K izrednemu napredku mikroskopije ni prispeval le razvoj orodij, torej razvoj novih mikroskopov in izboljšava že obstoječih tehnik mikroskopiranja. Ključno je k razvoju
prispeval tudi napredek metodologije in pojav novih postopkov priprave mikroskopskih preparatov. Kadar biološki vzorec pripravljamo za mikroskopijo moramo biti še posebej pozorni na ohranjanje celične strukture in bioloških delov/molekul, ki so predmet preučevanja. Dobre metode priprav vzorcev za lokalizacijo omogočajo selektivnost
v postopku priprave, postopek mora biti natančen in občutljiv, ohranjati rekacijski produkt in omogoča enostavno in kontrastno vizualizacijo preučevane strukture. Med
pripravo ne smemo pozabiti na pozitivne in negativne kontrole (Žnidaršič, 2014).
Nekateri postopki priprave mikroskopskih preparatov so znani že zelo dolgo, takšna so predvsem nespecifična barvanja in kontrastiranje vzorcev. Mnogo tehnik, ki jih
uporabljamo danes, pa je povsem novih. Zelo pogosto se uporabljajo selektivna barvanja, dokazovanje encimske aktivnosti, imunolokalizacija, hibridizacija in situ, označevanje s fluorescenčnimi proteini (npr. GFP) (Chopra et al., 2012; Žnidaršič, 2014)...
Na vajah smo za lokalizacijo uporabili barvanja s sudan črno B (lipidi), DAPI (nukleinske kisline), hematoksilin-eozin (jedra, citoplazma in kolagen) in trikromatsko barvanje po
Massonu.
Sonogenetic Locale Specific Activation of Universal Vectors for Xenobiotics -...Nejc Draganjec
The final goal of the project is to develop “BioBrick” for liposome produced by means of synthetic biology, that
has a construct for disintegration embedded in its membrane. Xenobiotic packaged in a liposome is not part
of pharmacodynamics since it is biologically unavailable. Which makes liposomes interesting candidates for
universal drug delivery vectors. In our case, liposome disintegration is initiated by non-invasive sonic signal
and carried out by a construct of a sensor and an active part embedded in a membrane. Sensor part of a
construct is mechanoreceptor/mechanotransducer which activates protein representing the active part of a
construct. After activation, active part carries out the dissolution of a compartmentalization function by means
of total disintegration of vector or only membrane perforation. After an opening of a vector, previously packed
xenobiotic becomes locally available with a high concentration in locale and thus high effect and low systemic
concentration and thus smaller chance of side effect. This approach is very specific for both, time and space
factors and at the same time has a very broad area of potential biomedical applications. Vector would be, in
a hypothetical scenario of practical use in oncology, first packed with chemotherapeutics/biological drugs,
administered intravenously and then medical staff would have an option of drug activation in specific locations.
Activation is very precise and at the same time offers an option of easy switching among many different
targets, for example between dominant tumor to many potential metastasis. Since location of activation is
not tied to biomarker, but rather takes advantage of other rapidly developing medical technologies, vector
remains universally and directly applicable for any patient and for a broad spectrum of pathologies in fields of
oncology (chemotherapeutics/biological drugs and other payloads, like local immune response enhancers),
autoimmune diseases (local immune suppressors, diabetes), parasitology (malaria drugs and plasmodium
sporozoite), local pathologies (ulcer, trauma healing) . . .
EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽENIRING NOVEGA ...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Gene expression control - practicum reportNejc Draganjec
Preverjanje izražanja gena za β-aktin v embriju
cebrice (izolacija celotne RNA embrija cebrice →
spektrofotometrično preverjanje uspešnosti izolacije →
reverzna transkripcija mRNA za gen β-aktin →
pomnoževanje cDNA v PCR → preverjanje na gelu)
SEMINAR - Dolgoživost, zaviranje staranja in kvaliteta življenja.Nejc Draganjec
V zadnjih nekaj letih smo bili pri\v ca vrtincu razvoja razumevanja osnovnih konceptov
biologije staranja. Med drugim so bili razviti kemi\v cni opona\k salci kalori\v cne restrikcije,
ki dokazano upo\v casni staranje pri sesalcih. Dose\v zen je bil velik napredek v kontroli-
ranju staranja pri sesalcih preko S6K1 in TOR poti. Po eni strani je bilo dokazano
upo\v casnjevanje staranja s TOR inhibitorjem rapamicinom, po drugi strani pa je nekaj
\k studij podalo rezultate, ki nasprotujejo ustaljeni resveratrol-sirtuin-kalori\v cna restrikcija-
staranje paradigmi (Anderson in Weindruch, 2013; Gems in Partridge, 2013; Martin,
2011; Selman in Withers, 2011).
Oksidativni stres ima v procesih staranja dvojno vlogo. Mo\v can oksidativni stres staranje
pospe\k suje, blag in ponavljajo\v c oksidativni stres pa \v zivljenjsko dobo organizmu podalj\k suje.
Inovativni pristop k zaviranju staranja predstavlja manipulacija endogenih celi\v cnih
obrambnih mehanizmov, kot je npr. antioksidativni odziv, preko planirane diete ali
preko farmakolo\k skih antioksidantov in/ali hormetinov. Pregled raziskav je razkril nekaj
klju\v cnih korakov in napotkov za zaviranje staranja:
1. Zmanj\k sevanje kalori\v cnega vnosa a hkrati skrb, da ne pride do podhranjenosti.
2. Prehrana s hormetini bogatimi \v zivili (sadje in zelenjava).
3. Uporaba prehrambenih dodatkov s hormetini (npr. resveratrolom).
4. Redna a zmerna fizi\v cna aktivnost in hkrati izogibanje naporni in iz\v crpavajo\v ci vadbi.
5. Izogibanje toksi\v cnim koncentracijam \k skodljivih snovi (npr. te\v zke kovine) (Anderson
in Weindruch, 2013; Gaman et al., 2011; Martin, 2011).
Sonogenetic Locale Specific Activation of Universal Vectors for Xenobiotics -...Nejc Draganjec
The final goal of the project is to develop “BioBrick” for liposome produced by means of synthetic biology, that
has a construct for disintegration embedded in its membrane. Xenobiotic packaged in a liposome is not part
of pharmacodynamics since it is biologically unavailable. Which makes liposomes interesting candidates for
universal drug delivery vectors. In our case, liposome disintegration is initiated by non-invasive sonic signal
and carried out by a construct of a sensor and an active part embedded in a membrane. Sensor part of a
construct is mechanoreceptor/mechanotransducer which activates protein representing the active part of a
construct. After activation, active part carries out the dissolution of a compartmentalization function by means
of total disintegration of vector or only membrane perforation. After an opening of a vector, previously packed
xenobiotic becomes locally available with a high concentration in locale and thus high effect and low systemic
concentration and thus smaller chance of side effect. This approach is very specific for both, time and space
factors and at the same time has a very broad area of potential biomedical applications. Vector would be, in
a hypothetical scenario of practical use in oncology, first packed with chemotherapeutics/biological drugs,
administered intravenously and then medical staff would have an option of drug activation in specific locations.
Activation is very precise and at the same time offers an option of easy switching among many different
targets, for example between dominant tumor to many potential metastasis. Since location of activation is
not tied to biomarker, but rather takes advantage of other rapidly developing medical technologies, vector
remains universally and directly applicable for any patient and for a broad spectrum of pathologies in fields of
oncology (chemotherapeutics/biological drugs and other payloads, like local immune response enhancers),
autoimmune diseases (local immune suppressors, diabetes), parasitology (malaria drugs and plasmodium
sporozoite), local pathologies (ulcer, trauma healing) . . .
EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽENIRING NOVEGA ...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Gene expression control - practicum reportNejc Draganjec
Preverjanje izražanja gena za β-aktin v embriju
cebrice (izolacija celotne RNA embrija cebrice →
spektrofotometrično preverjanje uspešnosti izolacije →
reverzna transkripcija mRNA za gen β-aktin →
pomnoževanje cDNA v PCR → preverjanje na gelu)
SEMINAR - Dolgoživost, zaviranje staranja in kvaliteta življenja.Nejc Draganjec
V zadnjih nekaj letih smo bili pri\v ca vrtincu razvoja razumevanja osnovnih konceptov
biologije staranja. Med drugim so bili razviti kemi\v cni opona\k salci kalori\v cne restrikcije,
ki dokazano upo\v casni staranje pri sesalcih. Dose\v zen je bil velik napredek v kontroli-
ranju staranja pri sesalcih preko S6K1 in TOR poti. Po eni strani je bilo dokazano
upo\v casnjevanje staranja s TOR inhibitorjem rapamicinom, po drugi strani pa je nekaj
\k studij podalo rezultate, ki nasprotujejo ustaljeni resveratrol-sirtuin-kalori\v cna restrikcija-
staranje paradigmi (Anderson in Weindruch, 2013; Gems in Partridge, 2013; Martin,
2011; Selman in Withers, 2011).
Oksidativni stres ima v procesih staranja dvojno vlogo. Mo\v can oksidativni stres staranje
pospe\k suje, blag in ponavljajo\v c oksidativni stres pa \v zivljenjsko dobo organizmu podalj\k suje.
Inovativni pristop k zaviranju staranja predstavlja manipulacija endogenih celi\v cnih
obrambnih mehanizmov, kot je npr. antioksidativni odziv, preko planirane diete ali
preko farmakolo\k skih antioksidantov in/ali hormetinov. Pregled raziskav je razkril nekaj
klju\v cnih korakov in napotkov za zaviranje staranja:
1. Zmanj\k sevanje kalori\v cnega vnosa a hkrati skrb, da ne pride do podhranjenosti.
2. Prehrana s hormetini bogatimi \v zivili (sadje in zelenjava).
3. Uporaba prehrambenih dodatkov s hormetini (npr. resveratrolom).
4. Redna a zmerna fizi\v cna aktivnost in hkrati izogibanje naporni in iz\v crpavajo\v ci vadbi.
5. Izogibanje toksi\v cnim koncentracijam \k skodljivih snovi (npr. te\v zke kovine) (Anderson
in Weindruch, 2013; Gaman et al., 2011; Martin, 2011).
ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA MIKROGRAFIJE IN ULTRASTRUKTURENejc Draganjec
Ker je valovna dolžina elektronskega žarka 100.000-krat krajša od valovne dolžine vidne svetlobe, je teoretična ločljivost elektronske mikroskopije 0,001 nm. Toda zaradi napak magnetnih leč je dejanska maksimalna ločljivost osnovnih tehnik elektronske miroskopije okoli 0,1 nm oz 1 \r A. Praktično ločljivost pa določa tudi vrsta vzorca in njegove značilnosti. Praktično dosegljiva ločljivost bioloških vzorcev je zaradi njihovih lastnosti okoli 1 nm (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997). Poznamo dve osnovni vrsti elektronskih mikroskopov (presevni elektronski mikroskop oz. TEM in vrstični elektronski mikroskop oz. SEM), ki se po svojih značilnostih
in principu delovanja precej razlikujeta. Konstrukcija TEM je v osnovi podobna svetlobnemu mikroskopu. Vir ``svetlobe'' nadomesti elektronska puška oz. linearni pospeševalnik iz katode in anode. Katoda poskrbi za vir elektronov in anoda za pospeševanje v smeri preparata. Snop elektronov nato potuje po koloni, v kateri moramo vzdrževati visoki vakum. Za fokusiranje in radialno pospeševanje snopa poskrbi sistem elektromagnetnih leč, ki delujejo kot kondenzor, objektiv in projektiv. Med snopom elektronov in preparatom pride do interakcij (odboj, elastično in neelastično sipanje), katerih frekvenca je odvisna od elektronske gostote preparata. Klasična priprava preparatov za TEM je postopek iz 6 korakov: fiksacija, dehidracija, vklapljanje, rezanje, prenos na nosilec in kontrastiranje s težkimi kovinami (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997).
PREDSTAVITEV: EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽE...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Puščave - seminarska naloga pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
Puščave- predstavitev seminarske naloge pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
One zoom - biološka podatkovna zbirka in predvsem orodje za vizualizacijoNejc Draganjec
One zoom je orodje za vizualizacijo po principu fraktalne periodične geometrije. Skupaj z orodjem pridejo tudi odlične biološke podatkovne zbirke filogenije sesalcev, dvoživk ...
Evolucija raka - vpliv naravne selekcije na evolucijo onkoloških obolenjNejc Draganjec
Rak je bolezen genoma. Klasični model karcinogeneze opisuje večkratno sosledno širjenje klonov, ki ga vodi nabiranje genetskih sprememb (mutacij) in pozitivna selekcija okolja v katerem se tumor pojavi. Toda z evolucijskimi metodami lahko raziskujemo onkološka obolenja tudi iz vidika makro in populacijske evolucije. Naravna selekcija je poskrbela za kompleksne in prepletene mehanizme regulacije in popravljanja genoma in abnormalne celične delitve. Toda, pogosto pride tudi do antagonistične koevolucije in posledičnih pleotropičnih učinkov genov, ki v določenem obdobju osebka njegov fitnes dvigujejo a imajo hkrati v kasnejših obdobjih življenja onkogeno vlogo. Na tak način mehanizmi Darwinove evolucije v populaciji ne izkoreninjajo bolezni kot je rak, ampak fiksirajo onkogene in gensko podlago za takšno delovanje senescence na sploh.
ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA MIKROGRAFIJE IN ULTRASTRUKTURENejc Draganjec
Ker je valovna dolžina elektronskega žarka 100.000-krat krajša od valovne dolžine vidne svetlobe, je teoretična ločljivost elektronske mikroskopije 0,001 nm. Toda zaradi napak magnetnih leč je dejanska maksimalna ločljivost osnovnih tehnik elektronske miroskopije okoli 0,1 nm oz 1 \r A. Praktično ločljivost pa določa tudi vrsta vzorca in njegove značilnosti. Praktično dosegljiva ločljivost bioloških vzorcev je zaradi njihovih lastnosti okoli 1 nm (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997). Poznamo dve osnovni vrsti elektronskih mikroskopov (presevni elektronski mikroskop oz. TEM in vrstični elektronski mikroskop oz. SEM), ki se po svojih značilnostih
in principu delovanja precej razlikujeta. Konstrukcija TEM je v osnovi podobna svetlobnemu mikroskopu. Vir ``svetlobe'' nadomesti elektronska puška oz. linearni pospeševalnik iz katode in anode. Katoda poskrbi za vir elektronov in anoda za pospeševanje v smeri preparata. Snop elektronov nato potuje po koloni, v kateri moramo vzdrževati visoki vakum. Za fokusiranje in radialno pospeševanje snopa poskrbi sistem elektromagnetnih leč, ki delujejo kot kondenzor, objektiv in projektiv. Med snopom elektronov in preparatom pride do interakcij (odboj, elastično in neelastično sipanje), katerih frekvenca je odvisna od elektronske gostote preparata. Klasična priprava preparatov za TEM je postopek iz 6 korakov: fiksacija, dehidracija, vklapljanje, rezanje, prenos na nosilec in kontrastiranje s težkimi kovinami (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997).
PREDSTAVITEV: EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽE...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Puščave - seminarska naloga pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
Puščave- predstavitev seminarske naloge pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
One zoom - biološka podatkovna zbirka in predvsem orodje za vizualizacijoNejc Draganjec
One zoom je orodje za vizualizacijo po principu fraktalne periodične geometrije. Skupaj z orodjem pridejo tudi odlične biološke podatkovne zbirke filogenije sesalcev, dvoživk ...
Evolucija raka - vpliv naravne selekcije na evolucijo onkoloških obolenjNejc Draganjec
Rak je bolezen genoma. Klasični model karcinogeneze opisuje večkratno sosledno širjenje klonov, ki ga vodi nabiranje genetskih sprememb (mutacij) in pozitivna selekcija okolja v katerem se tumor pojavi. Toda z evolucijskimi metodami lahko raziskujemo onkološka obolenja tudi iz vidika makro in populacijske evolucije. Naravna selekcija je poskrbela za kompleksne in prepletene mehanizme regulacije in popravljanja genoma in abnormalne celične delitve. Toda, pogosto pride tudi do antagonistične koevolucije in posledičnih pleotropičnih učinkov genov, ki v določenem obdobju osebka njegov fitnes dvigujejo a imajo hkrati v kasnejših obdobjih življenja onkogeno vlogo. Na tak način mehanizmi Darwinove evolucije v populaciji ne izkoreninjajo bolezni kot je rak, ampak fiksirajo onkogene in gensko podlago za takšno delovanje senescence na sploh.
Gensko spremenjeni organizmi in potencialna tveganja poročilo diskusije(nej...
LOKALIZACIJA CELIČNIH STRUKTUR V BIOLOŠKIH VZORCIH Z MIKROSKOPSKIMI TEHNIKAMI IN DIFERENCIALNO BARVANJE TKIV
1. UNIVERZA V LJUBLJANI
BIOTEHNIu SKA FAKULTETA
ODDELEK ZA BIOLOGIJO
Nejc DRAGANJEC
LOKALIZACIJA CELIv CNIH STRUKTUR V BIOLOu SKIH
VZORCIH Z MIKROSKOPSKIMI TEHNIKAMI IN
DIFERENCIALNO BARVANJE TKIV
POROv CILO O VAJAH PRI PREDMETU
FUNKCIONALNA BIOLOGIJA CELICE
Molekulska in funkcionalna biologija MSc
Mentor: asist. dr. Nada u ZNIDARu SIv C
Mentor: dr. Magda TUu SEK u ZNIDARIv C
Ljubljana, 2014
3. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
1
SLIKE
3.1 Jetra goveda (Bos taurus) -- KONTROLA . . . . . . . . . . . . . . . . 6
3.2 Jetra goverda (Bos taurus) -- SUDAN v CRNO B . . . . . . . . . . . . . 7
3.3 Mik sica lososa (Salmo salar) -- KONTROLA . . . . . . . . . . . . . . . 8
3.4 Mik sica lososa (Salmo salar) -- SUDAN v CRNO B . . . . . . . . . . . . . 9
3.5 Mik sica lososa (Salmo salar) -- DAPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6 Celice epitela v clovek ske (Homo sapiens sapiens) ustne sluznice I -- DAPI 12
3.7 Celice epitela v clovek ske (Homo sapiens sapiens) ustne sluznice II -- DAPI 13
3.8 v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . 14
3.9 v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . 15
3.10 v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . 16
3.11 v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . 17
3.12 Rep podgane (Rattus sp.) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . . . . . . . 18
3.13 Kov za mov cerila (Proteus anguinus) -- HEMATOKSILIN-EOZIN . . . . . 19
3.14 Kov za mov cerila (Proteus anguinus) -- TRIKROMO BARVANJE PO MAS-
SONU . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.15 Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU 21
3.16 Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU 22
3.17 Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU 23
3.18 Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU 24
4. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
2
1 UVOD
K izrednemu napredku mikroskopije ni prispeval le razvoj orodij, torej razvoj novih
mikroskopov in izboljk sava v ze obstojev cih tehnik mikroskopiranja. Kljuv cno je k razvoju
prispeval tudi napredek metodologije in pojav novih postopkov priprave mikroskopskih
preparatov. Kadar biolok ski vzorec pripravljamo za mikroskopijo moramo biti k se posebej
pozorni na ohranjanje celiv cne strukture in biolok skih delov/molekul, ki so predmet
preuv cevanja. Dobre metode priprav vzorcev za lokalizacijo omogov cajo selektivnost
v postopku priprave, postopek mora biti natanv cen in obv cutljiv, ohranjati rekacijski
produkt in omogov ca enostavno in kontrastno vizualizacijo preuv cevane strukture. Med
pripravo ne smemo pozabiti na pozitivne in negativne kontrole (u Znidark siv c, 2014).
Nekateri postopki priprave mikroskopskih preparatov so znani v ze zelo dolgo, takk sna
so predvsem nespecifiv cna barvanja in kontrastiranje vzorcev. Mnogo tehnik, ki jih
uporabljamo danes, pa je povsem novih. Zelo pogosto se uporabljajo selektivna barvanja,
dokazovanje encimske aktivnosti, imunolokalizacija, hibridizacija in situ, oznav cevanje s
fluorescenv cnimi proteini (npr. GFP) (Chopra et al., 2012; u Znidark siv c, 2014). . .
Na vajah smo za lokalizacijo uporabili barvanja s sudan v crno B (lipidi), DAPI (nukleinske
kisline), hematoksilin-eozin (jedra, citoplazma in kolagen) in trikromatsko barvanje po
Massonu.
5. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
3
2 MATERIALI IN METODE
2.1 MATERIALI IN OPREMA
Selektivna barvanja za lokalizacijo specifiv cnih struktur so pogosto metodolok sko pre-
cej zahtevna in potekajo v vev cih zelo natanv cno dolov cenih korakih. Pozorni moramo
biti na koncentracije uporabljenih barvil in kemikalij, na v cas izpostavljenosti, nav cin
izpostavljenosti in pa seveda lastno zak sv cito, saj so histolok ske kemikalije pogosto to-
ksiv cne. Potrebovali smo razliv cne kemikalije: barvila, lestvico koncentracij alkoholov
za izpiranje in dehidriranje/rehidriranje, barvila, smole, v cistila za laboratorijsko ste-
klovino, destilirano vodo. . . Rezanje biolok skih vzorcev je potekalo v kriotomu in na
mikrotomu, pregledovanje konv cnih vzorcev pa na namenskih mikroskopih (klasiv cni
mikroskop, fluorescenv cna mikroskopija in delovni v laboratoriju za sprotno preverjanje
barvanja preparatov). Barvali smo v namenskih steklenih kadeh z nosilci za stekelca, ki
smo jih premikali s pinceto. Za zak sv cito smo poskrbeli z rokavicami, posebno nevarne
korake pa izvedli v digestoriju.
2.1.1 Priprava polilizinskih stekelc
Polilizinska stekelca so objektna stekla premazana z adhezivom (Poly-L-lizin). Priprava
je dolgotrajna, tako da smo za lastne potrebe uporabili v ze v naprej pripravljena stekelca.
Postopek izdelave pa smo vseeno izpeljali in tako pripravili stekelca za naslednjo skupino.
Stekelca smo najprej pol ure namakali v detergentu Kemex, ki stekelca dezifincira in
ov cisti. Naslednje pol ure smo jih spirali pod tekov co vodo in tako izprali vse ostanke
Kemexa. Pripravo smo nadaljevali s spiranjem v destilirani vodi in sicer dvakrat po
5 minut. Tako smo odstranili tudi vse ione in nev cistov ce, ki bi lahko ovirale nadaljne
postopek priprave preparatov. Tako pripravljena stekelca smo namov cili v raztopini
Poly-L-Lysine in nato suk sili na sobni temperaturi. Stekelca morajo biti pred nanak sanjem
vzorcev suk sena vsaj 2 uri.
2.2 METODE DIFERENCIALNIH BARVANJ
2.2.1 Barvanje s sudan v crno B
Vzorce, ki jih nameravamo uporabiti za barvanje je potrebno takoj po odvzemu fiksirati,
da preprev cimo razgradnjo biolok skih struktur. Nak si vzorci so bili v ze predhodno fiksirani
6. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
4
s formalinom. Pred delom je potrebno iz vzorca sprati fiksativ in ga dehidrirati,
da prisotnost vode ne moti postopka vklapljanja. Za dehidracijo nak sih vzorcev smo
uporabili nasiv ceno saharozo (2.3 M). Vzorce smo vklopili v komercialni zmrzovalni medij
tako, da smo iz aluminijaste folije oblikovali k skatlice, dno k skatlic prelili z vklopnim
medijem, v k skatlico dodali vzorec in nato vzorec prelili do vrha k skatlice z vklopnim
medijem. Tako prelite vzorce smo zamrznili in nato razrezali s kriotomom na 25 -- 30
mu m debele rezine.
Sudan v crno B je lizokromatsko barvilo, ki se uporablja za barvanje lipidov. Na vajah
smo barvali zamrznjene vzorce in hkrati pripravili tudi kontrolo. Kontrolna stekelca
z vzorci smo 1 uro namakali v mek sanici kloroforma in metanola ter jih nato sprali z
destilirano vodo. Na tak nav cin smo iz vzorcev odstranili vse lipide, nato pa postopek
nadaljevali po protokolu barvanja s sudan v crno B (Frederiks, 1977).
Protokol za barvanje s sudan v crno B se priv cne s spiranjem v 70 % alkoholu. Po spiranju
nadaljujemo z barvanjem v barvilu sudan v crno B. v Cas barvanja za optimalne rezultate
je tev zko dolov citi v naprej, zato se vzorce obiv cajno vodi v vev cih hkratnih serijah skozi
razliv cno trajanje namakanja v barvilu in rezultat sproti preverja. Na vajah smo jih
barvali 10 minut. Po barvanju smo odvev cno barvo sprali v 70 % etanolu in nadaljevali
s kontrastnim barvanjem v eozinu (Frederiks, 1977).
Barvanje z eozinom je kontrastno, saj eozin nespecifiv cno obarva citoplazmo in kolagen.
Tako so lipidna zrna obarvana s sudan v crno B lav zje vidna. Barvanje v eozinu traja 30
sekund, nakar ponovno speremo odvev cno barvo (Fischer et al., 2008).
Po konv canem barvanju vzorec prelijemo z v zelatino in prekrijemo s krovnim stekelcem.
Tako pripravljene vzorce lahko hranimo v hladilniku 30 dni.
2.2.2 Barvanje z DAPI
DAPI je barvanje, ki se specifiv cno vev ze na nukleinske kisline (A-T regije). Vzorec smo
prispevali sami in sicer z brisom ustne sluznice. Bris smo razmazali preko objektnega
stekelca. Nato smo na razmaz dodali kapljico DAPI in prekrili tako pripravljen preparat
s krovnim stekelcem. Ker je DAPI na svetlobi neobstojno barvilo, smo vzorce do
opazovanja zak sv citili pred svetlobo z ovojem aluminijaste folije. Vzorec smo opazovali
pod fluorescenv cnim mikroskopom (Chazotte, 2011).
2.2.3 Barvanje s hematoksilin-eozin
Vzorci, ki smo jih uporabili za barvanje s hematoksilin-eozinom so bili vklopljeni v
parafin. Vzorce smo tako rezali na mikrotomu in ne na kriotomu. Preizkuk sali smo
7. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
5
razliv cne debeline, a se je izkazalo, da je za nak sa barvanja bila najbolj ustrezna debelina
reza 7 mu m. Na posamezno objektno stekelce smo dali vev c rezin, tako da smo objektno
stekelce prekrili s kapljico vode, rezane rezine prenesli na kapljice, celotna objektna
stekelca pa nato na termo plok sv ce. Ob povik sani temperaturi se je parafin stalil in raztegnil
rezine, prav tako je izhlapel del vode. Preostanek vode smo odstranili z laboratorijskimi
robv cki, nato pa odstranili k se ostanke parafina in rehidrirali vzorec skozi alkoholno vrsto
od absolutnega etanola do 70 % etanola in vode.
Za prvi del barvanja smo uporabili Weigertov v zelezov hematoksilin in tako obarvali
jedra. Odvev cno barvilo smo po protokolu sprali z navadno vodo, razbarvali presev zek
obarvanja s solno kislim alkoholom in nazadnje sprali k se z destilirano vodo (Fischer
et al., 2008).
V drugem delu barvanja smo kontrast dosegli z 10 minutnim barvanjem v eozinu.
Po spiranju odvev cne barve z vodo, smo vzorce ponovno dehidrirali v narak sv cajov ci
dehidracijski etanolni vrsti. Po dehidraciji smo jih zbistrili s pripravkom ultraclear in
jih nato trajno fiksirali s smolo in krovnikom (Fischer et al., 2008).
2.2.4 Barvanje s trikromatskim barvanjem po Massonu
Prvi del trikromatskega barvanja po Massonu je enak prvemu delu barvanja s hematoksilin-
eozinom. Po barvanju s hematoksilinom smo barvanje 5 minut nadaljevali v kislem
fuksinu, ki plazmo obarva rdev ce. Po 5 minutah barvanja smo odvev cno barvo sprali z
vodo in vzorce za 5 minut prestavili v fosfomolibdensko kislino. Po 5 minutah smo
vzorce brez spiranja prenesli za 2 do 5 minut v metil modro, ki obarva vlakna. Po
barvanju z metil modrim smo vzorce sprali v destilirani vodi in jih prenesli za 2 minuti v
1 % ocetno kislino. Tudi zakljuv cek protokola trikromatskega barvanja je enak zakljuv cku
protokola barvanja s hematoksilin-eozinom -- dehidracija, zbistritev z ultraclear, trajno
fiksiranje s smolo in krovnikom (Foot, 1933).
8. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
6
3 REZULTATI
3.1 SUDAN v CRNO B
Slika 3.1: Jetra goveda (Bos taurus) -- KONTROLA | Strukture: A - septum, B - hepatocite, C -
sinusoide.
9. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
7
Slika 3.2: Jetra goveda (Bos taurus) -- SUDAN v CRNO B | Strukture: A - lipidne kaplje, B - hepatocite,
C - sinusoide.
10. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
8
Slika 3.3: Mik sica lososa (Salmo salar) -- KONTROLA | Strukture: A - mik siv cne fibrile.
11. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
9
Slika 3.4: Mik sica lososa (Salmo salar) -- SUDAN v CRNO B | Strukture: A - mik siv cne fibrile, B - lipidne
zaloge v mik sici.
12. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
10
3.2 DAPI
13. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
11
Slika 3.5: Mik sica lososa (Salmo salar) -- DAPI | A) Tkivo lososa v vidni svetlobi, tehnika DIC,
B) Fluorescenca DAPI v fluorescenv cni mikroskopiji, C) Rav cunalnik sko zdruv zeni sliki DIC in DAPI,
Strukture: 1 - mik siv cne fibrile, 2 - koncentrirana DNA (jedra).
14. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
12
Slika 3.6: Celice epitela v clovek ske (Homo sapiens sapiens) ustne sluznice I -- DAPI | A) Celice ustne
sluznice v vidni svetlobi, tehnika DIC, B) Fluorescenca DAPI v fluorescenv cni mikroskopiji, C) Ra-
v cunalnik sko zdruv zeni sliki DIC in DAPI, Strukture: 1 - celice ustne sluznice, 2 - koncentrirana DNA
(jedra).
15. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
13
Slika 3.7: Celice epitela v clovek ske (Homo sapiens sapiens) ustne sluznice II -- DAPI | A) Celice
ustne sluznice v vidni svetlobi, tehnika DIC, B) Fluorescenca DAPI v fluorescenv cni mikroskopiji, C)
Rav cunalnik sko zdruv zeni sliki DIC in DAPI, Strukture: 1 - vev cji kos tkiva ustne sluznice, 2 - koncentrirana
DNA (jedra).
16. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
14
3.3 HEMATOKSILIN-EOZIN
Slika 3.8: v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Strukture: A - mikrovili
prerezani v razliv cnih pozicijah.
17. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
15
Slika 3.9: v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Bazalna stran v crevesa,
strukture: A - v zila, B - krov zne mik sice, C - longitudinalne mik sice.
18. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
16
Slika 3.10: v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Strukture: A - krov zne
mik sice, B - v zila.
19. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
17
Slika 3.11: v Crevo prak siv ca (Sus scrofa domestica) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Strukture: A - limfativ cni
vozli, B - mik sice, C - ls temno obarvanimi jedri.
20. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
18
Slika 3.12: Rep podgane (Rattus sp.) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Strukture: A - dlaka, B - lojna
v zleza ob dlaki, C - dermis, D - epidermis, E - podkov zje.
21. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
19
Slika 3.13: Kov za mov cerila (Proteus anguinus) -- HEMATOKSILIN-EOZIN | Strukture: A - epidermis
(stratum corneum !?), B - dermis, C - v zile (C2 - korenine dlak !?), D - kompaktni dermis (hipodermis
!?), E - v zleza, F - izvodilo v zleze (dlake !?).
22. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
20
3.4 TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU
Slika 3.14: Kov za mov cerila (Proteus anguinus) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU | Strukture:
neuporaben preparat zaradi artefaktov, ki so verjetno nastali v ze pri rezanju zaradi prenizke temperature.
23. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
21
Slika 3.15: Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU | Strukture: A -
dlaka, B - stratum corneum, C - epidermis, D - dermis.
24. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
22
Slika 3.16: Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU | Strukture: A -
obmov cje epidermisa, B - stratum corneum, C - stratum granulosum, D - dlaka, E - v zleza ob dlaki, F -
dermis.
25. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
23
Slika 3.17: Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU | Strukture: A -
epidermis, B - dlake, C - del mik sice najev zevalke, D - dermis.
26. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
24
Slika 3.18: Rep podgane (Rattus sp.) -- TRIKROMO BARVANJE PO MASSONU | Strukture: A -
v zila, B - dermis.
27. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
25
4 DISKUSIJA
Vsa barvanja so bila uspek sna in so znav cilno obarvala strukture. Pri barvanju s sudan
v crno B so lepo vidni temno obarvani lipidi (slika 3.2) in svetlo rdev ce/roza obarvana
citoplazma, kar je posledica kontrastnega barvanja z eozinom. Pri kontroli, iz katere
smo pred barvanjem izprali lipide, je citoplazma k se vedno obarvana znav cilno za eozin,
temno obarvane pike lipidov pa so odsotne, kar dokazuje, da sudan v crno B specifiv cno
barva le lipide (slika 3.1). Pri drugem vzorcu, tkivo lososa, ki smo ga pripravili po
enakem postopku se rezultati ponovijo. Kontrolni vorec prereza mik siv cnih fibril lososa, ki
je imel pred barvanje izprane lipide, je obarvan le za eozin znav cilno rov znato (slika 3.3),
na neizpranem vzorcu pa je prisotnost lipidov k se bolj ov citna (slika 3.4). Primerjalno
med obema vzorcema lahko vidimo tudi, da meso lososa vsebuje precej vev c mak sv cob, kot
jih goveja jetra. To niti ni presenetljivo, saj je velika vsebnost mak sv cob v mesu lososa
obiv cajna (Folkestad et al., 2008).
Pri barvanju hematoksilin-eozin, prvi znav cilno temno obarva jedra in drugi svetlo
rov znato citoplazmo, kolagen in mik sice. Na vseh uspelih vzorcih prevladuje rov znata
barva. Zelo neznav cilen je bil vzorec kov ze mov cerila (Proteus anguinus). Ob pregledu
vzorca smo pogrek sali znav cilno vev cplastno povrhnjico, velike in izrav zene mukozne v zleze
. . . Prav tako bi lahko dolov cene strukture vidne na sliki 3.13 predstavljale tkiva, ki jih
dvov zivke nimajo (A - stratum corneum, C2 - korenine dlak . . . ). Najverjetneje je pri
pripravi vzorcev prik slo do napake pri oznav cevanju in smo kot kov za mov cerila oznav cili
vzorec, ki to ni bil (Istenic in Bulog, 1984).
Tev zave z vzorcem kov ze mov cerila so se nadaljevale tudi pri trikromem barvanju po
Massonu. Priprava vzorca nam v zal ni uspela (slika 3.14). Vzorec je poln artefaktov, ki
so skoraj zagotovo nastali v ze med rezanjem na kriotomu. Pri rezanju je bil vzorec izredno
krhek in drobljiv in je v ze med samim rezom razpadal na drobne kok sv cke. Problemativ cna
je bila verjetno prenizka temperatura, saj so bili vzorci svev ze zamrznjeni in zaradi tega
verjetno prevev c trdi in krhki. Tev zavo smo poskuk sali rek siti z dvigom temperature v
kriotomu in vev canjem debeline rezine, a zaradi pomanjkanja v casa nismo mogli pov cakati,
da bi se vzorec povsem aklimatiziral.
Zelo zanimiva je primerjava dveh razliv cnih barvanj istega vzorca, ki je bil v nak sem
primeru rep podgane (Rattus sp.). v Ce primerjamo trikromo barvanje po Massonu (slike
3.15, 3.16, 3.17 in 3.18) s hematoksilin-eozin barvanjem (slika 3.12) je razvidno, da je
trikromo barvanje bolj nazorno in da barvno lov ci vev c razliv cnih tkiv. Npr. trikromo
barvanje obarva dermis modro pri hematoksilin-eozin pa je skoraj celotni preparat,
vkljuv cno z dermisom, svetlo rov znat.
28. Draganjec N., Lok. cel. struk. v biol. vzorcih z mikroskop. tehnikami in diferenc. barvanje tkiv
Porov cilo o vajah, Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehnik ska fakulteta, Oddelek za biologijo, 2014
26
LITERATURA
Chazotte B. 2011. Labeling nuclear DNA using DAPI. Cold Spring Harbor protocols
2011: pdb.prot5556 ISSN 1559-6095 doi:10.1101/pdb.prot5556
Chopra A., Shan L., Eckelman W. C., Leung K., Latterner M., Bryant S. H., Menkens
A. 2012. Molecular Imaging and Contrast Agent Database (MICAD): Evolution and
Progress. doi:10.1007/s11307-011-0521-3
Fischer A. H., Jacobson K. A., Rose J., Zeller R. 2008. Hematoxylin and eosin staining
of tissue and cell sections. CSH protocols 2008: pdb.prot4986 ISSN 1559-6095 doi:
10.1101/pdb.prot4986
Folkestad A., Wold J. P., Ro rvik K. A., Tschudi J., Haugholt K. H., Kolstad K., Mo rko re
T. 2008. Rapid and non-invasive measurements of fat and pigment concentrations
in live and slaughtered Atlantic salmon (Salmo salar L.). Aquaculture 280: 129--135
ISSN 00448486 doi:10.1016/j.aquaculture.2008.04.037
Foot N. C. 1933. The Masson Trichrome Staining Methods in Routine Laboratory Use.
doi:10.3109/10520293309116112
Frederiks W. M. 1977. Some aspects of the value of Sudan Black B in lipid histochemistry.
Histochemistry 54: 27--37 ISSN 0301-5564 doi:10.1007/BF00493326
Istenic L., Bulog B. 1984. Some evidence for the ampullary organs in the European
cave salamander Proteus anguinus (Urodela, Amphibia). Cell and tissue research 235:
393--402 ISSN 0302-766X
u Znidark siv c N. 2014. Lokalizacija celiv cnih struktur v biolok skih vzorcih z mikroskopskimi
tehnikami in diferencialno barvanje tkiv -- navodila za vajo Lokalizacija izbranih
komponent v biolok skem vzorcu