EPAM IT Meet Up. Biology & Bioinformatics

1. 1CONFIDENTIAL
EPAM Lifescience
Молекулярная биология и
биоинформатика
Геннадий Захаров
Aipril 3, 2015

2. 2CONFIDENTIAL
•Про метаболизм малых молекул известно много
•Все основные пути метаболизма изучены и описаны
•Известно много классов лекарственных средств
•Всего порядка 30 миллионов соединений
•Побочные функции
•Производство сложное и дорогое
•Новые лекарства искать все сложнее
•Особенно тяжело найти новые классы лекарственных
веществ
Классическая биохимия и фармацевтика –
мир малых молекул
Классическая биохимия и фармацевтика –
мир малых молекул

3. 3CONFIDENTIAL
•Основные молекулы - ДНК, РНК и белки
•Линейные полимеры, состоящие из небольшого
набора мономеров
•Высоко специализированные
•Могут выполнять активную роль — например
избирательно уничтожать РНК вируса
•Менее исследованы
•Пока не умеем создавать белки с произвольными
функциями
•Трудно доставить в нужное место
Молекулярная биология — мир биополимеровМолекулярная биология — мир биополимеров
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B5%D0%BB%D0%BA
%D0%B8#/media/File:Potassium_channel1.png

4. 4CONFIDENTIAL
•Sample Tracking / Inventory
•Разработка IT-инфраструктуры компании
•Интеграция оборудования в IT-инфраструктуру
•Разработка/интеграция специфического ПО
– Дизайн последовательностей макромолекул
– Трекинг процесса синтеза
– Обработка данных экспериментов по контролю качества
Задачи, решаемые EPAM LifescienceЗадачи, решаемые EPAM Lifescience

5. 5CONFIDENTIAL
•Сборка геномов по данным ДНК-сиквенсов
•Методы компьютерного анализа геномных последовательностей – выделение консервативных участков,
анализ связи последовательность-функция
•Моделирование структуры и функций биополимеров
Биоинформатика — изучение информационных процессов в
биотических системах
Биоинформатика — изучение информационных процессов в
биотических системах
http://rosalind.info/media/problems/long/fragment-assembly.png http://hawaiireedlab.com/wpress/wp-content/uploads/2013/03/Dmel-mtDNA-genome.png

6. 6CONFIDENTIAL
•Развертывание и оптимизация расчетной инфораструктуры
– Cloud-based кластеры
– Amazon Data Pipeline
•Data Tracking / Collecting
•Оптимизация программ и утилит
– Scientific code
– Паралеллизация
Задачи, решаемые EPAM Lifescience в биоинформатикеЗадачи, решаемые EPAM Lifescience в биоинформатике