1. 130120 ver 1.0
Coot on Mac OS X 10.6
Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University
1. Coot のダウンロード
http://www.ccp4.ac.uk/index.php
Mac版を選択
※ ダウンロード出来ない場合には、右クリック → 別名で保存

2. 2. Cootの起動 (X11が必須！)
File → Open Coordinates... → PBD File (Model)を開く
起動画面
PDB Fileのみ表示設定
3. Cootの基本操作
Active残基１つ進む: スペースキー
Active残基１つ戻る: Shift + スペースキー
場所移動: Control + マウス左クリック + カーソル
PDB構造の回転: マウス左クリック + カーソル
PDB構造の拡大: マウス右クリック + カーソル
PDB構造の透過度調整: Control + マウス右クリック + カーソル
Rmsd(Sigma)の調整: マウス真ん中

3. 4. パレットの活用 (Model/Fit/Refine...)
（Real Space Refine Zone）
主鎖、および側鎖の自動最適化。
Cαを選択する。Manualでも可能。近くの
電子密度に合わせる
（Regid Body Fit Zone）
側鎖固定で最適化
（Auto Fit Rotamer & Rotamers... & Edit
Chi Angles）
側鎖の分子内回転、プリップを設定可能。
（Simple Mutate）
残基を他のアミノ酸に変更する。
Real Space Refine Zone との組み合わせ
で、S-S結合も導入可能。
（Add Alt Conf...）
Multi-formの設定が出来る。
Occupancyの設定。

4. 5. 目的残基への移動
PDB Fileの選択
目的残基の選択

5. 6. 水分子の付加 (Place Atom At Pointer)
リガンドも選択できる。
水を選択 （※ ３文字表記で入力する）
エチレングリコール (EDO)
トリス (TRS)
グリセロール (GOL)
※ 必ずPDB Fileを指定する
Real Space Refine Zoneで
水分子の位置を設定する。
水分子を消す
水素原子を消す

6. 7. 水分子の自動付加 (Find Waters)
0.8 ~ 1.0の間
2.2 ~ 3.4
水分子として合わない
電子密度の候補(Blob)
が表示される。
水分子が付加される。

7. 9. リガンドの呼び出し (3文字表記を入力する)
8. データの保存
PDB Fileの選択
File Nameの変更

8. 10. Cootを用いたPDB fileのMerge
1. File → Open Coordinates... → ２つのPDB fileを開く
2. Draw → Go to Atom → 残基番号の変更
3. Calculate → Renumber Residues... → Offset分ズラす。
4. Calculate → Merge Molecules...
これがあとに付け加えられる。
5. File → Save Coordinates... → ２つのPDB fileを開く

9. 11. PDBからの電子密度マップの取得方法
Experimental Details (PDB data 右下) → EDS → Download Maps → Map
format: CCP4 → Generate map → Download [name].ccp4.gz
CCP4に変更
ダウンロード

10. File → Auto Open MTZ... → MTZ File (電子密度マップ or フーリエ図)を開く
電子密度マップが表示される 適当に表示を消す。

11. PDBとMTZの重なり具合を見る
PDB Fileの選択
Red: 外れている部分、Green: よく一致している部分
※ Peakをクリックすると、その残基に移動する。

12. 電子密度マップの見方
Red: 間違っているところ(エラー)。
Green: PDB構造上に原子が足りていないところ (エラー)。
Blue: 電子密度が見えている部分 (正常)。
Blueがモデル構造とよく一致するように、かつGreenを減らすように、
以下の作業を行う。
電子密度マップの調整 (Display Manager)
FWT PHWT: BlueにおけるRmsdの変更
DELFWT PHDELWT: RedとGreenにおけるRmsdの変更