Hyper Guide Tieng Viet

H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04

Bμi 1 B¾t ®Çu sö dông phÇn mÒm
NhÊp chuét vμo biÓu t−îng HyperChem, mμn h×nh lμm viÖc hiÖn lªn nh− sau:

Thanh tiªu ®Ò (title bar)
BiÓu diÔn tªn file ®ang biÓu diÔn trªn cöa sæ. NÕu ch−a l−u file th× tªn sÏ lμ
untitled

Thanh c«ng cô lùa chän (menu bar)

Chøa çc c«ng cô tÝnh to¸n kh¸c: File, Edit (hiÖu chØnh), Build (x©y dùng),
Databases (d÷ liÖu), Setup (®Æt ph−¬ng ph¸p tÝnh), Compute (tÝnh to¸n),
Annotations (ghi chó, diÔn gi¶i), cancel (tho¸t), Script, vμ Help (trî gióp).

Thanh biÓu t−îng c«ng cô (tool bar)
Chøa çc c«ng cô cho phÐp ta vÏ, chän, biÓu diÔn, vμ di chuyÓn çc nguyªn
tö, ph©n tö. PhÇn bªn ph¶i thanh c«ng cô cã chøa çc c«ng cô gióp ta ghi chó
thªm, l−u nhanh, c¾t, d¸n, in, trî gióp.

Mμn lμm viÖc (workspace)
Lμ n¬i biÓu diÔn hÖ ph©n tö hiÖn t¹i.

1


Dßng hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n (status line)
Cho ta biÕt th«ng tin nh− lμ sè nguyªn tö trong mét ph©n tö, hiÖn tr¹ng tÝnh
to¸n, gi¸ trÞ tÝnh to¸n

Trî gióp (help)
Chøa çc h−íng dÉn thªm cho ng−êi sö dông.

Çch sö dông chuét:
Muèn thao t¸c trªn c«ng cô nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét (L-Click) vμo biÓu
t−îng c«ng cô ®ã.
VÝ dô muèn sö dông c«ng cô vÏ, ta di chuyÓn biÓu t−îng chuét ®Õn biÓu
t−îng ®ã vμ nhÊp chuét:

Sö dông bμn phÝm
Thay v× ph¶i dïng chuét ta cã thÓ dïng bμn phÝm ®Ó di chuyÓn ®Õn nh÷ng lùa
chän cÇn thiÕt. VÝ dô ®Ó më select menu ta nhÊn ®ång thêi hai phÝm [Alt] +
[S] ([Alt] vμ [S]). §Ó chän çc lùa chän kh¸c trong hép tho¹i ta nhÊp tiÕp vμo
ký tù t¾t ®−îc g¹ch d−íi trong mçi lùa chän. VÝ dô ®Ó chän tiÕp select all ta
nhÊp ch÷ e trªn bμn phÝm.

2


C¸c phÝm t¾t kh¸c:
Ctrl + N T¹o trang lμm viÖc míi
Ctrl + O Më file
Ctrl + S L−u file (save) trong File menu
Ctrl + X C¾t (cut) trong File menu
Ctrl + C Copy (copy) trong Edit menu
Ctrl + V D¸n (paste) trong Edit menu
Alt + F4 Tho¸t khái HyperChem
Ctrl + D Xo¸ (delete) trong Annotations menu
Ctrl + K Lùa chän tiÕp (select next) trong Annotations menu
Ctrl + L Lùa chän phÇn tr−íc (select previous) trong Annotations
menu
Ctrl + F Di chuyÓn tiÕp (move forward) trong Annotations menu
Ctrl + B Di chuyÓn trë l¹i (move backward) trong Annotations
menu
Spacebar Di chuyÓn hÖ ph©n tö vμo trung t©m vμ biÓu diÔn theo tû
lÖ mμn lμm viÖc.
F2 Tr¶ l¹i kiÓu biÓu diÔn lóc tr−íc (last rendering) trong
Display menu
F9 Copy h×nh ¶nh (copy image) trong Edit menu
Esc Nh− môc tho¸t (cancel) trªn thanh c«ng cô

C¸c c«ng cô quan träng trªn thanh céng cô

3


C¸c thao t¸c trªn HyperChem

Më mét file vÝ dô: VÝ dô më file cã ®u«i HIN.
1. Di chuyÓn con trá chuét ®Õn File trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp tr¸i chuét (L-click) vμo File mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:

3. NhÊp tr¸i chuét vμo Open. Mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau:

4


4. NÕu mμn h×nh list vÉn cßn c¸c chÊt kh¸c, cã thÓ kÐo thanh tr−ît ®Ó t×m
kiÕm.

§Ó kÐo thanh tr−ît ta nhÊp tr¸i biÓu t−îng chuét vμo thanh tr−ît, gi÷ nguyªn
nh− thÕ vμ rª chuét theo chiÒu muèn kÐo.
5. Muèn më file nμo ta chØ cÇn nhÊp tr¸i (L-click) chuét vμo file ®ã råi nhÊn
tiÕp vμo nót Open trªn list

Trªn mμn h×nh sÏ hiÖn ra ph©n tö chøa trong file

5


C¸ch sö dông Display Settings

Display settings chøa c¸c lùa chän ®Ó biÓu diÔn hÖ ph©n tö trªn trang lμm
viÖc

§Ó më Display menu ta thùc hiÖn nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng Display trªn thanh c«ng cô. Mμn h×nh khi
®ã hiÖn ra nh− sau:

Sö dông nh·n (Labels)

6


NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display. Hép tho¹i Labels hiÖn ra víi çc
lùa chän kh¸c nhau, ta cã thÓ lùa chän h×nh thøc nh·n biÓu hiÖn cña çc
nguyªn tö trong hÖ.

Atoms
None Bá tÊt c¶ çc nh·n.
Symbol BiÓu t−îng nguyªn tö, vÝ dô C, O, N..
Name Tªn cña nguyªn tö theo ng©n hμng d÷ liÖu, vÝ dô
CA, CB ®èi víi cacbon alpha vμ beta.
Sè thø tù t¹o nguyªn tö.
Number
Type KiÓu nguyªn tö, theo t¸c ®éng cña tr−êng lùc, vÝ
dô CT ®èi víi cacbon tø diÖn trong tr−êng lùc
AMBER.
Charge §iÖn tÝch thùc cña nguyªn tö.
Spin Tæng spin thùc (alpha-beta) cña mét nguyªn tö
Poputation
Mass Khèi l−îng nguyªn tö
Basis set TËp hîp hμm c¬ b¶n ¸p dông cho nguyªn tö
Chirality R hoÆc S
RMS Gradient GÝa trÞ v« h−íng cña vect¬ biÕn thiªn m« t¶ tr−êng
lùc trªn mét nguyªn tö.
Custom §Æt tuú chän.
Residues
None Bá tÊt c¶ çc nh·n.
Name Tªn hîp phÇn, vÝ dô: TRP, ILE.
Sequence Thø tù hîp phÇn tõ hîp phÇn ®u«i N (N-
teminus).1,2,3
Name+Seq C¶ tªn lÉn thø tù.
Bonds

7


None Bá tÊt c¶ çc nh·n
Bond Length §é dμi liªn kÕt gi÷a çc nguyªn tö
Bond Order Thø tù liªn kÕt tÝnh to¸n theo c¬ häc l−îng tö.

H×nh thøc biÓu diÔn ph©n tö:
Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn çc ph©n tö kh¸c nhau trong hÖ.

Thay ®æi h×nh thøc biÓu diÔn:
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Rendering trong Display menu
Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra nh− sau:

NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong nh÷ng h×nh thøc biÓu diÔn, vÝ dô chän Balls
and Cylinders (kiÓu h×nh cÇu vμ h×nh trô) th× trªn mμ h×nh çc nguyªn tö cña
hÖ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng h×nh cÇu, liªn kÕt d¹ng h×nh trô nh− sau:

8


Chó ý: HyperChem cßn cã c¸c kiÓu biÓu diÔn kh¸c:
- Sticks: KiÓu que.
- Balls : KiÓu h×nh cÇu.
- Overlapping Spheres: KiÓu h×nh cÇu chång lªn nhau.
- Dots: KiÓu chÊm.
- Sticks & Dots: KiÓu chÊm - g¹ch.

§Æt mÇu nÒn trang lμm viÖc
§Ó ®Æt mμu nÒn trang lμm viÖc ta lμm nh− sau:
1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Preferences trong File menu.
2. TÝch chän môc Window Color trong hép tho¹i Preferences. Mμu ngÇm
®Þnh cho trang lμm viÖc cña HyperChem lμ mμu ®en:

9


3. TÝch chän White råi nhÊp OK ®Ó xem biÓu diÔn mμu nÒn cña mμn lμm
viÖc. Mμu nÒn lóc nμy lμ mμu tr¾ng:

Chó ý: NÕu ta ®Æt mμu kh¸c th× nÒn sÏ cã mμu kh¸c:
- Black: Mμu ®en.
- Blue: Mμu xanh n−íc biÓn.
- Green: Mμu xanh da trêi.
- Cyan: Mμu lôc lam.
- Red: Mμu ®á.
- Violet: Mμu tÝa.
- Yellow: Mμu vμng.
- White: Mμu tr¾ng.

§Æt mμu s¾c liªn kÕt trong ph©n tö
1. TÝch chän Preferences trong File menu.

10


2. Chän môc Bond Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän mμu mμ ta
muèn ®Æt cho liªn kÕt. VÝ dô ta chän mμu ®en (Black). H×nh ¶nh biÓu diÔn
trªn mμn lμm viÖc sÏ nh− sau:

Chó ý: Tuú theo ta chän mμu nμo, liªn kÕt sÏ ®−îc biÓu diÔn theo
mμu Êy. HyperChem ngÇm ®Þnh mμu cho liªn kÕt theo çc nguyªn tè,
nhê ®ã ta cã thÓ quan s¸t dÔ dμng çc liªn kÕt kh¸c nhau, tuy nhiªn
®iÒu ®ã kh«ng cã lîi trong khi ta ph¶i in ®en tr¾ng.

Mμu s¾c cña nguyªn tè
HyperChem ngÇm ®Þnh mμu s¾c cña çc nguyªn tè ®Æc tr−ng nh− sau:

Nguyªn tè Mμu ngÇm ®Þnh

11


Cacbon Lôc lam
Nit¬ Xanh
Oxy §á
Flo Vμng
L−u huúnh Vμng
Natri TÝa
Kali Týa
S¾t §á
Coban Xanh
§ång Xanh l¸ c©y
Brom Vμng
Iot §á
Vμng Vμng
TÊt c¶ çc nguyªn Mμu tr¾ng
tè cßn l¹i

Ta cã thÓ ®Æt l¹i mμu s¾c biÓu diÔn çc nguyªn tè theo s¸u mμu chuÈn, céng
víi mμu tr¾ng vμ mμu ®en. HyperChem sö dông mét tËp hîp mμu ngÇm ®Þnh.
NÕu ta thay ®æi mμu s¾c cña mét nguyªn tè, ta vÉn cã thÓ trë l¹i víi mμu
ngÇm ®Þnh b»ng çch nhÊp vμo Revert trong hép tho¹i sau:

§Ó ®Æt mμu míi cho nguyªn tè ta lμm nh− sau:
1. NhÊp tr¸i chuét chän Element color trong Display menu.
2. NhÊp tr¸i chuét vμo tªn nguyªn tè muèn ®æi mμu.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo mμu muèn ®æi.
4. NhÊp OK ®Ó chän.
5. §Ó trë l¹i mμu ngÇm ®Þnh nhÊp Revert.

§Æt chÕ ®é Copy h×nh ¶nh

12


§©y lμ phÇn kh¸ thó vÞ nÕu ta muèn lÊy h×nh ¶nh cña HyperChem chuyÓn
qua tr×nh øng dông kh¸c, vÝ dô nh− tr×nh Word cña Microsoft.

1. NhÊp tr¸i chuét chän Preferences trong File menu. Chän môc Setup
Image. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy nh− sau:

2. §Æt c¸c lùa chän nh− trªn h×nh vÏ. NhÊp OK ®Ó chän.
3. NhÊp F9 hoÆc nhÊp tr¸i chuét chän Copy Image trong Edit menu.
4. NhÊp OK nÕu HyperChem ®Æt ra c©u c¶nh b¸o nμo.
C¶ cña sæ mμn lμm viÖc cña HyperChem sÏ ®−îc Copy. NÕu ta d¸n qua
Word th× sÏ thÊy nh− sau:

13


Chó ý: HyperChem cho ta nhiÒu lùa chän ®Ó copy h×nh ¶nh.
Top leve Copy c¶ çc hép tho¹i vμ menu kÐo
Window
xuèng nÕu ta nhÊp vμo Copy image
(Cöa sæ) thay v× nhÊp F9.
Workspace ChØ Copy phÇn mμn lμm viÖc.
HyperChem Copy c¶ cöa sæ lμm viÖc HyperChem
Full screen Copy c¶ mμn h×nh, kÓ c¶ çc cöa sæ
kh¸c.
Bitmap L−u kiÓu file cã ®u«i .bmp. Dïng
File format
mμu chuÈn. ThÝch hîp l−u cho biÓu
(KiÓu file)
diÔn ph©n tö kiÓu h×nh cÇu, çc biÓu
®å cña tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n, tÝnh to¸n
b¸n kinh nghiÖm.
RGB Bitmap Gièng nh− .bmp, dïng ®ñ 24 mμu.
Kh¸ h¹n chÕ trong çc øng dông
kh¸c kh«ng cã chÕ ®é 24 mμu.
Metafile File ®u«i më réng lμ .wmf. ThÝch
hîp ®Ó l−u víi çc kiÓu biÓu diÔn
ph©n tö nh− Sticks, Ball and
Cylinder, Dots vμ Stick & Dots.
Detination(N¬i File HyperChem l−u ¶nh cã phÇn ®u«i lμ
®Æt file) .bmp hay .wmf vμo trong file.
Clipboard L−u ¶nh vμo bé nhí t¹m thêi, mçi
lÇn ®−îc mét ¶nh.
Color TÝch chän ®Ó l−u h×nh ¶nh víi mμu
s¾c ®Çy ®ñ, nÕu kh«ng nã chØ cã

14


d¹ng ®en tr¾ng.
Cursor TÝch chän ®Ó ®iÓm trá chuét cã
trong ¶nh.
Filename Dïng ®Ó ®Æt tªn vμ vÞ trÝ file ®Æt ¶nh.

Tho¸t khái HyperChem
Cã nhiÒu c¸ch ®Ó tho¸t khái ch−¬ng tr×nh lμm viÖc
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Exit trong Menu file
2. NhÊp Alt + F4

§äc thªm: Ch−¬ng 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual.

15


Bμi 2. VÏ vμ hiÖu chØnh
VÏ nguyªn tö vμ liªn kÕt
§Ó vÏ nguyªn tö ta cÇn cã b¶ng lùa chän çc nguyªn tè.

Cã hai çch ®Ó thùc hiÖn ®iÒu nμy
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Default Element trong Menu Build.
1. NhÊp liªn tôc hai lÇn chuét tr¸i (Double-click) vμo c«ng cô Vï

B¶ng lùa chän çc nguyªn tè hiÖn ra nh− sau:

§Ó lùa chän nguyªn tè nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tè ®ã.
2. Muèn biÕt thuéc tÝnh cña tõng nguyªn tè ta chØ viÖc nhÊp vμo biÓu t−îng
thuéc tÝnh (Properties) trong tho¹i, b¶ng çc thuéc tÝnh cña nguyªn tè sÏ
xuÊt hiÖn.

Sau khi ®· lùa chän nguyªn tè muèn vÏ, nhÊp tr¸i chuét lªn mμn lμm viÖc ta
sÏ ®−îc nguyªn tè muèn vÏ.
Mμn h×nh hiÖn ra cã d¹ng nh− sau:

16


3. Muèn vÏ liªn kÕt ta chØ viÖc nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nμy ®Õn vÞ
trÝ kh¸c muèn vÏ. NÕu ®Çu kia lμ mét nguyªn tè kh¸c th× ta ph¶i lùa chän
nguyªn tè l¹i sau ®ã còng nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nguyªn tè ban
®Çu ®Õn vÞ trÝ mμ nguyªn tè thø hai muèn biÓu diÔn.

4. §Ó vÏ ph©n tö d¹ng vßng ta nhÊn vμ rª chuét nèi c¸c nguyªn tè víi nhau.

17


5. T¹o liªn kÕt ®«i, ba b»ng çch nhÊp tr¸i chuét vμo chÝnh liªn kÕt ®ã.
6. T¹o vßng liªn hîp b»ng çch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo liªn kÕt
vßng ®· ®−îc vÏ.
7. Thªm nhanh nh÷ng nguyªn tö Hydro cßn thiÕu trong ph©n tö, nÕu cã
b»ng çch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo biÓu t−îng c«ng cô lùa
chän trªn thanh c«ng cô.

Chän nguyªn tö (Selecting Atoms)
Trong phÇn nμy ta häc nh÷ng kü thuËt c¬ b¶n ®Ó lùa chän mét nguyªn tö,
nhãm nguyªn tö hay mét tËp hîp nμo ®ã ®ang biÓu diÔn trªn trang lμm viÖc.

§Ó ®Æt çc h×nh thøc chän cã mét sè b−íc sau:
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Select menu. Trªn mμn h×nh hiÖn ra nh− sau:

18


2. NÕu çc nguyªn tö ch−a ®−îc chän th× h·y nhÊp chuét tr¸i vμo Atoms ®Ó
chän.
TiÕp theo t¾t chän nhiÒu (Multiple Selections) b»ng çch nhÊp chuét tr¸i bá
dÊu tÝch (√).

Khi ta tÝch chän Atoms, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän nguyªn tö, víi
c«ng cô lùa chän, khi ®ã ta cã thÓ lùa chän çc nguyªn tö, liªn kÕt vμ gãc
riªng. Giíi h¹n nμy vÉn ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta chän Residures hoÆc
Molecules.

Chó ý: Sö dông lùa chän Atoms nÕu ta kh«ng muèn chän çc hîp phÇn
hay çc ph©n tö.

19


Chän nguyªn tö
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän (select) trªn thanh c«ng cô, sau ®ã
di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc.
2. §Æt con trá chuét vμo nguyªn tö muèn chän vμ nhÊp tr¸i chuét.
Nguyªn tö ®−îc chän sÏ ®−îc khoanh vïng s¸ng h¬n çc nguyªn tö kh¸c.
3. Muèn chän liªn kÕt nμo ta nhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt ®ã.
4. Muèn chän tÊt c¶ çc nguyªn tö trong mμn lμm viÖc, ta thùc hiÖn b»ng
çch di chuyÓn chuét ®Õn kho¶ng trèng cña trang lμm viÖc vμ nhÊp ph¶i
chuét (R-click)

Chó ý: nguyªn tö ®−îc lùa chän ®−îc m« t¶ trªn dßng hiÖn tr¹ng:
Sè chØ thø tù t¹o ra nguyªn tö trong ph©n tö
Atom
number
Tªn nguyªn tè.
Element
name
Tªn nguyªn tö, xuÊt hiÖn khi chän nguyªn tö trong
Atom name
protein hoÆc amino axit.
Tr−êng lùc ¸p dông cho kiÓu nguyªn tö (amber,
Force Field
mm+, bio+ hoÆc opls).
KiÓu nguyªn tö
Atom type
§iÖn tÝch nguyªn tö
Charge
To¹ ®é cña nguyªn tö theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö.
Atomic
coordinates

20


Chän nhãm nguyªn tö
§Ó chän mét nhãm nguyªn tö ta dïng kiÓu chän h×nh ch÷ nhËt
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp ®ång thêi tr¸i vμ ph¶i chuét, gi÷a nh− vËy vμ rª t¹o h×nh ch÷ nhËt
chøa çc nguyªn tö muèn chän.
3. Nh¶ chuét th× tÊt c¶ çc nguyªn tö trong h×nh ch÷ nhËt ®−îc chän

Chän thªm mét nhãm nguyªn tö
1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Multiple select trong Select menu
2. Rª chuét chän nhãm nguyªn tö míi theo h×nh ch÷ nhËt nh− trªn.

Chän çc hîp phÇn (Residures)
Khi ta tÝch chän Residures, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän çc hîp phÇn.
Hîp phÇn ph¶i cã nguån gèc tõ Databases menu hoÆc tõ ng©n hμng d÷ liÖu
Protein. HyperChem kh«ng nhËn ra nh÷ng hîp phÇn do ta vÏ tõ çc nguyªn
tö.

Chó ý: NÕu kh«ng cã hîp phÇn nμo trong ph©n tö th× Residures ho¹t
®éng nh− Atoms.

21


§Ó chän hîp phÇn ta cã çc çch sau:
1. NhÊp tr¸i chuét vμo hîp phÇn ta muèn chän. NÕu c«ng cô lùa chän chän
lªn mét ph©n tö, nã sÏ chän hîp phÇn gÇn nhÊt víi nã.
2. NhÊp ph¶i chuét vμo hîp phÇn ®Ó bá lùa chän nã.
3. Chän Muiltiple trong Select menu ®Ó chän nhiÒu mμ kh«ng ph¶i lo¹i bá
bÊt kú lùa chän nμo tr−íc ®ã.
4. NhÊp tr¸i chuét vμo vïng trèng trªn mμn lμm viÖc ®Ó chän tÊt c¶ çc
nguyªn tö trong hÖ ph©n tö. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng mμn lμm
viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶ çc lùa chän.

Hîp phÇn lùa chän ®−îc m« t¶ trªn dßng hiÖn tr¹ng:

Sè thø tù t¹o hîp phÇn cã thÓ sÏ lμ 0 cho tÊt c¶ çc
Number of
hîp phÇn.
residures
selected
§©y lμ tªn vμ thø tù nèi tiÕp cña hîp phÇn ta chän.
Residure
name and
number

Chän c¶ ph©n tö (Molecules)
Khi ta tÝch chän Molecules, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän ph©n tö riªng.
H×nh thøc lùa chän nμy ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta tÝch chän kiÓu chän kh¸c.

Çc kiÓu lùa chän ph©n tö gièng nh− ®èi víi lùa chän hîp phÇn vμ lùa chän
nguyªn tö:
1. NhÊp tr¸i chuét lªn mét ph©n tö ®Ó chän nã. NÕu c«ng cô lùa chän ë gÇn
hai ph©n tö th× nã sÏ chän ph©n tö gÇn nhÊt.

22


Lo¹i bá lùa chän
1. NhÊp ph¶i chuét vμo nguyªn tö ®· chän, nÕu kh«ng muèn chän nguyªn tö
®ã n÷a.
2. NhÊp ph¶i chuét vμo gi÷a liªn kÕt nÕu muèn kh«ng chän liªn kÕt ®ã.
3. NhÊp ph¶i chuét vμo kho¶ng trèng trong trang lμm viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶
çc nguyªn tö ®· chän.
Mμu s¾c biÓu diÔn khi lùa chän

TÝch chän môc Select Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän Thick
line (§−êng ®Ëm) th× khi lùa chän çc ®−êng biÓu diÔn sù lùa chän sÏ ®Ëm
h¬n:

Chó ý: Khi ta chän çc mμu kh¸c th× khi lùa chän phÇn lùa chän sÏ cã

23


kiÓu mμu t−¬ng øng.

Chän phÇn bï (Complement Selection)
Ta thùc hiÖn chän phÇn bï ®Ó chän tÊt c¶ nh÷ng phÇn ch−a ®−îc chän vμ bá
lùa chän ®èi víi phÇn ®· chän. C¸ch thùc hiÖn lμ nhÊp vμo Complement
Selection trong Select menu.

Hép tho¹i lùa chän (Select Dialog Box)

Ta th−êng quan t©m ®Õn hép tho¹i lùa chän khi cã sù lùa chän ®Æc biªt, vÝ dô
nh− chØ chän nguyªn tö nμo ®ã hoÆc chØ chän mét hîp phÇn nμo ®ã.

Chän nguyªn tö víi gi¸ trÞ x¸c ®Þnh theo mét
By string
chuçi gi¸ trÞ kh¸c nhau. NhÊp tr¸i chuét vμo mét
nót ®Ó xem chuçi gi¸ trÞ thÝch hîp trong « bªn
ph¶i. Chuçi gi¸ trÞ kh¸c nhau m« t¶ tËp hîp c¸c
nguyªn tö cã thÓ chän ®−îc nh− sau:
Atom Symbol BiÓu t−îng nguyªn tè quy −íc cho mçi nguyªn tö,

24


nh− lμ C, N, O, F
Tªn quy −íc cho mét nguyªn tö trong amino axit
Atom Name
hoÆc nucleic axit. ChØ ¸p dông cho cho tªn ®Þnh
nghÜa trong çc mÉu ®èi víi çc thμnh phÇn cña
ph©n tö lín. VÝ dô lμ CA, 1HA, 2HA ®èi víi
cacbon alpha nèi víi hydro.
KiÓu nguyªn tö trong c¬ häc ph©n tö nh− lμ CT,
Atom Type
HC
Tªn cña mét hîp phÇn amino axit hoÆc nucleic
Residue Name
axit, nh− lμ GLY, ALA,
TËp hîp hμm c¬ b¶n tÝnh theo Ab initio hoÆc DFT
Basis Set
quy cho nguyªn tö. VÝ dô: 6-31G*.
Sù bÊt ®èi xøng, R hoÆc S, quy cho nguyªn tö bÊt
Chirality
®èi.
D·y çc phÇn lùa chän ®−îc ®Æt tªn tr−íc ®ã. D·y
Named Selection
nμy gåm cã çc lùa chän ®Þnh tr−íc nh− lμ LINE,
POINT vμ PLANE, cã c¶ çc tªn theo biÓu t−îng
nguyªn tè quy −íc nh− lμ C, N, O, F
Lo¹i bá phÇn lùa chän ®−îc ®Æt tªn nμo ®ã khái
Remove
list.

Chän mét nguyªn tö theo mét gi¸ trÞ x¸c ®Þnh
By Number
tõ mét d·y çc gi¸ trÞ sè kh¸c nhau. NhÊp tr¸i
chuét vμo mét nót ®Ó chän kiÓu sè muèn chän
sau ®ã ®¸nh gi¸ trÞ sè vμo çc « thÝch hîp ë bªn
ph¶i.
Chän nguyªn tö theo sè thø tù t¹o ra nã trong
Atome Number
ph©n tö.
Chän hîp phÇn theo sè thø tù nèi tiÕp trong
Residue Number
ph©n tö.
Theo thø tù t¹o ph©n tö.
Molecule Number
Theo khèi l−îng nguyªn tö
Atomic Mass
Theo sè thø tù nguyªn tö trong b¶ng hÖ thèng
Atomic Number
tuÇn hoμn.
Theo ®iÖn tÝch nguyªn tö tÝnh trong c¬ häc
Electric Charge
l−îng tö.
Chän theo c¨n bËc hai b×nh ph−¬ng trung b×nh
RMS gradient
cña gradient.
Chän theo mËt ®é spin, dùa theo l−îng electron
Spin Population
alpha (h−íng lªn) vμ electrong beta(h−íng
xuèng)

25


Value Gi¸ trÞ sè dïng ®Ó ®Æt cho kiÓu lùa chän thÝch
hîp.
For Molecule(s) Chän tÊt c¶ çc ph©n tö, nÕu kh«ng tÝch th× sÏ
giíi h¹n theo list.

Chän theo chuçi (String)
1. Chän Select trong Select menu.
2. NhÊp tr¸i chuét chän By String trong hép tho¹i.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong çc nót thÝch hîp.
4. NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong çc gi¸ trÞ biÓu diÔn ë « bªn ph¶i.

Chän theo sè
1. Chän Select trong Select menu.
2. Chän By Number trong hép tho¹i.
3. TÝch chän vμo nót thÝch hîp ®Ó chän.
4. §¸nh gi¸ trÞ phï hîp theo kho¶ng hoÆc x¸c ®Þnh.
5. NÕu tÝch chän For Molecule (s) ®Ó x¸c ®Þnh mét tËp hîp hoÆc giíi h¹n
çc ph©n tö. NÕu kh«ng tÝch chän tÊt c¶ çc ph©n tö lμ ngÇm ®Þnh.
Tªn phÇn lùa chän (Name Selection)
§Æt tªn phÇn lùa chän gióp ta dÔ dμng chän l¹i chóng vμo lÇn sau. Tªn phÇn
lùa chän cã thÓ lμ: POINT, LINE, PLANE, REACTANT, PRODUCT,
PLOT1, PLOT2, GHOST ATOMS, NMR ATOMS, QUANTUM ATOMS
hoÆc tªn do ta ®Æt (tèi ®a 19 ký tù)

T©m khèi cña çc nguyªn tö ®· chän.
POINT
§−êng th¼ng gi÷a hai hay nhiÒu nguyªn tö, hoÆc lμ
LINE

26


trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt.
MÆt ph¼ng t¹o bëi trôc thø nhÊt vμ trôc qu¸n tÝnh thø
PLANE
hai cña çc nguyªn tö ®· chän
Tªn phÇn çc nguyªn tö chÊt ph¶n øng. Dïng ®Ó t×m
REACTANT
tr¹ng th¸i chuyÓn tiÕp trong ph¶n øng. ChØ ho¹t ®éng
khi ta chän mét nöa sè nguyªn tö trªn mμn lμm viÖc.
Tªn çc nguyªn tö cña s¶n phÈm. Dïng ®Ó t×m tr¹ng
PRODUCT
th¸i chuyÓn tiÕp. Ho¹t ®éng ®ång thêi víi Reactant.
Tªn chøa mét tËp hîp cña 2, 3 hay 4 nguyªn tö cïng
PLOT1
x¸c ®Þnh mét ®é dμi liªn kÕt, mét gãc liªn kÕt hay
mét xo¾n liªn kÕt ®Ó x¸c ®Þnh sù biÕn thiªn thÕ n¨ng
trong kh«ng gian mét chiÒu hoÆc hai chiÒu.
Dïng ®Ó x¸c ®Þnh sù biÕt thiªn thÕ n¨ng trong kh«ng
PLOT2
gian hai chiÒu.
Chøa tËp hîp çc nguyªn tö ®−îc coi lμ çc nguyªn tö
GHOST
mê (ma) khi tÝnh to¸n Ab initio hoÆc DFT.
ATOMS
Chøa çc nguyªn tö ®−îc quy cho spin nh©n vμ sö
NMR ATOMS
dông trong tÝnh to¸n HyperNMR.
Chøa tËp hîp çc nguyªn tö ®−îc x¸c ®Þnh lμ çc
QUANTUM
nguyªn tö l−îng tö trong sù pha tréng gi÷a tÝnh to¸n
ATOMS
c¬ häc l−îng tö vμ c¬ häc ph©n tö (MM/QM).
Tªn do ta ®Æt
Other

Xo¸ nguyªn tö
Xo¸ mét nguyªn tö ®¬n hoÆc mét liªn kÕt ®¬n
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp ph¶i chuét vμo nguyªn tö hoÆc vμo gi÷a liªn kÕt muèn xo¸. Khi ®ã
nguyªn tö hoÆc liªn kÕt sÏ biÕn mÊt.

Xo¸ nhiÒu nguyªn tö
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô chän trªn thanh c«ng cô.
2. Rª chuét chän nh÷ng nguyªn tö muèn xo¸.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo Clear (xo¸ s¹ch) trong Edit menu.
Hép tho¹i xuÊt hiÖn hái cã thùc sù muèn xo¸ phÇn lùa chän kh«ng.
4. Chän Yes nÕu muèn xo¸.
5. Chän No nÕu kh«ng muèn xo¸.

27


Copy nguyªn tö vμo bé nhí t¹m thêi (Clipboard)
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô chän trªn thanh c«ng cô.
2. NhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt hoÆc nguyªn tö muèn chän.
3. Chän Copy trong Edit menu.
4. Chän Paste trong Edit menu.
Mét b¶n copy cña çc nguyªn tö ®· chän sÏ ®−îc d¸n vμo trong mμn lμm
viÖc.

§Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho nguyªn tö trong hÖ
Ta hoμn toμn cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho mét nguyªn tö nμo ®ã trong
ph©n tö. §iÖn tÝch h×nh thøc trong HyperChem ®Þnh s½n lμ çc gi¸ trÞ nguyªn.
Nªó ta muèn ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho nguyªn tö nμo ®ã th× çch lμm nh−
sau:
1. Chän nguyªn tö muèn ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc.
2. NhÊp tr¸i chuét chän Set Formal Charge trong Build menu.
Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn nh− sau:

Ta cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc thÝch hîp cho nguyªn tö ®· chän.

0-Neutral Trung tÝnh
+1-Singly Positive D−¬ng mét
-1-Singly Negative ¢m mét
+2-Doubly Positive D−¬ng hai
-2-Doubly Negative ¢m hai
+3-Triply Positive D−¬ng ba
-3-Triply Negative ¢m ba

28


NÕu nh− nhiÒu nguyªn tö ®−îc chän th× Set Formal Charge kh«ng ho¹t ®éng,
khi ®ã ta cã kiÓu ®Æt ®iÖn tÝch kh¸c.
Chó ý: §iÖn tÝch h×nh thøc chØ cã ý nghÜa biÓu diÔn, kh«ng cã gi¸ trÞ tÝnh
to¸n.

§Æt ®iÖn tÝch thùc
HyperChem cã thÓ tÝnh to¸n ®iÖn tÝch cña tõng nguyªn tö riªng biÖt trong
ph©n tö, nh−ng ta còng cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch theo ý muèn.

Çch lμm nh− sau:
1. Chän nguyªn tö hay nhãm nguyªn tö muèn ®Æt ®iÖn tÝch.
Hép tho¹i ®Æt ®iÖn tÝch xuÊt hiÖn:

§¸nh gi¸ trÞ ®iÖn tÝch thÝch hîp mμ ta muèn. NhÊp OK ®Ó chän.
Khi ®ã çc nguyªn tö ®· chän sÏ cã cïng ®iÖn tÝch mμ ta ®¸nh vμo.

§Æt khèi l−îng nguyªn tö
Çch lμm t−¬ng tù nh− ®Æt ®iÖn tÝch nguyªn tö ë trªn, b»ng çch nhÊp tr¸i
chuét vμo Set mass trong Build menu.

§Æt ®é dμi liªn kÕt
§Æt ®é dμi liªn kÕt cho phÐp ta ®Æt ®é dμi liªn kÕt ®· chän theo ý muèn.
1. NhÊp chän liªn kÕt muèn ®Æt l¹i ®é dμi.
2. NhÊp chän Set Bond Length trong Edit menu. §¸nh gi¸ trÞ muèn ®Æt vμo
hép tho¹i lùa chän.

NhÊp OK ®Ó thùc hiÖn thay ®æi ®é dμi liªn kÕt ®· chän.

29


Chó ý: Liªn kÕt chän ®Ó thay ®æi kh«ng ®−îc lμ liªn kÕt trong vßng.

§Æt gãc liªn kÕt

Çch lμm t−¬ng tù nh− ®Æt ®é dμi liªn kÕt trªn, nh−ng ta ph¶i chän gãc liªn
kÕt vμ tÝch chän Set Bond Angle trong Edit menu ®Ó më hép tho¹i lùa chän.

§Æt xo¾n liªn kÕt
Ta còng thùc hiÖn nh− çch ®Æt ®é dμi liªn kÕt trªn, nh−ng ta ph¶i chän bèn
nguyªn tö liªn tiÕp t¹o gãc xo¾n muèn thay ®æi, tÝch chän Set Bond Torsion
trong Edit menu.

§Æt nh·n riªng
Ta cã thÓ ghi chó nh·n tuú ý cho nguyªn tö lùa chän, çch lμm t−¬ng tù nh−
®Æt ®iÖn tÝch nguyªn tö trªn. Ta tÝch chän Set Custom Label trong Build
menu ®Ó më hép tho¹i vμ ®¸nh nh·n mμ m×nh muèn vμo ®ã.

§Æt kiÓu nguyªn tö (Atom Type)
KiÓu nguyªn tö chØ cã ý nghÜa khi ta thùc hiÖn tÝnh to¸n theo c¬ häc ph©n tö,
kh«ng cã gi¸ trÞ g× khi ta tÝnh to¸n b¸n kinh nghiÖm. KiÓu nguyªn tö còng
®−îc ngÇm ®Þnh theo çc thiÕt lËp ®Þnh s½n nÕu ta kh«ng thay ®æi g×. Ta
kh«ng nªn ®Æt l¹i kiÓu nguyªn tö nÕu kh«ng râ vÒ nã.
Çch ®Æt kiÓu nguyªn tö nh− çch ®Æt ®iÖn tÝch ë trªn, ta chän nguyªn tö
muèn ®Æt l¹i kiÓu, tÝch chän Compile Type Rules trong Build menu. Hép
tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn vμ ta chän kiÓu nguyªn tö mμ m×nh mong muèn.

§äc thªm: Atom types trang 177- ch−¬ng 11-quyÓn Computational
Chemistry.

Thay ®æi çc thuéc tÝnh h×nh häc

C−ìng bøc h×nh häc
Víi çc kiÓu c−ìng bøc trong HyperChem gióp ta uèn, thay ®æi gãc, ®é dμi
liªn kÕt theo mong muèn. ViÖc c−ìng bøc nh− vËy lu«n ¶nh h−ëng ®Õn tÝnh
to¸n vμ kÕt qu¶ cuèi cïng. Tuy nhiªn HyperChem kh«ng ph¶i lóc nμo còng

30


cho ta ®−îc ngay h×nh häc mong muèn, v× vËy ®©y lμ mét trong nh÷ng c«ng
cô h÷u Ých.

Chó ý: C−ìng bøc h×nh häc chØ ho¹t ®éng khi mét nguyªn tö ®−îc chän.

§Ó c−ìng bøc h×nh häc ta lμm nh− sau:
1. Chän mét nguyªn tö trong hÖ.
2. TÝch chän Constrain Geometry trong Build menu.
Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn:

3. TÝch chän h×nh thøc c−ìng bøc mμ ta muèn, nhÊp OK ®Ó chän.
4. Lo¹i bá lùa chän nguyªn tö.
5. NhÊp vμo Model Build ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc ®· chän.
TÊt c¶ c¸c gãc liªn kÕt nèi víi nguyªn tö ®−îc chän sÏ chÞu c−ìng bøc.
Chó ý: Ta còng cã thÓ bá nh÷ng c−ìng bøc võa thùc hiÖn b»ng c¸ch tÝch
chän Computed trong hép tho¹i c−ìng bøc vμ nhÊp vμo Model Build
trong Build Menu ®Ó x©y dùng l¹i cÊu tróc theo tr×nh x©y dùng.

Kh«ng c−ìng bøc. Tr×nh x©y dùng quyÕt ®Þnh
Computed
h×nh häc.
C−ìng bøc hai liªn kÕt t¹o gãc 1800..
Linear
C−ìng bøc t¹o mÆt ph¼ng tam gi¸c, mçi cÆp
Trigonal
liªn kÕt t¹o gãc 1200.
C−ìng bøc t¹o tø diÖn, mçi cÆp liªn kÕt t¹o
Tetrahedral
gãc 109.470.
C−ìng bøc t¹o mÆt ph¼ng, mçi cÆp liªn kÕt
Square Planar
liÒn nhau t¹o t¹o gãc 900.
T¹o hai chãp tam gi¸c chång lªn nhau.
Bipyramidal
T¹o b¸t diÖn.
Octahedral

31


C−ìng bøc ®é dμi liªn kÕt
Ta cã thÓ giíi h¹n ®é dμi liªn kÕt theo ý muèn.

1. Chän liªn kÕt muèn thay ®æi ®é dμi.
2. NhÊp chän Constrain Bond Length trong Build menu.

3. TÝch chän Other vμ ®¸nh gi¸ trÞ ®é dμi mong muèn vμo. NhÊp OK ®Ó
chän.
4. Bá chän liªn kÕt.
5. NhÊp chän Model Build trong Build menu ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc liªn
kÕt.

Chó ý: ViÖc c−ìng bøc liªn kÕt lu«n ¶nh h−ëng ®Õn tÝnh to¸n, ta chØ nªn ®Æt
khi thÊy cÇn thiÕt.
§Ó lo¹i bá c−ìng bøc ta chän l¹i liªn kÕt, tÝch chän Computed trong hép
tho¹i c−ìng bøc vμ thùc hiÖn nh− víi c¸ch c−ìng bøc trªn.

C−ìng bøc gãc liªn kÕt
§Ó c−ìng bøc gãc liªn kÕt nμo ®ã ta lμm nh− sau:
1. Chän gãc liªn kÕt muèn thay ®æi.
2. Chän Constrain Bond Angle trong Build menu.

32



3. TÝch chän kiÓu gãc muèn thay ®æi. NhÊp OK ®Ó chän.
4. Bá chän gãc liªn kÕt.
5. NhÊp chän Model Build ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc.

Chó ý: ViÖc c−ìng bøc gãc liªn kÕt cã ¶nh h−ëng ®Õn gi¸ trÞ tÝnh to¸n.
§Ó lo¹i bá c−ìng bøc ta lμm t−¬ng tù nh− khi c−ìng bøc nh−ng tÝch chän
Computed trong hép tho¹i lùa chän.

C¸c kiÓu lùa chän gãc nh− sau:

Computed Kh«ng c−ìng bøc
1800
Linear
1200
Trigonal
109.470
Tetrahedral
900
Orthogonal
Tuú ®Æt gi¸ trÞ tõ –3600 ®Õn +3600
Other

C−ìng bøc liªn kÕt xo¾n
C¸ch lμm t−¬ng tù nh− kiÓu c−ìng bøc gãc liªn kÕt trªn. Tuy nhiªn ë ®©y ta
ph¶i chän liªn kÕt xo¾n gåm Ýt nhÊt bèn nguyªn tö.

Hép tho¹i lùa chän c−ìng bøc nh− sau:

33


C¸c kiÓu lùa chän:

Computed Kh«ng c−ìng bøc
C−ìng bøc 1800
Trans
00
Cis
600
Gauche+
-600
Gauche-
Tuú gi¸ trÞ ®Æt vμo tõ –1800 ®Õn
Other
+1800

34


Bμi 3. T¹o nh÷ng ph©n tö nhá trong kh«ng gian hai chiÒu
(2D) vμ ba chiÒu (3D).
• Çch vÏ ph©n tö trong kh«ng gian hai chiÒu.
• HiÖu chØnh liªn kÕt vμ çc nguyªn tö.
• BiÓu diÔn ph©n tö trªn kh«ng gian ba chiÒu.
• L−u cÊu tróc ph©n tö.

VÏ ph©n tö trªn kh«ng gian hai chiÒu
1. NhÊp hai lÇn liªn tiÕp tr¸i chuét (Double-click) vμo c«ng cô vÏ.
Hép tho¹i lùa chän nguyªn tè sÏ hiÖn ra.
2. TÝch (4) trong phÇn Allow Arbitrary Valence, vμ bá tÝch trong ph©n
Explicit Hydrogens.
NÕu ta kh«ng bá tÝch Explicit Hydrogens, th× hydro lu«n tù ®éng thªm
vμo.
3. Chän nguyªn tè muèn vÏ, ë ®©y lÊy vÝ dô chän Carbon.

4. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª ®Õn çc ®iÓm theo c«ng thøc ph©n tö muèn vÏ.

35


L−u bøc vÏ vμo trong mét File
Tr−íc khi thùc hiÖn söa ®æi bøc vÏ, ta h·y l−u bøc vÏ l¹i. §iÒu nμy gióp ta
kh«ng ph¶i vÏ l¹i bøc vÏ ban ®Çu nÕu trong qu¸ tr×nh chØnh söa bÞ háng.

C¸ch l−u nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Save (l−u) trong File menu.
HyperChem sÏ hiÖn lªn hép tho¹i cã d¹ng nh− sau:

2. §¸nh tªn file mμ b¹n muèn ®Æt vμo môc File name.
3. §Æt kiÓu ®u«i HIN ®Ó l−u d¹ng ¶nh trong phÇn Save as type.
4. NhÊp tr¸i chuét vμo nót Save ®Ó l−u file.
Lóc nμy hép tho¹i l−u tù ®éng tho¸t vμ ta ®· cã ®−îc h×nh ¶nh ph©n tö
hiÖn t¹i ®· l−u.
5. Nh÷ng thao t¸c lóc sau trªn ph©n tö ®· vÏ, muèn l−u ta chØ viÖc nhÊp vμo
Save. NÕu muèn l−u vμo tªn file kh¸c th× ta nhÊp vμo Save as trong File
menu.

Thay ®æi h×nh thøc liªn kÕt
ViÖc söa ®æi gióp ta cã thÓ biÓu diÔn ph©n tö cã chøa c¸c liªn kÕt ®«i, ba hay
lμ t¹o vßng benzen.

1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ.
2. §Ó t¹o liªn kÕt ®«i ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo gi÷a liªn kÕt ®¬n ®· t¹o ra
tr−íc ®ã.

36


3. T¹o liªn kÕt ba b»ng c¸ch nhÊp tiÕp tr¸i chuét vμo liªn kÕt ®«i ®· t¹o ra.

4. Chó ý: Muèn söa trë l¹i thμnh liªn kÕt ®¬n ta chØ viÖc lÇn l−ît nhÊp ph¶i
chuét vμo gi÷a liªn kÕt ®«i, ba ®· t¹o ra.T¹o vßng benzen b»ng c¸ch nhÊp
liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo m¹ch vßng.

37


BiÓu diÔn nguyªn tö d−íi çc d¹ng nh·n kh¸c nhau
Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn çc nguyªn tö trªn trang lμm viÖc d−íi d¹ng
biÓu t−îng, tªn, ®iÖn tÝch, khèi l−îng cña nã.

Çch biÓu diÔn nh·n nguyªn tö
1.NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display menu.

Hép tho¹i nh·n (label) hiÖn ra nh− sau:

38


2. TÝch vμo kiÓu nh·n mμ ta muèn biÓu diÔn.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo OK ®Ó chän.
NÕu ta chän kiÓu biÓu t−îng (symbol) th× trªn mμn lμm viÖc çc nguyªn
tö sÏ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng biÓu t−îng.

ChØnh söa çc nguyªn tö
NÕu trong ph©n tö ®· vÏ, ta muèn thay ®æi nguyªn tè nμy thμnh nguyªn tè
kh¸c th× çch lμm nh− sau.
1. NhÊp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô.
B¶ng çc nguyªn tè sÏ hiÖn ra.
2. Chän nguyªn tè muèn thay thÕ. VÝ dô chän oxi.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö muèn thay thÕ trong ph©n tö ®· vÏ. VÝ dô
nh− cacbon.

39


Nguyªn tö cacbon sÏ ®−îc thay thÕ b»ng nguyªn tö oxi.

Thªm nhanh hydro cßn thiÕu
§Ó nhanh chãng thªm nh÷ng hydro cßn thiÕu trong ph©n tö ta cã thÓ thùc
hiÖn dÔ dμng, cÊu tróc sau khi thªm hydro nhanh sÏ ë d¹ng kh«ng gian ba
chiÒu. C¸ch lμm nh− sau.
1. NhÊp tr¸i chuét chän Add H & Model Build trong Build menu.

HyperChem sÏ thùc hiÖn biÓu diÔn ph©n tö ta vÏ trªn kh«ng gian ba chiÒu vμ
tù ®éng thªm nh÷ng hydro cßn thiÕu.

40


NÕu vÉn kh«ng thÊy hydro xuÊt hiÖn th× h·y tÝch (4) chän Show Hydrogens
trong Display menu.

41


Bμi 4. DÞch chuyÓn, quay vμ biÓu diÔn hÖ ph©n tö theo tû
lÖ mμn lμm viÖc.

• DÞch chuyÓn ph©n tö theo çc trôc.
• Quay ph©n tö theo çc trôc.
• Phãng to, thu nhá.
• ChuyÓn ph©n tö thμnh nh÷ng l¸t nhá theo trôc z.
HÖ to¹ ®é trong HyperChem
HyperChem cã hai hÖ to¹ ®é ®Ó biÓu diÔn ph©n tö: HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan
s¸t vμ hÖ to¹ ®é ph©n tö. Mçi hÖ to¹ ®é ®Òu cã çc trôc to¹ ®é Decac x, y vμ
z.

HÖ to¹ ®é ph©n tö tuú thuéc vμo ph©n tö , do ®ã khi dÞch chuyÓn ph©n tö th×
hÖ to¹ ®é còng thay ®æi theo. Cßn hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t lμ kh«ng ®æi
trong HyperChem, nã ®−îc biÓu diÔn nh− h×nh trªn. Trong HyperChem khi
ta sö dông çc c«ng cô ta dïng nhÊp tr¸i chuét ®Ó dÞch chuyÓn, quay lμ
thùc hiÖn theo hÖ to¹ ®é ng−êi quan s¸t, viÖc dÞch chuyÓn nμy x¶y ra cho
toμn bé hÖ ph©n tö. Ta dïng ph¶i chuét ®Ó dÞch chuyÓn, quay theo hÖ to¹ ®é
ph©n tö. ViÖc dÞch chuyÓn nμy chØ x¶y ra ®èi víi çc nguyªn tö, hîp phÇn,
ph©n tö ®−îc chän.

42


HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t
HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t (Viewer’s Coordinate System) ®Þnh râ vÞ trÝ cña
çc nguyªn tö liªn hÖ víi ta, ng−êi quan s¸t. HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t
g¾n víi d¹ng h×nh häc mμn h×nh. Trôc y th¼ng ®øng, trôc x n»m ngang, trôc
z th¼ng gãc víi mÆt ph¼ng mμn h×nh.

Trong hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t, ta cã thÓ di chuyÓn ph©n tö mμ kh«ng
lμm thay ®æi çc to¹ ®é nguyªn tö. Víi çc c«ng cô trong HyperChem, ta
dïng tr¸i chuét ®Ó dÞch chuyÓn çc ph©n tö theo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan
s¸t. Çc ph©n tö dÞch chuyÓn nh− ta ®nag thay ®æi vÞ trÝ quan s¸t cña m×nh.
Sù dÞch chuyÓn ¶nh h−ëng lªn toμn bé hÖ ph©n tö.

Víi mét sè hép tho¹i lùc chän cña HyperChem, nh− lμ Align Viewer (§Æt
th¼ng ng−êi quan s¸t), sù dÞch chuyÓn lμ tù ®éng theo to¹ ®é cña ng−êi quan
s¸t nÕu kh«ng cã nguyªn tö nμo ®−îc chän.

Khi ta t¹o mét ph©n tö ®Çu tiªn, HyperChem ®Æt th¼ng hÖ to¹ ®é cña ng−êi
quan s¸t vμ hÖ to¹ ®é cña ph©n tö do ®ã çc trôc x, y vμ z lμ t−¬ng ®−¬ng
nhau. Khi ta dÞch chuyÓn ph©n tö, çc hÖ to¹ ®é kh«ng cßn t−¬ng ®−¬ng
nhau n÷a. Dïng Align Viewer trong Edit menu ®Ó dÞch chuyÓn hÖ to¹ ®é cña
ng−êi quan s¸t ®Ó nã t−¬ng øng víi hÖ to¹ ®é cña ph©n tö.

Khi ta l−u hÖ ph©n tö vμo file HIN, HyperChem còng l−u c¶ hÖ to¹ ®é cña
ng−êi quan s¸t. Khi më l¹i file nμy ta sÏ cã ®óng hÖ to¹ ®é ®· l−u.

HÖ to¹ ®é cña ph©n tö
HÖ to¹ ®é cña ph©n tö g¾n liÒn víi hÖ ph©n tö vμ ®Þnh râ to¹ ®é cña çc
nguyªn tö, çc täa ®é nμy ®−îc sö dông trong tÊt c¶ çc tÝnh to¸n ho¸ häc
cña HyperChem.

Ta cã thÓ x¸c ®Þnh to¹ ®é ph©n tö cña bÊt kú nguyªn tö nμo b»ng çch lùa
chän nguyªn tö ®ã. To¹ ®é cña nguyªn tö ®−îc chän xuÊt hiÖn trªn dßng
hiÖn tr¹ng (status line).

Víi çc c«ng cô cña HyperChem, ta dÞch chuyÓn çc nguyªn tö theo hÖ to¹
®é ph©n tö b»ng çch sö dông nót ph¶i chuét. ViÖc dÞch chuyÓn nμy chØ t¸c
®éng lªn çc nguyªn tö, hîp phÇn, vμ çc ph©n tö ®−îc chän.

C«ng cô (Tool) Chøc n¨ng cña nót ph¶i chuét

43


Quay theo XY ChØ quay khi c¶ ph©n tö ®−îc chän.
Quay theo Z ChØ quay c¶ ph©n tö hay nh¸nh cã thÓ quay ®−îc.
DÞch chuyÓn theo XY DÞch chuyÓn çc nguyªn tö hay ph©n tö ®·
chän.(a)
DÞch chuyÓn theo Z DÞch chuyÓn çc nguyªn tö hay ph©n tö ®·
chän.(a)
a. Chøc n¨ng cña nót ph¶i ®−îc giíi h¹n cho toμn bé ph©n tö nÕu Whole
molecule translation trong môc Tool cña hép tho¹i Preferences (trong File
menu) ®−îc tÝch chän.

Víi çc hép tho¹i cña HyperChem, nh− lμ Align Molecules, sù dÞch chuyÓn
tù ®éng theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö.

Trôc qu¸n tÝnh
§èi víi çc nguyªn tö hay c¶ hÖ ph©n tö ®−îc chän, HyperChem cã thÓ tÝnh
to¸n sù chuyÓn ®éng theo qu¸n tÝnh vμ c¶ çc trôc qu¸n tÝnh. HyperChem
b¸o sù chuyÓn ®éng theo qu¸n tÝnh trªn dßng hiÖn tr¹ng vμ biÓu diÔn çc trôc
qu¸n tÝnh lμ çc ®−êng nÐt ®øt, cè ®Þnh trong hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. Cã ba sù
chuyÓn ®éng vμ ba trôc (trôc thø nhÊt, thø hai vμ thø ba) thùc hiÖn chøc
n¨ng theo vÞ trÝ vμ khèi l−îng cña çc nguyªn tö. Çc trôc qu¸n tÝnh phô
thuéc vμo hÖ ph©n tö vμ kh«ng phô thuéc vμo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t
lÉn hÖ to¹ ®é cña ph©n tö.

TÝch chän Show inertial Axes trong Display menu ®Ó biÓu diÔn çc trôc qu¸n
tÝnh. Cã sù trùc dao (vu«ng gãc) vμ ®−îc ®¸nh sè thø tù 1, 2 vμ 3 cho çc
trôc thø nhÊt, thø hai vμ thø ba riªng. Çc trôc vÉn hiÖn trªn mμn lμm viÖc
cho ®Õn khi ta bá tÝch Show inertial Axes trong Display menu.

Trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt th−êng biÓu thÞ kho¶ng çch dμi nhÊt qua hÖ ph©n tö,
vμ trôc qu¸n tÝnh thø ba biÓu thÞ kho¶ng çch ng¾n nhÊt.

44


HyperChem dïng çc trôc qu¸n tÝnh ®Ó bè trÝ çc ph©n tö (Xem “§Æt ph©n tö
th¼ng trôc: Align Molecules”) trªn mμn lμm viÖc vμ khi ®Þnh râ POINT,
LINE vμ PLANE (xem phÇn chän: Select). Nh÷ng sù ®Þnh râ nμy lμ trong çc
sè h¹ng cña çc trôc qu¸n tÝnh.

POINT §iÓn giao nhau cña çc trôc qu¸n tÝnh t¹i t©m khèi cña çc
nguyªn tö ®· chän.
LINE Trôc thø hai cña çc nguyªn tö ®· chän. (1)
PLANE MÆt ph¼ng h×nh thμnh tõ trôc thø nhÊt vμ trôc thø hai,
vu«ng gãc (trùc giao) víi trôc thø ba cña çc nguyªn tö ®·
chän.
(1) Trôc thø nhÊt øng víi gi¸ trÞ ®Æc tr−ng nhá nhÊt trong sù chuyÓn ®éng
cña ma trËn qu¸n tÝnh.

45


§Æt chÕ ®é lμm viÖc cho çc c«ng cô
TÝch chän Preferences trong File menu. TÝch chän môc Tool trong hép tho¹i
Preferences. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy cã d¹ng nh− sau:

Çc lùa chän gióp ta trong qu¸ tr×nh sö dông çc c«ng cô quay, phãng to,
dÞch chuyÓn trªn mμn lμm viÖc. Gi¸ trÞ ®Æt cho viÖc di chuyÓn chuét tõ mÐp
nμy ®Õn mÐp ®èi diÖn trong mμn lμm viÖc.

XY rotation NÕu ta ®Æt lμ 360 th× khi dÞch chuyÓn tõ mÐp nμy ®Õn
mÐp ®èi diÖn ph©n tö sÏ quay ®−îc 3600. Môc nμy ®Æt
®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 36000.

§Æt ®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 36000.
Z rotation
§Æt ®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 1000A0.
Z translation
Zoom §Æt ®−îc tû lÖ tõ > 0 ®Õn 1000 lÇn.
Clip §Æt ®−îc ®é dμi dÞch chuyÓn mÆt c¾t tõ > 0 ®Õn
1000A0.
Fast Khi tÝch chän, gióp ta chuyÓn dÞch nhanh h×nh ¶nh hÖ
translation ph©n tö.
NÕu ta tÝch chän môc nμy th× khi dïng c«ng cô hay hép
Whole
tho¹i ®Òu dÞch chuyÓn ®−îc c¶ ph©n tö. NÕu kh«ng tÝch
molecule
chän thi khi dÞch chuyÓn theo to¹ ®é cña ph©n tö sÏ chØ
translation
dÞch chuyÓn ®−îc phÇn lùa chän trong ph©n tö. (DÞch
chuyÓn ®Ó quan s¸t lμ nh− nhau khi ta tÝch hay kh«ng
tÝch, chØ cã sù kh¸c nhau khi dÞch chuyÓn theo to¹ ®é
ph©n tö)

46


Chó ý: T−¬ng tù ta còng ®Æt ®−îc chÕ ®é cho çc c«ng cô khi sö dông bμn
phÝm b»ng çch ®Æt çc lùa chän trong môc Key cña hép tho¹i Preferences.

NghÞch chuyÓn (Invert: chuyÓn (ho¸) thμnh)
NghÞch chuyÓn tiÕn hμnh chuyÓn ho¸ h×nh häc ph©n tö (nghÞch chuyÓn) qua
mét ®iÓm (POINT). POINT lμ t©m khèi cña mét hay nhiÒu nguyªn tö ®·
chän. Sö dông hép tho¹i Name Selection trong Select menu ®Ó x¸c ®Þnh
POINT. NÕu to¹ ®é cña mét nguyªn tö lμ x, y vμ z (liªn hÖ víi POINT),
Invert chuyÓn chóng thμnh –x, -y vμ -z.

Khi ta thiÕt lËp mét POINT, ta cã thÓ nghÞch chuyÓn bÊt kú nguyªn tö nμo ®·
chän, hoÆc nÕu kh«ng cã lùa chän th× sÏ nghÞch chuyÓn c¶ hÖ ph©n tö.

Chó ý: Invert chuyÓn qua mμu x¸m ho¹t ®éng ®−îc khi hÖ ®· chän
POINT trong Name Selection.

§Ó nghÞch chuyÓn çc nguyªn tö vμ ph©n tö ta lμm nh− sau:
1. Chän mét hoÆc nhiÒu nguyªn tö ®Þnh nghÞch chuyÓn POINT.
2. Chän Name Selection trong Select menu. Sau ®ã tÝch chän POINT trong
hép tho¹i nμy vμ nhÊp OK ®Ó chän.
3. Bá chän tÊt c¶ çc nguyªn tö.
4. Chän Invert trong Edit menu.

Chó ý: NÕu ta nghÞch chuyÓn çc nguyªn tö chän trong mét ph©n tö
HyperChem chØ nghÞch chuyÓn çc nguyªn tö nμy vμ cã thÓ bãp mÐo çc
liªn kÕt nèi víi çc nguyªn tö ®ã tõ phÇn ®øng yªn cña ph©n tö.

Ta nªn ®Æt Chirality trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ dμng quan s¸t sù
nghÞch chuyÓn.

VÝ dô: nghÞch chuyÓn amino axit alanine. Khi ®ã carbon alpha lμ mét t©m
bÊt ®èi, sù nghÞch chuyÓn thay ®æi sù bÊt ®èi cña nguyªn tö nμy.

47


Ta còng cã thÓ dïng sù nghÞch chuyÓn ®Ó nghÞch chuyÓn cÊu h×nh d¹ng ghÕ
vÒ d¹ng thuyÒn.

Ph¶n chiÕu (Reflect)
Ph¶n chiÕu tiÕn hμnh chuyÓn ho¸ h×nh häc ph©n tö (sù ph¶n chiÕu) qua mét
mÆt ph¼ng (PLANE). Sù chuyÓn ho¸ ph©n tö nμy cã thÓ t¹o ra mét h×nh ¶nh
qua g−¬ng çc nguyªn tö hoÆc toμn bé ph©n tö ®· chän. NÕu PLANE lμ mÆt
ph¼ng XY, khi ®ã Reflect chuyÓn to¹ ®é cña nguyªn tö tõ x, y vμ z (liªn hÖ
víi PLANE) thμnh x, y vμ -z.

Sö dông hép tho¹i Name Selection ®Ó ®Þnh râ PLANE. PLANE lμ mÆt ph¼ng
®−îc x¸c ®Þnh theo trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt vμ thø hai cña çc nguyªn tö.

Ph¶n chiÕu t¸c ®éng lªn çc ph©n tö ®−îc chän, hoÆc nÕu kh«ng chän th× nã
t¸c ®éng lªn toμn bé hÖ ph©n tö. NÕu çc nguyªn tö ®−îc ph¶n chiÕu cã mét
hay nhiÒu t©m bÊt ®èi, HyperChem lμm thay ®æi sù bÊt ®èi cña chóng.

Chó ý: Ph¶n chiÕu chuyÓn qua mμu x¸m ho¹t ®éng ®−îc khi hÖ ph©n tö
cã phÇn lùa chän víi tªn lμ PLANE.

Ta nªn ®Æt Chirality trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ quan s¸t sù thay ®æi.

§Ó ph¶n chiÕu çc nguyªn tö vμ ph©n tö ta lμm nh− sau:
1. Chän Ýt nhÊt ba nguyªn tö ®Ó ph¶n chiÕu PLANE.
2. Chän Name Selection trong Select menu. TÝch chän PLANE trong hép
tho¹i vμ nhÊp OK ®Ó chän.
3. Bá lùa chän çc nguyªn tö.
4. Chän Reflect trong Edit menu.

48


VÝ dô: Ph¶n chiÕu mét nhãm bªn cña cyclohexane:

DÞch chuyÓn ph©n tö theo trôc xy
Ta cã thÓ dïng c«ng cô dÞch chuyÓn ®Ó dÞch chuyÓn ph©n tö ®Õn çc vÞ trÝ
trªn mμn h×nh theo çc trôc X vμ Y.

Çch tiÕn hμnh nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô dÞch chuyÓn.
2. Di chuyÓn con trá lªn mμn lμm viÖc.
3. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª ph©n tö ®Õn vÞ trÝ míi.

4. NÕu muèn dÞch chuyÓn ®Õn to¹ ®é cô thÓ ta cã thÓ dïng hép tho¹i ®Ó lùa
chän. Cã hai çch ®Ó lμm xuÊt hiÖn hép tho¹i nμy:

49


- NhÊp tr¸i chuét chän Translation trong Edit menu.
- NhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô dÞch chuyÓn.
Hép tho¹i xuÊt hiÖn nh− sau:

5. NhÊp tr¸i chuét vμo tõng lùa chän dx, dy, dz vμ ®¸nh sè thÝch hîp vμo ®ã.
Cã thÓ dÞch chuyÓn gi÷a çc phÇn lùa chän kh¸c nhau ®Ó ®¸nh sè b»ng
çc nhÊp phÝm Tab trªn bμn phÝm.
6. NhÊp OK ®Ó chän sau khi ®· ®¸nh çc sè theo ý muèn.

Çc môc trong hép tho¹i dÞch chuyÓn:

DÞch chuyÓn toμn bé ph©n tö trong mμn lμm viÖc,
Translate
nh−ng cho phÐp to¹ ®é çc nguyªn tö kh«ng thay
Viewer
®æi. §©y gièng nh− dïng nót tr¸i chuét víi c«ng
(chuyÓn dÞch
cô dÞch chuyÓn trªn mμn lμm viÖc.
quan s¸t)
L−îng chuyÓn sang ph¶i, A0.
dx
L−îng chuyÓn lªn trªn, A0.
dy
L−îng chuyÓn ra phÝa ng−êi quan s¸t, A0.
dz
ChuyÓn t©m khèi cña çc nguyªn tö ®−îc chän
Translate
®Õn mét ®iÓm míi, lμm thay ®æi to¹ ®é nguyªn tö.
Selection
§©y gi«ng nh− dïng ph¶i chuét víi c«ng cô dÞch
(ChuyÓn phÇn
chuyÓn trªn mμn lμm viÖc. NÕu chØ mét phÇn ph©n
lùa chän)
tö ®−îc chän, vμ kh«ng cã tÝch chän Whole
Molecule translation (trong môc Tool cña hép
tho¹i Preferences) th× HyperChem sÏ chØ dÞch
chuyÓn phÇn lùa chän.
POINT DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc çc nguyªn tö ®· chän
®Õn POINT (®iÓm) x¸c ®Þnh trong hép tho¹i Name
Selection.
Origin DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc çc nguyªn tö ®· chän
®Õn hÖ to¹ ®é ban ®Çu.

50


Other DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc çc nguyªn tö ®· chän
®Õn to¹ ®é míi do ta ®Æt.

DÞch chuyÓn theo trôc Z
Trong HyperChem thiÕt kÕ c«ng cô ®Ó ta dÞch chuyÓn nhanh ph©n tö theo
trôc XY riªng vμ trôc Z riªng. Tuy nhiªn çch lμm ®Òu gièng nhau. Nh−ng
hép tho¹i ®Ó lùa chän cô thÓ to¹ ®é muèn dÞch chuyÓn lμ nh− nhau.
C«ng cô dÞch chuyÓn nhanh theo trôc Z cã d¹ng sau:

Chó ý: §Ó ®−a ph©n tö ®· dÞch chuyÓn trë l¹i trung t©m mμn lμm viÖc ta chØ
cÇn nhÊp vμo phÝm trªn bμn phÝm.
Sù dÞch chuyÓn chØ cã t¸c dông khi ta dÞch chuyÓn c«ng cô sao cho ph−¬ng
däc theo c«ng cô lu«n song song víi trôc z ngÇm ®Þnh cña HyperChem, ®iÒu
®ã cã nghÜa lμ ta ph¶i dÞch chuyÓn c«ng cô lªn xuèng theo trôc th¼ng ®øng
(trôc Y).

Sö dông c«ng cô phãng to
§«i khi ph¶i xem chi tiÕt vÞ trÝ nμo ®ã trªn ph©n tö ta cÇn phãng to vÞ trÝ ®ã,
còng cã khi ta muèn xem toμn bé hÖ th× l¹i ph¶i thu nhá võa ph¶i. Do ®ã viÖc
sö dông c«ng cô phãng to, thu nhá lμ cÇn thiÕt.

Çch sö dông c«ng cô phãng to (zoom tool)

51


1. NhÊn phÝm Shift ®ång thêi nhÊp tr¸i chuét vμo gÇn ®Ønh ph¶i cña biÓu
t−îng phãng to, gi÷ nh− vËy cho ®Õn khi ph©n tö trªn mμn h×nh nhá nh−
mong muèn.

2. §Ó phãng to ta còng lμm t−¬ng tù nh−ng lóc nμy nhÊp tr¸i chuét vμo gãc
d−íi bªn tr¸i cña biÓu t−îng phãng to.
Ph©n tö ®−îc phãng to cã d¹ng nh−:

Chó ý: chØ sö dông ®−îc víi phÝm Shift khi HyperChem trªn m¸y lμ cμi ®Æt.
§èi víi phÇn mÒm chØ ®−îc copy gi÷a çc m¸y th× kh«ng thùc hiÖn ®−îc nh−
vËy mμ ta ph¶i dïng çc ph−¬ng ph¸p kh¸c.

Ta còng cã thÓ phãng to hay thu nhá b»ng çch ®iÒu khiÓn trùc tiÕp chuét
hoÆc sö dông hép tho¹i ®Ó chän kÝch cì cô thÓ.
1. Thao t¸c b»ng chuét
- NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng phãng to.
- Di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc.
- NhÊp tr¸i chuét vμ rª theo ph−¬ng to-nhá cña biÓu t−îng ®Ó phãng
to hay thu nhá ph©n tö.
2. Sö dông hép tho¹i
- Ta nhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo biÓu t−îng phãng to trªn thanh c«ng
cô hoÆc nhÊp vμo Zoom trong Edit menu.
Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra.
- §¸nh vμo kÝch cì mμ ta muèn phãng to hay thu nhá.
- NhÊp OK ®Ó chän.

52


+Zoom Factor: hÖ sè phãng to.

§Æt ph©n tö trë l¹i t©m vμ biÓu diÔn theo tû lÖ
Khi mét hÖ ph©n tö ®−îc më tõ File, nã ®−îc biÓu diÔn ë t©m mμn lμm viÖc
theo kÝch cì chuÈn ®Þnh s½n. Nh−ng do qu¸ tr×nh thao t¸c lμm lÖch vÞ trÝ ban
®Çu cña nã ®i. Nh−ng ta hoμn toμn cã thÓ ®−a nã trë l¹i t©m mμn lμm viÖc víi
tû lÖ chuÈn ®Þnh s½n.

Çch lμm nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét chän Scale to Fit trong Display menu, hoÆc nhÊp nót
Spacebar trªn bμn phÝm.
Ph©n tö sÏ ®−îc ®−a trë l¹i kÝch cì ban ®Çu vμ nã ®−îc ®Æt vμo t©m mμn
lμm viÖc.
Chó ý: Ta cã thÓ ®−a ph©n tö trë l¹i t©m víi kÝch cì chuÈn ban ®Çu b»ng
çch chän gi¸ trÞ 1 trong hép tho¹i cña c«ng cô phãng to.

Quay ph©n tö theo ph−¬ng XY

§Ó quay ph©n tö theo çc trôc x, y ta dïng c«ng cô quay.

1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô quay theo trôc XY.

2. Di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc.
3. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª theo ph−¬ng x, y mμ ta muèn xoay ph©n tö.
H×nh ¶nh trªn mμn h×nh cã d¹ng nh− sau:

53


Quay ph©n tö theo trôc Z
§Ó quay ph©n tö theo trôc z ta sö dông c«ng cô quay theo trôc z.

1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô quay theo trôc z.

2. §−a con trá xuèng mμn h×nh.
3. NhÊp tr¸i chuét vμ rª qua tr¸i hay ph¶i ®Ó xoay ph©n tö theo ý muèn.

54


Chó ý: Rª chuét theo chiÒu lªn xuèng kh«ng cã t¸c dông g× trong
çch quay nμy.

Ta còng cã thÓ sö dông hép tho¹i lùa chän ®Ó quay. ViÖc nμy thùc hiÖn
b»ng çch nhÊp chän Rotate trong Edit menu hoÆc nhÊp liªn tiÕp hai lÇn
tr¸i chuét vμo c«ng cô quay trªn thanh c«ng cô ®Ó hép tho¹i lùa chän xuÊt
hiÖn.

Hép tho¹i lùa chän quay:

Rotate About Ta cã thÓ quay çc nguyªn tö lùa chän, hoÆc kh«ng
lùa chän, hoÆc c¶ hÖ ph©n tö quanh mét trôc theo hÖ
to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t hay hÖ to¹ ®é ph©n tö, hoÆc
quanh mét LINE (®−êng). LINE lμ phÇn lùa chän
®−îc ®Æt tªn phô thuéc vμo hÖ ph©n tö. NÕu ta kh«ng
thÓ quay çc nguyªn tö ®· chän, HyperChem biÓu
diÔn mét dßng th«ng tin trªn thanh hiÖn tr¹ng.
X Axis Lμ trôc trong mÆt ph¼ng n»m ngang cña mμn h×nh
Y A xis Trôc trong mÆt ph¼ng th¼ng ®øng cña mμn h×nh
Z Axis Trôc vu«ng gãc víi mÆt ph¼ng mμn h×nh
LINE Lμ tªn cña phÇn lùa chän. Ta dïng Name Selection ®Ó
®Æt LINE chon hÖ ph©n tö.
§Æt gãc quay. Gi¸ trÞ thay ®æi tõ –360 ®Õn +3600
Angle
Apply to Quay çc nguyªn tö ®· chän hay toμn bé hÖ ph©n tö
theo çc çch:
Molecules Quay theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö, lμm thay ®æi to¹ ®é
cña çc nguyªn tö.
Viewer Quay theo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t, to¹ ®é cña
çc nguyªn tö kh«ng ®æi.

C¾t ph©n tö thμnh tõng l¸t nhá theo trôc Z

55


Víi c«ng cô c¾t ph©n tö theo trôc z sÏ gióp cho ta quan s¸t kü h¬n bªn trong
ph©n tö tõ nh÷ng l¸t c¾t nhá

1. Xoay ph©n tö b»ng c«ng cô xoay sao cho khi c¾t ta dÔ quan s¸t.

2. NhÊp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô c¾t theo trôc Z, hoÆc nhÊp tr¸i chuét
vμo Z Clip trong Edit menu.


3. Ta cã thÓ kÐo thanh cuén hoÆc chän chØ sè thÝch hîp ®Ó c¾t ph©n tö theo ý
muèn. Sau khi chän c¾t xong ta nhÊp OK ®Ó thùc hiÖn.
H×nh ¶nh ph©n tö bÞ c¾t vÝ dô nh− sau:

56


4. Muèn c¾t tiÕp ta thùc hiÖn nhÊp l¹i vμo c«ng cô c¾t vμ thùc hiÖn nh− trªn.
Chó ý: Ta còng cã thÓ thùc hiÖn c¾t ph©n tö b»ng chuét trªn mμn lμm viÖc.
1. NhÊp tr¸i chuét chän c«ng cô c¾t theo trôc Z trªn thanh c«ng cô vμ di
chuyÓn c«ng cô c¾t lªn mμn lμm viÖc.
2. NhÊp tr¸i chuét gi÷ vμ rª th¼ng ®øng ®Ó ®iÒu chØnh vÞ trÝ c¾t mÆt ph¼ng
phÝa tr−íc cña ph©n tö.
3. NhÊp Ph¶i chuét, gi÷ vμ rª th¼ng ®øng ®Ó ®iÒu chØnh vÞ trÝ c¾t mÆt sau cña
ph©n tö.

57


4. Di chuyÓn chuét tõ mÐp trªn xuèng mÐp d−íi mμn lμm viÖc ta sÏ dÞch
chuyÓn mÆt ph¼ng c¾t ®−îc kho¶ng 10A0 (NgÇm ®Þnh). Ta cã thÓ xem ®é
dÞch chuyÓn trªn dßng hiÖn tr¹ng bªn d−íi cña sæ HyperChem.

Chó ý: §Ó ®−a ph©n tö trë l¹i tr¹ng th¸i ban ®Çu ta chØ viÖc nhÊp vμo nót
Spacebar trªn bμn phÝm.

Chó thÝch hép tho¹i Z Clip

VÞ trÝ xa nhÊt ë ®»ng tr−íc vμ ®»ng sau cña toμn bé
System
ph©n tö trªn mμn lμm viÖc.
VÞ trÝ mÆt ph¼ng c¾t tr−íc vμ sau g¾n víi ng−êi quan
Slab
s¸t.

Dïng çc d¹ng nªm (Wedge) ®Ó biÓu diÔn liªn kÕt trong kh«ng gian
HyperChem cho phÐp ta biÓu diÔn çc liªn kÕt trong kh«ng gian b»ng çch
biÓu diÔn liªn kÕt d−íi d¹ng çc h×nh nªm.
Çc h×nh nªm ®−îc sö dông víi quy −íc nh− sau:

58


C¸ch thùc hiÖn nh− sau:
1. NhÊp chän Rendering trong Display menu, sau ®ã chän môc Sticks vμ
tÝch chän Wedges, nhÊp OK ®Ó ®ãng hép tho¹i.
2. NhÊp tr¸i chuét chän c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô.
3. NhÊn phÝm Shift trªn bμn phÝm ®ång thêi nhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt
muèn biÓu diÔn cho ®Õn khi cã d¹ng mong muèn.
4. NhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng
cô ®Ó dïng tr×nh x©y dùng biÓu diÔn l¹i cÊu tróc trong kh«ng gian, nÕu
muèn.

59


Bμi 5. Xem thuéc tÝnh cÊu tróc ph©n tö
Trong bμi nμy ta häc çch ®Ó ®o çc thuéc tÝnh cÊu tróc cña ph©n tö nh− lμ
gãc liªn kÕt, ®é dμi liªn kÕt, gãc vÆn

Xem thuéc tÝnh cña nguyªn tö

1. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Atoms vμ bá tÝch ë Multiple Selections trong
Select menu.
3. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö muèn biÕt ®Æc tÝnh.
Nguyªn tö ®−îc lùa chän sÏ s¸ng h¬n vμ ®Æc tÝnh cña ph©n tö hiÖn ra ë
thanh hiÖn tr¹ng bªn d−íi.

Dßng hiÖn tr¹ng cho ta biÕt sè nguyªn tö, tªn nguyªn tö, ®iÖn tÝch nguyªn tö
theo tr−êng c¬ häc ph©n tö hiÖn t¹i, to¹ ®é theo çc ph−¬ng x, y vμ z.

§o ®é dμi liªn kÕt
Ta hoμn toμn cã thÓ x¸c ®Þnh ®−îc ®é dμi çc liªn kÕt trong ph©n tö. Gi¸ trÞ
®é dμi nμy tr×nh bμy trong dßng hiÖn tr¹ng bªn d−íi.

Çch ®o nh− sau

60


2. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt muèn ®o kÐo ®Õn nguyªn tö thø
hai råi nh¶ chuét ra.
Liªn kÕt gi÷a hai nguyªn tö sÏ s¸ng h¬n, ®é dμi ®o ®−îc biÓu diÔn ë dßng
hiÖn tr¹ng.
Chó ý: Sau khi thùc hiÖn tÝnh to¸n tèi −u hÖ ph©n tö ta cã thÓ biÕt ®−îc
gi¸ trÞ thuéc tÝnh kh¸c cña hÖ b»ng çch nhÊp chän phÇn muèn xem hoÆc
xem thuéc tÝnh c¶ hÖ (kh«ng cÇn chän phÇn nμo) tiÕp theo chän Propeties
trong Computer menu. Mét hép tho¹i thuéc tÝnh h×nh häc xuÊt hiÖn trªn
mμn lμm viÖc, víi c¶ hÖ cã thÓ cã c¶ çc gi¸ trÞ vÒ n¨ng l−îng toμn phÇn,
nhiÖt h×nh thμnh, momen l−ìng cùc...

§o gãc liªn kÕt
§Ó ®o gãc liªn kÕt ta nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt vμ rª ®Õn
nguyªn tö thø ba (theo thø tù lËp thμnh gãc).

Çch ®o gãc liªn kÕt
2. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt rª ®Õn nguyªn tö thø ba (theo thø
tù t¹o nªn gãc) råi nh¶ chuét.

61


§o gãc vÆn
Ta cã thÓ ®o gãc vÆn b»ng c¸ch rª chuét chän hai ph©n tö ®Çu vμ cuèi
trong bèn ph©n tö t¹o nªn gãc vÆn.

2. NhÊp tr¸i chuét vμo ph©n tö ®Çu rª ®Õn ph©n tö thø t− trong bèn ph©n tö
t¹o nªn gãc vÆn råi gi¶i phãng chuét.
H×nh ¶nh vÝ dô nh− sau:

3. Gi¸ trÞ gãc vÆn hiÓn thÞ trong dßng t×nh tr¹ng ë d−íi.

62


§o kho¶ng çch kh«ng liªn kÕt

§Ó ®o kho¶ng çch kh«ng liªn kÕt ta lμm nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Multiple Selections trong Select menu.
ViÖc bËt Multiple Selections cho phÐp ta chän nhiÒu nhãm, ngoμi ra khi
ta lùa chän nhãm thø hai th× nhãm thø nhÊt vÉn ®−îc chän.
3. NhÊp ph¶i chuét vμo phÇn trèng trªn mμn lμm viÖc.
ViÖc nμy gióp ta huû bá tÊt c¶ çc lùa chän tr−íc ®ã.
4. NhÊp tr¸i chuét lÇn l−ît vμo hai nguyªn tö kh«ng liªn kÕt.
Kho¶ng çch gi÷a chóng hiÖn thÞ trªn dßng hiÖn tr¹ng.

Liªn kÕt Hydro

§Ó gióp ta x¸c nhËn ®iÒu kiÖn t¹o liªn kÕt hydro, HyperChem cho phÐp ta
tÝnh to¸n vμ biÓu diÔn liªn kÕt nμy.
Liªn kÕt hydro ®−îc h×nh thμnh khi kho¶ng çch tõ hydro cho ®Õn nguyªn tö
nhËn bÐ h¬n 3,2 A0.

§Ó biÓu diÔn liªn kÕt hydro ta lμm nh− sau
2. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng trªn trang lμm viÖc.
3. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Show Hydrogen Bonds trong Display menu.
4. NhÊp tr¸i chuét chän Recompute H Bonds trong Display menu.
HyperChem sÏ biÓu diÔn çc liªn kÕt hydro nÕu cã d−íi d¹ng ®−êng nÐt
®øt nh− sau:

63


Liªn kÕt hydro kh«ng tù ®éng tÝnh to¸n ®ång thêi víi qu¸ tr×nh tèi −u
h×nh häc ph©n tö. Do ®ã ta ph¶i tÝnh liªn kÕt hydro l¹i mçi khi cÇn thiÕt.

Recompute Hydrogen Bonds
TÝnh to¸n l¹i liªn kÕt hydro x¸c ®Þnh çc liªn kÕt hydro gi÷a çc ph©n tö ®·
chän hoÆc nÕu kh«ng cã sù lùa chän, th× nã x¸c ®Þnh liªn kÕt hydro gi÷a tÊt
c¶ çc nguyªn tö trong hÖ ph©n tö. HyperChem t¹o ra çc liªn kÕt hydro nÕu
kho¶ng çch gi÷a çc hydro cho vμ nguyªn tö nhËn bÐ h¬n 3.2A0 vμ gãc t¹o
bëi liªn kÕt céng ho¸ trÞ tõ hydro cho ®Õn çc nguyªn tö nhËn lín h¬n 1500.
Tuy nhiªn ta còng cã thÓ thay ®æi çc tiªu chuÈn nμy.

BiÓu diÔn momen l−ìng cùc
Khi ta tÝch chän Show Dipole Moment, HyperChem sÏ biÓu diÔn momen
l−ìng cùc ®· tÝnh to¸n cho çc nguyªn tö ®−îc chän hoÆc cho c¶ hÖ ph©n tö.
Show Dipole Moment chØ ho¹t ®éng sau khi ta thùc hiÖn tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n.
Momen l−ìng cùc biÓu diÔn trªn mμn h×nh d¹ng ®−êng nÐt ®øt ë t©m khèi
cña çc nguyªn tö ®· chän. Dßng hiÖn tr¹ng cho biÕt tæng gi¸ trÞ cña momen
l−ìng cùc vμ gi¸ trÞ momen theo çc trôc kh¸c nhau theo ®¬n vÞ Debye.

64


65


Bμi 6. Databases Menu

T¹o chuçi Polypeptide
Nèi çc hîp phÇn l¹i víi nhau
Thªm phÇn cßn thiÕu cho chuçi
Thay ®æi hîp phÇn ë vÞ trÝ ®Æc biÖt

Sö dông hép tho¹i lùa chän çc Amino Axit
Hép tho¹i lùa chän chøa çc hîp phÇn amino axit cã cÊu tróc ho¸ häc chuÈn.
Trong hép tho¹i ta chän çc cÊu h×nh bËc hai cña polypeptit (Xo¾n apha,
m¶ng beta hay çc kiÓu gãc kh¸c ta ®Æt: gãc Phi, Psi vμ Omega). Ta chän ®Ó
x©y dùng chuçi b¾t ®Çu tõ amino axit cã ®iÓm N cuèi (N-Terminus: §u«i
nit¬).
Trong hép tho¹i gåm cã:
- 20 amino axit chuÈn.
- Hai kiÓu trung tÝnh vμ mét kiÓu proton ho¸ cña histidine (Hid, Hie vμ His). ë
®é pH sinh lý, histidine cã thÓ mang ®iÖn tÝch d−¬ng hoÆc trung hoμ tuú
thuéc vμo m«i tr−êng.
- Half-Cyx (b¸n Cystine) dïng ®Ó t¹o liªn kÕt ngang ®i sunfua.
- Mét nhãm cã ®iÓm N cuèi (N-teminal: Ace). Nã chØ ®−îc dïng ®Ó lμm hîp
phÇn khëi ®Çu cho chuçi.
- Mét nhãm cã ®iÓm C cuèi (C-teminal: Nme). Nã chØ ®−îc dïng ®Ó kÕt thóc
chuçi.

§Ó më hép tho¹i çch lμm nh− sau
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Amino Acids trong Databases menu.
Hép tho¹i Amino axit xuÊt hiÖn nh− sau:

66


Hép tho¹i Amino axit hiÖn cho tíi khi nμo ta nhÊp vμo nót t¾t trªn gãc ph¶i.
- Ala Alanine, thuéc chÊt bÐo trung tÝnh, kh«ng cùc.
- Gly Glycine, trung tÝnh, cã cùc.
- Ser Serine, trung tÝnh, cã cùc.
- Thr Threorine, trung tÝnh, cã cùc.
- Leu Leucine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc.
- Ile Isoleucine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc.
- Val Valine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc.
- Asn Asparagine, trung tÝnh, cã cùc.
- Gln Glutamine, trung tÝnh, cã cùc.
- Arg Arginine, tÝch ®iÖn d−¬ng.
- Hid Histidine, trung tÝnh, cã hydro ë nit¬ delta.
- Hie Histidine, trung tÝnh, cã hydro ë nit¬ epsilon.
- Hip, His Histidine, tÝch ®iÖn d−¬ng, cã hydro ë c¶ nit¬ delta vμ
epsilon.
- Trp Tryptophan, vßng th¬m trung tÝnh, kh«ng cùc.
- Phe Phenylalanine, vßng th¬m trung tÝnh, kh«ng cùc.
- Tyr Tyrosine, vßng th¬m trung tÝnh, cã cùc.
- Glu Axit Glutamic, tÝch ®iÖn ©m.
- Asp Axit Aspartic, tÝch ®iÖn ©m.
- Lys Lysine, tÝch ®iÖn d−¬ng.
- Pro Proline, trung tÝnh, kh«ng cùc.
- Cys Cysteine, trung tÝnh, cã cùc.
- Cyx B¸n Cystine, trung tÝnh, cã cùc. NÕu lÊy tõ file PDB ta sÏ
cã hîp phÇn Cystine ®Çy ®ñ.
- Met Methionine, trung tÝnh, kh«ng cùc.
- Ace Acetyl, Nhãm cã ®iÓm N cuèi (N-teminal).
- Nme N-Methyl amino, Nhãm cã ®iÓm C cuèi (C-teminal).

T¹o dùng vμ biÓu diÔn chuçi Polypeptide
Çc chuçi Polypeptide th−êng cã h×nh d¸ng rÊt phøc t¹p. §Ó dÔ dμng trong
viÖc t¹o dùng vμ quan s¸t ta ph¶i lùa chän h×nh d¸ng biÓu diÔn thÝch hîp c¶
vÒ mÆt ho¸ häc lÉn kh¶ n¨ng quan s¸t. Trong phÇn nμy ta häc çch dùng cÊu
tróc bËc hai cña polypeptide.
Chó ý: Ta kh«ng thªm bít hay söa ®æi g× çc hîp phÇn b»ng çch dïng c«ng
cô vÏ. §Ó söa ®æi ta sÏ häc ë çc b−íc sau (xem Thay thÕ monome trong hîp
phÇn b»ng amino axit kh¸c; T¹o ion l−ìng cùc).

67


HyperChem nèi kÕt çc hîp phÇn l¹i víi nhau theo thø tù ta chän chóng. Khi
nhÊp chän hîp phÇn cã C-teminal (cßn gäi lμ n¾p bÞt: cap), nã sÏ ng¨n c¶n
kh«ng cho nèi thªm çc hîp phÇn kh¸c vμo chuçi. NÕu ta chän tiÕp th× mét
chuçi kh¸c sÏ ®−îc h×nh thμnh.
Khi kÐo dμi chuçi, ta cã thÓ thay ®æi çc thuéc tÝnh cña çc hîp phÇn tiÕp
theo:
- CÊu tróc bËc hai(xo¾n alpha, m¶ng beta, hay çc gi¸ trÞ do ta ®Æt -
Other)
- CÊu h×nh cña liªn kÕt peptit (Omega)
- §ång ph©n L hoÆc D cña mçi hîp phÇn.
1. NhÊp tr¸i chuét chän Amino Acids trong Databaes menu.
2. TÝch chän Beta sheet trong hép tho¹i Amino Acids.
§iÒu nμy gióp biÓu diÔn çc gãc vÆn phi vμ psi ë 1800.
3. §Æt gãc vÆn omega lμ 1800.

T¹o chuçi
1. NhÊp tr¸i chuét lÇn l−ît vμo çc amino axit mμ ta muèn nèi thªm vμo. VÝ
dô nh− sau: Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg.
Chó ý: Ta kh«ng sö dông tr×nh x©y dùng (Model Builder) ®Ó dùng l¹i
toμn bé cÊu tróc chuçi. Tr×nh x©y dùng sÏ lμm háng cÊu tróc tèi −u cña
ph©n tö vμ kh«ng thÓ lÊy l¹i chÝnh x¸c cÊu tróc ban ®Çu. Tuy nhiªn ta cã
thÓ dïng tr×nh x©y dùng ®èi víi çc nguyªn tö ®−îc chän nμo ®ã.
NÕu chuçi polypeptide kh«ng cã n¾p bÞt, ta cã thÓ thªm tiÕp çc hîp phÇn
®Õn hîp phÇn cã C-teminus. NÕu ta thùc hiÖn t¹o ion l−ìng cùc (Make
Zwitterion), ta còng kh«ng thÓ thªm çc hîp phÇn ®−îc n÷a, khi chän
thªm hîp phÇn th× mét chuçi kh¸c sÏ ®−îc x©y dùng.
Hîp phÇn cña chuçi cã thÓ cã cÊu h×nh bËc hai kh¸c nhau. Chuçi
polypeptide cã thÓ c¨ng ®−îc cÊu tróc xo¾n alpha, cÊu tróc gÊp beta còng
nh− çc cÊu h×nh chuyÓn ho¸ kh¸c.

68


§Æt chuÈn çc gãc vÆn Phi vμ Psi lμ -58 vμ -470
Xo¾n Alpha
(Alpha helix: cho xo¾n alpha, cïng víi liªn kÕt peptit chuyÓn
tiÕp (transpeptide) (Omega = 1800).
xo¾n èc alpha)
§Æt chuÈn çc gãc Phi vμ Psi cïng lμ 1800 vμ còng
M¶ng beta
®Æt tÊm gÊp khóc tÊm beta lμ 1800, cïng víi mçi
(Beta sheet)
liªn kÕt peptit chuyÓn tiÕp (Omega = 1800).

Other ChÊp nhËn gi¸ trÞ kh«ng chuÈn cho çc gãc vÆn Phi, Psi
vμ Omega.
Phi Gãc vÆn (φ) cña C-N-Cα-C: Thay ®æi tõ –360 ®Õn
+3600
Psi Gãc vÆn (ψ) cña N-Cα-C-N. Thay ®æ tõ –360 ®Õn
+3600.
Omega Gãc vÆn liªn kÕt peptit (ω),th−êng thay ®æi tö 170 ®Õn

69


1800. ¸p dông cho hîp phÇn amino axit tiÕp theo. Thay
®æi tõ –360 ®Õn +3600.
Isomer Cho phÐp ta chän ®ång ph©n lËp thÓ L th«ng th−êng
(Kh«ng ®èi xøng S) hoÆc ®ång ph©n lËp thÓ D (kh«ng
®èi xøng R).

Chó ý: Ta cã thÓ dÞch chuyÓn hép tho¹i amino axit trªn mμn h×nh
vμ sö dông ®−îc çc c«ng cô kh¸c (vÝ dô nh−
®Æt nh·n trong Display menu).

T¹o ion l−ìng cùc (Make Zwitterion)
Trong dung dÞch cã ®é pH trung tÝnh, çc polypeptide tån t¹i d−íi d¹ng çc
ion l−ìng cùc, chøa çc nhãm ®u«i lμ -NH3+ vμ -COO-. Thùc hiÖn t¹o ion
l−ìng tÝnh cho ph©n tö polypeptide ®· chän nh»m chuyÓn cÊu tróc theo file
d÷ liÖu thμnh ion l−ìng tÝnh. NÕu kh«ng cã polypeptide nμo ®−îc chän th×
Make Zwitterion sÏ thùc hiÖn cho tÊt c¶ çc polypeptide trong hÖ. Çc
polypeptide thùc hiÖn ®−îc Make Zwitterion ph¶i cã nhãm ®u«i th«ng
th−êng (-NH vμ -CO) chø kh«ng ph¶i lμ çc nhãm n¾p bÞt (cap: Ace vμ
Nme).
Khi ta dùng chuçi peptit víi HyperChem, çc phÇn ®u«i ch−a ®Çy ®ñ (cßn lμ
-N-H vμ -C-O). Make Zwitterion chuyÓn ®æi çc phÇn ®u«i thμnh –NH3+ vμ
-COO-.

1. Chän none (ë phÇn Atoms) trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ nh×n.
2. DÞch chuyÓn vμ quay ph©n tö polypeptide gióp ta dÔ quan s¸t.

70


3. NhÊp tr¸i chuét chän Make Zwitterion trong Databases menu.
HyperChem sÏ thªm vμo oxi cßn thiÕu trªn nguyªn tö C.

HyperChem còng thªm c¶ c¸c proton cßn thiÕu vμo nguyªn tö N.

71


Chó ý: Çc hîp phÇn amino axit trong file d÷ liÖu (Trong Database hay
File PDB) bao gåm çc nguyªn tö víi phÇn diÖn tÝch riªng. Khi thùc hiÖn
Make Zwitterion sÏ lμm thay ®æi ®iÖn tÝch ë nhãm nguyªn tö ®u«i
(Teminal). Nã kh«ng lμm thay ®æi ®iÖn tÝch cña çc nhãm biªn cña çc
amino axit (vÝ dô xem çc nhãm biªn axit, baz¬ hay çc nhãm imi®o
C3H4N2).

Bá Ion çc ®u«i (Remove Ionic Ends)
Bá ion ®u«i ng−îc l¹i víi kÕt qu¶ Make Zwitterion. §iÒu nμy tøc lμ chuyÓn
çc nhãm –NH3+ vμ -COO- trong polypeptide thμnh –NH vμ -CO.

Thay thÕ mét monome trong hîp phÇn b»ng mét amino axit kh¸c
Thø tù cña çc amino axit trong chuçi ®ãng mét vai trß quan träng trong cÊu
tróc chuçi. Mçi sù thay ®æi thø tù hay thay thÕ mét monome nμy b»ng mét
monome kh¸c ®Òu dÉn thay ®æi cÊu tróc vμ thuéc tÝnh cña protein, do ®ã
còng thay ®æi chøc n¨ng cña nã.

72


Tr−íc tiªn cÇn ph¶i biÕt tªn vμ vÞ trÝ amino axit hîp phÇn cÇn thay thÕ.
1. NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display menu.
2. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Name + seq trong hép tho¹i Labels. NhÊp OK
mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau.

3. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Residues trong Select menu.
5. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng mμn lμm viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶ c¸c lùa
chän cã thÓ cã tr−íc ®ã.
6. NhÊp tr¸i chuét vμo PHE 5.
Hîp phÇn nμy sÏ s¸ng h¬n lªn.
7. NhÊp tr¸i chuét chän Mutate trong Databases menu.

73


Chó ý: Mutate sÏ kh«ng ho¹t ®éng nÕu ta ch−a tÝch chän Residues trong
Select menu.
8. Trong hép tho¹i Mutate, kÐo thanh cuén chän amino axit muèn thay thÕ.
VÝ dô chän Thr.

§iÒu nμy cã nghÜa lμ phenylalanine ®· ®−îc thay thÕ b»ng threonine:

Chó ý: Nhí l−u tªn ph©n tö mμ b¹n míi t¹o b»ng mét tªn thÝch hîp.
§èi víi nucleic axit ta còng lμm t−¬ng tù.

Çc Axit Nucleic
VÒ c¬ b¶n çch x©y dùng chuçi polycucleotide t−¬ng tù nh− çch x©y dùng
polypeptide ë trªn.

Ta sö dông çc Axit Nucleic ®Ó x©y dùng chuçi polynucleotide (AND vμ
ARN). Çc hîp phÇn nμy cã cÊu tróc ho¸ häc chuÈn.

74


Trong hép tho¹i Nucleic Acids, ta cã thÓ chän çc cÊu tróc bËc hai cho çc
hîp phÇn thªm vμo (A, B, Z hoÆc çc kiÓu gãc cÊu h×nh kh¸c mμ ta ®Æt).
Ta cã thÓ t¹o chuçi polynucleotide b¾t ®Çu tõ çc ®u«i 5’ hoÆc 3’ b»ng çch
nhÊp chän çc hîp phÇn axit nucleic nμy:
- Bèn deoxyribonucleotide (monophosphat)
- Bèn ribonucleotide (monophosphat)
- N¾p bÞt (Cap) A 3’ ®Ó c¶n trë kÐo dμi chuçi thªm.
- N¾p bÞt A 5’ ®Ó c¶n trë kÐo dμi chuçi thªm.

Chó ý: Ta kh«ng chØnh söa çc hîp phÇn b»ng c«ng cô vÏ. Ta cã thÓ
thªm bít hay chØnh söa çc hîp phÇn nh− tr−êng hîp Amino axit trªn.

HyperChem nèi kÕt çc hîp phÇn l¹i víi nhau theo thø tù ta chän çc hîp
phÇn, b¾t ®Çu tõ phÇn ®u«i 5’. §©y lμ trËt tù tù nhiªn cña qu¸ tr×nh tæng hîp
AND vμ ARN. NÕu ta muèn x©y dùng chuçi b¾t ®Çu tõ ®u«i 3’ th× ph¶i tÝch
chän Backward (ng−îc) trong hép tho¹i.

Çc ®Çu bÞt (cap) ng¨n c¶n viÖc thªm tiÕp çc hîp phÇn kÓ c¶ çc hîp phÇn
®u«i 5’ vμ 3’. Sau khi thªm mét ®Çu bÞt, viÖc chän thªm hîp phÇn míi sÏ t¹o
mét chuçi kh¸c. NÕu chuçi ch−a cã ®Çu bÞt, ta cã thÓ thªm ®−îc nhiÒu hîp
phÇn n÷a cho ®Õn khi cã ®Çu bÞt.

Khi kÐo dμi chuçi, ta cã thÓ thay ®æi thuéc tÝnh cña çc hîp phÇn tiÕp theo
mμ ta thªm vμo:
- CÊu h×nh bËc hai (A, B, Z hay çc kiÓu kh¸c).
- KÓ c¶ kiÓu gÊp 2’ Endo (gÊp néi) hay 3’ Endo cho vßng ®−êng. KiÓu
A cña AND th−êng chøa ®−êng deoxyribose d¹ng C3’-endo bÒn v÷ng
h¬n. KiÓu B cña AND chøa ®−êng C2’-endo.
- Double-Stranded (KÕt ®«i thμnh phÇn). TÝch chän phÇn nμy th× khi
nhÊp chän axit, ngoμi axit ta chän cßn cã thªm baz¬ liªn hîp cña chÝnh
nã, gi÷a chóng cã cÇu nèi hydro víi nhau (TÝch chän Recompute H
Bonds trong Display menu ®Ó xem liªn kÕt hydro). HyperChem quan
t©m chñ yÕu ®Õn cÆp baz¬; mét sè liªn kÕt trong hîp phÇn liªn hîp cã
®é dμi liªn kÕt kh«ng ®óng vμ mét sè cÆp baz¬ còng kh«ng cã çc gãc
cuén chÝnh x¸c. Ta cÇn ph¶i tèi −u h×nh häc l¹i ®Ó söa çc lçi ®ã trong
cÊu tróc.

75


Chó ý: Kh«ng sö dông tr×nh x©y dùng (Model Builder) ®èi víi
polynucleotide ®· x©y dùng. Tr×nh x©y dùng sÏ lμm háng h×nh häc cña
ph©n tö vμ kh«ng thÓ x©y dùng l¹i chÝnh x¸c ®−îc.

Çc lùa chän ta ®Æt cã ¶nh h−ëng ®Õn çc hîp phÇn sau cho ®Õn khi ta
thay ®æi kiÓu lùa chän kh¸c. Ta kh«ng thÓ thay ®æi thuéc tÝnh sau khi
®· tÝch chän hîp phÇn ®ã.

Hép tho¹i Nucleic Acids cã d¹ng nh− sau:

Çc kiÓu hîp phÇn trong hép tho¹i nh− sau:
- dA Deoxyadenosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña
AND.
- dT Deoxythymindine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña
AND.
- dC Deoxycytidine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña
AND.
- dG Deoxyguanosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña
DNA.
- rA Adenosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN.
- rU Uridine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN.
- rG Guanosine 5’- monophosphate, hîp phÇn cña ARN.
- rC Cytidine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN.
- 5CAP §Çu bÞt kiÓu A (-OH) ®Ó kÕt thóc chuçi ë ®u«i 5’.
- 3CAP §Çu bÞt kiÓu A (-OH) ®Ó kÕt thóc chuçi ë ®u«i 3’.
Çc lùa chän cho hîp phÇn nh− sau:
Helix Form §Æt cÊu h×nh bËc hai cho çc hîp phÇn cña chuçi.
(KiÓu xo¾n èc) Mçi d¹ng xo¾n èc cã gãc vÆn, cuén (sè vßng quay
cña mçi phÇn) vμ ®é cao (ChiÒu cao cña mét vßng)
®Æc tr−ng riªng.
A Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i trong AND kÕt ®«i, khö n−íc, cã
(KiÓu A) kho¶ng 11 hîp phÇn mçi vßng.

76


B Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i trong AND kÕt ®«i, khö n−íc,
(KiÓu B) víi kho¶ng 10 hîp phÇn mçi vßng.
Z Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i cña AND kÕt ®«i, víi kho¶ng 12
(KiÓu Z) hîp phÇn mçi vßng. Xen kÏ çc hîp phÇn (®−îc
®¸nh sè ch½n lÎ: odd, even) trong mçi phÇn cña Z
AND cã çc gãc vÆn kh¸c nhau.
Other NhËn çc gi¸ trÞ ta ®Æt cho gãc vÆn trong liªn kÕt
(KiÓu kh¸c) khung chuçi polynuleotide.

(α) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Alpha
(β) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Beta
(γ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Gama
(χ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Chi
(δ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Delta
(ε) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Epsilon
(ξ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600.
- Zeta

77


- Sugar Form CÊu h×nh cña vßng ribo.
2’ Endo C2’ lμ ngoμi mÆt ph¼ng vßng, trªn cïng mÆt ph¼ng
nh− C5’.
3’ Endo C3’ lμ ngoμi mÆt ph¼ng vßng, trªn cïng mÆt ph¼ng
nh− C5’.
- Double Strand Khi phÇn nμy ®−îc tÝch chän, HyperChem thªm
hîp phÇn liªn hîp cña chÝnh nã, theo quy t¾c cÆp
baz¬ cña Watson-Crick, vμ dùng lªn mét
polynucleotide kh«ng song song. Ta cã thÓ tÝch
hoÆc kh«ng tÝch ®Ó dùng çc ph©n tö cã baz¬ kÕt
®«i mét phÇn.
- Backward Khi tÝch chän phÇn nμy, HyperChem b¾t ®Çu x©y
dùng chuçi tõ phÇn ®u«i 3’, thªm dÇn çc hîp phÇn
®Õn phÇn ®u«i 5’. §iÒu nμy ng−îc l¹i víi qu¸ tr×nh
tæng hîp AND vμ ARN th«ng th−êng. ViÖc ®Æt
nh− vËy ¶nh h−ëng ®Õn toμn bé chuçi, do ®ã ta
ph¶i ®Æt nã tr−íc khi b¾t ®Çu x©y dùng chuçi.

Chó ý: Ta vÉn cã thÓ sö dông çc c«ng cô kh¸c khi hép tho¹i Nucleic
Acids cßn trªn mμn h×nh.

Thªm çc ion tr¸i dÊu (Add Counter Ions)

78

Hyper Guide Tieng Viet

Recommended

Recommended

More Related Content

Similar to Hyper Guide Tieng Viet

Similar to Hyper Guide Tieng Viet (20)

Recently uploaded

Recently uploaded (20)

Hyper Guide Tieng Viet