primer design

1. PRİMER DİZAYNI ANLATIMI
DPYD geni dihiropyrimidininenzimyapısınısağlamaktadır.
Ayrıca bu ayni enziminyapısınıngerekli olduğundadegredasiyondakatılır. Urasil ve Timinbirmolekül
yapisindauzaklaştırmakgerektiğizamanbugenonlarin yapisini bozar.
Dihidropirimidindehidrogenazpirimidinlerinyakmasindailkbasamakalir. Dihidropirimidin
dehidrogenazurasilmolekulunyapisinibozarak5,6dihidrourasilerçevirir,timinnükleotidiise 5,6
dihidrotimineçevirir.
DPYD geni farkli isimlerdede bulunur;DHP,DHPDHASE,NADP+,Dyhidrourasil dehidrogenaz,DPD
gibi.
Bu genbirinci kromozomda 1p21.3 p kolundabulunur.
ÇALIŞMANIN AŞAMALARI
1) Blast
Primer dizaynı için seçilen organizma;Atelopus zeteki, ilgilenilen gen ise Dpyd’dir. NCBI
veritabanında yapılan taramalar sonucunda bu organizma ve ilgili gen ile alakalı herhangi bir
çalışmaya rastlanamamıştır.

2. Seçilen organizmaya en yakın olan ve ilgilenilen genin daha önceden çalışıldığı organizma, Mus
Musculus olarak belirlenmiştir.
NCBI veritabanında yapılan taramalar sonucunda ilgilenilen genin bu organizmada daha
önceden çalışıldığı bulunmuştur.
Böylelikle yakın akrabası olduğu bilinen Mus Musculus ‘ de Dpyd bulunup fasta formatında
kaydedilmiş ve ‘’Run BLAST’’ işlemi yapılarak benzer diziyi taşıyan organizmalar bulunmuştur.

3. BLAST işlemi sonucunda söz konusu gene ait Mus Musculus canlısıyla benzerlik gösteren
türlerin listesi elde edilmiştir.
Blastlama sonucunda Dpyd geni ile ilişkili %100 ile %86 benzerlik gösteren 6 yakın akraba tür
belirlenmiştir.
Bu akraba türler şunlardır:
1) Rattus norvegicus

4. 2) Pongo abelii
3) Homo Sapiens
4) Sus scrofa
5) Bos taurus
6) Mus Musculus

5. Belirlenen akraba türlerin GenBank kayıtları ve gen dizileri fasta formatında kayıt edilmiştir.
2.Alignment
Clustal Omega programı ilefasta formatları kaydedilen dizilerin alignment’ı yapılmıştır.
Korunmuş bölgelere göre Forward ve Reverse primerler belirlenmiştir.

6. Sonuç bir metin belgesi dosyası olarak kayıt edildi ve forward reverse primerler seçildi.
 Forward Primer Dizisi:

7.  GCYTCCTTBTTGGCTCGATTR
Primer Oligo Calc ve OligoAnalyzer 3.1 programlarıyla online olarak dimer, hairpin ve mismatch
yapıları ve tm değeri kontrol edildi.

9.  Revers Primer Dizisi:
 CCAWKAGKTCAGGWATACGTGGAAC

11. F ve R primerler arasındaki Tm sıcaklık farkı maksimum 3 derece olması gerektiği için istenilen
aralıkta primer Tm sıcaklığı yakalanmıştır ve sonuç olarak primerin çalışmasını engelleyecek bir
durum olmadığı belirlenmiştir.