SlideShare a Scribd company logo
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 1/6
Последние поступления (252)
Новинки ИЗДАТЕЛЬСКОЙ ГРУППЫ
URSS (313)
В печати (300)
ЛУЧШИЕ КНИГИ 2014-2016 (201)
Электронные книги (167)
Детям и родителям (369)
КНИГА - ЛУЧШИЙ ПОДАРОК!
(URSS рекомендует) (138)
Точные и Естественные науки
Прикладные науки. Техника.
Медицина (46799)
Общественные науки. Право.
Экономика (57617)
Бизнес книги (6351)
Книги Нобелевских лауреатов и о
них (453)
Гуманитарные науки
Страноведение. Краеведение.
Путеводители. Туризм,
путешествия (870)
Художественная литература (4563)
Раритеты антиквариата (2784)
ИНТЕРСТЕЛЛАР: подборка по
мотивам фильма (76)
Каталог
Id: 180705
Ригден Д.Дж.
(Даниэль Джон)
(Ред.).
URSS. 2014. 424 с. Мягкая обложка.
ISBN 978-5-9710-0842-2.
Техника, Биология, Психология, Биофизика. Биохимия.
Иммунология, Биотехнологии. Лабораторные методы
исследования в биологии, Кибернетика, Общая психология,
Механика. Надежность. Прочность. Метрология. Эргономика,
Биофизика. Математические модели в биологии, Биохимия,
Техническая биология, Бионика. Нейрокомпьютеры.
-- Аннотация
-- Оглавление
-- Введение
Молекулы белков лежат в основе почти всех биологических процессов. Ученым
всегда были любопытны как белки, участвующие в метаболических путях, так и
молекулярные основы их функционирования. Однако в эру системной биологии
еще больше внимание уделяется полному пониманию работы всей совокупности
белков организма, его протеома. Все более важно, что мы не только понимаем
все стороны данной функции, или функций, какого-либо белка, но и то, что наше
знание распространяется на все компоненты изучаемой системы или организма и
так далеко, насколько это возможно. Без всестороннего анализа информации
попытки синтеза и расчетов не смогут выйти за рамки приближенной реальности.
Книга "Структура и функционирование белков: Применение методов
биоинформатики" представляет собой уникальный обзор современного
состояния вопросов моделирования структуры белков и предсказания их
функции. Книга написана ведущими специалистами в своей области, прекрасно
иллюстрирована и содержит ссылки на доступные серверы и другие ресурсы,
которые читатель, возможно, захочет использовать в своей научной работе.
В конце каждой главы описываются перспективы развития и наиболее
актуальные проблемы соответствующих областей науки.
На сегодняшний день научное сообщество довольно близко подошло
к объяснению явлений, природа которых до недавних пор была не ясна, --- таких
как обмен доменов, круговая перестановка, образование фибрилл, белки
с присущей неупорядоченностью и многими другими. В 2008 году мы
сталкиваемся с метаморфными белками, исследование которых может
значительно поспособствовать нашему пониманию пространства типов укладки
белков. И несмотря на то, что структуры белков непрерывно готовят нам новые
трудности, совершенно ясно, что биоинформатика структуры и функции белков
на протяжении многих лет будет оставаться одной из самых востребованных и
волнующих областей исследований.
Книга рассчитана на студентов, аспирантов и специалистов, интресующихся
вопросами молекулярного моделирования и биоинформатики.
>Найти
Троцкий
Л.Д.
URSS. 2017. 608 с. Твердый
переплет.
Ответственный редактор, предисловие:
Дзарасов С.С.
Перед читателем --- книга, посвященная
одному из решающих моментов
истории нашей страны. Впервые она
вышла в 1937 году в США и ранее
никогда не переводилась на русский
язык. Книга содержит стенограмму
контрпроцесса, проведенного
авторитетной... (Подробнее)
Ньютон
И.
(Исаак).
URSS. 2014. 704 с. Твердый
переплет.
Isaac Newton. Philosophiae Naturalis
Principia Mathematica.
"Начала" И.Ньютона --- одно из
величайших произведений в истории
естествознания. Это сочинение
заложило основы механики, физики и
астрономии. В нем сформулирована
программа развития этих областей
науки, которая оставалась
определяющей... (Подробнее)
Искусственный и биологиче
Рапопорт Г.Н., Герц А.Г.
Как ЭМОЦИИ влияют на АБ
Свердлик А.Г.
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 2/6
1.1. Введение
1.2. Энергетические функции
1.2.1. Рациональные энергетические функции
1.2.2. Сочетание эмпирических энергетических функций и сборки из
фрагментов
1.3. Методы конформационного поиска
1.3.1. Моделирование методом Монте-Карло
1.3.2. Молекулярная динамика
1.3.3. Генетические алгоритмы
1.3.4. Математическая оптимизация
1.4. Отбор моделей
1.4.1. Рациональная энергетическая функция
1.4.2. Эмпирическая энергетическая функция
1.4.3. Функция совместимости структуры и последовательности
1.4.4. Кластеризация макетов структур
1.5. Замечания и обсуждение
2.1. Введение
2.1.1. Важность "слепых" испытаний: соревнование CASP
2.1.2. Предсказание структуры и моделирование по гомологии
2.1.3. Пределы пространства типов укладки
2.1.4. К вопросу о терминологии: "протягивание" и "распознавание
фолда"
2.2. "Протягивание"
2.2.1. Эмпирические потенциалы
2.2.2. Поиск выравнивания
2.2.3. Эвристические правила выравнивания
2.3. Определение отдаленной гомологии без протягивания
2.3.1. Использование предсказанных структурных свойств
2.3.2. Профили последовательностей и скрытые марковские модели
2.3.3. Классификация типов укладки и метод опорных векторов
2.3.4. Согласованные подходы
2.3.5. Проход по сети гомологов
2.4. Точность выравнивания, качество моделей и статистическая значимость
2.4.1. Алгоритмы создания выравниваний и оценка
2.4.2. Оценка статистической значимости
2.5. Веб-инструменты для распознавания элементов укладки
2.6. Перспективы
3.1. Введение
3.1.1. Структура определяет функцию
3.1.2. Последовательности, структуры и структурная геномика
3.1.3. Методы предсказания структуры белков
3.2. Этапы сравнительного моделирования структуры белков
3.2.1. Поиск структур, потенциально родственных с мишенью
3.2.2. Отбор шаблонов
3.2.3. Выравнивание последовательности со структурой
3.2.4. Построение модели
3.2.5. Оценка моделей
3.3. Эффективность методов сравнительного моделирования
3.3.1. Точность методов
3.3.2. Ошибки в сравнительных моделях
3.4. Применение сравнительного моделирования
3.4.1. Моделирование одиночных белков
3.4.2. Сравнительное моделирование и проект исследования структуры
белков
3.5. Заключение
4.1. Введение
4.2. Структурные классы
4.2.1. Пучки альфа-спиралей
4.2.2. Бета-бочонки
4.3. Особенности кристаллизации мембранных белков
4.4. Базы данных
4.5. Множественные выравнивания последовательностей
4.6. Предсказание топологии трансмембранных белков
4.6.1. Альфа-спиральные белки
4.6.2. Белки, имеющие структуру β-бочонка
Кассимерис Л., Лингаппа В.Р.,
Плоппер Д. (Ред.).
2016. 1056 с. Твердый переплет.
Перевод второго англоязычного
издания включает последние
достижения в области клеточной
биологии. Описаны структура,
организация, рост клеток, регуляция
внутриклеточных процессов, клеточная
подвижность, взаимодействие между
клетками. Детально рассмотрены
эукариотические клетки. Каждая глава
написана... (Подробнее)
Перельман М.Е.
URSS. 2013. 464 с. Мягкая обложка.
Все мы знакомы с открытиями,
ставшими заметными вехами на пути
понимания человеком законов
окружающего мира: начиная с догадки
Архимеда о величине силы,
действующей на погруженное
в жидкость тело, и заканчивая
новейшими теориями скрытых
размерностей пространства-времени.
Но как были... (Подробнее)
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 3/6
4.6.3. Полногеномный анализ
4.6.4. Наборы данных, гомологичность, точность и перекрестная
проверка
4.7. Предсказание пространственной структуры
4.8. Перспективы развития методов предсказания структуры мембранных
белков
5.1. Идея неупорядоченности белков
5.2. Свойства последовательностей БПН
5.2.1. Необычный аминокислотный состав БПН
5.2.2. Паттерны последовательностей БПН
5.2.3. Низкая сложность последовательностей и неупорядоченность
5.3. Предсказание неупорядоченности
5.3.1. Предсказание областей с низкой сложностью
5.3.2. Графики "заряд-гидрофобность"
5.3.3. Методы предсказания на основе предрасположенности
5.3.4. Методы предсказания на основе отсутствия выраженной вторичной
структуры
5.3.5. Алгоритмы машинного обучения
5.3.6. Предсказание на основе потенциалов контакта
5.3.7. Для предсказания неупорядоченности достаточно сокращенного
алфавита
5.3.8. Сравнение методов предсказания неупорядоченности
5.4. Функциональная классификация БПН
5.4.1. Функциональная классификация БПН на основе генной онтологии
5.4.2. Классификация БПН на основе механизма действия
5.4.3. Структурные элементы БПН, связанные с функционированием
5.5. Предсказание функций БПН
5.5.1. Корреляция модели неупорядоченности и функции
5.5.2. Предсказание коротких мотивов распознавания в БПН
5.5.3. Прогнозирование СМОР
5.5.4. Сочетание информации о последовательности и
неупорядоченности: участки фосфорилирования и мотивы
связывания CaM
5.5.5. Поддержание неупорядоченности
5.6. Ограничения методов предсказания функций БПН
5.6.1. Быстрая эволюция БПН
5.6.2. Независимость последовательности и функции и
неопределенность
5.6.3. Консервативность и неупорядоченность
5.7. Заключение
6.1. Определение функций
6.2. От способа укладки к функции
6.2.1. Определение способа укладки
6.2.2. Связь между способами укладки и предсказание функций
6.3. Разнообразие функций гомологичных белков
6.3.1. Определения
6.3.2. Эволюция белковых надсемейств
6.3.3. Дивергенция функций в ходе эволюции белков
6.4. Заключение
7.1. Способы представления поверхности
7.1.1. Поверхность ван-дер-Ваальса
7.1.2. Молекулярная поверхность (поверхность без растворителя)
7.1.3. Поверхность, доступная растворителю
7.2. Свойства поверхности
7.2.1. Гидрофобность
7.2.2. Электростатические свойства
7.2.3. Консервативность поверхности
7.3. Предсказание функций по свойствам поверхности
7.3.1. Гидрофобная поверхность
7.3.2. Электростатическая поверхность
7.3.3. Консервативность поверхности
7.3.4. Сочетание свойств поверхности для предсказания функций
7.4. Взаимодействие лиганда с белком
7.4.1. Свойства взаимодействий лиганда с белком
7.4.2. Предсказание расположения активного центра
7.4.3. Предсказание чувствительности к лекарствам
7.4.4. Аннотация сайтов связывания лигандов
7.5. Белок-белковый интерфейс
7.5.1. Свойства белок-белкового интерфейса
7.5.2. Активные точки белковых интерфейсов
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 4/6
7.5.3. Предсказание расположения интерфейса
7.6. Заключение
8.1. Предыстория и значение
8.1.1. Что такое функция?
8.1.2. Структурные мотивы: определение и область действия
8.2. Обзор методов
8.2.1. Поиск мотивов
8.2.2. Определение и подбор мотивов
8.2.3. Интерпретация результатов
8.3. Специфичные методы
8.3.1. Мотивы, заданные пользователем
8.3.2. Обнаружение мотива
8.4. Аналогичные методы
8.4.1. Гибридные описания "точка-поверхность"
8.4.2. Одноточечные описания
8.5. Использование молекулярного докинга при аннотировании функции
8.6. Обсуждение
8.7. Заключение
9.1. Молекулярно-динамические расчеты
9.1.1. Принципы и приближения
9.1.2. Приложения
9.1.3. Ограничения и улучшенные алгоритмы сэмплирования
9.2. Анализ главных компонент
9.3. Алгоритмы сэмплирования коллективных координат
9.3.1. Коллективная динамика
9.3.2. TEE-REX
9.4. Методы предсказания функциональных мод
9.4.1. Анализ нормальных мод
9.4.2. Модели эластичных сетей
9.4.3. CONCOORD
9.5. Итоги и перспективы
10.1. Введение
10.1.1. Задача предсказания функции по структуре
10.1.2. Методы предсказания структура-функция
10.2. ProKnow
10.2.1. Подбор типа укладки
10.2.2. Структурные мотивы
10.2.3. Гомология последовательностей
10.2.4. Мотивы в последовательности
10.2.5. Взаимодействия белков
10.2.6. Объединение предсказаний
10.2.7. Успешность предсказания
10.3. ProFunc
10.3.1. Основанные на структуре методы, используемые ProFunc
10.3.2. Оценка структурных методов
10.4. Заключение
11.1. Введение
11.2. Примеры масштабного предсказания функции белков
11.3. Несколько особых примеров
11.4. Коллективное аннотирование
11.5. Заключение
12.1. Введение
12.2. Модели белков как общедоступный ресурс
12.2.1. Качество моделей
12.2.2. Базы данных моделей
12.3. Точность и добавленная ценность основанных на моделях предсказаний
12.3.1. Реализация
12.4. Практическое применение
12.4.1. Пластичность остатков каталитического центра
12.4.2. Картирование мутаций
12.4.3. Комплексы белков
12.4.4. Предсказания функции на основе моделей
12.4.5. Предсказание специфичности к лигандам
12.4.6. Моделирование структуры изоформ, полученных альтернативным
сплайсингом
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 5/6
12.4.7. От общей функции к молекулярным деталям
12.5. Что дальше?
Молекулы белков лежат в основе почти всех биологических процессов. Ученым
всегда были любопытны как белки, участвующие в метаболических путях, так и
молекулярные основы их функционирования. Однако в эру системной биологии
еще больше внимание уделяется полному пониманию работы всей совокупности
белков организма, его протеома. Все более важно, что мы не только понимаем
все стороны данной функции, или функций, какого-либо белка, но и то, что наше
знание распространяется на все компоненты изучаемой системы или организма и
так далеко, насколько это возможно. Без всесторонней информации попытки
синтеза и расчета не выйдут за рамки приближения реальности.
Для полномасштабного анализа функий белков был создан ряд пост-геномных
технологий, но зачастую этот анализ ограничивается ценными, но не полными
результатами вроде "белок А участвует в делении клетки" или "белки B и C
взаимодействуют". Выяснение деталей молекулярного функционирования
оказывается гораздо более дорогим, и проводится в лабораториях,
воодушевленных специалистами по биоинформатике на заполнение пробелов
в наших знаниях. Сравнение аминокислотных последовательностей белков
разных видов является основой для компьютерного аннотирования функций
белков, хотя запутанные механизмы, которыми эволюция связывает структуры и
функцию, часто ограничивают точность и применимость предсказаний. Более
того, маловероятно, что истинно новая функция будет предсказана
исключительно на основе анализа последовательностей, хотя "сиротская"
(orphan) активность -- известный биохимический процесс, для которого еще не
определены ответственные за него белки, -- несомненно существует. Например,
некоторые проблемы такого рода могут возникнуть потому, что хотя структура
белка и определяется его последовательностью, функция белка определяется
в первую очередь его структурой, поэтому несколько незначительных отличий
между последовательностями белков могут оказаться значимыми при
рассмотрении пространственной структуры белка в целом.
Аксиома, что структура определяет функцию, и поэтому может быть
использована для предсказания этой функции, является краеугольным камнем
таких областей, как предсказание структуры и структурное аннотирование
функций, которые охватываются в этой книге. И хотя структурная геномика
обрушила на исследователей вал результатов, все еще остаются неизвестные
функции, которые стимулируют разработку структурных методов предсказания
функции, и эти методы могут быть применены к модельным структурам хотя бы
в некоторой степени. Таким образом, первые главы этой книги охватывают
построение структур белков исходя из их последовательностей или хотя бы
получение какой-то информации об этих структурах. Затем в книге обсуждаются
различные пути, по которым знание структуры приводит к предсказанию
функции, и, наконец, в последних двух главах речь идет о реальном применении
результатов структурной геномики или моделей белков.
Глава 1 посвящена стремительному развитию методов моделирования .
Этот подход все лучше подходит для точного предсказания укладки белковой
цепи или в некоторых случаях даже деталей на уровне расположения атомов,
например, для маленьких белков, для которых не удается выявить сходства
с уже известными структурами. Глядя на недавние результаты, удивительно
вспоминать сейчас, что не далее, как в 1997 году, А.Леск, оценивая результаты
CASP2 (конкурса по предсказанию структуры белков) заявлял: "Я считаю
результаты... разочаровывающими, или даже отрезвляющими, и многие коллеги
разделяют это мнение. За исключением одной мишени, все предсказания
увенчались не более чем частичным успехом." (Lesk, 1997). Главы 2 и 3
посвящены обсуждению структур и моделированию новых структур на основе
уже известных. Сравнительное моделирование, рассматриваемое в Главе 3, --
это сложившаяся и важная методика, позволяющая во многих случаях
последовательно создавать надежные модели. Также важно, что про полученные
модели сразу известно, в какой части они более надежны, в какой -- менее.
Глава 2 касается распознавания укладки белка по его последовательности,
которое часто является информативным само по себе (Глава 6), в то время как
просто сравнение последовательностей оказывается недостаточным. Однако не
менее важно, что распознавание фолда расширяет границы применимости
сравнительного моделирования, и это приводит к возрастанию числа моделей,
которые могут быть построены по одной экспериментальной структуре. Для
мембранных белков, о которых пойдет речь в Главе 4, подходы структурной
биоинформатики ограничены по фундаментальным соображениям -- число
известных пространственных структур все еще мало. По этой причине в Главе 4
детально рассматриваются и вопросы предсказания топологии различных
классов белков, что, по сути, является предсказанием структуры низкого
разрешения. В Главе 5 речь идет о завораживающем классе белков, которые,
будучи изолированными, демонстрируют отсутствие внутренней
упорядоченности, но приобретают её при взаимодействии с другими молекулами.
Такие белки, изучение которых расцвело в последнее десятилетие, имеют свои
собственные идиосинкратические правила соответствия между структурой и
функцией. В Главе 5 эти вопросы также обсуждаются.
Вторая часть этой книги, озаглавленная "От структур к функциям" и
начинающаяся с Главы 6, открывает обсуждение вопроса, как изменяются и
эволюционируют функции белков в контексте типов их укладки, или фолдов,
или типов укладки в надсемействах. Некоторые типы, будучи реально
обнаруженными или только предполагаемыми, являются надежными признаками
08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ…
http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 6/6
конкретных функций, что важно при предсказании функции на основе структуры;
другие типы укладки -- суперфолды -- обеспечивают реализацию разнообразных
функций. Взаимодействия белков с лигандами происходит непременно на
поверхности белка, поэтому не удивительно, что многие аспекты геометрии этой
поверхности и её свойства могут быть успешно использованы для предсказания
функции. Такие методы рассматриваются в Главе 7. В Главе 8 обсуждаются
паттерны локальной структуры, которые могут иметь тесное отношение
к связыванию лигандов или катализу. Такие паттерны возникают из-за
консервативности или конвергентной эволюции эффективных каталитических
центров, а также ограничений на связывание, наложенных физико-химическими
свойствами конкретного низкомолекулярного соединения. Кроме того, в Главе 8
рассматриваются последние успехи в применении докинга низкомолекулярных
соединений для предсказания специфичности ферментов. Зачастую
незамеченной остается связь между функционированием белка и его динамикой.
Структуры белков не статичны, и их движения, большие или малые, часто
являются ключевыми для функционирования. Молекулярная динамика и
сходные с ней методы конформационного сэмплирования и анализа
рассматриваются в Главе 9, в которой также представлены примеры того, как
рассмотрение динамики проясняет наше понимание функционирования белков.
Вместе со все нарастающим числом и спектром методов предсказания функции
белка по его структуре, целесообразным становится одновременное применение
нескольких методов в рамках интегральных веб-серверов. Такой подход удобен
для пользователя, а также позволяет делать консенсусные предсказания.
В Главе 10 описаны возможности и функционирование веб-серверов ProFunc и
ProKnow, реализующих этот подход. В Главе 11 обсуждается опубликованная
работа, в которой основанные на структуре методы были применены
к предсказанию функции белков, полученных в рамках проектов по структурной
геномике. Это позволило получить ценную картину того, какой из методов
обычно оказывается наиболее информативным. Глава завершается
обсуждением последних тенденций в направлении коллективного аннотирования
как способа преодоления узких мест в аннотировании таких белков. Глава 12
охватывает приложения структурных методов к структурам моделей,
полученным как с помощью сравнительного моделирования, так и с помощью
методов . Наряду с большим количеством примеров обсуждается
опубликованная работа, в которой оценивается точность моделей
с функционально-значимой точки зрения, а также применимость различных
методов моделирования.
Цель этой книги состоит в предоставлении современного взгляда на состояние
дел в предсказании структуры белков и основанном на структуре предсказании
функции белков. Каждая глава содержит ссылки на доступные веб-серверы и
другие ресурсы, которые читатель может пожелать использовать в своей работе.
В конце каждой главы авторы намечают направления дальнейшего развития и
ожидаемые затруднения в соответствующих областях. Когда написание книги
уже подходило к концу, появилось сообщение о значительном успехе
в давнишней проблеме -- улучшении сравнительных моделей (Jagielska et al.
2008). Тем не менее, создается впечатление, что структуры белков непрерывно
готовят нам новые трудности. Стоило нам почувствовать, что научное
сообщество приблизилось к объяснению явлений, природа которых до сих пор
была не ясна, таких как обмен доменов, круговая перестановка, образование
фибрилл, белки с присущей неупорядоченностью и многими другими, как мы
сталкиваемся с метаморфными белками (Murzin 2008), исследование которых
может значительно поспособствовать нашему пониманию пространства типов
укладки белков. Смогут ли методы биоинформатики хотя был предсказать,
какие белки могут видоизменяться между двумя типами укладки? Трудно
сказать, но совершенно ясно, что биоинформатика структуры и функции белков
на протяжении многих лет будет оставаться волнующей областью исследований.
[наверх]
1. Что непонятного в оформлении магазина?
2. Откуда Вы узнали наш адрес в Интернет?
a) Через поисковую систему
Ваше имя
3. Кто Вы? Ученый или преподаватель
1.
...
Ваш email: Напишите комментарии и нажмите Отправить
© URSS 2016.
Информация о Продавце

More Related Content

Similar to структуры белков

Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Nick
 
Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Nick
 
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”Alex Shkotin
 
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практика
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практикаП.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практика
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практикаAloha Bulgaria Ltd
 
с1проект биология 10 класс
с1проект  биология 10 классс1проект  биология 10 класс
с1проект биология 10 классIrina Tenykova
 
П.П. Гаряев Волновой геном
П.П. Гаряев Волновой геномП.П. Гаряев Волновой геном
П.П. Гаряев Волновой геномAloha Bulgaria Ltd
 
Data base
Data baseData base
Data basesng
 
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология” .V2
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”.V2Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”.V2
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология” .V2Alex Shkotin
 
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...bntulibrary
 
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.Dmitry Samokhin
 
Сколько хромосом у человека
Сколько хромосом у человекаСколько хромосом у человека
Сколько хромосом у человекаСлава Коломак
 
химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015Nikita Khromov-Borisov
 
Suramol materials vatsadze 2014_final
Suramol materials vatsadze 2014_finalSuramol materials vatsadze 2014_final
Suramol materials vatsadze 2014_finalSergey Vatsadze
 

Similar to структуры белков (20)

Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011
 
Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011Новые поступления - Март 2011
Новые поступления - Март 2011
 
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”
 
9 b suh
9 b suh9 b suh
9 b suh
 
9 b suh
9 b suh9 b suh
9 b suh
 
Vvedenie v bioinformatiku_5_1
Vvedenie v bioinformatiku_5_1Vvedenie v bioinformatiku_5_1
Vvedenie v bioinformatiku_5_1
 
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практика
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практикаП.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практика
П.П.Гаряев Лингвистико-Волновой геном. Теория и практика
 
Petr Gariaev
Petr GariaevPetr Gariaev
Petr Gariaev
 
с1проект биология 10 класс
с1проект  биология 10 классс1проект  биология 10 класс
с1проект биология 10 класс
 
П.П. Гаряев Волновой геном
П.П. Гаряев Волновой геномП.П. Гаряев Волновой геном
П.П. Гаряев Волновой геном
 
Data base
Data baseData base
Data base
 
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология” .V2
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”.V2Построение системы онтологий для предметной области “Петрология”.V2
Построение системы онтологий для предметной области “Петрология” .V2
 
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...
О подходах к реализации методики отбора зарубежных журналов для комплектовани...
 
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.
Lectures on of neutron transfer theory. Part 5 and 6.
 
678
678678
678
 
678
678678
678
 
Сколько хромосом у человека
Сколько хромосом у человекаСколько хромосом у человека
Сколько хромосом у человека
 
химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015химия днк для генетиков 2015
химия днк для генетиков 2015
 
Suramol materials vatsadze 2014_final
Suramol materials vatsadze 2014_finalSuramol materials vatsadze 2014_final
Suramol materials vatsadze 2014_final
 
Automatism 20111227 3
Automatism 20111227 3Automatism 20111227 3
Automatism 20111227 3
 

More from Konstantin German

2019 macromolecules and gels
2019 macromolecules and gels2019 macromolecules and gels
2019 macromolecules and gelsKonstantin German
 
2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina
2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina
2018 History of technetium studies in Russia Anna KuzinaKonstantin German
 
2018 istr book technetium rhenium content
2018 istr book technetium rhenium content2018 istr book technetium rhenium content
2018 istr book technetium rhenium contentKonstantin German
 
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rhenium
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rheniumProceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rhenium
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rheniumKonstantin German
 
королева днк -фр-кам-2
королева   днк -фр-кам-2королева   днк -фр-кам-2
королева днк -фр-кам-2Konstantin German
 
основы биоорг.химии.
основы биоорг.химии.основы биоорг.химии.
основы биоорг.химии.Konstantin German
 
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 20162016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016Konstantin German
 
2016 физ-хим.методы граница
2016 физ-хим.методы  граница2016 физ-хим.методы  граница
2016 физ-хим.методы границаKonstantin German
 
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-162022016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202Konstantin German
 
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...Konstantin German
 
фосфор в биоорг соед реавиз
фосфор в биоорг соед реавизфосфор в биоорг соед реавиз
фосфор в биоорг соед реавизKonstantin German
 
вторичная структура днк
вторичная структура днквторичная структура днк
вторичная структура днкKonstantin German
 
0 6 член гетероциклы пиридин и днк
0 6 член гетероциклы пиридин и днк0 6 член гетероциклы пиридин и днк
0 6 член гетероциклы пиридин и днкKonstantin German
 
углеводы и гетерополисахариды
углеводы и гетерополисахаридыуглеводы и гетерополисахариды
углеводы и гетерополисахаридыKonstantin German
 
герман оксикислоты реавиз
герман оксикислоты реавизгерман оксикислоты реавиз
герман оксикислоты реавизKonstantin German
 
аминокислоты Reaviz2016
аминокислоты Reaviz2016аминокислоты Reaviz2016
аминокислоты Reaviz2016Konstantin German
 
German pres2-prostate membrane antigen
German pres2-prostate membrane antigenGerman pres2-prostate membrane antigen
German pres2-prostate membrane antigenKonstantin German
 
1982 tritium-aminoacids-web of science [5
1982 tritium-aminoacids-web of science [51982 tritium-aminoacids-web of science [5
1982 tritium-aminoacids-web of science [5Konstantin German
 

More from Konstantin German (20)

2019 macromolecules and gels
2019 macromolecules and gels2019 macromolecules and gels
2019 macromolecules and gels
 
03 1-panasyuk
03 1-panasyuk03 1-panasyuk
03 1-panasyuk
 
2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina
2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina
2018 History of technetium studies in Russia Anna Kuzina
 
2018 istr book technetium rhenium content
2018 istr book technetium rhenium content2018 istr book technetium rhenium content
2018 istr book technetium rhenium content
 
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rhenium
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rheniumProceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rhenium
Proceedings and selected lectures 10th intern symp technetium rhenium
 
королева днк -фр-кам-2
королева   днк -фр-кам-2королева   днк -фр-кам-2
королева днк -фр-кам-2
 
основы биоорг.химии.
основы биоорг.химии.основы биоорг.химии.
основы биоорг.химии.
 
1987 na tco4-4h2o
1987 na tco4-4h2o1987 na tco4-4h2o
1987 na tco4-4h2o
 
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 20162016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016
2016 общая химия гокжаев-белова-герман-афанасьев 2016
 
2016 физ-хим.методы граница
2016 физ-хим.методы  граница2016 физ-хим.методы  граница
2016 физ-хим.методы граница
 
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-162022016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202
2016 rsc-advance-tc-c-qinggao wang - 6 pp 16197-16202
 
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...
Equation of state for technetium from x‐ray diffraction and first principle c...
 
фосфор в биоорг соед реавиз
фосфор в биоорг соед реавизфосфор в биоорг соед реавиз
фосфор в биоорг соед реавиз
 
вторичная структура днк
вторичная структура днквторичная структура днк
вторичная структура днк
 
0 6 член гетероциклы пиридин и днк
0 6 член гетероциклы пиридин и днк0 6 член гетероциклы пиридин и днк
0 6 член гетероциклы пиридин и днк
 
углеводы и гетерополисахариды
углеводы и гетерополисахаридыуглеводы и гетерополисахариды
углеводы и гетерополисахариды
 
герман оксикислоты реавиз
герман оксикислоты реавизгерман оксикислоты реавиз
герман оксикислоты реавиз
 
аминокислоты Reaviz2016
аминокислоты Reaviz2016аминокислоты Reaviz2016
аминокислоты Reaviz2016
 
German pres2-prostate membrane antigen
German pres2-prostate membrane antigenGerman pres2-prostate membrane antigen
German pres2-prostate membrane antigen
 
1982 tritium-aminoacids-web of science [5
1982 tritium-aminoacids-web of science [51982 tritium-aminoacids-web of science [5
1982 tritium-aminoacids-web of science [5
 

структуры белков

  • 1. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 1/6 Последние поступления (252) Новинки ИЗДАТЕЛЬСКОЙ ГРУППЫ URSS (313) В печати (300) ЛУЧШИЕ КНИГИ 2014-2016 (201) Электронные книги (167) Детям и родителям (369) КНИГА - ЛУЧШИЙ ПОДАРОК! (URSS рекомендует) (138) Точные и Естественные науки Прикладные науки. Техника. Медицина (46799) Общественные науки. Право. Экономика (57617) Бизнес книги (6351) Книги Нобелевских лауреатов и о них (453) Гуманитарные науки Страноведение. Краеведение. Путеводители. Туризм, путешествия (870) Художественная литература (4563) Раритеты антиквариата (2784) ИНТЕРСТЕЛЛАР: подборка по мотивам фильма (76) Каталог Id: 180705 Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) (Ред.). URSS. 2014. 424 с. Мягкая обложка. ISBN 978-5-9710-0842-2. Техника, Биология, Психология, Биофизика. Биохимия. Иммунология, Биотехнологии. Лабораторные методы исследования в биологии, Кибернетика, Общая психология, Механика. Надежность. Прочность. Метрология. Эргономика, Биофизика. Математические модели в биологии, Биохимия, Техническая биология, Бионика. Нейрокомпьютеры. -- Аннотация -- Оглавление -- Введение Молекулы белков лежат в основе почти всех биологических процессов. Ученым всегда были любопытны как белки, участвующие в метаболических путях, так и молекулярные основы их функционирования. Однако в эру системной биологии еще больше внимание уделяется полному пониманию работы всей совокупности белков организма, его протеома. Все более важно, что мы не только понимаем все стороны данной функции, или функций, какого-либо белка, но и то, что наше знание распространяется на все компоненты изучаемой системы или организма и так далеко, насколько это возможно. Без всестороннего анализа информации попытки синтеза и расчетов не смогут выйти за рамки приближенной реальности. Книга "Структура и функционирование белков: Применение методов биоинформатики" представляет собой уникальный обзор современного состояния вопросов моделирования структуры белков и предсказания их функции. Книга написана ведущими специалистами в своей области, прекрасно иллюстрирована и содержит ссылки на доступные серверы и другие ресурсы, которые читатель, возможно, захочет использовать в своей научной работе. В конце каждой главы описываются перспективы развития и наиболее актуальные проблемы соответствующих областей науки. На сегодняшний день научное сообщество довольно близко подошло к объяснению явлений, природа которых до недавних пор была не ясна, --- таких как обмен доменов, круговая перестановка, образование фибрилл, белки с присущей неупорядоченностью и многими другими. В 2008 году мы сталкиваемся с метаморфными белками, исследование которых может значительно поспособствовать нашему пониманию пространства типов укладки белков. И несмотря на то, что структуры белков непрерывно готовят нам новые трудности, совершенно ясно, что биоинформатика структуры и функции белков на протяжении многих лет будет оставаться одной из самых востребованных и волнующих областей исследований. Книга рассчитана на студентов, аспирантов и специалистов, интресующихся вопросами молекулярного моделирования и биоинформатики. >Найти Троцкий Л.Д. URSS. 2017. 608 с. Твердый переплет. Ответственный редактор, предисловие: Дзарасов С.С. Перед читателем --- книга, посвященная одному из решающих моментов истории нашей страны. Впервые она вышла в 1937 году в США и ранее никогда не переводилась на русский язык. Книга содержит стенограмму контрпроцесса, проведенного авторитетной... (Подробнее) Ньютон И. (Исаак). URSS. 2014. 704 с. Твердый переплет. Isaac Newton. Philosophiae Naturalis Principia Mathematica. "Начала" И.Ньютона --- одно из величайших произведений в истории естествознания. Это сочинение заложило основы механики, физики и астрономии. В нем сформулирована программа развития этих областей науки, которая оставалась определяющей... (Подробнее) Искусственный и биологиче Рапопорт Г.Н., Герц А.Г. Как ЭМОЦИИ влияют на АБ Свердлик А.Г.
  • 2. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 2/6 1.1. Введение 1.2. Энергетические функции 1.2.1. Рациональные энергетические функции 1.2.2. Сочетание эмпирических энергетических функций и сборки из фрагментов 1.3. Методы конформационного поиска 1.3.1. Моделирование методом Монте-Карло 1.3.2. Молекулярная динамика 1.3.3. Генетические алгоритмы 1.3.4. Математическая оптимизация 1.4. Отбор моделей 1.4.1. Рациональная энергетическая функция 1.4.2. Эмпирическая энергетическая функция 1.4.3. Функция совместимости структуры и последовательности 1.4.4. Кластеризация макетов структур 1.5. Замечания и обсуждение 2.1. Введение 2.1.1. Важность "слепых" испытаний: соревнование CASP 2.1.2. Предсказание структуры и моделирование по гомологии 2.1.3. Пределы пространства типов укладки 2.1.4. К вопросу о терминологии: "протягивание" и "распознавание фолда" 2.2. "Протягивание" 2.2.1. Эмпирические потенциалы 2.2.2. Поиск выравнивания 2.2.3. Эвристические правила выравнивания 2.3. Определение отдаленной гомологии без протягивания 2.3.1. Использование предсказанных структурных свойств 2.3.2. Профили последовательностей и скрытые марковские модели 2.3.3. Классификация типов укладки и метод опорных векторов 2.3.4. Согласованные подходы 2.3.5. Проход по сети гомологов 2.4. Точность выравнивания, качество моделей и статистическая значимость 2.4.1. Алгоритмы создания выравниваний и оценка 2.4.2. Оценка статистической значимости 2.5. Веб-инструменты для распознавания элементов укладки 2.6. Перспективы 3.1. Введение 3.1.1. Структура определяет функцию 3.1.2. Последовательности, структуры и структурная геномика 3.1.3. Методы предсказания структуры белков 3.2. Этапы сравнительного моделирования структуры белков 3.2.1. Поиск структур, потенциально родственных с мишенью 3.2.2. Отбор шаблонов 3.2.3. Выравнивание последовательности со структурой 3.2.4. Построение модели 3.2.5. Оценка моделей 3.3. Эффективность методов сравнительного моделирования 3.3.1. Точность методов 3.3.2. Ошибки в сравнительных моделях 3.4. Применение сравнительного моделирования 3.4.1. Моделирование одиночных белков 3.4.2. Сравнительное моделирование и проект исследования структуры белков 3.5. Заключение 4.1. Введение 4.2. Структурные классы 4.2.1. Пучки альфа-спиралей 4.2.2. Бета-бочонки 4.3. Особенности кристаллизации мембранных белков 4.4. Базы данных 4.5. Множественные выравнивания последовательностей 4.6. Предсказание топологии трансмембранных белков 4.6.1. Альфа-спиральные белки 4.6.2. Белки, имеющие структуру β-бочонка Кассимерис Л., Лингаппа В.Р., Плоппер Д. (Ред.). 2016. 1056 с. Твердый переплет. Перевод второго англоязычного издания включает последние достижения в области клеточной биологии. Описаны структура, организация, рост клеток, регуляция внутриклеточных процессов, клеточная подвижность, взаимодействие между клетками. Детально рассмотрены эукариотические клетки. Каждая глава написана... (Подробнее) Перельман М.Е. URSS. 2013. 464 с. Мягкая обложка. Все мы знакомы с открытиями, ставшими заметными вехами на пути понимания человеком законов окружающего мира: начиная с догадки Архимеда о величине силы, действующей на погруженное в жидкость тело, и заканчивая новейшими теориями скрытых размерностей пространства-времени. Но как были... (Подробнее)
  • 3. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 3/6 4.6.3. Полногеномный анализ 4.6.4. Наборы данных, гомологичность, точность и перекрестная проверка 4.7. Предсказание пространственной структуры 4.8. Перспективы развития методов предсказания структуры мембранных белков 5.1. Идея неупорядоченности белков 5.2. Свойства последовательностей БПН 5.2.1. Необычный аминокислотный состав БПН 5.2.2. Паттерны последовательностей БПН 5.2.3. Низкая сложность последовательностей и неупорядоченность 5.3. Предсказание неупорядоченности 5.3.1. Предсказание областей с низкой сложностью 5.3.2. Графики "заряд-гидрофобность" 5.3.3. Методы предсказания на основе предрасположенности 5.3.4. Методы предсказания на основе отсутствия выраженной вторичной структуры 5.3.5. Алгоритмы машинного обучения 5.3.6. Предсказание на основе потенциалов контакта 5.3.7. Для предсказания неупорядоченности достаточно сокращенного алфавита 5.3.8. Сравнение методов предсказания неупорядоченности 5.4. Функциональная классификация БПН 5.4.1. Функциональная классификация БПН на основе генной онтологии 5.4.2. Классификация БПН на основе механизма действия 5.4.3. Структурные элементы БПН, связанные с функционированием 5.5. Предсказание функций БПН 5.5.1. Корреляция модели неупорядоченности и функции 5.5.2. Предсказание коротких мотивов распознавания в БПН 5.5.3. Прогнозирование СМОР 5.5.4. Сочетание информации о последовательности и неупорядоченности: участки фосфорилирования и мотивы связывания CaM 5.5.5. Поддержание неупорядоченности 5.6. Ограничения методов предсказания функций БПН 5.6.1. Быстрая эволюция БПН 5.6.2. Независимость последовательности и функции и неопределенность 5.6.3. Консервативность и неупорядоченность 5.7. Заключение 6.1. Определение функций 6.2. От способа укладки к функции 6.2.1. Определение способа укладки 6.2.2. Связь между способами укладки и предсказание функций 6.3. Разнообразие функций гомологичных белков 6.3.1. Определения 6.3.2. Эволюция белковых надсемейств 6.3.3. Дивергенция функций в ходе эволюции белков 6.4. Заключение 7.1. Способы представления поверхности 7.1.1. Поверхность ван-дер-Ваальса 7.1.2. Молекулярная поверхность (поверхность без растворителя) 7.1.3. Поверхность, доступная растворителю 7.2. Свойства поверхности 7.2.1. Гидрофобность 7.2.2. Электростатические свойства 7.2.3. Консервативность поверхности 7.3. Предсказание функций по свойствам поверхности 7.3.1. Гидрофобная поверхность 7.3.2. Электростатическая поверхность 7.3.3. Консервативность поверхности 7.3.4. Сочетание свойств поверхности для предсказания функций 7.4. Взаимодействие лиганда с белком 7.4.1. Свойства взаимодействий лиганда с белком 7.4.2. Предсказание расположения активного центра 7.4.3. Предсказание чувствительности к лекарствам 7.4.4. Аннотация сайтов связывания лигандов 7.5. Белок-белковый интерфейс 7.5.1. Свойства белок-белкового интерфейса 7.5.2. Активные точки белковых интерфейсов
  • 4. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 4/6 7.5.3. Предсказание расположения интерфейса 7.6. Заключение 8.1. Предыстория и значение 8.1.1. Что такое функция? 8.1.2. Структурные мотивы: определение и область действия 8.2. Обзор методов 8.2.1. Поиск мотивов 8.2.2. Определение и подбор мотивов 8.2.3. Интерпретация результатов 8.3. Специфичные методы 8.3.1. Мотивы, заданные пользователем 8.3.2. Обнаружение мотива 8.4. Аналогичные методы 8.4.1. Гибридные описания "точка-поверхность" 8.4.2. Одноточечные описания 8.5. Использование молекулярного докинга при аннотировании функции 8.6. Обсуждение 8.7. Заключение 9.1. Молекулярно-динамические расчеты 9.1.1. Принципы и приближения 9.1.2. Приложения 9.1.3. Ограничения и улучшенные алгоритмы сэмплирования 9.2. Анализ главных компонент 9.3. Алгоритмы сэмплирования коллективных координат 9.3.1. Коллективная динамика 9.3.2. TEE-REX 9.4. Методы предсказания функциональных мод 9.4.1. Анализ нормальных мод 9.4.2. Модели эластичных сетей 9.4.3. CONCOORD 9.5. Итоги и перспективы 10.1. Введение 10.1.1. Задача предсказания функции по структуре 10.1.2. Методы предсказания структура-функция 10.2. ProKnow 10.2.1. Подбор типа укладки 10.2.2. Структурные мотивы 10.2.3. Гомология последовательностей 10.2.4. Мотивы в последовательности 10.2.5. Взаимодействия белков 10.2.6. Объединение предсказаний 10.2.7. Успешность предсказания 10.3. ProFunc 10.3.1. Основанные на структуре методы, используемые ProFunc 10.3.2. Оценка структурных методов 10.4. Заключение 11.1. Введение 11.2. Примеры масштабного предсказания функции белков 11.3. Несколько особых примеров 11.4. Коллективное аннотирование 11.5. Заключение 12.1. Введение 12.2. Модели белков как общедоступный ресурс 12.2.1. Качество моделей 12.2.2. Базы данных моделей 12.3. Точность и добавленная ценность основанных на моделях предсказаний 12.3.1. Реализация 12.4. Практическое применение 12.4.1. Пластичность остатков каталитического центра 12.4.2. Картирование мутаций 12.4.3. Комплексы белков 12.4.4. Предсказания функции на основе моделей 12.4.5. Предсказание специфичности к лигандам 12.4.6. Моделирование структуры изоформ, полученных альтернативным сплайсингом
  • 5. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 5/6 12.4.7. От общей функции к молекулярным деталям 12.5. Что дальше? Молекулы белков лежат в основе почти всех биологических процессов. Ученым всегда были любопытны как белки, участвующие в метаболических путях, так и молекулярные основы их функционирования. Однако в эру системной биологии еще больше внимание уделяется полному пониманию работы всей совокупности белков организма, его протеома. Все более важно, что мы не только понимаем все стороны данной функции, или функций, какого-либо белка, но и то, что наше знание распространяется на все компоненты изучаемой системы или организма и так далеко, насколько это возможно. Без всесторонней информации попытки синтеза и расчета не выйдут за рамки приближения реальности. Для полномасштабного анализа функий белков был создан ряд пост-геномных технологий, но зачастую этот анализ ограничивается ценными, но не полными результатами вроде "белок А участвует в делении клетки" или "белки B и C взаимодействуют". Выяснение деталей молекулярного функционирования оказывается гораздо более дорогим, и проводится в лабораториях, воодушевленных специалистами по биоинформатике на заполнение пробелов в наших знаниях. Сравнение аминокислотных последовательностей белков разных видов является основой для компьютерного аннотирования функций белков, хотя запутанные механизмы, которыми эволюция связывает структуры и функцию, часто ограничивают точность и применимость предсказаний. Более того, маловероятно, что истинно новая функция будет предсказана исключительно на основе анализа последовательностей, хотя "сиротская" (orphan) активность -- известный биохимический процесс, для которого еще не определены ответственные за него белки, -- несомненно существует. Например, некоторые проблемы такого рода могут возникнуть потому, что хотя структура белка и определяется его последовательностью, функция белка определяется в первую очередь его структурой, поэтому несколько незначительных отличий между последовательностями белков могут оказаться значимыми при рассмотрении пространственной структуры белка в целом. Аксиома, что структура определяет функцию, и поэтому может быть использована для предсказания этой функции, является краеугольным камнем таких областей, как предсказание структуры и структурное аннотирование функций, которые охватываются в этой книге. И хотя структурная геномика обрушила на исследователей вал результатов, все еще остаются неизвестные функции, которые стимулируют разработку структурных методов предсказания функции, и эти методы могут быть применены к модельным структурам хотя бы в некоторой степени. Таким образом, первые главы этой книги охватывают построение структур белков исходя из их последовательностей или хотя бы получение какой-то информации об этих структурах. Затем в книге обсуждаются различные пути, по которым знание структуры приводит к предсказанию функции, и, наконец, в последних двух главах речь идет о реальном применении результатов структурной геномики или моделей белков. Глава 1 посвящена стремительному развитию методов моделирования . Этот подход все лучше подходит для точного предсказания укладки белковой цепи или в некоторых случаях даже деталей на уровне расположения атомов, например, для маленьких белков, для которых не удается выявить сходства с уже известными структурами. Глядя на недавние результаты, удивительно вспоминать сейчас, что не далее, как в 1997 году, А.Леск, оценивая результаты CASP2 (конкурса по предсказанию структуры белков) заявлял: "Я считаю результаты... разочаровывающими, или даже отрезвляющими, и многие коллеги разделяют это мнение. За исключением одной мишени, все предсказания увенчались не более чем частичным успехом." (Lesk, 1997). Главы 2 и 3 посвящены обсуждению структур и моделированию новых структур на основе уже известных. Сравнительное моделирование, рассматриваемое в Главе 3, -- это сложившаяся и важная методика, позволяющая во многих случаях последовательно создавать надежные модели. Также важно, что про полученные модели сразу известно, в какой части они более надежны, в какой -- менее. Глава 2 касается распознавания укладки белка по его последовательности, которое часто является информативным само по себе (Глава 6), в то время как просто сравнение последовательностей оказывается недостаточным. Однако не менее важно, что распознавание фолда расширяет границы применимости сравнительного моделирования, и это приводит к возрастанию числа моделей, которые могут быть построены по одной экспериментальной структуре. Для мембранных белков, о которых пойдет речь в Главе 4, подходы структурной биоинформатики ограничены по фундаментальным соображениям -- число известных пространственных структур все еще мало. По этой причине в Главе 4 детально рассматриваются и вопросы предсказания топологии различных классов белков, что, по сути, является предсказанием структуры низкого разрешения. В Главе 5 речь идет о завораживающем классе белков, которые, будучи изолированными, демонстрируют отсутствие внутренней упорядоченности, но приобретают её при взаимодействии с другими молекулами. Такие белки, изучение которых расцвело в последнее десятилетие, имеют свои собственные идиосинкратические правила соответствия между структурой и функцией. В Главе 5 эти вопросы также обсуждаются. Вторая часть этой книги, озаглавленная "От структур к функциям" и начинающаяся с Главы 6, открывает обсуждение вопроса, как изменяются и эволюционируют функции белков в контексте типов их укладки, или фолдов, или типов укладки в надсемействах. Некоторые типы, будучи реально обнаруженными или только предполагаемыми, являются надежными признаками
  • 6. 08.11.2016 URSS.ru - Купить книгу: Ригден Д.Дж. (Даниэль Джон) / Структура и функционирование белков: Применение методов БИОИНФОРМАТИ… http://urss.ru/cgi-bin/db.pl?lang=Ru&blang=ru&page=Book&id=180705&src=recbl 6/6 конкретных функций, что важно при предсказании функции на основе структуры; другие типы укладки -- суперфолды -- обеспечивают реализацию разнообразных функций. Взаимодействия белков с лигандами происходит непременно на поверхности белка, поэтому не удивительно, что многие аспекты геометрии этой поверхности и её свойства могут быть успешно использованы для предсказания функции. Такие методы рассматриваются в Главе 7. В Главе 8 обсуждаются паттерны локальной структуры, которые могут иметь тесное отношение к связыванию лигандов или катализу. Такие паттерны возникают из-за консервативности или конвергентной эволюции эффективных каталитических центров, а также ограничений на связывание, наложенных физико-химическими свойствами конкретного низкомолекулярного соединения. Кроме того, в Главе 8 рассматриваются последние успехи в применении докинга низкомолекулярных соединений для предсказания специфичности ферментов. Зачастую незамеченной остается связь между функционированием белка и его динамикой. Структуры белков не статичны, и их движения, большие или малые, часто являются ключевыми для функционирования. Молекулярная динамика и сходные с ней методы конформационного сэмплирования и анализа рассматриваются в Главе 9, в которой также представлены примеры того, как рассмотрение динамики проясняет наше понимание функционирования белков. Вместе со все нарастающим числом и спектром методов предсказания функции белка по его структуре, целесообразным становится одновременное применение нескольких методов в рамках интегральных веб-серверов. Такой подход удобен для пользователя, а также позволяет делать консенсусные предсказания. В Главе 10 описаны возможности и функционирование веб-серверов ProFunc и ProKnow, реализующих этот подход. В Главе 11 обсуждается опубликованная работа, в которой основанные на структуре методы были применены к предсказанию функции белков, полученных в рамках проектов по структурной геномике. Это позволило получить ценную картину того, какой из методов обычно оказывается наиболее информативным. Глава завершается обсуждением последних тенденций в направлении коллективного аннотирования как способа преодоления узких мест в аннотировании таких белков. Глава 12 охватывает приложения структурных методов к структурам моделей, полученным как с помощью сравнительного моделирования, так и с помощью методов . Наряду с большим количеством примеров обсуждается опубликованная работа, в которой оценивается точность моделей с функционально-значимой точки зрения, а также применимость различных методов моделирования. Цель этой книги состоит в предоставлении современного взгляда на состояние дел в предсказании структуры белков и основанном на структуре предсказании функции белков. Каждая глава содержит ссылки на доступные веб-серверы и другие ресурсы, которые читатель может пожелать использовать в своей работе. В конце каждой главы авторы намечают направления дальнейшего развития и ожидаемые затруднения в соответствующих областях. Когда написание книги уже подходило к концу, появилось сообщение о значительном успехе в давнишней проблеме -- улучшении сравнительных моделей (Jagielska et al. 2008). Тем не менее, создается впечатление, что структуры белков непрерывно готовят нам новые трудности. Стоило нам почувствовать, что научное сообщество приблизилось к объяснению явлений, природа которых до сих пор была не ясна, таких как обмен доменов, круговая перестановка, образование фибрилл, белки с присущей неупорядоченностью и многими другими, как мы сталкиваемся с метаморфными белками (Murzin 2008), исследование которых может значительно поспособствовать нашему пониманию пространства типов укладки белков. Смогут ли методы биоинформатики хотя был предсказать, какие белки могут видоизменяться между двумя типами укладки? Трудно сказать, но совершенно ясно, что биоинформатика структуры и функции белков на протяжении многих лет будет оставаться волнующей областью исследований. [наверх] 1. Что непонятного в оформлении магазина? 2. Откуда Вы узнали наш адрес в Интернет? a) Через поисковую систему Ваше имя 3. Кто Вы? Ученый или преподаватель 1. ... Ваш email: Напишите комментарии и нажмите Отправить © URSS 2016. Информация о Продавце