1. BET - brain extraction tool
Cél: az MRI képekről az agy és azon kivül eső szövetek elkülönitése (dura, eye,
izmok, scalp). Ezen túl agy-maszk készitése, pl. traktográfiához.
1: input kép (anatómiai MRI, vagy DWI
1 képek, data.nii.gz)
2
2: kimenet neve (DWI esetén
3 nodiff_brain)
4
3: A kapott agy nagyságát befolyásoló
relativ mérőszám. Alapérték 0.5.
5 Amennyiben nem teljes a szegmentáció,
érdemes lecsökkenteni (pl. B0 képekből
történő brain extractionnál, 0.3-0.4)
4: algoritmusok. speciális feladatoknak
megfelelően optimalizáltra lehet váltani,
pl. T2 kép felhasználása
6
5: a bináris maszk kép kiexportálása
(alapból kikapcsolva).
DWI feldolgozás esetén szükséges,
nodiff_brain_mask.nii.gz kimenetellel.
agy.nii.gz 6: a várható középpont koordinátái.
Alapbeállitás az esetek nagy részében
müködik. Ha nem, FSLVIEW-ben
leolvasott koordinátáknak megfelelően
állitani.
agy_brain.nii.gz agy_brain_mask.nii.gz