, DNA molekule koje su više od 40 do 50 kb ne učinkovito seliti. • Povremeno mijenja smjer električnog polja u kojem se odvaja DNA, PFGE omogućuje razdvajanje DNA molekula preko 1000 kbp duljine (često se naziva mcgabaza DNA) • Dvije najčešće korištena pristupi • kontura fiksiran homogeno električno polja (CHEF) • Polje elektroforeza inverzija gel
- 14. dendrogram od pulsne polja gel elektroforezom analiza od Acinetobacter baumannii izolati Većina analiza programi također sadrže algoritme omogućuju analizu phylogenic sojeva, koji omogućuje za otkrivanje soja evolucije i predaka odnosa među izolati, Bogdana M, Drenjancevic D, Harsanji Drenjancevic ja et al, J Chemother 2018;30: 16-24
- 15. južni mrlja Analiza-ribotipizacija • Jedan od najčešćih ciljeva za Southern bloting je gen za rRNA • diskriminatorno Snaga ribotipizacija je pokazala da se manje onom PFGE ili neki PCR-na bazi metoda • također se koristi za otkrivanje specifičnih antimikrobne gene za rezistenciju ili virulentnost čimbenici
- 16. plazmid Analiza • Plazmid tipkanje je Prva metoda molekularne da se koristi kao bakterijska tipkanje alat • Tipkanje je provedena kroz izolaciju DNK plazmida i usporedbu brojeva i veličine plazmida agaroznom gelu elektroforeza • Procjena plazmida sadržaja nije općenito korisna razgraničenje soja srodnosti • primjenjuje u kliničkim situacijama do odrediti razvoj i širenje otpornosti na antibiotike među izolatima s različitim PFGE profilima ili među različitim vrsta organizama unutar bolnice
- 17. mnogostruk PCR • povećati učinkovitost PCR tipkanje i smanjiti troškove reagens • više setova početnica može biti uključeni u jednoj reakcijskoj posudi • Produkti amplifikacije preblizu u veličini, bilo bi teško utvrditi identitet produkt amplifikacije • Dodatni problem s multipleksa PCR je da miješanje različitih početnica može potencijalno uzrokovati smetnje u amplifikacije process • Optimizacija reakcije teško
- 18. ugniježđena PCR • Kada postoji ekstremna potreba za osjetljivost i specifičnost u PCR • uključuje sekvencijalno korištenje dva PCR setovi • Prvi set primer se koristi da pojača metu sekvenca (što povećava osjetljivost za drugu početnicu set); • produkt amplifikacije generiran tada služi kao predložak za Drugi povećanje upotrebom prajmera unutarnje onima prve produkt amplifikacije, • Ova sekundarna pojačanje odvija samo ako je namijenjen cilj je početno pojačan
- 19. Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • slučajni premaz koji nije ciljano za pojačavanje bilo koju specifičnu bakterijske DNA sekvence, se koristi za pojačanje • The ključ za slučajnih priming je da niske temperature žarenja koriste (barem u početku) tijekom amplifikacije, omogućujući nesavršena hibridizacija na višestruke slučajnim kromosomske lokacije pojavljivati i pokrenuti sintezu DNA.
- 20. polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Postupak tipkanja koji koristi kombinaciju restrikcijskim enzimom probavu i PCR • U postupku AFLP, DNA je digestiran s Dva različita restrikcijske endonukleaze • samo određeni podskup se koristi za usporedbu izolat
- 21. Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Sjeverozapadni Memorijalna bolnica u Chicagu, Illinois, pokrenuti u kuća Program molekularna tipizacija brzo procijeniti mikrobna clonality i integrirani tipizaciju u svom kontrolu infekcije program • Učinkovitost je ocijenjena ispitivanjem Podaci o bolničkih infekcije tijekom razdoblja od 24 mjeseci prije a razdoblje od 60 mjeseci nakon implementacije programa.
- 22. Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Nakon implementacije, infekcija na 1000 dana bolesnika pao za 13 posto, a broj hospitaliziranih bolesnika s bolničke infekcije smanjena za 23 posto. • Stopa infekcije pao je na 43 posto ispod državnog prosjeka, a oko 50 smrtnih slučajeva izbjegavati tijekom razdoblja od 5 godina. • The Trošak provedbe tipkanja programa je $ 400.000 po godina; • ovaj izdatak dovelo do uštede od 5.00 $ za svaki dolar potrošen na programu zbog velikog smanjenja bolničkih infekcija.
- 23. Zaključak • Molekularni testovi će se nastaviti biti osnovni alat • je dokazano da se ekonomičan i medicinski potrebna • Molekularna tipizacija je snažan alat u armamentarium za borbu protiv širenja Problem mikroorganizama u bolničkom okruženju
Editor's Notes
- Restrikcijski enzim – vrsta enzima koji uvijek cijepa sekvencu nukleotida u DNA na istom mjestu. U ovom primjeru, cijepanje se događa između timina i gvanina u sekvenciTGATCA. Ista sekvenca nukleotida može se pojaviti u DNA Mnogih organizama ili više puta na istoj vrpci DNA.