Debian GNU/Linux on biomed zone

1. Debian-Med: il pinguino va in corsia!
28/10/2006
Laboratori Nazionali di Legnaro
Relatore:
Emanuele Zamprogno
[mailto: emanuele.zamprogno@poste.it]

2. Il software libero nell'ambito biomedico
Il mondo del free software da quasi subito ha suscitato l'attenzione in
ambito biomedico sia come tecnologia sia come filosofia di sviluppo:
Ne sono esempio:
A) I portali d'informazione http://www.linuxmednews.com
e http://www.gplmedicine.org
Dedicati alla educazione tecnologica nella pratica medica
B) Il portale http://www.plos.org
Dedicato alla produzione di articoli e materiale scientifico libero da
vincoli di diritti d'autore che non permettono la condivisione delle
conoscenze
C) Esempi più vicini a noi: il progetto Raynux ed la sua evoluzione
MaRis dell'Università di Padova
Il progetto ha come obiettivo quello di realizzare un laboratorio di
software radiologico, completamente libero ed Open Source, senza
limitazioni commerciali

3. Cos'e' Gnu/Debian Linux?
Una distribuzione di tipo General Purpouse
particolarmente attenta alla sicurezza ed alla
licenza del software che include
In che modo essa puo' servire l'ambito Medico?

4. La chiave di volta:
Debian-Med!
Esso e' un branch del progetto Debian che si dedica all'integrazione
di software destinato alla ricerca Biomedicale e alla gestione di
strutture sanitarie all'interno della distribuzione Gnu/Debian
Alcuni esempi
Gestione di dati sensibili e
Ricerca Bioinformatica
logistica sanitaria sul
ed Epidemiologica
territorio

5. Ricerca Bioinformatica ed Epidemiologica
Debian-Med comprende al proprio interno una serie di pacchetti che hanno
come finalità:
-La ricerca bioinformatica nel campo della Genetica Medica, della Biologia
Molecolare e della Biochimica
-La consultazione della letteratura medica prodotta nei campi tradizionali della
ricerca:
Nella pratica pacchetti già utilizzabili oggi
Mozilla Biofox:
Code bioFOX aims at implementing various bioinformatics tools as an
extension on the Firefox browser. Analysis of your favorite gene(s)
usually require(s) retrieving it from a database like NCBI or Swiss-Prot
and then performing one or more tasks.

6. NCBI Tools:
Insieme di visualizzatori 3D di strutture proteiche e biomolecole e strumenti di
ricerca e selezione nei database del NCBI [National Center for Biotechnology
information] ovvero la bibblioteca nazionale di Medicina degli USA
Fastlink e loki
Applicativi utilizzati in analisi di genetica medica nello studio di fenomeni di
linkage genico all'interno di alberi genealogici per la tipizzazione delle
patologie genetiche e della loro possibilità di trasmissione
R
Ambiente di analisi dati statistico estremamente complesso,
utilizzabili per gli studi di tipo epidemiologico e medico
statistico per la produzione di dati sulla popolazione analizzata.

7. Gestione di dati sensibili e logistica sanitaria
sul territorio
Dal codice Deontologico dell'ordine dei medici Italiani :
quot;Art. 10 Documentazione e tutela dei dati”
Il medico deve tutelare la riservatezza dei dati personali e
della documentazione in suo possesso riguardante le persone
anche se affidata a codici o sistemi informatici....
Come personale medico POSSIAMO fidarci del
software proprietario?
Ovvero
POSSIAMO usare una tecnologia di cui non
conosciamo nè come funziona nè come agisce
realmente?

8. La sicurezza e le possibilità
di GNU/Debian-Med
1. Debian-Med s'integra in Debian e ne acquisisce le policy di sicurezza
2. Sfruttando gli altri pacchetti Debian permette di creare con
facilità
una infrastruttura client-server per la gestione sia all'interno di
ospedali (E.G. cartelle cliniche, archiviazione immagini
biomediche) sia per una interazione fra gli operatori socio-sanitari
sparsi per il territorio ed il sistema sanitario nazionale.
3. Le masse di dati così raccolte possono quindi venire salvate in un
formato conservabile oltre che immediatamente disponibile, anche
in formati aperti come la normativa vigente richiede, per un'analisi
della popolazione con finalità di prevenzione ed igiene pubblica
4. In casi di utenza evoluta si può pensare anche l'uso di firme digitali
per l' adempimento a certificazione come liberatorie per l'uso di dati
privati per ricerche epidemiologiche
(molto più dubbio l'uso per la sottoscrizione del consenso
informato)

9. Nell'ambulatorio
L' utilizzo di GNU/Debian a livello di server centralizzati,
permette di proporre al personale che poi dovrà
interagire con essi, l'uso di una distribuzione Debian
derivata di particolare facilità d'uso e popolarità:
Ubuntu Linux!!
L'integrazione delle soluzioni Ubuntu linux a livello di singoli utilizzatori e di
Sistemi Gnu/Debian a livello di servizi forniti permette di garantire, con soluzioni
libere, la completa compagine delle necessità delle figure professionali
interessate;
anche con periodi di adattamento, a questi nuovi strumenti,
estremamente brevi.

10. Web e Bibliografia

11. Grazie a tutti per l'attenzione!
A voi la parola!