Daftar sekolah MTS di Kota Cilegon berjumlah 33 sekolah. Sekolah-sekolah tersebut tersebar di berbagai kecamatan di Kota Cilegon dengan nama dan alamat masing-masing. Beberapa sekolah terletak di kecamatan Cilegon seperti MTSN Cilegon Kebondale, MTSN Ciwandan, dan MTS Al-Furqon.