Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Evolucija raka - vpliv naravne selekcije na evolucijo onkoloških obolenjNejc Draganjec
Rak je bolezen genoma. Klasični model karcinogeneze opisuje večkratno sosledno širjenje klonov, ki ga vodi nabiranje genetskih sprememb (mutacij) in pozitivna selekcija okolja v katerem se tumor pojavi. Toda z evolucijskimi metodami lahko raziskujemo onkološka obolenja tudi iz vidika makro in populacijske evolucije. Naravna selekcija je poskrbela za kompleksne in prepletene mehanizme regulacije in popravljanja genoma in abnormalne celične delitve. Toda, pogosto pride tudi do antagonistične koevolucije in posledičnih pleotropičnih učinkov genov, ki v določenem obdobju osebka njegov fitnes dvigujejo a imajo hkrati v kasnejših obdobjih življenja onkogeno vlogo. Na tak način mehanizmi Darwinove evolucije v populaciji ne izkoreninjajo bolezni kot je rak, ampak fiksirajo onkogene in gensko podlago za takšno delovanje senescence na sploh.
Sonogenetic Locale Specific Activation of Universal Vectors for Xenobiotics -...Nejc Draganjec
The final goal of the project is to develop “BioBrick” for liposome produced by means of synthetic biology, that
has a construct for disintegration embedded in its membrane. Xenobiotic packaged in a liposome is not part
of pharmacodynamics since it is biologically unavailable. Which makes liposomes interesting candidates for
universal drug delivery vectors. In our case, liposome disintegration is initiated by non-invasive sonic signal
and carried out by a construct of a sensor and an active part embedded in a membrane. Sensor part of a
construct is mechanoreceptor/mechanotransducer which activates protein representing the active part of a
construct. After activation, active part carries out the dissolution of a compartmentalization function by means
of total disintegration of vector or only membrane perforation. After an opening of a vector, previously packed
xenobiotic becomes locally available with a high concentration in locale and thus high effect and low systemic
concentration and thus smaller chance of side effect. This approach is very specific for both, time and space
factors and at the same time has a very broad area of potential biomedical applications. Vector would be, in
a hypothetical scenario of practical use in oncology, first packed with chemotherapeutics/biological drugs,
administered intravenously and then medical staff would have an option of drug activation in specific locations.
Activation is very precise and at the same time offers an option of easy switching among many different
targets, for example between dominant tumor to many potential metastasis. Since location of activation is
not tied to biomarker, but rather takes advantage of other rapidly developing medical technologies, vector
remains universally and directly applicable for any patient and for a broad spectrum of pathologies in fields of
oncology (chemotherapeutics/biological drugs and other payloads, like local immune response enhancers),
autoimmune diseases (local immune suppressors, diabetes), parasitology (malaria drugs and plasmodium
sporozoite), local pathologies (ulcer, trauma healing) . . .
Gene expression control - practicum reportNejc Draganjec
Preverjanje izražanja gena za β-aktin v embriju
cebrice (izolacija celotne RNA embrija cebrice →
spektrofotometrično preverjanje uspešnosti izolacije →
reverzna transkripcija mRNA za gen β-aktin →
pomnoževanje cDNA v PCR → preverjanje na gelu)
Evolucija raka - vpliv naravne selekcije na evolucijo onkoloških obolenjNejc Draganjec
Rak je bolezen genoma. Klasični model karcinogeneze opisuje večkratno sosledno širjenje klonov, ki ga vodi nabiranje genetskih sprememb (mutacij) in pozitivna selekcija okolja v katerem se tumor pojavi. Toda z evolucijskimi metodami lahko raziskujemo onkološka obolenja tudi iz vidika makro in populacijske evolucije. Naravna selekcija je poskrbela za kompleksne in prepletene mehanizme regulacije in popravljanja genoma in abnormalne celične delitve. Toda, pogosto pride tudi do antagonistične koevolucije in posledičnih pleotropičnih učinkov genov, ki v določenem obdobju osebka njegov fitnes dvigujejo a imajo hkrati v kasnejših obdobjih življenja onkogeno vlogo. Na tak način mehanizmi Darwinove evolucije v populaciji ne izkoreninjajo bolezni kot je rak, ampak fiksirajo onkogene in gensko podlago za takšno delovanje senescence na sploh.
Sonogenetic Locale Specific Activation of Universal Vectors for Xenobiotics -...Nejc Draganjec
The final goal of the project is to develop “BioBrick” for liposome produced by means of synthetic biology, that
has a construct for disintegration embedded in its membrane. Xenobiotic packaged in a liposome is not part
of pharmacodynamics since it is biologically unavailable. Which makes liposomes interesting candidates for
universal drug delivery vectors. In our case, liposome disintegration is initiated by non-invasive sonic signal
and carried out by a construct of a sensor and an active part embedded in a membrane. Sensor part of a
construct is mechanoreceptor/mechanotransducer which activates protein representing the active part of a
construct. After activation, active part carries out the dissolution of a compartmentalization function by means
of total disintegration of vector or only membrane perforation. After an opening of a vector, previously packed
xenobiotic becomes locally available with a high concentration in locale and thus high effect and low systemic
concentration and thus smaller chance of side effect. This approach is very specific for both, time and space
factors and at the same time has a very broad area of potential biomedical applications. Vector would be, in
a hypothetical scenario of practical use in oncology, first packed with chemotherapeutics/biological drugs,
administered intravenously and then medical staff would have an option of drug activation in specific locations.
Activation is very precise and at the same time offers an option of easy switching among many different
targets, for example between dominant tumor to many potential metastasis. Since location of activation is
not tied to biomarker, but rather takes advantage of other rapidly developing medical technologies, vector
remains universally and directly applicable for any patient and for a broad spectrum of pathologies in fields of
oncology (chemotherapeutics/biological drugs and other payloads, like local immune response enhancers),
autoimmune diseases (local immune suppressors, diabetes), parasitology (malaria drugs and plasmodium
sporozoite), local pathologies (ulcer, trauma healing) . . .
Gene expression control - practicum reportNejc Draganjec
Preverjanje izražanja gena za β-aktin v embriju
cebrice (izolacija celotne RNA embrija cebrice →
spektrofotometrično preverjanje uspešnosti izolacije →
reverzna transkripcija mRNA za gen β-aktin →
pomnoževanje cDNA v PCR → preverjanje na gelu)
SEMINAR - Dolgoživost, zaviranje staranja in kvaliteta življenja.Nejc Draganjec
V zadnjih nekaj letih smo bili pri\v ca vrtincu razvoja razumevanja osnovnih konceptov
biologije staranja. Med drugim so bili razviti kemi\v cni opona\k salci kalori\v cne restrikcije,
ki dokazano upo\v casni staranje pri sesalcih. Dose\v zen je bil velik napredek v kontroli-
ranju staranja pri sesalcih preko S6K1 in TOR poti. Po eni strani je bilo dokazano
upo\v casnjevanje staranja s TOR inhibitorjem rapamicinom, po drugi strani pa je nekaj
\k studij podalo rezultate, ki nasprotujejo ustaljeni resveratrol-sirtuin-kalori\v cna restrikcija-
staranje paradigmi (Anderson in Weindruch, 2013; Gems in Partridge, 2013; Martin,
2011; Selman in Withers, 2011).
Oksidativni stres ima v procesih staranja dvojno vlogo. Mo\v can oksidativni stres staranje
pospe\k suje, blag in ponavljajo\v c oksidativni stres pa \v zivljenjsko dobo organizmu podalj\k suje.
Inovativni pristop k zaviranju staranja predstavlja manipulacija endogenih celi\v cnih
obrambnih mehanizmov, kot je npr. antioksidativni odziv, preko planirane diete ali
preko farmakolo\k skih antioksidantov in/ali hormetinov. Pregled raziskav je razkril nekaj
klju\v cnih korakov in napotkov za zaviranje staranja:
1. Zmanj\k sevanje kalori\v cnega vnosa a hkrati skrb, da ne pride do podhranjenosti.
2. Prehrana s hormetini bogatimi \v zivili (sadje in zelenjava).
3. Uporaba prehrambenih dodatkov s hormetini (npr. resveratrolom).
4. Redna a zmerna fizi\v cna aktivnost in hkrati izogibanje naporni in iz\v crpavajo\v ci vadbi.
5. Izogibanje toksi\v cnim koncentracijam \k skodljivih snovi (npr. te\v zke kovine) (Anderson
in Weindruch, 2013; Gaman et al., 2011; Martin, 2011).
ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA MIKROGRAFIJE IN ULTRASTRUKTURENejc Draganjec
Ker je valovna dolžina elektronskega žarka 100.000-krat krajša od valovne dolžine vidne svetlobe, je teoretična ločljivost elektronske mikroskopije 0,001 nm. Toda zaradi napak magnetnih leč je dejanska maksimalna ločljivost osnovnih tehnik elektronske miroskopije okoli 0,1 nm oz 1 \r A. Praktično ločljivost pa določa tudi vrsta vzorca in njegove značilnosti. Praktično dosegljiva ločljivost bioloških vzorcev je zaradi njihovih lastnosti okoli 1 nm (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997). Poznamo dve osnovni vrsti elektronskih mikroskopov (presevni elektronski mikroskop oz. TEM in vrstični elektronski mikroskop oz. SEM), ki se po svojih značilnostih
in principu delovanja precej razlikujeta. Konstrukcija TEM je v osnovi podobna svetlobnemu mikroskopu. Vir ``svetlobe'' nadomesti elektronska puška oz. linearni pospeševalnik iz katode in anode. Katoda poskrbi za vir elektronov in anoda za pospeševanje v smeri preparata. Snop elektronov nato potuje po koloni, v kateri moramo vzdrževati visoki vakum. Za fokusiranje in radialno pospeševanje snopa poskrbi sistem elektromagnetnih leč, ki delujejo kot kondenzor, objektiv in projektiv. Med snopom elektronov in preparatom pride do interakcij (odboj, elastično in neelastično sipanje), katerih frekvenca je odvisna od elektronske gostote preparata. Klasična priprava preparatov za TEM je postopek iz 6 korakov: fiksacija, dehidracija, vklapljanje, rezanje, prenos na nosilec in kontrastiranje s težkimi kovinami (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997).
LOKALIZACIJA CELIČNIH STRUKTUR V BIOLOŠKIH VZORCIH Z MIKROSKOPSKIMI TEHNIKAMI...Nejc Draganjec
K izrednemu napredku mikroskopije ni prispeval le razvoj orodij, torej razvoj novih mikroskopov in izboljšava že obstoječih tehnik mikroskopiranja. Ključno je k razvoju
prispeval tudi napredek metodologije in pojav novih postopkov priprave mikroskopskih preparatov. Kadar biološki vzorec pripravljamo za mikroskopijo moramo biti še posebej pozorni na ohranjanje celične strukture in bioloških delov/molekul, ki so predmet preučevanja. Dobre metode priprav vzorcev za lokalizacijo omogočajo selektivnost
v postopku priprave, postopek mora biti natančen in občutljiv, ohranjati rekacijski produkt in omogoča enostavno in kontrastno vizualizacijo preučevane strukture. Med
pripravo ne smemo pozabiti na pozitivne in negativne kontrole (Žnidaršič, 2014).
Nekateri postopki priprave mikroskopskih preparatov so znani že zelo dolgo, takšna so predvsem nespecifična barvanja in kontrastiranje vzorcev. Mnogo tehnik, ki jih
uporabljamo danes, pa je povsem novih. Zelo pogosto se uporabljajo selektivna barvanja, dokazovanje encimske aktivnosti, imunolokalizacija, hibridizacija in situ, označevanje s fluorescenčnimi proteini (npr. GFP) (Chopra et al., 2012; Žnidaršič, 2014)...
Na vajah smo za lokalizacijo uporabili barvanja s sudan črno B (lipidi), DAPI (nukleinske kisline), hematoksilin-eozin (jedra, citoplazma in kolagen) in trikromatsko barvanje po
Massonu.
EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽENIRING NOVEGA ...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
PREDSTAVITEV: EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽE...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Puščave - seminarska naloga pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
Puščave- predstavitev seminarske naloge pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
One zoom - biološka podatkovna zbirka in predvsem orodje za vizualizacijoNejc Draganjec
One zoom je orodje za vizualizacijo po principu fraktalne periodične geometrije. Skupaj z orodjem pridejo tudi odlične biološke podatkovne zbirke filogenije sesalcev, dvoživk ...
SEMINAR - Dolgoživost, zaviranje staranja in kvaliteta življenja.Nejc Draganjec
V zadnjih nekaj letih smo bili pri\v ca vrtincu razvoja razumevanja osnovnih konceptov
biologije staranja. Med drugim so bili razviti kemi\v cni opona\k salci kalori\v cne restrikcije,
ki dokazano upo\v casni staranje pri sesalcih. Dose\v zen je bil velik napredek v kontroli-
ranju staranja pri sesalcih preko S6K1 in TOR poti. Po eni strani je bilo dokazano
upo\v casnjevanje staranja s TOR inhibitorjem rapamicinom, po drugi strani pa je nekaj
\k studij podalo rezultate, ki nasprotujejo ustaljeni resveratrol-sirtuin-kalori\v cna restrikcija-
staranje paradigmi (Anderson in Weindruch, 2013; Gems in Partridge, 2013; Martin,
2011; Selman in Withers, 2011).
Oksidativni stres ima v procesih staranja dvojno vlogo. Mo\v can oksidativni stres staranje
pospe\k suje, blag in ponavljajo\v c oksidativni stres pa \v zivljenjsko dobo organizmu podalj\k suje.
Inovativni pristop k zaviranju staranja predstavlja manipulacija endogenih celi\v cnih
obrambnih mehanizmov, kot je npr. antioksidativni odziv, preko planirane diete ali
preko farmakolo\k skih antioksidantov in/ali hormetinov. Pregled raziskav je razkril nekaj
klju\v cnih korakov in napotkov za zaviranje staranja:
1. Zmanj\k sevanje kalori\v cnega vnosa a hkrati skrb, da ne pride do podhranjenosti.
2. Prehrana s hormetini bogatimi \v zivili (sadje in zelenjava).
3. Uporaba prehrambenih dodatkov s hormetini (npr. resveratrolom).
4. Redna a zmerna fizi\v cna aktivnost in hkrati izogibanje naporni in iz\v crpavajo\v ci vadbi.
5. Izogibanje toksi\v cnim koncentracijam \k skodljivih snovi (npr. te\v zke kovine) (Anderson
in Weindruch, 2013; Gaman et al., 2011; Martin, 2011).
ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA MIKROGRAFIJE IN ULTRASTRUKTURENejc Draganjec
Ker je valovna dolžina elektronskega žarka 100.000-krat krajša od valovne dolžine vidne svetlobe, je teoretična ločljivost elektronske mikroskopije 0,001 nm. Toda zaradi napak magnetnih leč je dejanska maksimalna ločljivost osnovnih tehnik elektronske miroskopije okoli 0,1 nm oz 1 \r A. Praktično ločljivost pa določa tudi vrsta vzorca in njegove značilnosti. Praktično dosegljiva ločljivost bioloških vzorcev je zaradi njihovih lastnosti okoli 1 nm (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997). Poznamo dve osnovni vrsti elektronskih mikroskopov (presevni elektronski mikroskop oz. TEM in vrstični elektronski mikroskop oz. SEM), ki se po svojih značilnostih
in principu delovanja precej razlikujeta. Konstrukcija TEM je v osnovi podobna svetlobnemu mikroskopu. Vir ``svetlobe'' nadomesti elektronska puška oz. linearni pospeševalnik iz katode in anode. Katoda poskrbi za vir elektronov in anoda za pospeševanje v smeri preparata. Snop elektronov nato potuje po koloni, v kateri moramo vzdrževati visoki vakum. Za fokusiranje in radialno pospeševanje snopa poskrbi sistem elektromagnetnih leč, ki delujejo kot kondenzor, objektiv in projektiv. Med snopom elektronov in preparatom pride do interakcij (odboj, elastično in neelastično sipanje), katerih frekvenca je odvisna od elektronske gostote preparata. Klasična priprava preparatov za TEM je postopek iz 6 korakov: fiksacija, dehidracija, vklapljanje, rezanje, prenos na nosilec in kontrastiranje s težkimi kovinami (Echin, 2009; Egerton, 2005; Goodhew et al., 2001; Khan, 212; Watt, 1997).
LOKALIZACIJA CELIČNIH STRUKTUR V BIOLOŠKIH VZORCIH Z MIKROSKOPSKIMI TEHNIKAMI...Nejc Draganjec
K izrednemu napredku mikroskopije ni prispeval le razvoj orodij, torej razvoj novih mikroskopov in izboljšava že obstoječih tehnik mikroskopiranja. Ključno je k razvoju
prispeval tudi napredek metodologije in pojav novih postopkov priprave mikroskopskih preparatov. Kadar biološki vzorec pripravljamo za mikroskopijo moramo biti še posebej pozorni na ohranjanje celične strukture in bioloških delov/molekul, ki so predmet preučevanja. Dobre metode priprav vzorcev za lokalizacijo omogočajo selektivnost
v postopku priprave, postopek mora biti natančen in občutljiv, ohranjati rekacijski produkt in omogoča enostavno in kontrastno vizualizacijo preučevane strukture. Med
pripravo ne smemo pozabiti na pozitivne in negativne kontrole (Žnidaršič, 2014).
Nekateri postopki priprave mikroskopskih preparatov so znani že zelo dolgo, takšna so predvsem nespecifična barvanja in kontrastiranje vzorcev. Mnogo tehnik, ki jih
uporabljamo danes, pa je povsem novih. Zelo pogosto se uporabljajo selektivna barvanja, dokazovanje encimske aktivnosti, imunolokalizacija, hibridizacija in situ, označevanje s fluorescenčnimi proteini (npr. GFP) (Chopra et al., 2012; Žnidaršič, 2014)...
Na vajah smo za lokalizacijo uporabili barvanja s sudan črno B (lipidi), DAPI (nukleinske kisline), hematoksilin-eozin (jedra, citoplazma in kolagen) in trikromatsko barvanje po
Massonu.
EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽENIRING NOVEGA ...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
PREDSTAVITEV: EKOPOIEZA MARSA – PRILOŽNOSTI IN OVIRE, KI JIH PREDSTAVLJA INŽE...Nejc Draganjec
Bistveni korak ustvarjanja novega okolja, primernega za poselitev ljudi, je načrtna vzpostavitev stabilnega ekosistema (ekopoieza). Odnosi med organizmi v stabilnem ekosistemu so kompleksni in težko predvidljivi, dodatno pa ekopoiezo otežujejo še ekstremni okoljski pogoji, ki ožijo nabor potencialnih kandidatov in s tem biološko pestrost. Ekstremna okolja na Zemlji ponujajo nekaj odgovorov in nakazujejo, da se tudi v ekstremnih razmerah spletejo trdne simbiotske naveze, ki simbiontom celo omogočajo preživetje. V nalogi je raziskan potencial lišajev za ekopoiezo v Marsovih okoljskih razmerah.
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani. Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha simbiontske zveze.
Puščave - seminarska naloga pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
Puščave- predstavitev seminarske naloge pri predmetu ekologijaNejc Draganjec
Sušna območja delimo v podkategorije na podlagi več faktorjev. Upošteva se indeks precipitacija in potencialne evapotranspiracije, povprečne temperature, geografske značilnosti … Na teh faktorjih temelji groba razdelitev puščav na vroče puščave, mrzle puščave, polsuhe puščave in priobalne puščave. Puščave nudijo zelo specifične okoljske pogoje. Značilno je pomanjkanje vode, visoke ali nizke temperature, velika dnevna nihanja temperature … Biomi puščavskih ekosistemov za spopadanje z okoljskimi omejitvami koristijo številne prilagoditve, kot so pospešen razvoj, anabioza, razni sistemi intenzivnega varčevanja z vodo. Zaradi specifičnih zahtev je biološka diverziteta v ekosistemih puščav praviloma nižja, kot v večini drugih ekosistemov. Zato intenzivno širjenje puščav (dezertifikacija) predstavlja precejšnji izziv v trenutnem, hitro spreminjajočem se podnebju.
One zoom - biološka podatkovna zbirka in predvsem orodje za vizualizacijoNejc Draganjec
One zoom je orodje za vizualizacijo po principu fraktalne periodične geometrije. Skupaj z orodjem pridejo tudi odlične biološke podatkovne zbirke filogenije sesalcev, dvoživk ...
Gensko spremenjeni organizmi in potencialna tveganja poročilo diskusije(nej...
Vretenčarji na sončni pogon - Endosimbioza fotosimbionta zelene alge (Oophila amblystomatis) in gostitelja pisanega aksolotla (Ambystoma maculatum)
1. UNIVERZA V LJUBLJANI
BIOTEHNIŠKA FAKULTETA
ODDELEK ZA BIOLOGIJO
Nejc DRAGANJEC
VRETENČARJI NA SONČNI POGON
Endosimbioza fotosimbionta zelene alge (Oophila amblystomatis) in
gostitelja pisanega aksolotla (Ambystoma maculatum)
Seminarska naloga pri vajah iz predmeta Primerjalna anatomija vretenčarjev
(Mentor: prof. dr. Lilijana Bizjak Mali)
Ljubljana, 5. 5. 2013
2. 2
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
POVZETEK
Endosimbiontski odnosi med gostitelji nevretenčarji in fotosimbiontom so že dolgo poznani.
Precej dobro so raziskani primeri gostiteljev mehkužcev (npr. Elysia chlorotica) in
členonožcev. Sedaj pa se prvič pojavlja primer endosimbiontskega odnosa, pri katerem je
gostitelj vretenčar. Pisani aksolotel (Ambystoma maculatum) in njegov fotosimbiont zelena
alga (Oophila amblystomatis) imata tesno mutualistično zvezo, ki se prične v samem
začetku embrionalnega razvoja, določa potek le-tega in se nadaljuje v larvalni stadij
ter ostaja pri odrasli živali, katere fitnes je v veliki meri odvisen tudi od uspeha
simbiontske zveze.
KLJUČNE BESEDE
simbioza, endosimbioza, ektosimbioza, mutualizem, fotobiont, aksolotl, zelena alga
VPRAŠANJA IZ SNOVI
1. Koliko časa že vemo za simbiontski odnos med aksolotli in zelenimi algami?
Za kakšen tip simbioze smo do sedaj sklepali, da gre?
2. Kakšni so razlogi za splošno odsotnost endosimbize pri vretenčarjih in katere
so sinapomorfije nižjega redu Gnathostomata?
3. Kdaj se prične simbiontski odnos med pisanim aksolotlom in fotobiontom ter
kako se simbioza oblikuje tekom življenjskih stadijev gostitelja?
3. 3
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
VSEBINA
1 UVOD...................................................................................................................4
2 ENDOSIMBIONTSKO RAZMERJE............................................................................5
2.1 FOTOBIONT – ZELENA ALGA (OOPHILA AMBLYSTOMATIS)............................5
2.2 GOSTITELJ – PISANI AKSOLOTEL (AMBYSTOMA MACULATUM).......................5
3 SIMBIOZA SKOZI ŽIVLJENJSKI CIKEL GOSTITELJA.................................................6
3.1 EMBRIONALNI RAZVOJ .................................................................................6
3.2 LARVALNI STADIJ..........................................................................................6
3.3 ODRASLE ŽIVALI...........................................................................................6
4 VIRI......................................................................................................................8
4. 4
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
1 UVOD
Povezava med embrijem pisanega aksolotla (Ambystoma maculatum) in zeleno algo (Oophila
amblystomatis) je bila odkrita že pred 120 leti in se je do nedavnega obravnavala kot
ektosimbiontski mutualizem. Toda zadnje raziskave so pokazale, da sta gostitelj in
fotosimbiont mnogo bolj povezana. Celice fotobionta so prisotne vse od embrionalnega do
larvalnega stadija in celo v reproduktivnih organih odrasle živali (Kerney et al., 2011).
Čeprav so patogeni sposobni invazije v celice vretenčarjev, mutualistične endosimbioze do
sedaj niso bile poznane. Nezmožnost vstopa simbiontov v vretenčarske gostitelje so avtorji
pripisovali predvsem prilagodljivemu/učljivemu imunskemu sistemu, torej prepoznavi in
uničenju tujih celic, kar je sinapomorfija nižjega rodu Gnathostomata (Kerney et al., 2011).
Invazija celic alge v tkiva vretenčarskega gostitelja tako predstavlja unikatno priložnost
proučevanja prepoznavanja na celičnem nivoju, izmenjave metabolitov, izmenjave genetskega
zapisa in nenazadnje ujemanja populacij gostitelja in simbionta preko koevolucije (Kerney et
al., 2011).
5. 5
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
2 ENDOSIMBIONTSKO RAZMERJE
2.1 FOTOBIONT – ZELENA ALGA (OOPHILA AMBLYSTOMATIS)
Fotobiont ob prisotnosti svetlobe na površini jajčne lupine razvije gost ovoj. Ta pojav je znan
že več kot 100 let. Toda v primeru odstranitve embrija je rast alg na kapsuli jajca minimalna,
kar nakazuje, da je embrijo in ne kapsula tisti, ki promovira rast fotobionta. Mutualistični del
simbioze, ki je v korist alg, so odpadni produkti gostitelja, predvsem dušik in CO2 (Graham et
al., 2012; Kerney et al., 2011).
2.2 GOSTITELJ – PISANI AKSOLOTEL (AMBYSTOMA MACULATUM)
Embriji, ki se razvijajo v temi na kapsuli jajca, ne razvijejo gostega ovoja alg. S poskusi je
bilo potrjeno, da se embriji ob prisotnosti alg razvijejo in izležejo hitreje, faktor preživetja
embrijev je bistveno višji, osebki se izležejo bolj sinhrono, kar preplavi potencialne plenilce
in poveča možnost preživetja tudi takoj po izlegu. Tudi odrasli osebki, katerih embrionalni
razvoj je potekal v tesni simbiozi s fotobiontom, dosežejo večjo velikost (Kerney et al., 2011).
Recipročna korist z vidika preživetja in rasti gostitelja na eni strani ter rast populacije
fotosimbionta na drugi strani, potrjuje, da gre za pravi mutualistični odnos. Čeprav je način,
na katerega gostitelj pridobi korist, še precej nepoznan. Nekateri avtorji zagovarjajo, drugi
spet oporekajo ideji, da fotobiont koristi gostitelju s povišano koncentracijo kisika in mnogimi
rastnimi faktorji. Ena izmed zadnjih raziskav je potrdila, da je ogljik, ki ga fiksira
fotosimbiont, na razpolago gostiteljskemu embriju. Tako imamo prvič do sedaj dokaz o
direktnem transportu produktov fotosinteze od simbionta k vretenčarskem gostitelju (Graham
et al., 2012; Kerney et al., 2011).
6. 6
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
3 SIMBIOZA SKOZI ŽIVLJENJSKI CIKEL GOSTITELJA
3.1 EMBRIONALNI RAZVOJ
Asociacija med simbiontom in gostiteljem že v najzgodnejših fazah zarodka je najverjetneje
predpogoj za endosimbiozo, ker se le na tak način prehiti prilagodljivi imunski sistem in fazo
učenja prepoznavanja lastnega od tujega (Kerney et al., 2011).
Med embrionalnim razvojem fotobiont vdre v tkiva in tudi same celice gostitelja. Ta
znotrajcelična vključitev spominja na fotosintetsko simbiozo, ki se je pojavila pri mnogih
protistih in nevretenčarjih (Kerney et al., 2011).
Že v najzgodnejših fazah embrionalnega razvoja so alge prisotne na notranji kapsuli zarodka.
Fotobiont se najprej koncentrira na proktodeum okoli gostiteljevega blastopora, kar nakazuje,
da rast alg zunaj blastopora prehiti invazijo v sam embrio gostitelja. Po vdoru se celice
fotobionta nahajajo v embrijevem epidermisu, zametku očesa, nevralni cevi, kranialnem
mezenhimu itd. (Graham et al., 2012 ; Kerney et al., 2011).
3.2 LARVALNI STADIJ
V gostiteljskih larvah, zmožnih samostojnega prehranjevanja, ni več najti prostih
autoflorescentnih celic fotobionta. Čeprav mnogo celic fotobionta vdre v prebavni kanal in
okoliška tkiva, večina alg vztraja v medkapsularni tekočini, ki se zato ob izlegu gostitelja
sprostijo v okolje. S pomočjo tehnike FISH so bile celice fotobionta najdene znotraj tkiv v
kranilanem mezenhimu, endodermu, jetrih in hrustancu larve. Vse znotrajtkivne celice alg so
vsebovale kloroplaste, grane, tilakoidne membrane in granule škroba. Poleg ostalega tudi te
ohranjene ultrastrukture potrjujejo, da so avtoflurescenčne celice znotraj tkiv po poreklu alge
(Kerney et al., 2011).
3.3 ODRASLE ŽIVALI
Veliko avtoflurescenčnih celic alg se vključi v citoplazmo različnih celic gostitelja. Najdemo
jih v avtoflurescenčnih somatskih celicah in znotraj endodermalnih celic okoli primarnega
7. 7
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
kanala (prebavnega trakta). Znotrajcelične alge pogosto najdemo v neposredni bližini
gostiteljevih mitohondrijev in občasno poleg jedra gostiteljeve celice. Gostiteljeve celice ne
kažejo nobenega znaka nekroze ali apoptoze in so v vseh pogledih podobne preostalim
celicam, ki ne vsebujejo endosimbiontskih alg. Morda je še najzanimivejše dejstvo, da
nekatere gostiteljeve celice v svoji citoplazmi vsebujejo tudi proste tilakoidne membrane in
granule škroba. Pojav je podoben znotrajceličnim kleptoplastom, ki jih pridobijo nekatere
vrste nevretenčarjev iz svoje prehrane, npr. Elysia chlorotica. Analiza 18S rRNA značilna za
Oophila je pokazala prisotnost znotrajceličnih alg tudi v razmnoževalnih organih, tako
samcev kot tudi samic gostitelja (Kerney et al., 2011).
8. 8
Draganjec N. Vretenčarji na sončni pogon
Seminarska naloga. Ljubljana, Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za biologijo, 2013
4 VIRI
Graham E. R., Fay S. A., Sanders R. W. 2012. Intracapsular algae provide fixed carbon to
developing embryos of the salamander Ambystoma maculatum. Experimental Biology
Advance Online Articles: http://jeb.biologists.org/lookup/doi/10.1242/jeb.076711 (30.4.2013)
Karney R., Eunsoo K., Hangarter R. P., Heiss A. A., Bishop C. D., Hall B. K. 2011.
Intracellular invasion of green algae in a salamander host. PNAS. 108, 16: 6497–9502