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20170824進化学夏の学校
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- 12. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノム・環境 DNA シーケンスで生物相が把握できる 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタゲノム 環境 DNA
- 13. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノム・環境 DNA シーケンスで生物相が把握できる 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 生物相の把握 メタゲノム 環境 DNA
- 14. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノム・環境 DNA シーケンスで生物相が把握できる 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 生物相の把握 (Toju et al. 2013) 植物の根に共生する真菌相 を把握できる メタゲノム 環境 DNA
- 15. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノム 環境 DNA メタゲノム・環境 DNA シーケンスで生物相が把握できる 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 生物相の把握 (Toju et al. 2013) 植物の根に共生する真菌相 を把握できる メタバーコーディング
- 16. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノム 環境 DNA メタゲノム・環境 DNA シーケンスで生物相が把握できる 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 生物相の把握 (Toju et al. 2013) 植物の根に共生する真菌相 を把握できる 膨大な労力を要する直接観察なしに 生物相を把握できる
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- 23. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタバーコーディング時代の分類学の研究サイクル メタバーコーディング 従来法による記載分類 DNA データベース充実 新種発見 生物相把握 能力向上 新種発見新種発見 難易度上昇
- 24. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタバーコーディング時代の分類学の研究サイクル メタバーコーディング 従来法による記載分類 DNA データベース充実 新種発見 生物相把握 能力向上 新種発見新種発見 難易度上昇 容易にコピー・検索できる DNA 情報 に基づいているため、記載が進み、 データベースが充実するほど 新種探索・生物相把握能力が向上する
- 25. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 メタゲノム 環境 DNA
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- 28. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 ＰＣＲで特定の遺伝子座を増幅 同時にサンプル識別用タグ配列付加 メタゲノム 環境 DNA
- 29. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 ＰＣＲで特定の遺伝子座を増幅 同時にサンプル識別用タグ配列付加 多サンプルを混合してＨＴＳで解読 メタゲノム 環境 DNA
- 30. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 メタゲノム 環境 DNA
- 31. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 … demultiplexing メタゲノム 環境 DNA
- 32. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 … demultiplexing ……… quality-trimming メタゲノム 環境 DNA
- 33. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering メタゲノム 環境 DNA
- 34. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 ノイズの多そうな配列を除去 … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering ……… denoising メタゲノム 環境 DNA
- 35. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 ノイズの多そうな配列を除去 キメラと思われる配列を除去 … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering ……… denoising ……… chimera removal メタゲノム 環境 DNA
- 36. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 ノイズの多そうな配列を除去 キメラと思われる配列を除去 類似度ｎ％以上の配列をまとめる … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering ……… denoising ……… chimera removal …… clustering メタゲノム 環境 DNA
- 37. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 ノイズの多そうな配列を除去 キメラと思われる配列を除去 類似度ｎ％以上の配列をまとめる 類似する既知配列からホスト生物を推定 … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering ……… denoising ……… chimera removal …… clustering … taxonomic assignment メタゲノム 環境 DNA
- 38. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 土壌 海水 淡水 未消化物 糞 遺骸 生物体 など 塩基配列 生物種名 メタバーコーディングのプロセスと情報処理 統合解析パッケージ QIIME http://qiime.org/ mothur http://www.mothur.org/ Claident https://www.claident.org/ タグ配列に基いて由来サンプルを特定 配列から低品質な部位を除去 低品質な配列を除去 ノイズの多そうな配列を除去 キメラと思われる配列を除去 類似度ｎ％以上の配列をまとめる 類似する既知配列からホスト生物を推定 … demultiplexing ……… quality-trimming …………… quality-filtering ……… denoising ……… chimera removal …… clustering … taxonomic assignment メタゲノム 環境 DNA
- 39. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 参考テキスト無償公開中 生態学のためのメタバーコーディングと DNA バーコーディング 検索
- 40. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS ライブラリ作成法やメタバーコーディング後の分析はこちら
- 41. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 環境 DNA
- 42. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● 環境 DNA
- 43. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA
- 44. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA
- 45. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない
- 46. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない
- 47. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない ● 低濃度
- 48. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 破砕して抽出を推奨 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない ● 低濃度
- 49. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 破砕して抽出を推奨 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない ● 低濃度 ● 破砕せず抽出を推奨
- 50. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 破砕して抽出を推奨 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない ● 低濃度 ● 破砕せず抽出を推奨 ただし、両者を分離して採集することは困難
- 51. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS メタゲノムと環境 DNA ● メタゲノム ● 多種多個体から抽出したゲノムの 混合物 ● サンプルに個体が入っている ● 高濃度 ● 破砕して抽出を推奨 ● 環境 DNA ● 多種多個体から排出された環境中 の DNA ● サンプルに個体は入っていない ● 低濃度 ● 破砕せず抽出を推奨 ただし、両者を分離して採集することは困難 || 両者を一度に採集できる
- 52. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造
- 53. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列
- 54. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2
- 55. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2
- 56. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列
- 57. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列 R1
- 58. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列 R1 R2
- 59. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列 R1 R2R3
- 60. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列 R1 R2R3 R4
- 61. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの構造 解読対象配列 シーケンスプライマー 1 シーケンスプライマー 2 インデックス 1インデックス 2 P5 配列 P7 配列 R1 R2R3 R4 シーケンスプライマーには Nextera タイプと TruSeq タイプがある 両者は混合してシーケンスできないことに注意が必要
- 62. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム
- 63. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム フォワードプライマー リバースプライマー
- 64. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 フォワードプライマー リバースプライマー
- 65. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー
- 66. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 PCR 産物 2 フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー
- 67. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 PCR 産物 2 フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー
- 68. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 PCR 産物 2 PCR 産物 3 フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー
- 69. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS イルミナ社 HTS 用デュアルインデックスライブラリの作成 鋳型ゲノム PCR 産物 1 PCR 産物 2 PCR 産物 3 フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー フォワードプライマー リバースプライマー インデックスプライマーを別の領域の解読に使いまわすことができる 12+8 種類のインデックスで 96 サンプル識別できる
- 70. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS Taxonomic assignment の方法
- 71. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS Taxonomic assignment の方法 ● 系統樹に基づく方法 ● pplacer (Matsen et al. 2010) 最尤法 ● RAxML-EPA (Berger et al. 2011a) 最尤法 ● PaPaRa (Berger et al. 2011b) 最節約法
- 72. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS Taxonomic assignment の方法 ● 系統樹に基づく方法 ● pplacer (Matsen et al. 2010) 最尤法 ● RAxML-EPA (Berger et al. 2011a) 最尤法 ● PaPaRa (Berger et al. 2011b) 最節約法 ● 配列の類似度に基づく方法 ● QCauto method (Tanabe and Toju 2013)
- 73. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法 genus Ω species δ genus Ω species γ genus Ψ species β genus Ψ species α 問い合わせ配列
- 74. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法 スコアが最大になる付着箇所を探す genus Ω species δ genus Ω species γ genus Ψ species β genus Ψ species α 問い合わせ配列
- 75. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法 スコア最大の付着箇所を特定 genus Ω species δ genus Ω species γ genus Ψ species β genus Ψ species α 問い合わせ配列
- 76. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法 genus Ω species 不明 genus Ω species δ genus Ω species γ genus Ψ species β genus Ψ species α 問い合わせ配列
- 77. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴
- 78. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要
- 79. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要
- 80. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要 ● 上記が満たされていればどの遺伝子座でも適用可能
- 81. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要 ● 上記が満たされていればどの遺伝子座でも適用可能 ● 上記が満たされていればどの分類群にも適用可能
- 82. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要 ● 上記が満たされていればどの遺伝子座でも適用可能 ● 上記が満たされていればどの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能
- 83. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要 ● 上記が満たされていればどの遺伝子座でも適用可能 ● 上記が満たされていればどの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能 ● 生物学的背景がある
- 84. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統樹に基づく方法の特徴 ● 多重整列が必要 ● 既知系統樹が必要 ● 上記が満たされていればどの遺伝子座でも適用可能 ● 上記が満たされていればどの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能 ● 生物学的背景がある ● 「既知の綱の未知の目」といった答えを正しく出す
- 85. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法による分子同定のイメージ 既知配列 B 既知配列 A 問い合わせ配列 配列空間
- 86. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法による分子同定のイメージ 既知配列 B 既知配列 A 問い合わせ配列 配列空間 属 genus Ω 種 species α 属 genus Ω 種 species β
- 87. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法による分子同定のイメージ 既知配列 B 既知配列 A 問い合わせ配列 属 Ω の 変 異 の 範 囲 配列空間 属 genus Ω 種 species α 属 genus Ω 種 species β
- 88. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法による分子同定のイメージ 既知配列 B 既知配列 A 問い合わせ配列 属 Ω の 変 異 の 範 囲 配列空間 属 genus Ω 種 species ? 属 genus Ω 種 species α 属 genus Ω 種 species β
- 89. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴
- 90. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要
- 91. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要
- 92. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要 ● どの遺伝子座でも適用可能
- 93. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要 ● どの遺伝子座でも適用可能 ● どの分類群にも適用可能
- 94. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要 ● どの遺伝子座でも適用可能 ● どの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能
- 95. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要 ● どの遺伝子座でも適用可能 ● どの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能 ● 生物学的背景がある
- 96. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS QCauto 法の特徴 ● 多重整列が不要 ● 既知系統樹が不要 ● どの遺伝子座でも適用可能 ● どの分類群にも適用可能 ● 現実的な時間で計算可能 ● 生物学的背景がある ● 「既知の綱の未知の目」といった答えを正しく出す
- 97. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル
- 98. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集
- 99. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 いくつかの遺伝子座の 塩基配列解読
- 100. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 いくつかの遺伝子座の 塩基配列解読
- 101. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 いくつかの遺伝子座の 塩基配列解読
- 102. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 いくつかの遺伝子座の 塩基配列解読別の分類群へ？
- 103. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 いくつかの遺伝子座の 塩基配列解読別の分類群へ？ 十分な信頼度で解明できない ことがある
- 104. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 発現遺伝子の 網羅的解読別の分類群へ？
- 105. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 発現遺伝子の 網羅的解読別の分類群へ？ 共通じゃない遺伝子の データは無駄
- 106. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 数十～数百の 単一コピー遺伝子 を解読別の分類群へ？
- 107. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 系統学における研究サイクル 採集 系統樹推定 分類体系の改善 系統仮説の検証 数十～数百の 単一コピー遺伝子 を解読別の分類群へ？ 詳細は次の講演で
- 108. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術
- 109. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology)
- 110. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics)
- 111. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics)
- 112. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など )
- 113. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など ) ● ロングアンプリコンシーケンス
- 114. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など ) ● ロングアンプリコンシーケンス ● SSU/LSU rRNA 全長などが解読可能 (Oxford Nanopore, PacBio, 10xGenomics)
- 115. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など ) ● ロングアンプリコンシーケンス ● SSU/LSU rRNA 全長などが解読可能 (Oxford Nanopore, PacBio, 10xGenomics) – より低レベルの分類階層まで同定しやすく
- 116. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など ) ● ロングアンプリコンシーケンス ● SSU/LSU rRNA 全長などが解読可能 (Oxford Nanopore, PacBio, 10xGenomics) – より低レベルの分類階層まで同定しやすく ● メタ rRNA シーケンス
- 117. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS 今後注目の技術 ● 微小液滴技術 (Micro-droplet technology) ● 細胞を単離してシーケンス (10xGenomics) ● DNA 分子を単離して合成ロングリードシーケンス (Moleculo, 10xGenomics) ● DNA 分子を単離して PCR (Bio-Rad, RainDance など ) ● ロングアンプリコンシーケンス ● SSU/LSU rRNA 全長などが解読可能 (Oxford Nanopore, PacBio, 10xGenomics) – より低レベルの分類階層まで同定しやすく ● メタ rRNA シーケンス ● ユニバーサルプライマーで増幅できない生物を発見可能に
- 118. THE ACCELERATED TAXONOMY AND PHYLOGENETICS まとめ ● メタバーコーディングで高速に新種候補をスクリーニングできる ● メタバーコーディングデータの解析は Claident ● メタゲノムと環境 DNA は適した抽出法が異なる ● イルミナ社 HTS 用ライブラリの構造に注意 ● Taxonomic assignment は系統樹に基づく方法か QCauto 法を推奨 ● 高次系統関係の推定には RNA-seq より単一コピー遺伝子を狙って読む ● 今後は微小液滴技術・ロングアンプリコンシーケンス・メタ rRNA シーケン スに期待