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第1回 Kashiwa.R


          Rを研究でどう使うか?
         ∼迷信の伝播と人類学から∼

                            2011.11.11
                               田村光平
2011年11月14日月曜日
自己紹介

             •名前:田村光平
             •所属:理学系研究科人類学大講座
             •住処:本郷キャンパス理学部2号館




2011年11月14日月曜日
2つの人類学


           文化人類学    自然人類学



2011年11月14日月曜日
2つの人類学
                 こちら


           文化人類学       自然人類学



2011年11月14日月曜日
生物学の立場から
                  ヒトを研究する


2011年11月14日月曜日
文化的適応
                 ヒトの特性・拡散の要因



                         http://world-heritages.com/wh14/ryuukyuu.html

2011年11月14日月曜日
生物学の立場から
                  文化を研究する


2011年11月14日月曜日
「受け継がれるモノ」
      は遺伝子だけじゃない

      Beyond DNA: integrating inclusive inheritance
         into an extended theory of evolution




                 Danchin et al. 2011. Nature Reviews Genetics

2011年11月14日月曜日
文化進化

  Cavalli-Sforza & Feldman   Boyd & Richerson
            (1981)                (1985)




2011年11月14日月曜日
(生物)進化




                       t


                 集団中の遺伝的構成の時間変化
2011年11月14日月曜日
文化進化




                       t


                 集団中の文化的構成の時間変化
2011年11月14日月曜日
文化進化
   Cavalli-Sforza & Feldman   Boyd & Richerson
             集団遺伝学の理論を
             (1981)                (1985)


               文化に適用


2011年11月14日月曜日
例えばこんなトピックが

        • 遺伝子と文化の共進化
                 •   乳糖分解酵素と酪農文化

                 •   セロトニン関連遺伝子と社会の志向

        • 言語系統学
                 •   言語の分岐年代から移住過程などを推測

        • 文化進化実験
                 •   伝言ゲームによってランダムな記号列に構造が

2011年11月14日月曜日
生物学の立場からみても
      文化は面白い!


2011年11月14日月曜日
文化的適応
                 ヒトの特性・拡散の要因



                         http://world-heritages.com/wh14/ryuukyuu.html

2011年11月14日月曜日
文化的「非適応」
非適応的行動が文化によって引き起こされる




      http://www.telegraph.co.uk/news/worldnews/australiaandthepacific/papuanewguinea/4159654/Woman-burned-at-stake-after-being-accused-of-witchcraft.html


2011年11月14日月曜日
非適応的文化

  •    儀式、呪術、迷信、人口転換...etc

  •    Boyd and Richerson (1985)、Richerson and Boyd
       (2005)、Ihara and Feldman (2004)、Ihara (2008)




2011年11月14日月曜日
なぜ非適応的文化を
                   研究するのか?

             • 進化生物学の問題
                 →なぜ自らの適応度を下げるのか?

             • 文化伝達の心理バイアスの理解


2011年11月14日月曜日
ヒツジとヤギも
 「育ての親」を好む

        Mothers determine sexual preferences




                          Kendrick et al. 1998. Nature

2011年11月14日月曜日
丙午の迷信
「丙午の女は夫を食い殺す」


                  http://jp.123rf.com/photo_7927160_the-vampire-women-bites-the-man.html
2011年11月14日月曜日
丙午の迷信
          • ??? 丙午の年には火事が多い
          • 1682? 八百屋お七事件(江戸)
          • 1686 井原西鶴『好色五人女』(大阪)
          • 1704 紀海音『八百屋お七』(大阪)
          • 1726 丙午の男女共に相手を殺す
                 →人工流産の報告

          • 1726    1786? 丙午の女は夫を食い殺す


2011年11月14日月曜日
丙午の出生減少

   • 60年に一度の出生減少
          •      1846年 13%(0 30%)

          •      1906年 7%(0 15%)

          •      1966年 25%(19 36%)




2011年11月14日月曜日
丙午出生減少の地域差




                    出生減少大

2011年11月14日月曜日
この地域差の要因は何か?



2011年11月14日月曜日
今日のメインはRなので
あんまり詳しくやりません


2011年11月14日月曜日
仮説: 丙午の出生減少と
        方言の距離に関係がある?



2011年11月14日月曜日
方言間距離
  •    方言間の単語の共有度から計算

          •      各県について、ある単語を使っていれば1,いなければ0をコードし
                 てビット列を作成

          •      ハミング距離(文字列の違い)を計算

          •      データはLi and Hasegawa (2011)から(調査は1950 1970年代)




2011年11月14日月曜日
1966年丙午の出生減少と
          東京からの方言間距離の相関



                 ※「とりあえず回帰」は良い習慣ではありません


2011年11月14日月曜日
とりあえず散布図
                   > plot(x,y)




2011年11月14日月曜日
2011年11月14日月曜日
線とか引いてみる
                  > abline(lm(y x))




2011年11月14日月曜日
2011年11月14日月曜日
相関係数を求めてみる
                 > cor.test(x,y)




2011年11月14日月曜日
出力




2011年11月14日月曜日
出生減少と方言間距離の相関



   • 相関係数: -0.497
   • p値<0.001 → 偶然では起こりそうにない


2011年11月14日月曜日
単に距離が近いところに
                 伝達しやすいだけでは?




2011年11月14日月曜日
東京からの地理的距離
                  との相関をみてみる




2011年11月14日月曜日
出生減少と地理的距離の相関



   • 相関係数: -0.382
   • p値<0.0089 → 偶然では起こりそうにない

   …が、文化的距離との相関のほうがスコアが良い

2011年11月14日月曜日
単に値の大小以外で
              議論できないか?




2011年11月14日月曜日
モデル選択
                 > stepAIC(lm(y x1+x2))




2011年11月14日月曜日
出力




2011年11月14日月曜日
もう少し詳しく
                  解析したい




2011年11月14日月曜日
因果関係を推測すると

             • 地理的な分布で方言のパターンが形成
             • 方言間の距離が出生減少に影響

     地理的距離          方言間距離    出生減少



2011年11月14日月曜日
因果関係を推測すると

 • 地理的な分布で方言のパターンが形成
これを統計的に表現したい
 • 方言間の距離が出生減少に影響

     地理的距離       方言間距離   出生減少



2011年11月14日月曜日
パス解析
                 > library(sem)




2011年11月14日月曜日
入力




2011年11月14日月曜日
出力




2011年11月14日月曜日
よくわからん



2011年11月14日月曜日
結果をGraphvizに
                   つっこむ



       > path.diagram(ans, "data", ignore.double=FALSE,
                 edge.labels="values", digits=3)


2011年11月14日月曜日
パス図




2011年11月14日月曜日
空間構造を
                 取り入れたい




2011年11月14日月曜日
空間統計
                 > library(spdep)




2011年11月14日月曜日
空間同時自己回帰ラグモデル


             • Y = ρWY + βX + e
             • 隣接県の出生減少の仕方が似ている


2011年11月14日月曜日
空間統計

                 > result<-lagsarlm(y x,listw=W)
                 > summary(result)aaaaaaaaaaa


2011年11月14日月曜日
2011年11月14日月曜日
空間統計結果

      • 隣接県で出生減少の下がり方は似ている
      • 空間効果を入れても方言間距離の効果は有意
      • 空間効果をいれたモデルのほうが良い


2011年11月14日月曜日
シミュレーション


    • 出生減少と距離との相関
         →どのような伝達ネットワークでできやすい?




2011年11月14日月曜日
2つの文化伝達モデル
     完全グラフモデル            星型モデル




         各県が文化伝達        東京が文化伝達

                 伝達確率が距離に依存
2011年11月14日月曜日
2つの文化伝達モデル
     完全グラフモデル        星型モデル


  申し訳ありませんが時間の関係上
  詳細は省略させて下さいm(_ _)m

          各県が文化伝達   東京が文化伝達


2011年11月14日月曜日
結果:相関係数の分布
                 完全グラフモデル   星型モデル




                            ggplot2で作図
2011年11月14日月曜日
結果:相関係数の分布
こんな感じでシミュレーション
  完全グラフモデル 星型モデル

 終了と同時にグラフが出ます



                 ggplot2で作図
2011年11月14日月曜日
シミュレーションまとめ
    • 相関係数が初期状態より大きくなるのは
         星型モデルのみ
         →伝達には中心地があった?

    • シミュレーションもできる、ということが伝わ
         れば…

    • データ出力→統計解析→グラフ作成
         まで一気にできて便利
2011年11月14日月曜日
まとめ:丙午編

             • 出生減少と方言間の距離に相関
             • 説明変数同士にも関係がありそう
             • 隣接県で出生減少が似ている
             • 伝達の中心地があった可能性

2011年11月14日月曜日
まとめ:R編
             • 相関係数(cor.test())
             • モデル選択(stepAIC())
             • パス解析(library(sem))
             • 空間統計(library(spdep))
             • シミュレーション
2011年11月14日月曜日
Rの良い所
             • なんでもできる
                • 統計解析
                • シミュレーション
                • グラフ
             • 勉強用の資料が豊富
2011年11月14日月曜日
やり
                  たいこと


                           ここが一番大変
                    どう
                 やってやるか?




                   勉強

2011年11月14日月曜日
やり
                 たいこと


                        ここが一番大変
    ここのコストを削減して
         どう
      やってやるか?
      いけると嬉しい
                 勉強

2011年11月14日月曜日
ご清聴ありがとう
                  ございました


2011年11月14日月曜日

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