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aLeaves(エイリーヴズ)を用いて
分子系統樹推定におけるデータセット生成の
ストレスを減らす
~ tackling a bottleneck of modern molecular phylogenetics ~
工樂 樹洋(理研CDB・ゲノム資源解析ユニット)
Shigehiro Kuraku (Genome Resource & Analysis Unit, RIKEN CDB)
Informatics Modern sequencing
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系統樹推定法が成熟し、多数のゲノムプロジェクトにより配列情報が非常に
豊かになったにもかかわらず、実験生物学者にとって分子系統樹推定の
作業は身近になるどころか、より手の届きにくいものになったのではないか?
情報過多になりがちな昨今の配列リソースを網羅しつつも、
生物学者が頼りにしやすい手掛かりを用いて配列数を絞り込む
ことができるオンラインツールをつくる
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Collaborators
GRAS, RIKEN CDB CBRC, AIST
&
iFReC, Osaka Univ.
Christian M. Zmasek
Sanford-Burnham
Medical Research Institute
USA
Kazutaka Katoh 加藤 和貴Osamu Nishimura 西村 理
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aLeaves – http://aleaves.cdb.riken.jp
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EnsemblやNCBIに加え、
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アコヤガイなどの配列も含め
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様々な基準に従い、配列の体系的な取捨選択が可能
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Managed by K. Katoh
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by deleting unnecessary sequences
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Retrieval of limited number of
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Workflow using aLeaves-MAFFT
注意点
・aLeaves は他所ですでに公開されているリソースだけ
に基づいたツールです(オリジナルサイトへリンク)
・aLeavesプロジェクトとしては、独自にタンパクコード遺伝子
の推定およびその吟味を行わず、オリジナルリソースの情報を
そのまま踏襲しています
・aLeaves-MAFFTサーバを利用し予備的な分子系統解析が
可能だが、本格的な解析は、作成した配列セットをダウン
ロードし、やはりローカルで行ってください
Perspectives
・塩基配列への対応
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・動物以外の生物群に対応
・特定の生物種の追加などのリクエストにも可能な限り対応
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・質問等は shigehiro-kuraku@cdb.riken.jp へ
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