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130120 ver 1.0                 Coot on Mac OS X 10.6         Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University  1. Co...
2. Cootの起動 (X11が必須!)File → Open Coordinates... → PBD File (Model)を開く        起動画面                                          ...
4. パレットの活用 (Model/Fit/Refine...)                                   (Real Space Refine Zone)                               ...
5. 目的残基への移動                   PDB Fileの選択              目的残基の選択
6. 水分子の付加 (Place Atom At Pointer)                                       リガンドも選択できる。                          水を選択         ...
7. 水分子の自動付加 (Find Waters)                             0.8 ~ 1.0の間                                      2.2 ~ 3.4   水分子として合...
9. リガンドの呼び出し (3文字表記を入力する)8. データの保存                             PDB Fileの選択            File Nameの変更
10. Cootを用いたPDB fileのMerge1. File → Open Coordinates... → 2つのPDB fileを開く2. Draw → Go to Atom → 残基番号の変更3. Calculate → Renum...
11. PDBからの電子密度マップの取得方法 Experimental Details (PDB data 右下) → EDS → Download Maps → Map format: CCP4 → Generate map → Downlo...
File → Auto Open MTZ... → MTZ File (電子密度マップ or フーリエ図)を開く 電子密度マップが表示される                   適当に表示を消す。
PDBとMTZの重なり具合を見る       PDB Fileの選択                     Red: 外れている部分、Green: よく一致している部分                     ※ Peakをクリックすると、そ...
電子密度マップの見方     Red: 間違っているところ(エラー)。     Green: PDB構造上に原子が足りていないところ (エラー)。     Blue: 電子密度が見えている部分 (正常)。 Blueがモデル構造とよく一致するよう...
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  1. 1. 130120 ver 1.0 Coot on Mac OS X 10.6 Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University 1. Coot のダウンロード http://www.ccp4.ac.uk/index.php Mac版を選択 ※ ダウンロード出来ない場合には、右クリック → 別名で保存
  2. 2. 2. Cootの起動 (X11が必須!)File → Open Coordinates... → PBD File (Model)を開く 起動画面 PDB Fileのみ表示設定 3. Cootの基本操作 Active残基1つ進む: スペースキー Active残基1つ戻る: Shift + スペースキー 場所移動: Control + マウス左クリック + カーソル PDB構造の回転: マウス左クリック + カーソル PDB構造の拡大: マウス右クリック + カーソル PDB構造の透過度調整: Control + マウス右クリック + カーソル Rmsd(Sigma)の調整: マウス真ん中
  3. 3. 4. パレットの活用 (Model/Fit/Refine...) (Real Space Refine Zone) 主鎖、および側鎖の自動最適化。 Cαを選択する。Manualでも可能。近くの 電子密度に合わせる (Regid Body Fit Zone) 側鎖固定で最適化 (Auto Fit Rotamer & Rotamers... & Edit Chi Angles) 側鎖の分子内回転、プリップを設定可能。 (Simple Mutate) 残基を他のアミノ酸に変更する。 Real Space Refine Zone との組み合わせ で、S-S結合も導入可能。 (Add Alt Conf...) Multi-formの設定が出来る。 Occupancyの設定。
  4. 4. 5. 目的残基への移動 PDB Fileの選択 目的残基の選択
  5. 5. 6. 水分子の付加 (Place Atom At Pointer) リガンドも選択できる。 水を選択 (※ 3文字表記で入力する) エチレングリコール (EDO) トリス (TRS) グリセロール (GOL) ※ 必ずPDB Fileを指定する Real Space Refine Zoneで 水分子の位置を設定する。 水分子を消す 水素原子を消す
  6. 6. 7. 水分子の自動付加 (Find Waters) 0.8 ~ 1.0の間 2.2 ~ 3.4 水分子として合わない 電子密度の候補(Blob) が表示される。 水分子が付加される。
  7. 7. 9. リガンドの呼び出し (3文字表記を入力する)8. データの保存 PDB Fileの選択 File Nameの変更
  8. 8. 10. Cootを用いたPDB fileのMerge1. File → Open Coordinates... → 2つのPDB fileを開く2. Draw → Go to Atom → 残基番号の変更3. Calculate → Renumber Residues... → Offset分ズラす。4. Calculate → Merge Molecules... これがあとに付け加えられる。5. File → Save Coordinates... → 2つのPDB fileを開く
  9. 9. 11. PDBからの電子密度マップの取得方法 Experimental Details (PDB data 右下) → EDS → Download Maps → Map format: CCP4 → Generate map → Download [name].ccp4.gz CCP4に変更 ダウンロード
  10. 10. File → Auto Open MTZ... → MTZ File (電子密度マップ or フーリエ図)を開く 電子密度マップが表示される 適当に表示を消す。
  11. 11. PDBとMTZの重なり具合を見る PDB Fileの選択 Red: 外れている部分、Green: よく一致している部分 ※ Peakをクリックすると、その残基に移動する。
  12. 12. 電子密度マップの見方 Red: 間違っているところ(エラー)。 Green: PDB構造上に原子が足りていないところ (エラー)。 Blue: 電子密度が見えている部分 (正常)。 Blueがモデル構造とよく一致するように、かつGreenを減らすように、 以下の作業を行う。電子密度マップの調整 (Display Manager) FWT PHWT: BlueにおけるRmsdの変更 DELFWT PHDELWT: RedとGreenにおけるRmsdの変更

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