Sistem operasi yang aman memiliki beberapa lapisan keamanan, termasuk keamanan fisik, lokal, root, file dan sistem, serta jaringan. Ancaman terhadap sistem operasi umumnya berupa vulnerabilitas dan exposure yang dapat dimanfaatkan oleh penyerang. Tinjauan terhadap sistem operasi perlu dilakukan secara berkala untuk mendeteksi masalah baru dan memperbaiki konfigurasi.