SlideShare a Scribd company logo
FDT - probabilisztikus traktográfia 1.
 Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A
 standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció lineáris (FLIRT).
 Traktográfia SEED és TARGET régió között.

                                                      1: a már feldolgozott, BedpostX-
                                                      bedpostX könyvtár útvonala

                                                      2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard-
                                     1                Oxford atlasz egy régiója.

                                                      3: A "seed space is not diffusion"
                                                      kapcsoló beállitásával standard térben
                                         2            végzünk traktográfiát, nem a beteg
                                                      nativ terében. Ha csak ez van
                     3                                bekapcsolva, lineáris transzformációt
                                                      kér.
                                          4
                                                      4: Seed to diffúziós kép közötti
                                                      transzformációs mátrix kiválasztása
                                                      (.mat file, ami a FLIRT kimenete volt)

                                                      5: TARGET maszk megadása (itt:
                                                      waypoint)
                            5                         A TARGET maszkok listán történő
                                                      megadása is lehetséges, egy egyszerü
                                                      text file szerkesztésével.

                                                      6: Traktográfia kimenő könyvtára.

                                                      Ebben a következők szerepelnek majd:

                                                      fdt_paths.nii.gz : a valószinüségi térkép
                                 6                    waypoints: a célba ért részecskék
                                                      száma, text file.




MÁSODIK OLDAL, OPTIONS
                                          6: A traktográfia "pontossága": a
                                          kibocsájtott virtuális részecskék száma
                                          a seed maszk voxeleként.

                                          Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos
                6                         voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van
                                          kalkulálva. Amennyiben atlasz terében
                                          dolgozunk, ennél kisebb érték
         7                                elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén
                                          500-1000 (1/8 térfogat).

                                          7: loopcheck: a kibocsájtott tracer
                                          részecskék nem juthatnak vissza a seed
                                          maszkba.

                     8                    8: Euler streamlining: pontosabb
                                          útvonalkövetés (ld. fsl web)

                                          9: Use Distance Correction.
                                          Kvantitativ vizsgálatok esetén nem
                 9                        bejelölendő. A probabilisztikus
                                          traktográfia azon jelenségét védi ki, ami
                                          során a seedtől való távolság
                                          függvényében lecsökken a becsapódási
                                          valószinüség.




EREDMÉNY, FDT_PATHS (SEED: thalamus)
Fdt1

More Related Content

More from Dr. Jakab András

Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultáció
Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultációHasi zsigerek OLKDA anatómia konzultáció
Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultációDr. Jakab András
 
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
Dr. Jakab András
 
Week 4. Image guided therapies.
Week 4. Image guided therapies.Week 4. Image guided therapies.
Week 4. Image guided therapies.
Dr. Jakab András
 
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imagingWeek 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
Dr. Jakab András
 
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
Dr. Jakab András
 
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
Dr. Jakab András
 
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...Dr. Jakab András
 
Neuroplasticity
NeuroplasticityNeuroplasticity
Neuroplasticity
Dr. Jakab András
 
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developments
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developmentsCharting the human thalamus - basic contepts and recent developments
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developments
Dr. Jakab András
 
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
Dr. Jakab András
 
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDAA gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
Dr. Jakab András
 
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája IA központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
Dr. Jakab András
 
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
Dr. Jakab András
 
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...Dr. Jakab András
 
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiája
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiájaFejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiája
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiájaDr. Jakab András
 

More from Dr. Jakab András (20)

Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultáció
Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultációHasi zsigerek OLKDA anatómia konzultáció
Hasi zsigerek OLKDA anatómia konzultáció
 
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
Week 5. Basics and clinical uses of MR spectroscopy.
 
Week 4. Image guided therapies.
Week 4. Image guided therapies.Week 4. Image guided therapies.
Week 4. Image guided therapies.
 
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imagingWeek 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
Week 3. Neurosurgical planning with multimodal imaging
 
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
Week 2. Diffusion magnetic resonance imaging, tractography, mapping the brain...
 
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
Week 1. Basics of multimodal imaging and image processing. Functional magneti...
 
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...
Agykutatás hete 2012 - Dr. Jakab András - "Digitális agykutatás a III. évezre...
 
Neuroplasticity
NeuroplasticityNeuroplasticity
Neuroplasticity
 
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developments
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developmentsCharting the human thalamus - basic contepts and recent developments
Charting the human thalamus - basic contepts and recent developments
 
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
Connectivity-augmented Surgical Targeting: Individualization of a 3D Atlas of...
 
Flirt
FlirtFlirt
Flirt
 
Dtifit
DtifitDtifit
Dtifit
 
Bet2
Bet2Bet2
Bet2
 
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDAA gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
A gerincvelő funkcionális anatómiája - OLKDA
 
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája IA központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
A központi idegrendszer funkcionális anatómiája I
 
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
1 Diffúziós jelenségeken alapuló képalkotás
 
Telemedicina
TelemedicinaTelemedicina
Telemedicina
 
Telemedicina
TelemedicinaTelemedicina
Telemedicina
 
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 6. A kismedence és nemi szervek ana...
 
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiája
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiájaFejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiája
Fejezetek a keresztmetszeti anatómiából - 5. A hasüreg és zsigerek anatómiája
 

Fdt1

  • 1. FDT - probabilisztikus traktográfia 1. Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció lineáris (FLIRT). Traktográfia SEED és TARGET régió között. 1: a már feldolgozott, BedpostX- bedpostX könyvtár útvonala 2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard- 1 Oxford atlasz egy régiója. 3: A "seed space is not diffusion" kapcsoló beállitásával standard térben 2 végzünk traktográfiát, nem a beteg nativ terében. Ha csak ez van 3 bekapcsolva, lineáris transzformációt kér. 4 4: Seed to diffúziós kép közötti transzformációs mátrix kiválasztása (.mat file, ami a FLIRT kimenete volt) 5: TARGET maszk megadása (itt: waypoint) 5 A TARGET maszkok listán történő megadása is lehetséges, egy egyszerü text file szerkesztésével. 6: Traktográfia kimenő könyvtára. Ebben a következők szerepelnek majd: fdt_paths.nii.gz : a valószinüségi térkép 6 waypoints: a célba ért részecskék száma, text file. MÁSODIK OLDAL, OPTIONS 6: A traktográfia "pontossága": a kibocsájtott virtuális részecskék száma a seed maszk voxeleként. Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos 6 voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van kalkulálva. Amennyiben atlasz terében dolgozunk, ennél kisebb érték 7 elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén 500-1000 (1/8 térfogat). 7: loopcheck: a kibocsájtott tracer részecskék nem juthatnak vissza a seed maszkba. 8 8: Euler streamlining: pontosabb útvonalkövetés (ld. fsl web) 9: Use Distance Correction. Kvantitativ vizsgálatok esetén nem 9 bejelölendő. A probabilisztikus traktográfia azon jelenségét védi ki, ami során a seedtől való távolság függvényében lecsökken a becsapódási valószinüség. EREDMÉNY, FDT_PATHS (SEED: thalamus)