RAxMLで最尤系統樹推定とブートストラップ解析をやってみる。

1. 分子進化の統計モデリング
とモデル選択
田辺晶史
実習編

2. 演習
● Kakusan4 による分子進化モデルの選択
● モデル選択結果を見る

3. Kakusan4 を起動

4. Kakusan4 のウィンドウにドラッグ＆ドロップ

5. フルパスが入力されたのを確認してEnter

6. Kakusan4 のウィンドウにドラッグ＆ドロップ

7. フルパスが入力されたのを確認してEnter

8. 空欄のままEnter で入力ファイル指定終了

9. 空欄のままEnter

10. 空欄のままEnter

11. 「y 」と入力してEnter

12. 空欄のままEnter

13. 空欄のままEnter

14. 計算に使用するCPU 数を指定してEnter

15. 空欄のままEnter で計算開始

16. 空欄のままEnter でウィンドウ閉じる

17. ダブルクリック

18. デスクトップのサクラエディタのアイコンへ
ドラッグ＆ドロップ

19. 実行時のオプションが保存してある
論文執筆時に必要ならこれを見る

20. ダブルクリック

21. デスクトップのサクラエディタのアイコンへ
ドラッグ＆ドロップ

22. 最適モデルはこれ

23. クリック

24. ダブルクリック

25. デスクトップのサクラエディタのアイコンへ
ドラッグ＆ドロップ

26. OTU 間の塩基組成の均一性が棄却されていないことを確認

27. 遺伝子座間非区分・コドン位置間非区分モデルは
最適モデルではなかったのでこれらはどうでもいい