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SchracVisualizeによる、波動関数と電
子密度の可視化
自己紹介
 Twitter: @dc1394
 C++, C#, F#そしてRubyが好きです(ただしプログラ
マーではありません)。
 量子力学の数値計算とかやってます。
 最も興味のある分野
 ・第一原理計算
 ・密度汎関数理論(Density Functional Theory, DFT)
 第一原理計算やDFTについては、よろしければ拙作
のスライドをご覧ください
( http://www.slideshare.net/dc1394/ss-26378208 )。
概要
 前回の復習
 動径波動関数と球面調和関数
 波動関数と電子密度の可視化のアルゴリズム
 プログラムの実演
 まとめ
使用するプログラム言語、ライブラリ
等
 プログラム言語はC++11を使用する。
 Boost C++ Librariesを使用する。
 三次元可視化のために、Microsoft DirectX 10を
使用する。
 Spline補間のために、GNU Scientific Library
(GSL)を使用する。
 さらに、並列計算のために、Threading Building
Blocks (TBB)を使用する。
Schracでの計算結果
 Schracでの計算結果は、以下のような数値データ
である。
 このデータの意味を、直接把握しようとしても、不
可能である。
gnuplotによるプロット
 次に、先ほどの出力結果をgnuplotでプロットして
みる。
 数値データよりは、意味を把握しやすくなったが、
やはりまだ味気ない。
波動関数と電子密度の可視化
 波動関数ψ(r,θ,φ)と電子密度ρ(r,θ,φ)を、三
次元で可視化することを考えよう。
 このためには、動径波動関数Rnl(r)だけでは不十
分である。
 ψ(r,θ,φ)は、Rnl(r)と、球面調和関数Ylm(θ,φ)の
積であった。従って、Ylm(θ,φ)を求める必要があ
る。
 ここで、Ylm(θ,φ)は、以下の偏微分方程式を満た
す。
球面調和関数Ylm(θ,φ)
 前ページの偏微分方程式を解くと、球面調和関数
Ylm(θ,φ)として以下が得られる。
 ここで、Pl
mは、ルジャンドル陪関数である。
 この式は複雑であるが、この関数の値は、Boost
ライブラリの「spherical_harmonic」関数を用いれば、
簡単に得られる。
 なお、Ylm(θ,φ)は複素関数であることに注意。
波動関数と電子密度の構成
 波動関数ψ(r,θ,φ)は、以下のように得られる。
 電子密度ρ(r,θ,φ)は、以下のように得られる。
 ここでmは磁気量子数である。
 ここで動径波動関数Rnl(r)は、schracの出力ファイ
ルから読み込んだ(離散的な)数値データを、
Spline補間して求める。
 Spline補間には、GSLライブラリのgsl_spline関数を
用いる。
波動関数と電子密度の可視化の考え
方
 波動関数ψ(r,θ,φ)及び電子密度ρ(r,θ,φ)のい
ずれも、三次元の変数を持つので、表示には四次
元が必要である。
 四次元(の関数)は、単純にはグラフ化できない
ので、可視化には工夫が必要である。
 工夫としては色々な方法があるだろうが、ここでは
乱数を用いて、四次元の関数を可視化することを
考える。
波動関数の可視化のアルゴリズム
 波動関数の可視化の手順は、以下のようになる。
 (1) 主量子数n、方位量子数l、磁気量子数mを決める。
→動径分布関数と、球面調和関数が決まる
 (2) 波動関数を観測する回数を決める、観測回数だ
け(3)~(4)を繰り返す。
 (3) 動径波動関数と球面調和関数の積を分布関数と
定義し、この分布関数に従う乱数を発生させ、 電子
の位置(x, y, z)の値を決める(ただし、球面調和関数
の実部と虚部は、別々に表示する)。
 (4) 電子の位置(x, y, z)に点をプロットする。
電子密度の可視化のアルゴリズム
 電子密度の可視化の手順は、以下のようになる。
 (1) 主量子数n、方位量子数l、磁気量子数mを決める。
→動径分布関数と、球面調和関数が決まる
 (2) 電子雲を観測する回数を決める、観測回数だけ
(3)~(4)を繰り返す。
 (3) 以下の関数を分布関数と定義し、この分布関数に
従う乱数を発生させ、 電子の位置(x, y, z)の値を決め
る。
 (4) 電子の位置(x, y, z)に点をプロットする。
von Neumannの棄却法
 「原子の波動関数と電子密度を乱数を用いて描
く」という問題は、「どうすれば分布関数に従う乱
数を発生させることができるか?」という問題に帰
着する。
 任意の分布に従う乱数を発生させる方法として、
よく知られている方法に、「von Neumannの棄却
法」がある。
 次ページでこれを詳しく説明する。
von Neumannの棄却法
 von Neumannの棄却法の手順は以下のようにな
る。
 (1) 確率密度関数f(x)の変数xの変域を区間[0, x0]と
する。変域内でのf(x)の最大値をMとする。
 (2) 区間[0, x0]での一様乱数xiを発生させる。
 (3) 区間[0, M]での一様乱数yiを発生させる。
 (4) xi, yiが、f(xi) > yiを満足する場合のみ、乱数xiは与
えられたf(x)に従うものとして採用し、満足しなければ
捨てる。
 (5) (2)~(4)を繰り返して乱数列を得る。
SchracVisualizeの特徴
 前ページの方法で得られた乱数列を用いて、波
動関数と電子密度を描画する。
 SchracVisualizeでは、描画にMicrosoft DirectX
10を用いている。
 また、計算に時間がかかるので、描画スレッドと
計算スレッドを分離している。
 計算スレッドはさらに、実行環境のCPUコア数に
応じた孫スレッドを生成し、それを並列計算に用
いる(TBBライブラリを用いている)。
SchracVisualizeの実演
H原子の波動関数とHe原子の波動関
数の比較
H原子の電子密度とHe原子の電子密
度の比較
ソースコードへのリンク
 このプログラムのソースコードは、GitHub上で公
開しています。
 https://github.com/dc1394/SchracVisualize
 また、バイナリも以下で公開しています。
 https://github.com/dc1394/SchracVisualize/rele
ases/tag/v0.2
 ライセンスは修正BSDライセンスとします。
まとめ
 「schrac」で計算したデータを読み込み、Spline補
間することで、動径波動関数Rnl(r)を得た。
 上記のRnl(r)と、球面調和関数Ylm(θ,φ)を掛け合
わせることにより、波動関数ψ(r,θ,φ)を得た。
 また、 Rnl(r)と、球面調和関数Ylm(θ,φ)の実部及
び虚部の積の二乗から、電子密度ρ(r,θ,φ)を得
た。
 ψ(r,θ,φ)及びρ(r,θ,φ)を、von Neumannの棄
却法による乱数を用いて、三次元的に視覚化した。
参考文献
 桜町 晃生『パソコンで描く水素原子―シュレー
ディンガー方程式を「計算する」「プロットする」「眺
める」』I・O BOOKS(2004)

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