NGS panel creation in ophthalmology

1. NGS офтальмопанель
next generation sequencing
Марианна Иванова,
руководитель ООО “Офтальмик” www.
oftalmic.ru
Москва, ноябрь 2013

2. В чем проблема?
Имеется мощный инструмент для определения
последовательности нуклеотидов в ДНК - секвенатор NGS
(две лидирующих технологии Life Technologies и Illumina).
Имеется общее представление о том, в каких координатах
генома имеются мутации, приводящие к наследственным
глазным заболеваниям.
Все имеющиеся разработанные глазные панели на
основе NGS показали очень низкую диагностическую
точность и специфичность и трудности с клинической
интерпретацией результатов.

3. Имеющиеся решения
1. Inherited disease panel - 327 генов, 700 заболеваний. Проверяют много
разных болезней, но степень чувствительности для каждой из них очень
низкая (часть важных генов, мутирующих при этих болезнях, не вошла в
панель, например, ELOVL4 при болезни Штаргардта)
http://tools.lifetechnologies.
com/content/sfs/brochures/CO25570_Ion_Inherited_Disease_GeneList_Table_
CO25570.pdf
2. Genetic eye disease panel for retinal genes, 226 генов, 2500 USD - цена.
http://oculargenomics.meei.harvard.edu/index.php/dt

4. Недостатки имеющихся решенй
Гены очень разнородны (у некоторых много экзонов, у некоторых мало,
наличие псевдогенов, наличие доказанных патогенных мутаций в
интронах, степень пенетрантности заболевания при определенной
мутации и пр).
В этих решениях технические специалисты и генетики предлагают
очевидный путь создания диагностической панели “от гена”: знаем ген, он
вызывает болезнь, давайте проверим этот ген.
Такая панель клинически не может быть валидирована из-за огромного
объема получаемых данных (более 50 килобаз) и обладает низкой
точностью.

5. Предлагаемое решение
Мы предлагаем создать уникальную диагностическую панель в офтальмологии
на основе принципа уже созданной панели неонатального скрининга на
муковисцидоз, галактоземию и фенилкетонурию (российской компанией
sequoiag.com), единственная NGS диагностическая панель, прошедшая
клиническую валидацию.
Есть список клинических офтальмологических наследственных нозологий,
удовлетворяющих условиям технологической платформы (40 заболеваний, 349
генетических форм заболеваний).
Есть база данных мутаций, описанных и проверенных, со связкой фенотипгенотип корреляция. Есть знание, как сформировать панель.
Есть экспертная команда, четко понимающая цель, задачи и необходимые
ресурсы для ее выполнения.

6. Характеристики и сроки продукта
Диагностическая панель на 40 наследственных глазных заболеваний.
349 генетических форм заболевания, 3880 генов,
45 - 60 килобаз - размер конечной панели.
15 февраля 2014 года - срок окончания разработки панели.
15 апреля 2014 года - получение готовой панели от производителя (Life
Technologies)
15 сентября 2014 - окончание первого этапа клинической валидации
панели.
15 000 рублей стоимость для конечного потребителя.