1. FDT + FNIRT - probabilisztikus traktográfia 2.
Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A
standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció nem lineárisan történt,
hanem a FNIRT algoritmussal (warping). Traktográfia SEED és TARGET között.
1: a már feldolgozott, BedpostX-
bedpostX könyvtár útvonala
2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard-
1 Oxford atlasz egy régiója.
3: A "seed space is not diffusion"
kapcsoló beállitásával ÉS a NONLINEAR
2 bekapcsolása jelzi azt, hogy nemlináris
transzformáció történt (warp).
3 4: Két, ún. warp-field megadása
kötelező. Az egyik a referenciaképet
4a
regisztrálja a diffúziós képhez, a másik
4b ennek inverze (invwarp parancs).
ref2diff-warp
diff2ref-warp
(javasolt nomenklatura)
5
5: TARGET maszk megadása (itt:
waypoint)
A TARGET maszkok listán történő
megadása is lehetséges, egy egyszerü
text file szerkesztésével.
6 6: Traktográfia kimenő könyvtára.
.
MÁSODIK OLDAL, OPTIONS
6: A traktográfia "pontossága": a
kibocsájtott virtuális részecskék száma
a seed maszk voxeleként.
Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos
6 voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van
kalkulálva. Amennyiben atlasz terében
dolgozunk, ennél kisebb érték
7 elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén
500-1000 (1/8 térfogat).
7: loopcheck: a kibocsájtott tracer
részecskék nem juthatnak vissza a seed
maszkba.
8 8: Euler streamlining: pontosabb
útvonalkövetés (ld. fsl web)
9: Use Distance Correction.
Kvantitativ vizsgálatok esetén nem
9 bejelölendő. A probabilisztikus
traktográfia azon jelenségét védi ki, ami
során a seedtől való távolság
függvényében lecsökken a becsapódási
valószinüség.