Struktur organisasi PT Bangus terdiri dari Dediri Bangus, Departemen Strategi Usaha, Departemen Kerjasama Usaha, Biro PKBL, dan Subdepartemen Perencanaan Perusahaan. Masing-masing departemen dan biro memiliki tugas terkait evaluasi, perencanaan, dan pengembangan bisnis dan kerjasama usaha Bangus.

1. Struktur Organisasi Bangus
Dedir Bangus
Dept. Strategi Dept. Kerjasama
Usaha Usaha
Ka. Subdep. Ren
Ka. Biro PKBL
Rus

2. Dedir Pengembangan Usaha
 Dept. Strategi Usaha
• Evaluasi Bisnis ( Lama )
• Evaluasi Program Strategik
• Perencanaan Bisnis ( Baru )
• Analisis Kelayakan Bisnis
• Analisis Kelayakan Investasi
 Dept. Kerjasama Usaha
• Evaluasi Kompetensi Teknis Perusahaan
• Evaluasi JO, JV dan Anak Perusahaan ( lama )
• Perencanaan JO, JV dan Anak Perusahaan ( baru )
• Analisis Kelayakan Bisnis

3.  Biro PKBL
 Subdep. Perencanaan Perusahaan
• Perencanaan Jangka Pendek ( RKAP ) + RUPS
• Perencanaan Jangka Panjang ( RJP ) + RUPS
• Evaluasi Perusahaan
• Pengelolaan Portofolio Bisnis