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[All-in-one2015] 文献情報関連サービス活用法

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初めての All-in-one 合同講習会〜生命科学DB・ツールの使い方~
講師:山本 泰智(DBCLS特任准教授)
日時:2015年7月18日
場所:大阪大学中之島センター
YouTube:https://youtu.be/yis2P5HvmkI

Published in: Science
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[All-in-one2015] 文献情報関連サービス活用法

  1. 1. ライフサイエンス統合データベースセンター 文献情報関連サービス活用法 ライフサイエンス統合データベースセンター 山本泰智 (@yayamamo)
  2. 2. ライフサイエンス統合データベースセンター 0"" 200,000"" 400,000"" 600,000"" 800,000"" 1,000,000"" 1,200,000"" 0" 5,000,000" 10,000,000" 15,000,000" 20,000,000" 25,000,000" 1945" 1948" 1951" 1954" 1957" 1960" 1963" 1966" 1969" 1972" 1975" 1978" 1981" 1984" 1987" 1990" 1993" 1996" 1999" 2002" 2005" 2008" 2011" 2014" PubMed/MEDLINE 合計件数 追加件数 2014年: 2882件/日
 = 120件/時間
  3. 3. ライフサイエンス統合データベースセンター PubMed • 1997年6月にMEDLINE検索用の無料のサービスとして開始される • MEDLINEは1971年にNLMの旗艦データベースとして登場 • 当時の米国副大統領アル・ゴアが国会議事堂で最初の検索を披露した • free MEDLINE on the Web "may do more to reform and improve the quality of health care in the United States than anything else we have done in a long time." — Eff Clin Pract. 2000 Sep-Oct;3(5):256-60. http://www.nlm.nih.gov/news/medline_35th_birthday.html
  4. 4. ライフサイエンス統合データベースセンター NCBI Director David Lipman (far left) coaches Vice President Gore (seated) as he searches PubMed. NIH Director Harold Varmus (center) and NLM Director Donald Lindberg (far right) look on. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/aug97.html NCBI Director
 David Lipman Vice President
 Gore
  5. 5. ライフサイエンス統合データベースセンター inMeXesAllie Colil 文献で使われる英語 表現を検索 文献で使われる略語 を検索 引用情報の検索 随時更新 無料
  6. 6. ライフサイエンス統合データベースセンター Allie (アリー) 文献で使われる略語とその展開形を検索 Allie http://allie.dbcls.jp/
  7. 7. ライフサイエンス統合データベースセンター danmachold
  8. 8. ライフサイエンス統合データベースセンター 生命科学分野の文献中には略語が多い • 研究者により自由に略語が生み出されている
 発表文献数は増加の一途 (PubMedには2800報以上追加/日) • 多くの多義語・類義語が存在 • 読み手に誤解と混乱を生じさせる
 PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...
 Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... Year 2015 6万8千略語 2500万件 (出現頻度10以上)
  9. 9. ライフサイエンス統合データベースセンター 生命科学系の略語を簡単に調べる方法はないか? 新たに作られた略語も含めて
  10. 10. ライフサイエンス統合データベースセンター 計算機を用いて自動的に抽出 complementary DNA - cDNA
  11. 11. ライフサイエンス統合データベースセンター reactive oxygen species
 ROS high-performance liquid chromatography
 FTIR superoxide dismutase
 SOD 約2500万件 約1560万ペア MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出 (unique: 280万)
  12. 12. ライフサイエンス統合データベースセンター Allie • 日本語訳があれば提示
 reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物 • よく使われる分野を提示、絞り込みも可能
 Biochemistry / 生化学, 生物化学 • 出現文献情報を提示
 ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes. • 同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示
 ROS -SOD, NO, NAC, … • 毎月更新
  13. 13. ライフサイエンス統合データベースセンター ペア出現頻度の経年変化
  14. 14. ライフサイエンス統合データベースセンター 発展的な利用 • 展開形からの検索も可能 • ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 • 毎週更新 • APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 • 事前登録不要 • SOAP / REST / SPARQL • http://data.allie.dbcls.jp/
  15. 15. ライフサイエンス統合データベースセンター AllieデータベースへのSPARQL検索結果例 頻度 略語 展開形 展開形の対訳 14629 HIV-1 human immunodeficiency virus type 1 ヒト免疫不全ウイルス1型 14186 EBV Epstein-Barr virus ((略)) EBウイルス, (DNA腫瘍ウイルス) エプスタイン・バーウイルス, Epstein-Barrウイルス 6371 HSV herpes simplex virus 単純ヘルペスウイルス, 単純疱疹ウイルス 6356 RT reverse transcriptase 逆転写酵素 5579 HSV-1 herpes simplex virus type 1 単純ヘルペスウイルス1型 4581 HA hemagglutinin ヘマグルチニン, 血球凝集素, 赤血球凝集素 4176 ORFs open reading frames (DNA上でタンパク質をコードする範囲) 翻訳領域, オープンリーディングフレ ーム, 読み取り枠, 読み枠 4108 HCMV human cytomegalovirus ヒトサイトメガロウイルス 3290 VZV varicella-zoster virus 水痘・帯状疱疹ウイルス, 水痘帯状疱疹ウイルス 2798 LTR long terminal repeat 末端反復配列 研究分野がVirologyである文献中に出現する略語
  16. 16. ライフサイエンス統合データベースセンター SPARQLクエリ PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> PREFIX allie: <http://purl.org/allie/ontology/201108#> SELECT ?f (STR(?s) AS ?sf) (STR(?le) AS ?lfe) (STR(?lj) AS ?lfj) WHERE { [] allie:inResearchAreaOf [ a allie:ResearchArea ; rdfs:label "Virology"@en ] ; a allie:PairCluster ; allie:hasShortFormRepresentationOf [rdfs:label ?s] ; allie:hasLongFormRepresentationOf [rdfs:label ?le, ?lj] ; allie:frequency ?f . FILTER(lang(?le) = "en" && lang(?lj) = "ja") } ORDER BY DESC(xsd:int(?f)) LIMIT 10
  17. 17. ライフサイエンス統合データベースセンター http://allie.dbcls.jp/ 検索略語のアリー
  18. 18. ライフサイエンス統合データベースセンター 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20100831.html#p01
  19. 19. 実習 • 略語MERSの展開形を検索 • 共起略語をみて、MERSよりも MERS-CoVとして使われている 文献が多いことを確認する • 目的の展開形について、詳細情 報として実際に利用されている 表現や文献リストを確認する
  20. 20. ライフサイエンス統合データベースセンター inMeXes (インメクセズ) 文献中に書かれている英語表現を検索 inMeXes http://docman.dbcls.jp/im/
  21. 21. ライフサイエンス統合データベースセンター 英作文をしていると出くわす悩み • is associated に続く前置詞は何だったっけ? • リン酸化に対応する英単語、phosの続きはどう綴ったかな? • associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは何だろう? • thermodynamic parameters には the が付くことが多い?
 付いている場合の実際の文章は? is associated ...
  22. 22. ライフサイエンス統合データベースセンター inMeXes にお任せください!
  23. 23. ライフサイエンス統合データベースセンター inMeXes • 高速
 MEDLINEに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索 • 軽快
 4文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示 • 便利
 結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示
  24. 24. ライフサイエンス統合データベースセンター 関連情報例: PubMedアブストラクト中の該当文
  25. 25. ライフサイエンス統合データベースセンター やや高度な使い方: 正規表現フィルタ • 例: was _ correlated withの_にはどのような表現があるかを知りたい
  26. 26. ライフサイエンス統合データベースセンター 発展的な利用 • API (JSONP) による検索が可能 • ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます • 事前登録不要
  27. 27. ライフサイエンス統合データベースセンター http://docman.dbcls.jp/im/ 検索インメクセズ
  28. 28. ライフサイエンス統合データベースセンター 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01
  29. 29. 実習 • contributeと入力して続く前置 詞を確認する • informationと入力して下記の表 現の利用頻度をみる • information of • information on • information about • 以上の表現について、実際の文 章を確認する
  30. 30. ライフサイエンス統合データベースセンター Colil (コリル) 文献の引用情報を検索 http://colil.dbcls.jp/
  31. 31. ライフサイエンス統合データベースセンター ある文献に関する第三者からの視点 • ある文献について、当該文献の著者ではない研究者による評価はどうだろう? • ある文献について、共によく引用されている文献はあるだろうか? • 引用する文献について、文中で引用するさいの適切な記述例はないだろうか? Colilがお答えします
  32. 32. ライフサイエンス統合データベースセンター Colil (Comments on literature in literature) • 特定の文献について、その引用記述を検索します • 特定の文献について、他の文献から共に引用されている文献を表示します
 (共引用情報) • 対象はPMIDが付けられているPMC OA (Open Access)サブセットです
 (約74万件、PubMed全体の3%強) • 現バージョンは2015年2月時点取得時のものです • 約618万件のPMID付き文献がPMC OAサブセットから引用されています
 (PubMed全体の1/4強)
  33. 33. ライフサイエンス統合データベースセンター 引用記述と共引用 (co-citation) 文献 AA 文献 BB 文献 11 文献 22 文献 33 文献 44 共引用 Some sites provide a curated collection of life-science-related online resources with a search function [[5,6], etc]. PMID:17108360 引用記述 We did not find any suitable taxonomy for the MI field, since most of the existing resource taxonomies were focused on Bioinformatics (BI) [4,16,17]. PMID:17683589 PMID:22857741
  34. 34. ライフサイエンス統合データベースセンター PubMed ID or PubMed検索語を入力 ① ② PubMed ID PubMed検索語 もしくは
  35. 35. ライフサイエンス統合データベースセンター もう一つの使い方: 研究分野の情報収集 • 状況: 新たな研究分野における研究動向を効率的に把握したい • 使い方: 1.特定の論文を選ぶ 2.引用記述とともに、共引用文献を調べる 3.共引用度の高いものを選び、引用記述を調べる 4. 3を繰り返す
  36. 36. ライフサイエンス統合データベースセンター 発展的な使い方 • ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 • APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 • REST / SPARQL • http://colil.dbcls.jp/
  37. 37. ライフサイエンス統合データベースセンター SPARQLクエリ例
  38. 38. ライフサイエンス統合データベースセンター http://colil.dbcls.jp/ 検索colil
  39. 39. ライフサイエンス統合データベースセンター 動画チュートリアル(統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20150207.html#p01
  40. 40. 実習 • PDBの文献(PMID: 10592235)に 対し、他の文献中でどのように 触れられているのか概観する。 • 関連文献にはどのような研究課 題があるのかを確認する。 • EMBL-EBIのバイオインフォ解 析ツールに関する文献(PMID: 20439314)についてはどうか。

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