SlideShare a Scribd company logo
1 of 10
Bioinformatik adalah satu bidang sains di mana biologi, sains komputer dan
teknologi maklumat digabungkan dalam satu disiplin. Tujuan bidang ini adalah untuk
membolehkan penemuan dalaman biologi yang baru serta mencipta perspektif
global di mana penyatuan prinsip-prinsip dalam biologi dapat dicerap.



Bioinformatik bolehlah difahami sebagai bidang yang merangkumi dua interdisiplin
sub bidang-bidang seperti:

kerja penyelidikan dan pembangunan yang diperlukan untuk membina perisian dan
infrastruktur pengkalan data
penyelidikan berasaskan komputer yang menekankan kepada pemahaman dan
penyelesaian persoalan-persoalan biologi



Matlamat Program Bioinformatik di SBC adalah untuk menyediakan SBC dengan
infrastruktur teknologi maklumat (IT) bagi penyelidikan bioinformatik, penstoran dan
pengurusan pengkalan data dan juga untuk memenuhi fungsi statutori SBC untuk
mengekalkan 'rekod dan pengkalan data bagi sumber-sumber biologi yang terdapat
di Sarawak.



Objektif-objektif program ini adalah:

membangunkan sistem pengkalan data yang bersepadu bagi penyeliaan,
mendapatkan semula, serta menganalisa maklumat biologi untuk membatu dalam
program penyelidikan dan pembangunan
membangunkan aplikasi pengkalan data pengetahuan tradisional yang telah
disebarkan untuk mengekalkan dan mendapatkan semula data berkaitan
pengetahuan tradisional daripada pelbagai komuniti
menyediakan pengurusan dan pengendalian kemasukan kepada data biologi yang
selamat, berkeupayaan dan berskala.



Hasil utama daripada program ini adalah Pusat Data Bioinformatik untuk pengkalan
data kepelbagaian biologi atau sumber-sumber semulajadi, penyelidikan dan
pembangunan; perpustakaan produk semulajadi dan sistem inventori; pengkalan
data pengetahuan tradisionall bagi komuniti-komuniti pribumi Sarawak. Pusat ini
akan menampilkan:

pusat penyimpanan dan pengambilan semula data kepelbagaian biologi yang
berkapasiti tinggi, berkelajuan tinggi dan dinamik
sistem pengkalan data yang bersepadu daripada taksonomi kepada pengetahuan
tradisional dan kepada perpustakaan produk semulajadi
menyebarkan aplikasi pengkalan data untuk pendokumentasian pengetahuan
tradisional
website tentang komuniti-komuniti pribumi serta warisan dan pengetahuan
tradisional mereka



Program Bioinformatik dijangka akan membawa kepada pengambilan semula
maklumat tentang kepelbagaian biologi dan sumber-sumber biologi dengan lebih
pantas, tepat dan terkini sebagai input dalam proses membuat keputusan oleh
kerajaan negeri serta membantu dalam pertukaran bahan/maklumat di antara
agensi-agensi kerajaan dan institusi-institusi antarabangsa seumpanya.

Dengan memanfaatkan kemajuan teknologi dalam bidang genetika dan elektronika
bioinformatik, barcoding dapat membantu banyak orang untuk dapat mengidentifikasi spesies
secara cepat, murah, dan memberikan detail informasi tentang spesies-spesies yang ada, selain
itu dapat mempercepat penamaan jutaan spesies yang belum teridentifikasi. Prakiraan spesies
yang ada di bumi ini yang telah teridentifikasi kurang lebih sebesar 1,7 juta spesies tanaman dan
binatang, sedangkan jumlah tersebut hanya sepersembilan dari keseluruhan keragaman biologi
yang ada di bumi ini dengan perkiraan total sebesar 10 juta spesies tanaman dan hewan (Tudge,
2000). Oleh sebab itu, teknologi barcoding dapat menjadi alat yang mengatur dan merapikan
besarnya keragaman biologi yang ada di bumi ini.




Kebutuhan untuk melakukan standarisasi identifikasi spesies sangat tinggi dengan munculnya
berbagai masalah dalam metode identifikasi dan determinasi spesies yang ada saat ini.
Permasalahan tersebut dapat berakibat pada kesamaan nama pada dua spesies yang berbeda,
yang dapat dimungkinkan karena kesamaan morfologi. Selain itu dapat juga berakibat
pada perbedaan nama pada satu spesies yang memiliki tingkat kehidupan yang sulit untuk
diidentifikasi secara kasat mata. Maka dari itu, menurut Herbert dkk.
(2003), barcoding memberikan keuntungan dari standardisasi metode dan bank identifikasi
spesies melalui urutan sekuens DNA yang dimilikinya. Standardisasi ini tidak membutuhkan
biaya yang sangat besar dan dapat memiliki tingkat kepercayaan yang sangat tinggi.
Untukbarcoding, standardisasi ini data mempercepat pembentukan dan konstruksi pustaka
sekuens DNA yang komprehensif dan konsisten sehingga dapat menjadi teknologi yang
ekonomis untuk identifikasi spesies. Harapannya adalah setiap orang kapanpun dan di manapun
dapat mengidentifikasi spesies dari spesimen secara cepat dan akurat bagaimanapun kondisi
spesimen tersebut.
Hasil yang telah ada sampai saat ini, teknologi barcoding menggunakan penanda pada gen
mitokondria dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan. Mitokonria, yang merupakan
organel sel baik pada sel hewan maupun tumbuhan yang memproduksi energi berupa ATP dan
memiliki organisasi genomnya sendiri. Hampir selama 20 tahun lamanya berbagai penelitian
telah dilakukan untuk mengetahui kegunaan sekuens DNA mitokondria dalam menentukan
perbedaan dari spesies hewan yang memiliki kekerabatan yang sangat dekat, bahkan bentuk
morfologi yang sangat mirip. Menurut Avise dan Walker (1999), beberapa keuntungan
penggunaan genom mitokondria untuk identifikasi adalah antara lain: DNA mitokondria
memiliki jumlah salinan DNA yang sangat banyak dalam satu organelnya. Dalam satu sel
biasanya hanya terdapat 2 salinan sekuens DNA inti, dan pada sel yang sama terdapat 100-
10.000 salinan genom mitokondria. Oleh sebab itu, untuk mendapatkan atau mengisolasi DNA
mitokondria lebih mudah daripada mengisolasi DNA inti, terutama dari sampel yang
terdegradasi atau sampel yang rusak. Selain itu, perbedaan sekuens DNA mitokondria antara
spesies hewan yang berkerabat sangat dekat pun dapat mencapai 5 sampai 10 kali lipat
dibandingkan dengan gen DNA inti.
Oleh sebab itu, segmen sekuens DNA mitokondria yang pendek dapat membedakan antarspesies.
Meskipun sekuens pada spesies yang berbeda memiliki perbedaan yang besar, namun pada kasus
variasi sekuens intraspesies sangat rendah pada kebanyakan spesies hewan. Hal ini disebabkan
oleh penurunan DNA secara maternal, sehingga tidak banyak terdapat polimorfisme. Dengan
adanya perbedaan sekuens intraspesifik yang sangat kecil dan perbedaan sekuens interspesifik
yang sangat besar, dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies dengan penanda DNA
mitokondria dengan sangat tepat (Wildman et. al., 2003). Di samping itu, hampir tidak adanya
intron di dalam gen mitokondria pada hewan yang menyebabkan amplifikasi dari DNA
mitokondria dapat dilakukan secara langsung, sedangkan pada gen DNA inti banyak dibatasi
oleh adanya intron.
Mitokondria hewan tersusun atas 13 gen yang mengkode protein, 2 gen RNA ribosom (rRNA),
dan 22 gen RNA transfer (tRNA) (Jameson et. al., 2003) . Meskipun pada beberapa spesies
hewan memiliki urutan posisi dan polaritas ketiga jenis gen tersebut berbeda,
selama barcode yang digunakan hanya berasal dari satu gen, maka sekuens antarspesies masih
dapat dibedakan dan dibandingkan. Gen yang mengkode protein umumnya memiliki perbedaan
variasi sekuens yang lebih besar daripada gen ribosom, dan lebih mudah untuk membedakan
spesies yang berkerabat dekat. Pembandingan dan pensejajaran sekuens dari gen yang
mengkode protein lebih mudah karena tidak memiliki mekanisme mutasi insersi dan delesi yang
banyak terdapat pada gen ribosom.
Namun penelitian mengenai penggunaan gen ribosom pada mitokondria ini sudah banyak
dilakukan jauh sebelum ide barcoding ini muncul. Metode ini telah berhasil banyak dalam
mengetahui bagaimana proses evolusi pada berbagai spesies dari nenek moyangnya (ancestor)
itu terjadi, sampai pembentukan kekerabatan dari spesies-spesies tersebut. Gen yang banyak
digunakan sebagai penanda barcode tersebut dari gen pengkode protein antara lain cytochrome
oxidase 1 (CO1) dan cytochrome-b (cyt-b), sedangkan dari gen RNA ribosom adalah 12s rRNA
dan 16s rRNA. Penggunaan gen ribosom biasanya untuk taksa yang lebih tinggi, seperti tingkat
suku (famili) atau marga (ordo), sedangkan pada gen pengkode protein dapat berada pada
tingkat spesies maupun subspesies hingga yang memiliki kekerabatan sangat dekat sekalipun
(Herbert et. al., 2004). Maka, salah satu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui
sensitivitas gen cytchrome-b dan 12s rRNA dalam mengidentifikasi spesies dan mengetahui
kekerabatan diantara spesies-spesies tersebut.
Berbagai pertanyaan muncul mengenai bagaimana sejarah kehidupan dan munculnya berbagai
spesies yang menyusun besarnya keragaman biologi yang ada di bumi ini. Selama berabad-abad,
para peneliti bekerja untuk mengkonstruksi “pohon kehidupan” atau filogeni untuk mengetahui
sejarah dari kemunculan spesies. Usaha-usaha tersebut dicocokkan dengan melakukan analisis
pada berbagai karakter spesies yang ada. Hasil yang ada hingga saat ini menunjukkan bahwa
penggunaan barcode dengan jarak genetiknya memiliki ketepatan dengan metode penyusunan
taksonomi konvensional, yang kemudian pustaka barcode ini dapat digunakan untuk membantu
studi evolusi dan sejarah suatu spesies dengan kekerabatannya.


Apakah sebenarnya genomik? Untuk menjawab soalan ini, pertamanya kita perlu memahami bahawa
semua sel hidup mengandungi DNA. DNA ialah singkatan bagi Asid Deoksiribonukleik
(DeoxyriboNucleic Acid) yang menyimpan semua maklumat genetik sesuatu organisma yang
diturunkan daripada ibu bapa kepada anak mereka. Secara ringkas, genomik adalah rangka genetik
bagi semua jenis hidupan. DNA turut mengandungi bahagian yang menentukan rupa dan fungsi kita -
segmen ini dipanggil gen. Kita mewarisi gen daripada kedua ibu bapa, dan gen ini menentukan ciri
yang diwarisi - termasuk warna mata, jenis darah dan sama ada kita boleh menggulung lidah atau
tidak.
Bilangan gen berbeza dari satu organisma ke organisma yang lain. Manusia mempunyai lebih kurang
25,000 gen, iaitu sama dengan jumlah gen yang terdapat dalam tikus, manakala jagung pula
mempunyai kira-kira 32,000 gen. Jumlah gen di dalam organisma tidak semestinya berkaitan dengan
saiz atau kompleksnya organisma tersebut.

Himpunan semua gen di dalam organisma dinamakan 'genom'. Seperti gen, saiz genom berbeza dari
satu organisma ke organisma yang lain. Saiz genom manusia adalah kira-kira 3Gb dan saiz genom
pokok kelapa sawit adalah lebih kurang 1.8Gb, namun ia amat kecil berbanding genom ameba yang
bersaiz 290Gb.

Secara umumnya, genomik ditakrifkan sebagai kajian dan analisis mengenai genom. Bidang ini telah
muncul sebagai salah satu cabang yang paling penting di dalam biologi dan sains hayat. Saiz dan
kandungan genom sesuatu organisma menjadi tumpuan para saintis dan penyelidik di seluruh dunia.
Kemajuan pesat bidang genomik telah membuka beberapa bidang kajian menarik untuk diterokai
daripada pertanian dan kepelbagaian biologi sehinggalah ke bidang penjagaan kesihatan dan
penghasilan ubat-ubatan.

Genomik kini memainkan peranan yang semakin penting di dalam bidang penyelidikan perubatan.
Para penyelidik dan pakar genetik telah berjaya memetakan gen manusia melalui jujukan DNA, yang
seterusnya mendorong pelaksanaan Projek Genom Manusia. Projek mercu jaya ini membolehkan
pakar genetik membezakan dan mengasingkan gen yang sangat penting kepada proses biologi. Sebab
itulah genomik kini memainkan peranan yang semakin penting dalam usaha memerangi kanser.

Penyelidik perubatan boleh mengekstrak sel tumor, menentukan jujukan genom dan mengenalpasti
punca sel tersebut menjadi sel kanser. Ini dilakukan menerusi sains biomaklumat - iaitu gabungan
teknologi maklumat dan biologi - yang merujuk kepada tafsiran jujukan DNA menggunakan perisian
komputer khas dan algoritma matematik.

Genomik rungkai misteri kesihatan manusia

Menurut satu laporan, satu daripada setiap 20 kes barah dikaitkan dengan gen keturunan. Keupayaan
untuk meramalkan dan mengenal pasti barah di peringkat awal adalah amat penting untuk
meningkatkan kadar menentang dan mengatasi kanser. Genomik dan biomaklumat dapat
memberikan maklumat penting dalam soal ini. Dengan mengkaji genom pesakit kanser dan individu
yang sihat, pada suatu hari nanti para pengamal perubatan akan dapat memeriksa sebarang mutasi
yang mungkin berlaku di dalam setiap orang, membolehkan penyakit dikesan di peringkat yang
sangat awal.

Kini beberapa syarikat dalam sektor biomaklumat menghasilkan perisian dan kaedah untuk
membantu para penyelidik memahami sepenuhnya kanser dan cara penyakit ini merebak. Malah,
tidak mustahil penawar bagi penyakit yang membawa maut ini akan ditemui. Bidang genomik bakal
merintis jalan ke arah penyelesaian yang dicari-cari selama ini.

l PENULIS ialah Pengasas dan Pengarah Urusan Malaysian Genomics Resource Centre Berhad
(MGRC), pembekal perkhidmatan biomaklumat yang terkemuka di Asia Tenggara, yang menawarkan
khidmat penjujukan dan analisis berkomputer yang pantas dan berkualiti tinggi kepada pelanggan di
serata dunia. Perkhidmatan utama yang disediakan termasuk khidmat Genom Kontrak, Penjujukan
Genom, dan Akses Data Genom.

Karim Hercus mempunyai pengalaman lebih daripada 40 tahun dalam bidang sains maklumat. Beliau
menubuhkan syarikat pemegang utama MGRC iaitu, Neuramatix Sdn. Bhd. pada 2002, yang memberi
tumpuan kepada usaha mencipta aplikasi dan peranti pintar dalam pelbagai bidang, termasuk
bioinformatik, penterjemahan mesin, dan robotik lanjutan.
Bioteknologi merupakan satu bidang sains di mana benda hidup digunakan
untuk penghasilan produk atau untuk melakukan sesuatu tugasan untuk
manusia. Tumbuh-tumbuhan, haiwan dan juga microorganisma seperti bakteria
telah digunakan untuk menghasilkan kebaikan kepada manusia.

Dalam bidang industri perubatan dan pertanian, bioteknologi bantu dalm
penghasilan makanan, ujian untuk mengesan penyakit dan untuk melupuskan
sisa. Bioteknologi boleh digunakan untuk menyelesaikan masalah dan untuk
membantu dalam penyelidikan. Bioteknologi biasanya terbahagi kepada 3
bahagian - bioteknologi merah, putih dan hijau.

Bioteknologi merah adalah berkaitan dengan mikroorganisma yang telah diubah
bahan genetiknya yang digunakan untuk menghasilkan produk seperti insulin
dan vaksin untuk kegunaan perubatan.

Bioteknologi putih melibatkan penciptaan bahan kimia berguna untuk sektor
perindustrian melalui organisma-organisma seperti kulat dan yis. Jenis
bioteknologi ini juga dikenali sebagai bioteknologi kelabu.

Bioteknologi hijau, juga dikenali sebagai bioteknologi pertanian, berurusan
dengan aplikasi-aplikasi yang bertaut kepada pertanian. Ianya melalui
penyelidikan bioteknologi merah dapat menghasilkan antibiotik untuk jangkitan
berbeza-beza dan vaksin untuk menguatkan sistem keimunan dan mengesan
dan mengubati sebarang kecacatan genetik dan penyakit telah dihasilkan.

Bioteknologi merah juga membantu dalam teknologi pembiakan seperti
persenyawaan in-vitro, penghasilan profil DNA, forensik dan teknologi
permindahan. Hanya dengan pertolongan bioteknologi putih yang membantu
persekitaran untuk membolehkan pengawalan haiwan dan tumbuhan perosak.
Bioteknologi telah membantu dalam pembersihan tumpahan minyak, melindungi
spesis yang terancam dengan menyimpan DNA untuk penyelidikan pada masa
akan datang dan menolong mengasingkan sebarang nutrien yang berlebihan
dalam tanah mahupun dalam air.

Penyelidikan dalam bioteknologi juga bertujuan untuk pengekstrakan logam dari
tanah untuk menyediakan perlombongan yang bersih, mengesan periuk api dan
pembersihan logam arsenik dan logam lain yang mencemar. Bioteknologi hijau
melibatkan manipulasi tumbuhan dan haiwan untuk menghasilkan spesis yang
lebih mesra alam sekitar dan produktif. Pembangunan pelbagai jenis gandum
yang tahan penyakit dengan cara pembiakan silang jenis gandum yang berbeza
adalah satu contoh bioteknologi hijau.
KEBELAKANGAN ini, perkataan seperti Tamiflu, antiviral, antibiotik dan
vaksin sudah menjadi sebutan dalam perbualan harian kita. Namun, masih
ada sedikit sebanyak kekeliruan mengenai apa yang sebenarnya
dimaksudkan dengan perkataan ini. Tambahan pula, masih juga timbul
kekeliruan mengenai ujian bagi mengesan jangkitan Influenza A (H1N1).

Pemahaman mengenai perkara ini penting bagi membolehkan kita membuat
keputusan berasaskan maklumat untuk membantu pihak bertanggungjawab
ke atas kesihatan awam dan juga untuk kebaikan umumnya. Oleh itu,
rencana ini akan cuba mengupas perkataan dan isu terbabit serta peranan
dimainkan oleh bioteknologi dalam menangani wabak penyakit di zaman ini.

Semoga maklumat ini, terutama sekali dengan latar belakang penularan
penyakit H1N1 yang dihadapi, boleh dijadikan panduan. Dua perkataan yang
mungkin sudah lama dikenali sejak sebelum wabak H1N1 lagi ialah antibiotik
dan juga vaksin.

Antibiotik dikatakan sebagai bahan kimia yang secara khususnya boleh
membasmi pertumbuhan bakteria dan penggunaannya dalam pembasmian
mikroorganisma lain seperti kulat. Vaksin pula adalah satu campuran atau
persediaan biologi digunakan untuk sistem pertahanan badan supaya dapat
mengenali sesuatu bahan asing yang menceroboh masuk ke badan.

Antara bendasing yang dimaksudkan adalah mikroorganisma pembawa
penyakit yang juga dikenali sebagai 'patogen' seperti bakteria dan juga virus.
Ini bermakna antibiotik adalah sesuatu yang digunakan khusus untuk
membasmi jangkitan bakteria dan tidak boleh digunakan terhadap jangkitan
virus. Penyalahgunaan antibiotik mengakibatkan masalah kerintangan
bakteria terhadap antibiotik.

Penyalahgunaan boleh timbul dalam beberapa keadaan. Situasi utama yang
membabitkan populasi awam ialah pengambilan dos antibiotik yang tidak
mencukupi. Keadaan sebegini boleh timbul apabila pesakit mendapati
jangkitan yang mereka alami seperti batuk sudah pun hilang dan terus
menghentikan pengambilan antibiotik yang diberikan.

Mungkin juga berlaku keadaan, pesakit mendapati mereka mendapat
jangkitan dan oleh kerana masih ada antibiotik terdahulu yang tidak
dihabiskan, maka pesakit itu mengambil inisiatif untuk mengubati diri sendiri
dengan antibiotik terbabit.
Lama-kelamaan, bakteria yang tidak dibasmikan sepenuhnya akan bermutasi
dan menjadi rintang terhadap antibiotik sedia ada. Kerintangan bakteria
patogen terhadap antibiotik adalah satu masalah yang besar. Sekiranya
bakteria yang dulunya dianggap kurang berbahaya menjadi rintang terhadap
antibiotik, jangkitan bakteria itu tidak boleh lagi diubati dengan antibiotik
sama. Maka antibiotik baru perlu ditemui atau dibangunkan.

Antibiotik secara amnya bertindak dengan merencat sesuatu sistem yang
diperlukan untuk kemandirian bakteria. Sebagai contoh, sekiranya sejenis
bahan kimia dapat bertindak merencat sistem penghasilan protein bakteria,
maka bakteria itu tidak dapat menghasilkan protein untuk terus hidup dan
mengakibatkan kematian bakteria.

Bahan kimia yang bertindak sedemikian adalah antibiotik. Beberapa spesies
atau jenis bakteria yang berlainan mungkin boleh dibasmi dengan satu jenis
antibiotik sekiranya sistem yang terjejas oleh antibiotik pada bakteria
berlainan itu mempunyai persamaan. Dengan kefahaman ini, antibiotik tidak
boleh digunakan bagi menangani jangkitan virus seperti Influenza.

Bagi penyakit yang disebabkan virus, kebiasaannya, ubat antivirus yang
khusus terhadap sesuatu virus, seperti Tamiflu, boleh digunakan. Tindakan
ubatan antiviral berbeza daripada antibiotik. Antiviral lazimnya bertindak
merencat penggandaan virus dan tidak bertindak membasmi atau
membunuh virus seperti dilakukan oleh antibiotik terhadap bakteria.

Ini bermakna virus induk yang menjangkiti individu tidak dapat
menghasilkan lebih banyak virus untuk meneruskan jangkitan terbabit.
Dengan cara ini, sistem pertahanan (keimunan) semula jadi tubuh
berpeluang untuk bertindak membantu memulihkan badan daripada
jangkitan.

Pada zaman ini, bioteknologi berperanan penting dalam pencarian dan
pembangunan pelbagai ubatan anti mikroorganisma seperti antibiotik dan
antiviral dan penghasi-lan vaksin yang baru. Lazimnya, sa-saran bagi ubatan
adalah protein.

Protein yang menjadi sasaran boleh terbabit dalam pelbagai fungsi penting
untuk kehidupan bakteria atau penggandaan virus. Ilmu biologi molekul
mempunyai peranan penting kerana penyelidikan dalam bidang ini banyak
menyumbang pemahaman mengenai fungsi dan mekanisme tindakan
sesuatu protein. Apabila sesuatu protein sasaran dikenal pasti dan dikaji
mekanisme tindakannya, maka pemahaman yang timbul boleh diguna pakai
bagi mencari jalan untuk merencatkan tindakan protein itu.

Vaksin pula terhasil apabila sesuatu bendasing mengaruhkan sistem
pertahanan tubuh untuk mengenalinya sebagai suatu bendasing dan
menghasilkan antibodi yang boleh menyekat bendasing berkenaan. Ada
beberapa cara vaksin dihasilkan. Antaranya penghasilan vaksin menggu-na-
kan mikroorganisma patogen yang dilemahkan atau dinyahaktifkan.

Selain itu, toksin yang dihasilkan bakteria boleh digunakan. Ini bermakna,
bagi individu yang sudah divaksinasi, toksin dihasilkan oleh kuman jangkitan
boleh dikenal pasti lalu dinyahaktifkan. Dalam keadaan sebegini, vaksin tidak
menghasilkan tindakan secara langsung ke atas organisma patogen.

Penggunaan virus yang dilemahkan atau dimatikan, terutama bagi virus yang
masih belum difahami sepenuhnya, membawa risikonya tersendiri. Oleh itu,
wujud usaha untuk membolehkan hanya protein permukaan mikrob patogen
dipencilkan dan dipersembahkan untuk dikenal pasti oleh sistem keimunan
badan.

Cara sebegini membolehkan sistem pertahanan mengenali mikroorganisma
yang boleh menjangkitinya dan menyediakan antibodi yang bersesuaian
tanpa risiko seperti dalam kes penggunaan virus yang dilemahkan.

Antara usaha yang giat dijalankan di banyak makmal penyelidikan seluruh
dunia, termasuk di Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) ialah kajian
terhadap protein mikroorganisma yang berpotensi dijadikan sasaran ubatan.
Ilmu biologi molekul dan bioteknologi menjadi teras yang mendokong
penyelidikan sebegini. Usaha ini di-harap dapat menyediakan antibiotik
generasi akan datang yang boleh menangani masalah kerintangan antibiotik
dan antiviral. Teknologi yang dibangunkan membolehkan kajian sesuatu
organisma patogen dilakukan dengan lebih cepat.

Sesuatu organisma yang baru saja dikenal pasti boleh diselidiki hingga
memperoleh ubatan antimikrob atau vaksin dalam masa yang singkat dan
bukan jangkamasa bertahun atau berabad lamanya seperti sekarang.

Dengan harapan sedemikian, maka tidak hairanlah dana hingga puluhan
bilion dolar Amerika disalurkan setiap tahun dalam bidang bioteknologi.
Penguasaan bidang ilmu biologi molekul dan bioteknologi, terutama aspek
bioteknologi perubatan, dijangka dapat memberi pulangan yang
menguntungkan pelabur awal.

Pelabur awal di sini dimaksudkan pemodal dan pengeluar dana penyelidikan
besar-besaran seperti kerajaan Amerika Syarikat dan pemodal swasta seperti
dana amanah. Selain menjanjikan pulangan kewangan, penguasaan
teknologi penghasilan antimikrob dan vaksin juga mempunyai dampak dari
segi jaminan keselamatan dan kesejahteraan sesebuah negara yang tidak
dapat dinilai hanya berasaskan wang ringgit.

Penulis ialah penyelidik bidang biologi komputasi (bioinformatik) dan biologi
struktur di Pusat Pengajian Biosains dan Bioteknologi, Fakulti Sains dan
Teknologi, UKM.

More Related Content

What's hot

Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1
Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1
Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1MJM Networks
 
Rekayasa genetika (By DianaSM).ppt
Rekayasa genetika (By DianaSM).pptRekayasa genetika (By DianaSM).ppt
Rekayasa genetika (By DianaSM).pptDiana Muliadi
 
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imun
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imunMAKALAH Bayi tabung dan sistem imun
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imunMJM Networks
 
82776457 rekayasa-genetika
82776457 rekayasa-genetika82776457 rekayasa-genetika
82776457 rekayasa-genetikaRiana Wm
 
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogaster
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogasterMaternal terhadap pindah silang Drosophila melanogaster
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogasterRizki Auliya
 
Rekayasa genetika
Rekayasa genetikaRekayasa genetika
Rekayasa genetika21 Memento
 
Genetika mikroba
Genetika mikrobaGenetika mikroba
Genetika mikrobaSiti Sihite
 
Makalah (pro) pangan rekayasa genetika
Makalah (pro) pangan rekayasa genetikaMakalah (pro) pangan rekayasa genetika
Makalah (pro) pangan rekayasa genetikaRohmad_ Putra
 
Genetika mikroorganisme
Genetika mikroorganismeGenetika mikroorganisme
Genetika mikroorganismeAgip_mumun
 
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The Genome
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The GenomeForensic Goodwin 2. DNA Structure and The Genome
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The GenomeZainulHasan13
 
Biologi molekular eukariota
Biologi molekular eukariotaBiologi molekular eukariota
Biologi molekular eukariotaagronomy
 
Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7yulasri
 

What's hot (18)

Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1
Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1
Makalah rekayasa genetika dan sistem imun 1
 
Rekayasa genetika (By DianaSM).ppt
Rekayasa genetika (By DianaSM).pptRekayasa genetika (By DianaSM).ppt
Rekayasa genetika (By DianaSM).ppt
 
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imun
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imunMAKALAH Bayi tabung dan sistem imun
MAKALAH Bayi tabung dan sistem imun
 
82776457 rekayasa-genetika
82776457 rekayasa-genetika82776457 rekayasa-genetika
82776457 rekayasa-genetika
 
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogaster
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogasterMaternal terhadap pindah silang Drosophila melanogaster
Maternal terhadap pindah silang Drosophila melanogaster
 
Rekayasa genetika
Rekayasa genetikaRekayasa genetika
Rekayasa genetika
 
rekayasa gen
rekayasa genrekayasa gen
rekayasa gen
 
Genetika mikroba
Genetika mikrobaGenetika mikroba
Genetika mikroba
 
Bioinformatika
BioinformatikaBioinformatika
Bioinformatika
 
Makalah (pro) pangan rekayasa genetika
Makalah (pro) pangan rekayasa genetikaMakalah (pro) pangan rekayasa genetika
Makalah (pro) pangan rekayasa genetika
 
Genetika mikroba 2011
Genetika mikroba 2011Genetika mikroba 2011
Genetika mikroba 2011
 
Genetika mikroorganisme
Genetika mikroorganismeGenetika mikroorganisme
Genetika mikroorganisme
 
Onkogen
OnkogenOnkogen
Onkogen
 
Kloning Gen
Kloning GenKloning Gen
Kloning Gen
 
Sitogenetika tiram mutiara
Sitogenetika tiram mutiaraSitogenetika tiram mutiara
Sitogenetika tiram mutiara
 
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The Genome
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The GenomeForensic Goodwin 2. DNA Structure and The Genome
Forensic Goodwin 2. DNA Structure and The Genome
 
Biologi molekular eukariota
Biologi molekular eukariotaBiologi molekular eukariota
Biologi molekular eukariota
 
Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7
 

Similar to BioinformatikBarcoding

Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)
Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)
Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)Rosdi Ramli
 
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...AbdulBasith222525
 
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...Universitas Muslim Nusantara Al-Washliyah
 
Pembahasan genetika
Pembahasan genetikaPembahasan genetika
Pembahasan genetikaImas Siti M
 
Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7yulasri
 
Struktur dan posisi gen
Struktur dan posisi genStruktur dan posisi gen
Struktur dan posisi genDody Perdana
 
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfBIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfIrwanDarmawan9
 
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfBIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfIrwanDarmawan9
 
OMICS STRATERGY PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptx
OMICS STRATERGY  PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptxOMICS STRATERGY  PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptx
OMICS STRATERGY PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptxWiwin Kusuma Atmaja Putra
 
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docx
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docxbimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docx
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docxMuhammadRidho703837
 
Okti Paris Presentation
Okti Paris PresentationOkti Paris Presentation
Okti Paris Presentationjohnkecops
 
Biologi 60 soal-sma
Biologi 60 soal-smaBiologi 60 soal-sma
Biologi 60 soal-smaSri Utami
 
Asal usul tetumbuhan(hy)
Asal usul tetumbuhan(hy)Asal usul tetumbuhan(hy)
Asal usul tetumbuhan(hy)Amin Setiawan
 
dececcPengolahan limbah bakteri
dececcPengolahan limbah bakteridececcPengolahan limbah bakteri
dececcPengolahan limbah bakteriWendi Hermawan
 
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniAplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniratnisarirkuka
 
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniAplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniratnisarirkuka
 
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsx
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsxGenetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsx
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsxAgathaHaselvin
 
Management Web Biodiversity Clearing House Mechanism
Management Web Biodiversity Clearing House MechanismManagement Web Biodiversity Clearing House Mechanism
Management Web Biodiversity Clearing House MechanismAhmad ZA
 

Similar to BioinformatikBarcoding (20)

Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)
Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)
Biodiversiti & Adaptasi (Tugasan individu c)
 
BIOINFORMATIKA.pptx
BIOINFORMATIKA.pptxBIOINFORMATIKA.pptx
BIOINFORMATIKA.pptx
 
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...
Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap ...
 
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...
GENETIKA SEL |1J| Dosen: Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si | Farmasi UMN Al-Was...
 
Pembahasan genetika
Pembahasan genetikaPembahasan genetika
Pembahasan genetika
 
Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7Genetika manusia klp 7
Genetika manusia klp 7
 
Struktur dan posisi gen
Struktur dan posisi genStruktur dan posisi gen
Struktur dan posisi gen
 
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfBIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
 
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdfBIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
BIOTEKNOLOGI_HASIL_PERIKANAN_..pdf
 
OMICS STRATERGY PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptx
OMICS STRATERGY  PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptxOMICS STRATERGY  PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptx
OMICS STRATERGY PADA MANAJEMEN PENYAKIT.pptx
 
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docx
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docxbimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docx
bimbinganguru.com Pemetaan Kompetensi dan Teknik Penilaian.docx
 
187899503 karya-tulis
187899503 karya-tulis187899503 karya-tulis
187899503 karya-tulis
 
Okti Paris Presentation
Okti Paris PresentationOkti Paris Presentation
Okti Paris Presentation
 
Biologi 60 soal-sma
Biologi 60 soal-smaBiologi 60 soal-sma
Biologi 60 soal-sma
 
Asal usul tetumbuhan(hy)
Asal usul tetumbuhan(hy)Asal usul tetumbuhan(hy)
Asal usul tetumbuhan(hy)
 
dececcPengolahan limbah bakteri
dececcPengolahan limbah bakteridececcPengolahan limbah bakteri
dececcPengolahan limbah bakteri
 
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniAplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
 
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyaniAplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
Aplikasi ilmu genetika dalam kehidupan sehari dwi meliyani
 
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsx
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsxGenetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsx
Genetika-pendahuluan-1-Genetika-pendahuluan-1.ppsx
 
Management Web Biodiversity Clearing House Mechanism
Management Web Biodiversity Clearing House MechanismManagement Web Biodiversity Clearing House Mechanism
Management Web Biodiversity Clearing House Mechanism
 

BioinformatikBarcoding

  • 1. Bioinformatik adalah satu bidang sains di mana biologi, sains komputer dan teknologi maklumat digabungkan dalam satu disiplin. Tujuan bidang ini adalah untuk membolehkan penemuan dalaman biologi yang baru serta mencipta perspektif global di mana penyatuan prinsip-prinsip dalam biologi dapat dicerap. Bioinformatik bolehlah difahami sebagai bidang yang merangkumi dua interdisiplin sub bidang-bidang seperti: kerja penyelidikan dan pembangunan yang diperlukan untuk membina perisian dan infrastruktur pengkalan data penyelidikan berasaskan komputer yang menekankan kepada pemahaman dan penyelesaian persoalan-persoalan biologi Matlamat Program Bioinformatik di SBC adalah untuk menyediakan SBC dengan infrastruktur teknologi maklumat (IT) bagi penyelidikan bioinformatik, penstoran dan pengurusan pengkalan data dan juga untuk memenuhi fungsi statutori SBC untuk mengekalkan 'rekod dan pengkalan data bagi sumber-sumber biologi yang terdapat di Sarawak. Objektif-objektif program ini adalah: membangunkan sistem pengkalan data yang bersepadu bagi penyeliaan, mendapatkan semula, serta menganalisa maklumat biologi untuk membatu dalam program penyelidikan dan pembangunan membangunkan aplikasi pengkalan data pengetahuan tradisional yang telah disebarkan untuk mengekalkan dan mendapatkan semula data berkaitan pengetahuan tradisional daripada pelbagai komuniti menyediakan pengurusan dan pengendalian kemasukan kepada data biologi yang selamat, berkeupayaan dan berskala. Hasil utama daripada program ini adalah Pusat Data Bioinformatik untuk pengkalan data kepelbagaian biologi atau sumber-sumber semulajadi, penyelidikan dan pembangunan; perpustakaan produk semulajadi dan sistem inventori; pengkalan data pengetahuan tradisionall bagi komuniti-komuniti pribumi Sarawak. Pusat ini akan menampilkan: pusat penyimpanan dan pengambilan semula data kepelbagaian biologi yang berkapasiti tinggi, berkelajuan tinggi dan dinamik sistem pengkalan data yang bersepadu daripada taksonomi kepada pengetahuan tradisional dan kepada perpustakaan produk semulajadi
  • 2. menyebarkan aplikasi pengkalan data untuk pendokumentasian pengetahuan tradisional website tentang komuniti-komuniti pribumi serta warisan dan pengetahuan tradisional mereka Program Bioinformatik dijangka akan membawa kepada pengambilan semula maklumat tentang kepelbagaian biologi dan sumber-sumber biologi dengan lebih pantas, tepat dan terkini sebagai input dalam proses membuat keputusan oleh kerajaan negeri serta membantu dalam pertukaran bahan/maklumat di antara agensi-agensi kerajaan dan institusi-institusi antarabangsa seumpanya. Dengan memanfaatkan kemajuan teknologi dalam bidang genetika dan elektronika bioinformatik, barcoding dapat membantu banyak orang untuk dapat mengidentifikasi spesies secara cepat, murah, dan memberikan detail informasi tentang spesies-spesies yang ada, selain itu dapat mempercepat penamaan jutaan spesies yang belum teridentifikasi. Prakiraan spesies yang ada di bumi ini yang telah teridentifikasi kurang lebih sebesar 1,7 juta spesies tanaman dan binatang, sedangkan jumlah tersebut hanya sepersembilan dari keseluruhan keragaman biologi yang ada di bumi ini dengan perkiraan total sebesar 10 juta spesies tanaman dan hewan (Tudge, 2000). Oleh sebab itu, teknologi barcoding dapat menjadi alat yang mengatur dan merapikan besarnya keragaman biologi yang ada di bumi ini. Kebutuhan untuk melakukan standarisasi identifikasi spesies sangat tinggi dengan munculnya berbagai masalah dalam metode identifikasi dan determinasi spesies yang ada saat ini.
  • 3. Permasalahan tersebut dapat berakibat pada kesamaan nama pada dua spesies yang berbeda, yang dapat dimungkinkan karena kesamaan morfologi. Selain itu dapat juga berakibat pada perbedaan nama pada satu spesies yang memiliki tingkat kehidupan yang sulit untuk diidentifikasi secara kasat mata. Maka dari itu, menurut Herbert dkk. (2003), barcoding memberikan keuntungan dari standardisasi metode dan bank identifikasi spesies melalui urutan sekuens DNA yang dimilikinya. Standardisasi ini tidak membutuhkan biaya yang sangat besar dan dapat memiliki tingkat kepercayaan yang sangat tinggi. Untukbarcoding, standardisasi ini data mempercepat pembentukan dan konstruksi pustaka sekuens DNA yang komprehensif dan konsisten sehingga dapat menjadi teknologi yang ekonomis untuk identifikasi spesies. Harapannya adalah setiap orang kapanpun dan di manapun dapat mengidentifikasi spesies dari spesimen secara cepat dan akurat bagaimanapun kondisi spesimen tersebut. Hasil yang telah ada sampai saat ini, teknologi barcoding menggunakan penanda pada gen mitokondria dapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan. Mitokonria, yang merupakan organel sel baik pada sel hewan maupun tumbuhan yang memproduksi energi berupa ATP dan memiliki organisasi genomnya sendiri. Hampir selama 20 tahun lamanya berbagai penelitian telah dilakukan untuk mengetahui kegunaan sekuens DNA mitokondria dalam menentukan perbedaan dari spesies hewan yang memiliki kekerabatan yang sangat dekat, bahkan bentuk morfologi yang sangat mirip. Menurut Avise dan Walker (1999), beberapa keuntungan penggunaan genom mitokondria untuk identifikasi adalah antara lain: DNA mitokondria memiliki jumlah salinan DNA yang sangat banyak dalam satu organelnya. Dalam satu sel biasanya hanya terdapat 2 salinan sekuens DNA inti, dan pada sel yang sama terdapat 100- 10.000 salinan genom mitokondria. Oleh sebab itu, untuk mendapatkan atau mengisolasi DNA mitokondria lebih mudah daripada mengisolasi DNA inti, terutama dari sampel yang terdegradasi atau sampel yang rusak. Selain itu, perbedaan sekuens DNA mitokondria antara spesies hewan yang berkerabat sangat dekat pun dapat mencapai 5 sampai 10 kali lipat dibandingkan dengan gen DNA inti. Oleh sebab itu, segmen sekuens DNA mitokondria yang pendek dapat membedakan antarspesies. Meskipun sekuens pada spesies yang berbeda memiliki perbedaan yang besar, namun pada kasus variasi sekuens intraspesies sangat rendah pada kebanyakan spesies hewan. Hal ini disebabkan oleh penurunan DNA secara maternal, sehingga tidak banyak terdapat polimorfisme. Dengan adanya perbedaan sekuens intraspesifik yang sangat kecil dan perbedaan sekuens interspesifik yang sangat besar, dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies dengan penanda DNA mitokondria dengan sangat tepat (Wildman et. al., 2003). Di samping itu, hampir tidak adanya intron di dalam gen mitokondria pada hewan yang menyebabkan amplifikasi dari DNA mitokondria dapat dilakukan secara langsung, sedangkan pada gen DNA inti banyak dibatasi oleh adanya intron.
  • 4. Mitokondria hewan tersusun atas 13 gen yang mengkode protein, 2 gen RNA ribosom (rRNA), dan 22 gen RNA transfer (tRNA) (Jameson et. al., 2003) . Meskipun pada beberapa spesies hewan memiliki urutan posisi dan polaritas ketiga jenis gen tersebut berbeda, selama barcode yang digunakan hanya berasal dari satu gen, maka sekuens antarspesies masih dapat dibedakan dan dibandingkan. Gen yang mengkode protein umumnya memiliki perbedaan variasi sekuens yang lebih besar daripada gen ribosom, dan lebih mudah untuk membedakan spesies yang berkerabat dekat. Pembandingan dan pensejajaran sekuens dari gen yang mengkode protein lebih mudah karena tidak memiliki mekanisme mutasi insersi dan delesi yang banyak terdapat pada gen ribosom. Namun penelitian mengenai penggunaan gen ribosom pada mitokondria ini sudah banyak dilakukan jauh sebelum ide barcoding ini muncul. Metode ini telah berhasil banyak dalam mengetahui bagaimana proses evolusi pada berbagai spesies dari nenek moyangnya (ancestor) itu terjadi, sampai pembentukan kekerabatan dari spesies-spesies tersebut. Gen yang banyak digunakan sebagai penanda barcode tersebut dari gen pengkode protein antara lain cytochrome oxidase 1 (CO1) dan cytochrome-b (cyt-b), sedangkan dari gen RNA ribosom adalah 12s rRNA dan 16s rRNA. Penggunaan gen ribosom biasanya untuk taksa yang lebih tinggi, seperti tingkat suku (famili) atau marga (ordo), sedangkan pada gen pengkode protein dapat berada pada tingkat spesies maupun subspesies hingga yang memiliki kekerabatan sangat dekat sekalipun (Herbert et. al., 2004). Maka, salah satu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui sensitivitas gen cytchrome-b dan 12s rRNA dalam mengidentifikasi spesies dan mengetahui kekerabatan diantara spesies-spesies tersebut. Berbagai pertanyaan muncul mengenai bagaimana sejarah kehidupan dan munculnya berbagai spesies yang menyusun besarnya keragaman biologi yang ada di bumi ini. Selama berabad-abad, para peneliti bekerja untuk mengkonstruksi “pohon kehidupan” atau filogeni untuk mengetahui sejarah dari kemunculan spesies. Usaha-usaha tersebut dicocokkan dengan melakukan analisis pada berbagai karakter spesies yang ada. Hasil yang ada hingga saat ini menunjukkan bahwa penggunaan barcode dengan jarak genetiknya memiliki ketepatan dengan metode penyusunan taksonomi konvensional, yang kemudian pustaka barcode ini dapat digunakan untuk membantu studi evolusi dan sejarah suatu spesies dengan kekerabatannya. Apakah sebenarnya genomik? Untuk menjawab soalan ini, pertamanya kita perlu memahami bahawa semua sel hidup mengandungi DNA. DNA ialah singkatan bagi Asid Deoksiribonukleik (DeoxyriboNucleic Acid) yang menyimpan semua maklumat genetik sesuatu organisma yang diturunkan daripada ibu bapa kepada anak mereka. Secara ringkas, genomik adalah rangka genetik bagi semua jenis hidupan. DNA turut mengandungi bahagian yang menentukan rupa dan fungsi kita - segmen ini dipanggil gen. Kita mewarisi gen daripada kedua ibu bapa, dan gen ini menentukan ciri yang diwarisi - termasuk warna mata, jenis darah dan sama ada kita boleh menggulung lidah atau tidak.
  • 5. Bilangan gen berbeza dari satu organisma ke organisma yang lain. Manusia mempunyai lebih kurang 25,000 gen, iaitu sama dengan jumlah gen yang terdapat dalam tikus, manakala jagung pula mempunyai kira-kira 32,000 gen. Jumlah gen di dalam organisma tidak semestinya berkaitan dengan saiz atau kompleksnya organisma tersebut. Himpunan semua gen di dalam organisma dinamakan 'genom'. Seperti gen, saiz genom berbeza dari satu organisma ke organisma yang lain. Saiz genom manusia adalah kira-kira 3Gb dan saiz genom pokok kelapa sawit adalah lebih kurang 1.8Gb, namun ia amat kecil berbanding genom ameba yang bersaiz 290Gb. Secara umumnya, genomik ditakrifkan sebagai kajian dan analisis mengenai genom. Bidang ini telah muncul sebagai salah satu cabang yang paling penting di dalam biologi dan sains hayat. Saiz dan kandungan genom sesuatu organisma menjadi tumpuan para saintis dan penyelidik di seluruh dunia. Kemajuan pesat bidang genomik telah membuka beberapa bidang kajian menarik untuk diterokai daripada pertanian dan kepelbagaian biologi sehinggalah ke bidang penjagaan kesihatan dan penghasilan ubat-ubatan. Genomik kini memainkan peranan yang semakin penting di dalam bidang penyelidikan perubatan. Para penyelidik dan pakar genetik telah berjaya memetakan gen manusia melalui jujukan DNA, yang seterusnya mendorong pelaksanaan Projek Genom Manusia. Projek mercu jaya ini membolehkan pakar genetik membezakan dan mengasingkan gen yang sangat penting kepada proses biologi. Sebab itulah genomik kini memainkan peranan yang semakin penting dalam usaha memerangi kanser. Penyelidik perubatan boleh mengekstrak sel tumor, menentukan jujukan genom dan mengenalpasti punca sel tersebut menjadi sel kanser. Ini dilakukan menerusi sains biomaklumat - iaitu gabungan teknologi maklumat dan biologi - yang merujuk kepada tafsiran jujukan DNA menggunakan perisian komputer khas dan algoritma matematik. Genomik rungkai misteri kesihatan manusia Menurut satu laporan, satu daripada setiap 20 kes barah dikaitkan dengan gen keturunan. Keupayaan untuk meramalkan dan mengenal pasti barah di peringkat awal adalah amat penting untuk meningkatkan kadar menentang dan mengatasi kanser. Genomik dan biomaklumat dapat memberikan maklumat penting dalam soal ini. Dengan mengkaji genom pesakit kanser dan individu yang sihat, pada suatu hari nanti para pengamal perubatan akan dapat memeriksa sebarang mutasi yang mungkin berlaku di dalam setiap orang, membolehkan penyakit dikesan di peringkat yang sangat awal. Kini beberapa syarikat dalam sektor biomaklumat menghasilkan perisian dan kaedah untuk membantu para penyelidik memahami sepenuhnya kanser dan cara penyakit ini merebak. Malah, tidak mustahil penawar bagi penyakit yang membawa maut ini akan ditemui. Bidang genomik bakal merintis jalan ke arah penyelesaian yang dicari-cari selama ini. l PENULIS ialah Pengasas dan Pengarah Urusan Malaysian Genomics Resource Centre Berhad (MGRC), pembekal perkhidmatan biomaklumat yang terkemuka di Asia Tenggara, yang menawarkan khidmat penjujukan dan analisis berkomputer yang pantas dan berkualiti tinggi kepada pelanggan di serata dunia. Perkhidmatan utama yang disediakan termasuk khidmat Genom Kontrak, Penjujukan Genom, dan Akses Data Genom. Karim Hercus mempunyai pengalaman lebih daripada 40 tahun dalam bidang sains maklumat. Beliau menubuhkan syarikat pemegang utama MGRC iaitu, Neuramatix Sdn. Bhd. pada 2002, yang memberi tumpuan kepada usaha mencipta aplikasi dan peranti pintar dalam pelbagai bidang, termasuk bioinformatik, penterjemahan mesin, dan robotik lanjutan.
  • 6. Bioteknologi merupakan satu bidang sains di mana benda hidup digunakan untuk penghasilan produk atau untuk melakukan sesuatu tugasan untuk manusia. Tumbuh-tumbuhan, haiwan dan juga microorganisma seperti bakteria telah digunakan untuk menghasilkan kebaikan kepada manusia. Dalam bidang industri perubatan dan pertanian, bioteknologi bantu dalm penghasilan makanan, ujian untuk mengesan penyakit dan untuk melupuskan sisa. Bioteknologi boleh digunakan untuk menyelesaikan masalah dan untuk membantu dalam penyelidikan. Bioteknologi biasanya terbahagi kepada 3 bahagian - bioteknologi merah, putih dan hijau. Bioteknologi merah adalah berkaitan dengan mikroorganisma yang telah diubah bahan genetiknya yang digunakan untuk menghasilkan produk seperti insulin dan vaksin untuk kegunaan perubatan. Bioteknologi putih melibatkan penciptaan bahan kimia berguna untuk sektor perindustrian melalui organisma-organisma seperti kulat dan yis. Jenis bioteknologi ini juga dikenali sebagai bioteknologi kelabu. Bioteknologi hijau, juga dikenali sebagai bioteknologi pertanian, berurusan dengan aplikasi-aplikasi yang bertaut kepada pertanian. Ianya melalui penyelidikan bioteknologi merah dapat menghasilkan antibiotik untuk jangkitan berbeza-beza dan vaksin untuk menguatkan sistem keimunan dan mengesan dan mengubati sebarang kecacatan genetik dan penyakit telah dihasilkan. Bioteknologi merah juga membantu dalam teknologi pembiakan seperti persenyawaan in-vitro, penghasilan profil DNA, forensik dan teknologi permindahan. Hanya dengan pertolongan bioteknologi putih yang membantu persekitaran untuk membolehkan pengawalan haiwan dan tumbuhan perosak. Bioteknologi telah membantu dalam pembersihan tumpahan minyak, melindungi spesis yang terancam dengan menyimpan DNA untuk penyelidikan pada masa akan datang dan menolong mengasingkan sebarang nutrien yang berlebihan dalam tanah mahupun dalam air. Penyelidikan dalam bioteknologi juga bertujuan untuk pengekstrakan logam dari tanah untuk menyediakan perlombongan yang bersih, mengesan periuk api dan pembersihan logam arsenik dan logam lain yang mencemar. Bioteknologi hijau melibatkan manipulasi tumbuhan dan haiwan untuk menghasilkan spesis yang lebih mesra alam sekitar dan produktif. Pembangunan pelbagai jenis gandum yang tahan penyakit dengan cara pembiakan silang jenis gandum yang berbeza adalah satu contoh bioteknologi hijau.
  • 7. KEBELAKANGAN ini, perkataan seperti Tamiflu, antiviral, antibiotik dan vaksin sudah menjadi sebutan dalam perbualan harian kita. Namun, masih ada sedikit sebanyak kekeliruan mengenai apa yang sebenarnya dimaksudkan dengan perkataan ini. Tambahan pula, masih juga timbul kekeliruan mengenai ujian bagi mengesan jangkitan Influenza A (H1N1). Pemahaman mengenai perkara ini penting bagi membolehkan kita membuat keputusan berasaskan maklumat untuk membantu pihak bertanggungjawab ke atas kesihatan awam dan juga untuk kebaikan umumnya. Oleh itu, rencana ini akan cuba mengupas perkataan dan isu terbabit serta peranan dimainkan oleh bioteknologi dalam menangani wabak penyakit di zaman ini. Semoga maklumat ini, terutama sekali dengan latar belakang penularan penyakit H1N1 yang dihadapi, boleh dijadikan panduan. Dua perkataan yang mungkin sudah lama dikenali sejak sebelum wabak H1N1 lagi ialah antibiotik dan juga vaksin. Antibiotik dikatakan sebagai bahan kimia yang secara khususnya boleh membasmi pertumbuhan bakteria dan penggunaannya dalam pembasmian mikroorganisma lain seperti kulat. Vaksin pula adalah satu campuran atau persediaan biologi digunakan untuk sistem pertahanan badan supaya dapat mengenali sesuatu bahan asing yang menceroboh masuk ke badan. Antara bendasing yang dimaksudkan adalah mikroorganisma pembawa penyakit yang juga dikenali sebagai 'patogen' seperti bakteria dan juga virus. Ini bermakna antibiotik adalah sesuatu yang digunakan khusus untuk membasmi jangkitan bakteria dan tidak boleh digunakan terhadap jangkitan virus. Penyalahgunaan antibiotik mengakibatkan masalah kerintangan bakteria terhadap antibiotik. Penyalahgunaan boleh timbul dalam beberapa keadaan. Situasi utama yang membabitkan populasi awam ialah pengambilan dos antibiotik yang tidak mencukupi. Keadaan sebegini boleh timbul apabila pesakit mendapati jangkitan yang mereka alami seperti batuk sudah pun hilang dan terus menghentikan pengambilan antibiotik yang diberikan. Mungkin juga berlaku keadaan, pesakit mendapati mereka mendapat jangkitan dan oleh kerana masih ada antibiotik terdahulu yang tidak dihabiskan, maka pesakit itu mengambil inisiatif untuk mengubati diri sendiri dengan antibiotik terbabit.
  • 8. Lama-kelamaan, bakteria yang tidak dibasmikan sepenuhnya akan bermutasi dan menjadi rintang terhadap antibiotik sedia ada. Kerintangan bakteria patogen terhadap antibiotik adalah satu masalah yang besar. Sekiranya bakteria yang dulunya dianggap kurang berbahaya menjadi rintang terhadap antibiotik, jangkitan bakteria itu tidak boleh lagi diubati dengan antibiotik sama. Maka antibiotik baru perlu ditemui atau dibangunkan. Antibiotik secara amnya bertindak dengan merencat sesuatu sistem yang diperlukan untuk kemandirian bakteria. Sebagai contoh, sekiranya sejenis bahan kimia dapat bertindak merencat sistem penghasilan protein bakteria, maka bakteria itu tidak dapat menghasilkan protein untuk terus hidup dan mengakibatkan kematian bakteria. Bahan kimia yang bertindak sedemikian adalah antibiotik. Beberapa spesies atau jenis bakteria yang berlainan mungkin boleh dibasmi dengan satu jenis antibiotik sekiranya sistem yang terjejas oleh antibiotik pada bakteria berlainan itu mempunyai persamaan. Dengan kefahaman ini, antibiotik tidak boleh digunakan bagi menangani jangkitan virus seperti Influenza. Bagi penyakit yang disebabkan virus, kebiasaannya, ubat antivirus yang khusus terhadap sesuatu virus, seperti Tamiflu, boleh digunakan. Tindakan ubatan antiviral berbeza daripada antibiotik. Antiviral lazimnya bertindak merencat penggandaan virus dan tidak bertindak membasmi atau membunuh virus seperti dilakukan oleh antibiotik terhadap bakteria. Ini bermakna virus induk yang menjangkiti individu tidak dapat menghasilkan lebih banyak virus untuk meneruskan jangkitan terbabit. Dengan cara ini, sistem pertahanan (keimunan) semula jadi tubuh berpeluang untuk bertindak membantu memulihkan badan daripada jangkitan. Pada zaman ini, bioteknologi berperanan penting dalam pencarian dan pembangunan pelbagai ubatan anti mikroorganisma seperti antibiotik dan antiviral dan penghasi-lan vaksin yang baru. Lazimnya, sa-saran bagi ubatan adalah protein. Protein yang menjadi sasaran boleh terbabit dalam pelbagai fungsi penting untuk kehidupan bakteria atau penggandaan virus. Ilmu biologi molekul mempunyai peranan penting kerana penyelidikan dalam bidang ini banyak menyumbang pemahaman mengenai fungsi dan mekanisme tindakan sesuatu protein. Apabila sesuatu protein sasaran dikenal pasti dan dikaji
  • 9. mekanisme tindakannya, maka pemahaman yang timbul boleh diguna pakai bagi mencari jalan untuk merencatkan tindakan protein itu. Vaksin pula terhasil apabila sesuatu bendasing mengaruhkan sistem pertahanan tubuh untuk mengenalinya sebagai suatu bendasing dan menghasilkan antibodi yang boleh menyekat bendasing berkenaan. Ada beberapa cara vaksin dihasilkan. Antaranya penghasilan vaksin menggu-na- kan mikroorganisma patogen yang dilemahkan atau dinyahaktifkan. Selain itu, toksin yang dihasilkan bakteria boleh digunakan. Ini bermakna, bagi individu yang sudah divaksinasi, toksin dihasilkan oleh kuman jangkitan boleh dikenal pasti lalu dinyahaktifkan. Dalam keadaan sebegini, vaksin tidak menghasilkan tindakan secara langsung ke atas organisma patogen. Penggunaan virus yang dilemahkan atau dimatikan, terutama bagi virus yang masih belum difahami sepenuhnya, membawa risikonya tersendiri. Oleh itu, wujud usaha untuk membolehkan hanya protein permukaan mikrob patogen dipencilkan dan dipersembahkan untuk dikenal pasti oleh sistem keimunan badan. Cara sebegini membolehkan sistem pertahanan mengenali mikroorganisma yang boleh menjangkitinya dan menyediakan antibodi yang bersesuaian tanpa risiko seperti dalam kes penggunaan virus yang dilemahkan. Antara usaha yang giat dijalankan di banyak makmal penyelidikan seluruh dunia, termasuk di Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) ialah kajian terhadap protein mikroorganisma yang berpotensi dijadikan sasaran ubatan. Ilmu biologi molekul dan bioteknologi menjadi teras yang mendokong penyelidikan sebegini. Usaha ini di-harap dapat menyediakan antibiotik generasi akan datang yang boleh menangani masalah kerintangan antibiotik dan antiviral. Teknologi yang dibangunkan membolehkan kajian sesuatu organisma patogen dilakukan dengan lebih cepat. Sesuatu organisma yang baru saja dikenal pasti boleh diselidiki hingga memperoleh ubatan antimikrob atau vaksin dalam masa yang singkat dan bukan jangkamasa bertahun atau berabad lamanya seperti sekarang. Dengan harapan sedemikian, maka tidak hairanlah dana hingga puluhan bilion dolar Amerika disalurkan setiap tahun dalam bidang bioteknologi. Penguasaan bidang ilmu biologi molekul dan bioteknologi, terutama aspek bioteknologi perubatan, dijangka dapat memberi pulangan yang
  • 10. menguntungkan pelabur awal. Pelabur awal di sini dimaksudkan pemodal dan pengeluar dana penyelidikan besar-besaran seperti kerajaan Amerika Syarikat dan pemodal swasta seperti dana amanah. Selain menjanjikan pulangan kewangan, penguasaan teknologi penghasilan antimikrob dan vaksin juga mempunyai dampak dari segi jaminan keselamatan dan kesejahteraan sesebuah negara yang tidak dapat dinilai hanya berasaskan wang ringgit. Penulis ialah penyelidik bidang biologi komputasi (bioinformatik) dan biologi struktur di Pusat Pengajian Biosains dan Bioteknologi, Fakulti Sains dan Teknologi, UKM.