Menu Pengaturan Program Aplikasi HMS digunakan untuk mengatur identitas rumah sakit, pengguna, tarif, dan proses bisnis lainnya. Terdiri dari 22 menu yang mencakup pengaturan nama, alamat, kontak rumah sakit, pengguna, harga obat, ruang inap, tindakan otomatis, dan proses pendaftaran serta pembayaran. Pengaturan ini memungkinkan simulasi proses layanan kesehatan di rumah sakit secara virtual.